藩史
在安土桃山時代，統治常陸國的主要大名的佐竹氏，佐竹義宣在關原合戰中支持西軍，戰後被德川家康懲罰，義宣移封到出羽國久保田。轉封水戶藩的是武田信吉，一年後信吉突然病逝，並無兒子繼承藩領，因而需要選出新的藩主。然後到家康十男賴將入主水戶。1609年賴宣移封到駿府藩。由家康十一男賴房（當時仍為鶴千代丸）成為藩主，並加增至28萬石。在元祿時代，進行檢地，石高增加到35萬石。
1636年賴房被幕府賜姓為“德川”，正式成為水戶德川氏。由於水戶德川家經常前往江戶，當時不少人稱水戶藩主為幕府的“副將軍”。
第二代藩主光圀喜好文學。編寫了大日本史，在水戶藩領內自成了水戶學學派，因此光圀對水戶藩影響亦不少。第三代藩主綱條因為藩內借貸問題嚴重進行藩政改革，不過因為重稅，人民要求將改革罷免執行者松波勘十郎，最後失敗告終。1716年，家繼急病逝世，綱條有機會成為將軍，不過幕府決定由紀州藩的吉宗繼任將軍。
1831年，藩主齊昭大力執行藩政改革，建設藩校弘道館，積極登用人才，特別是較年輕的一輩，包括戶田忠太夫、藤田東湖、安島帶刀等人物、對全領土進行檢地以及停止定府制（藩主留守江戶城）。
幕未時期，先後有“櫻田門外之變”[2]及“天狗黨之亂”。櫻田門外之變是藩士在外門埋伏，暗殺井伊直弼的事件。天狗黨之亂是由水戶藩士藤田小四郎發起，他們在筑波山起兵，最後被幕府及水戶藩派兵圍剿，主要起兵將領的屍首在水戶城暴曬[3]。
第十五代將軍德川慶喜（齊昭三男）是來自水戶藩。廢藩置縣後，成為了水戶縣，經過合併後，成為茨城縣的一部份。
藩校
弘道館是江戶時代未期最大的藩校[4]，位於水戶城三丸之內。當時齊昭執行藩政改革而建設的藩校。1868年在會津戰爭中燒毀。1872年政府下令改建成公園。
歷代藩主
武田德川家
親藩 - 15萬石
武田信吉（1602年-1603年）
德川紀州家
親藩 - 20萬石→25萬石
德川賴宣（1603年-1609年）
水戶德川家親藩 - 35萬石
德川賴房（1609年-1661年）
德川光圀（1661年-1690年）
德川綱條（1690年-1718年）
德川宗堯（1718年-1730年）
德川忠翰（1730年-1766年）
德川治保（1766年-1805年）
德川治紀（1805年-1816年）
德川齊脩（1816年-1829年）
德川齊昭（1829年-1844年）
德川慶篤（1844年-1868年）
德川昭武（1868年-1869年）
支藩
水戶藩總共有四個支藩。
高松藩 - 位於贊岐國，1642年立藩，初代藩主是賴房長男賴重。
守山藩 - 位於陸奧國，1661年立藩，初代藩主是賴房四男賴元。
常陸府中藩 - 1661年立藩，初代藩主是賴房五男賴隆。
宍戶藩 - 位於常陸國，1682年立藩，初代藩主是賴房七男賴雄。
家老山中家- 松岡城2萬5千石。
山野邊氏 - 最上義光子孫。
松平氏 - 德川賴秀八男松平賴泰。
鈴木氏 - 雜賀氏。
