石山包圍戰的後期,堅決反對與信長和睦,1580年4月9日父親與信長達成和睦退出石山城後,教如向雜賀的鈴木家發出援助請求,決意與信長作戰。因此與父親發生激烈爭吵。甚至不惜與顯如斷絕父子關係。在顯如的強制命令下,9月教如退出石山城,到紀伊鷺森開始隱居。父親死去的第二年(1593),秀吉召見了已是新法主的教如和母親如春尼,就本願寺法主繼承的問題提出了11條意見。中心思想就是希望教如能將法主繼承權讓給弟弟順如。教如接受了秀吉的提議。但此時又發生了分歧。據母親如春尼說,顯如在死前曾指示教如的另一個弟弟準如繼承法主。並出示了顯如的授權書狀。 結果教如又遵父命將法主之位傳給準如。這導致了本願寺分成東西兩派:以順如為法主的西本願寺的本願寺派和以準如為法主的東本願寺的大谷派。分流的後果是本願寺 一宗從此衰落。
慶長十五年(1614)10月5日,教如在六條的烏丸去世。享年五十六歲。