起源
本願寺親鸞聖人死後，女兒覺信尼於文永九年（1272年）在東山大谷建了一座廟堂，亀山天皇賜名為“本願寺”（現在講到的本願寺，一般就是指西本願寺）。院中藏有親鸞聖人的骨灰及其畫像。
本願寺宏偉的建築群和寬暢的礫石廣場與其顯得較為簡樸的入口大門形成了鮮明的對比。
著名的本願寺兩堂即為廣場右邊的御影堂（本願寺的締造性建築）和廣場左邊的阿彌陀堂。其中，御影堂為僧侶和信徒們的聚集地。此外，本願寺的其它建築：唐門、日本最古老的北能舞台、書院、黑書院、飛雲閣（國寶）等均是炫麗桃山文化的精華薈萃。
本願寺由於十一代法主顯如兩個兒子確定誰做繼承人的關係分為兩個地方：三男本願寺準如之本願寺，稱西本願寺。至此，本願寺分為東西兩家。準如一脈的西本願寺法統，被稱為“真宗本願寺派”，仍以正統自居；長子本願寺教如一脈的東本願寺法統，被稱為“真宗大谷派”。東西本願寺同位於京都，已成為一道文化風景線。兩寺並列為日本國寶，而西寺更被聯合國教科文組織列為世界文化遺產。
戰國時代
本願寺家的大發展是在戰國時期，伴隨著“一向一揆”的爆發而達到鼎盛的。加賀國暴動的成功說明了其威力的強大，這也對其他宗派和戰國大名顯示了力量。雖然本願寺家的法主不主張發動暴動來挑戰社會，但是沒辦法控制洶湧澎湃的信徒。蓮如上人的“不得誹謗國法，不得誹謗佛法，不得輕慢地頭“守護”的法諭也漸漸被拋棄，從東海到中國，從北陸到四國，到處都有一向宗的勢力。一向宗的發展使得其他宗派和大名極為不滿，他們決定聯合起來撲滅一向宗。早在蓮如時，他們就迫害一向宗信徒。蓮如於1496年建的本願寺於1535年被比睿山僧人焚毀，證如上人又重修本願寺家，隨著規模的擴大，本願寺漸漸向著城市化發展。到1542年，豐臣大阪城的前身----石山御坊就築好了。它也成為一向宗的總部，指揮著全國的一向宗事務。
本願寺家所具有的宗教優勢在戰國時期很明顯，當時連年的戰亂使處於戰國食物鏈最底層的農民貧苦不堪。而對淨土真宗的信仰能使他們得心靈有所寄託，因此全國淨土真宗的教徒數量驚人，輕易就可發動規模浩大的一向起義。大名們在鎮壓領內叛亂時無論怎樣殘忍都不能根除信仰堅定的一向勢力。許多久經沙場的名將曾死在口念“南無阿彌陀佛”，將生死置之度外的一向一揆眾的起義上。所以本願寺家也是一般大名都不願得罪的。
證如上人與各大名都有較好的交往，如與武田信玄`上杉謙信等，所以在他那時“一向一揆”還不算厲害，但是到其子十一代法主顯如上人時就直接加入了戰亂，表現極為活躍。本願寺家是一個宗教色彩極濃的戰國大名。其它勢力普遍都將其看成一股寺社的野勢力。顯如繼任後致力於改變這種看法。1557年，顯如履行了父親與細川晴元的婚姻協定，娶了晴元的養女（日本佛教僧侶可結婚生子，此女為左大臣三條功賴之女，武田信玄正室的妹妹）。同時又分別給朝廷與幕府上納兩萬與一萬錢，以此來提高本願寺家的政治影響。這種努力終於有了回報，1558年朝廷賜顯如“權僧正”的官位。而有了僧官位就可以任命下屬為僧官，這實際上是對本願寺家大名地位的肯定。
本願寺簡介永祿三年（1560），顯如開始了第一次的軍事行動：發動越前、加賀一向一揆幫助連襟武田信玄與越後上杉謙信作戰。兩家還於永祿八年（1565）締結三條盟約，結成了強固同盟。
由於第11代門主顯如娶了管領細川晴元的養女為妻，因而和武田信玄、朝倉義景結為連襟。後來石山本願寺在“反信長包圍網”的戰略架構中，成為重要一員。其門徒的強悍戰鬥意志，使得戰國梟雄織田信長軍也多次敗退於其實力雄厚的勢力下，折損數名猛將。信長為避免一向宗徒們再次受到煽動而叛亂，對於已經投降的一向宗徒常是毫不留情的全部屠殺，因而織田信長被宗教界塑造成“佛敵”的形象。但不久織田軍漸漸扳回劣勢，公元1578年，織田信長水軍以鐵甲船斷截了石山本願寺和中國（本州島西南部）的毛利輝元相通的唯一海上糧道，遭圍困許久的本願寺才不得不降伏，顯如撤離之後，其子教如仍作困獸斗一段時間，後來仍不支撤退，最後織田信長一把火燒了石山本願寺以絕後患。
織田信長遭遇本能寺之變死後，門主顯如與掌權的豐臣秀吉關係良好，1591年由秀吉捐地重建成現在的京都本願寺（即西本願寺）。
公元1602年（慶長7年）時，由於“淨土真宗大谷派”（東本願寺）信徒超過1千萬人，為防止信徒過多失控，經由將軍德川家康之令，從本願寺獨立後創建，即為今日所見的東本願寺，而原本願寺為作區別亦改稱“西本願寺”。東本願寺與西本願寺相距不遠，僅有幾條路相隔的距離，兩邊的建築呈現左右相反的設計。東本願寺曾數次遭受祝融之害，所以原始面貌已不復見了。目前所看到的為公元1895年（明治28年）所重建。
二戰時期
戰爭時期，日本佛教的絕大部分宗派都積極追隨軍國主義政府，尤其是淨土真宗本願寺派表現最為積極，他們提倡“忠皇愛國”思想，宣傳“護國”精神，為推行軍國主義政策、發動侵略戰爭服務。隨著日本軍國主義侵略擴張，本願寺組織對出戰人員的家庭、戰死者親屬的慰問和援助，對傷殘士兵進行救護。此外還向前線軍隊派遣隨軍僧，讓他們在戰地傳教、慰問士兵，為死者安葬和舉行法會等。
建築設計
本願寺略景本願寺當年創始人親鸞聖人的女兒覺信尼將親鸞的墳墓遷至東山大谷，建造了御影堂（公元1272年），為本願寺的起源。戰國時代飽受戰亂迫害，於公元1591年（天正19年），由同是信徒的豐臣秀吉捐款移至現在的地址。御影堂內供奉著親鸞聖人，江戶時代重新修造時，又在左堂奉有阿彌陀立像，故稱為“阿彌陀堂”。
除此之外，西本願寺占地十分遼闊，擁有許多重量級的景觀，而且有日本現存最大的書院，必須要事先申請才能參觀，同時著名的枯山水名庭“虎溪之庭”是指定的特別名勝；北側則有日本最古老的能劇舞台“北能舞台” 與寺內的飛雲閣及四腳唐門被並列為國寶，據說南側的唐門被認定為伏見城的遺蹟；而其中的飛雲閣更與金閣、銀閣並列為洛陽三閣。東本願寺大火後重新建造時，據說十分不順利。為搬運建築用材，欠缺繩索，女性信徒乃將美麗象徵的長髮捐出，將其編織成為粗大繩索，以作為搬運建材之用。
院內塑像這條直徑40公分、長110公尺、重一噸的“太綱”，現在仍於寺中走廊陳列著。寺內占地面積廣大，境內東西約200公尺、南北約400公尺，裡面排列著巨大的伽藍。其中左邊的阿彌陀堂祀奉著聖德太子及法然上人；中間的大師堂號稱有927塊褟褟米寬，供奉著親鸞聖人的御真影，據說是世界最大級的木結構建築物，而高27公尺的大師堂門與知恩院、南禪寺合稱京都三大門。其中“鐘樓”是從公元1602年創建時流傳至今日的。在東本願寺的右方，有東本願寺的別院涉成園，本來為平安時代天皇的寢宮。園內遍植梅花和櫻花，還有書院、庭園和小池，造景十分優美，是書院式的回遊庭園。
西本願寺
西本願寺西本願寺是淨土真宗本願寺派的大本山。文永9（1272）年創建於東山，天正19（1591）年遷至現址。它是日本京都最大的寺院，為日本佛教淨土真宗願派總寺院。西本願寺的建築反映了絢爛豪華的桃山時代的藝術風格。寺內安置有開山始祖親鶯聖人坐像。西本願寺內的唐門、白書院、黑書院、日本最古老的能舞台等是日本國寶級建築物，其它還有壁畫、枯山水樣式的虎溪庭院等精彩景點。飛雲閣與金閣、銀閣共稱為京都三閣，是日本國寶之一。西本願寺已列為聯合國世界文化遺產。清光緒九年（一八八三年七月），西本願寺別院上海分院（上海人稱東洋廟）從上海市北京路499號遷入武昌路三號（今武昌路380號）新址，人稱“東本願寺”，宣統二年（一九一○年）十月，在上海市四川北路1052號開設支院。
清光緒三十一（一九○五年）年八月，西本願寺又在文監師路（今塘沽路）114號開院。民國十九年（一九三○年）四月，在今乍浦路439號和471號，另建西本願寺上海別院，人稱“西本願寺”，由岡野重久設計，島津工作所承建。其建築形式仿東京築地的西本願寺（今乍浦路471號內）風格。解放後，439號由海洋局作海遠局作宿舍，現已改作民房使用。旁側471號改作虹口區健身房，其建築外貌基本保存完整。
地址：下京區掘川通花屋街
東本願寺
公元1602年，經德川家康將軍之令，從西本願寺獨立後創立。寺內占地面積廣大，排列著巨大的伽藍，位於中心的御影堂是世界最大級木結構建築物。今天的東本願寺在江戶時代曾遭大火，於明治年間重建，其正門“大師堂門”被稱為京都三大門之一，高76公尺，寬58公尺，寺院內的御影堂是世界最大級 .
東本願寺的拂塵日是世界上最浩大的清掃場面。從上午七時起，數百名義工開始清掃塌塌米，擦拭柱子與台階，刷掉一年積累下來的塵埃。
東本願寺東本願寺為佛教淨土宗大谷派總寺院，位於京都下京區。為征夷大將軍德川家康把原來的本願寺一分為二而建立。正殿建於1602年，大師堂建於1658年，後遭火焚。現存寺院重建於明治二十八年。大師堂相當於中國佛寺的大雄寶殿，南北76米，東西58米，高38米，高度僅次於奈良的東大寺，是京都最大的木造建築，也是世界最大的木建築之一。
東本願寺，位於亞洲日本，東本願寺位於京都東南角羅城的一側，從京都車站向北步行10分鐘即可抵達東本願寺，按中國古洛陽城東西寺對立而建，後西寺被毀。這是京都最大的木造大寺院。本寺周圍環繞水渠，東西的山門是大師堂正門，非常壯麗。東寺為密宗空海弘法大師之寺，有木結構的東寺五重塔，高57米，屬平安時代的重要古蹟，居日本木造五重塔之冠。寺內有許多佛像，多數為日本“國寶”。西本願寺是京都最大的寺院，其建築保存著中國盛唐及宋元時代的風格，宏偉壯麗，富麗堂皇。如被列為國寶的“唐門”，正面雕飾有唐代風格的獅子，側面雕刻著中國古代堯舜禪讓等故事，寺內的黑書院、白書院、招賢殿等處珍藏著許多中國古畫。
勢力
要說本願寺必須先說淨土宗，淨土宗創立於中國，印度的淨土崇拜（認為人生即苦，希望往生西方極樂淨土）傳到中國後，善導創淨土宗只拜阿彌陀佛，專念阿彌陀佛名號，念念相續不斷，以往生淨土為期。 淨土宗因簡單易行在中國傳播很廣，所以很多和尚口口聲聲“阿彌陀佛”就是這么來的。
淨土宗傳到日本後親鸞聖人據此創淨土真宗，親鸞聖人俗姓日野曾與公主有一段婚姻，所以本願寺僧人可以結婚。親鸞聖人將法主位傳女兒覺信，覺信以後就是大谷家做法主（本願寺法主是世襲的），但大谷家的法主都要認日野家為義父。八代法主蓮如在京都山科建山科本願寺，但不久就因教派之爭被比睿山僧人聯合六角家軍隊焚毀。十代法主政如在石山建石山本願寺，這就是戰國時代的本願寺本山。
因淨土真宗簡單易行，而且認為專度罪孽深重之人，所以在下層百姓特別是強盜、土匪中流傳甚廣。各地的本願寺為了防範盜搶組織了僧兵，於是一些地方就以寺廟為首發動了暴亂，還有一些地方更打著寺廟的旗號起義，這就是著名的“一向一揆”。一向宗在加賀起義並奪取了政權，成為了本願寺的宗教領國，因此本願寺的領地就是加賀 、石山。在政如以前本願寺本山與各地的一向一揆只有鬆散的聯繫，法主只是精神領袖而已。
在本願寺八代法主蓮如上人四處傳教光大本願寺家門，並使得本願寺的勢力迅速膨脹的時代，下間氏一族的多位子孫被本願寺登用，成為本願寺的家臣，並在本願寺家臣團內擁有穩固的地位。在這一期間，下間氏本身的子孫也是如大樹枝葉一般的繁茂而昌盛。而戰國時候賴良·賴資·賴總根據敕許被任命為本願寺的坊官，確立了在本願寺內外的地位。以坊官和門跡的地位，下間氏在本願寺家成為年寄和家老，主持家中的俗務。同時，在眾多的一向一揆中，下間氏的人們以武將的立場作為大將出征，並且在多次一揆中發揮了重要作用。《下間系圖》中記載的下間氏在本願寺奪取加賀領國，攻陷越前，以及和各大大名的戰爭中都表現非常活躍，下間一門的子孫也多有戰死和被處死的。
歷代門主
初代 親鸞聖人 1173.4.1～1262.11.28
俗家名：日野范宴，（生父日野有范）
他是藤原大織冠鐮足十七世後代，淨土真宗之開山鼻祖，受日本淨土宗師法然及中國淨土高僧學說之影響，在日本建立了富有日本特色的淨土真宗。傳說親鸞曾被公主逼婚，婚後又憤然出家，因其與世俗有染，所以淨土真宗的教義規定僧人只要心中有佛，娶妻生子又何妨，使日本佛教更加世俗化。對於一般信徒來說，不必死念經文，只要念誦“南無阿彌陀佛”這六字真言，將來即可成佛，佛教向簡約化發展，由於入教容易，淨土真宗很快就成為日本第一佛教教派。
次代 如信 1235～1300.1.4
親鸞——善鸞——如信——淨如——願入寺空如（其後代為願入寺家）
三代 覺如 1270～1351.1.19
俗家名：大谷宗昭
親鸞——覺信尼姑（丈夫日野廣綱）——本願寺覺慧——覺如（其後人俗家姓大谷，為本願寺家）
四代 善如 1333～1389.2.29
俗家名：大谷俊玄（養父日野俊光）
覺如——從覺慈俊（1296--1361養父日野俊光）——善如俊玄（以下沒註明家系的均與上代是父子關係）其家自從覺開始以京都貴族作養父，勢力漸漸達於宮廷。本願寺家族又年年向天皇進貢收來的香火錢，使貧脊的皇室得以正常運轉，因此得到了御門跡（皇家寺院）的稱號。
五代 綽如 1350～1393.4.24
俗家名：大谷時藝（養父日野時光）
六代 巧如 1376～1440.10.14
俗家名：大谷玄康（養父日野資康）
七代 存如 1396～1457.6.18
俗家名：大谷圓兼（養父廣橋兼宣）
八代 蓮如 1415～1499.3.25
俗家名：大谷兼壽（養父廣橋兼鄉）
日本戰國時代，各地軍閥征戰不止，為保護寺院財產，本願寺成立了自己的武裝部隊，由住持任軍隊首腦，其後各地農民信徒不堪戰禍侵擾，紛紛打著寺院的旗號發動起義，這就是歷史上被稱作一向宗動亂的事件。其中加賀地區的起義軍趕走地方政權，建立自製佛國將近百年。1496年，蓮如在今日大坂地區，建立石山御坊，是為軍事基地石山本願寺。（後來豐臣秀吉在此之上建立了大坂城）
九代 實如 1458～1525.2.2
俗家名：大谷光兼（養父日野勝光）
十代 證如 1516～1554.8.13
俗家名：大谷光教（養父九條尚經）
實如——圓如光融（1491—1521）——證如
十一代 顯如 1543～1592.11.24
俗家名：大谷光佐，正室（稱號為大里方）：三條公賴之女（三條公賴另一女嫁武田信玄）
1570，織田信長擁戴足利義昭進京，並對石山本願寺索要軍費，其實是藉口開戰；本願寺不允，信長的鐵炮部隊便浩浩蕩蕩開來，和本願寺調度的雜賀眾，進行了戰國史上罕見的洋槍大戰，史稱“石山戰爭”。顯如遂宣布信長為“法敵”，號召全國門徒發動暴亂，反對信長。本願寺更逐漸建聯合了上杉、武田、三好、淺井、六角、朝倉等大名成立“信長包圍網”，成為反對信長之政治、軍事中心。1576年，信長開始攻擊石山本城，本願寺急尋毛利家村上水軍救援，終於在木津口大敗織田水軍，但在1578年，織田家九鬼水軍擊敗毛利水軍，石山又受圍困，且失去了海上補給。到1580年，顯如見本願寺實力消耗殆盡，對抗信長已無希望，只好放棄，以讓出加賀和石山城為條件，在天皇之調解下同織田信長議和。織田與本願寺長達十年的戰爭以本願寺的失敗而告終。
十二代 準如 1577～1630.11.30
俗家名：大谷光昭
本願寺投降後，顯如遂隱居，由準如繼承門主。1591年，在豐臣秀吉幫助下，於京都崛川六條重新建立新本山，此後直到今天，都為本願寺之本山所在。當時，顯如之子教如因不滿其父同信長議和，乃與顯如脫離父子關係，在京都自立山門，為東本願寺，而準如之本願寺，稱西本願寺。至自，本願寺分為東西兩家。準如一脈的西本願寺法統，被稱為“真宗本願寺派”，仍以正統自居；教如一脈的東本願寺法統，被稱為“真宗大谷派”。東西本願寺同位於京都，已成為一道文化風景線。兩寺並列為日本國寶，而西寺更被聯合國教科文組織列為世界文化遺產。
十三代 良如 1612～1662.9.7
俗家名：大谷光圓，正室：九條幸家之女，繼室：桂宮智仁親王之女
十四代 寂如 1651～1725.7.8
俗家名：大谷光常
十五代 住如 1673～1739.8.6
俗家名：大谷光澄（養父大谷光常，生父九條兼晴）
十六代 湛如 1716～1741.6.8
俗家名：大谷光啟（養父九條輔實）正室：閒院宮直仁親王之女治子
十七代 法如 1707～1789.10.24
俗家名：大谷光闡（養父九條植基）
良如——本德寺昭尊——法如
十八代 文如 1744～1799.6.14
俗家名：大谷光暉（養父九條尚實）正室：二條宗基之女
十九代 本如 1778～1826.12.2
俗家名：大谷光攝（養父九條兼實）正室：二條治孝之女親子，繼室：二條治孝之女嬉子
二十代 廣如 1798～1871.8.19
俗家名：大谷光澤，正室：鷹司政熙之女祥子
文如——顯證寺暉宣——廣如
二十一代 明如 1850～1903.1.18
俗家名：大谷光尊伯爵（養父九條尚忠）正室：心光院枝子
女兒：武子（和歌家，九條良政男爵夫人）
兒子：木邊孝慈（錦織寺法主）
大谷光明（夫人九條道孝公爵之女紝子）
大谷尊由（內閣拓務大臣，北中國開發會社總裁）
二十二代 鏡如 1876.12.9～1948.10.5，1914退位
俗家名：大谷光瑞伯爵（養父九條道孝）正室：九條道孝之女籌子
曾先後三次率探險隊來華，竊走敦煌等地佛教寶物近七百件。
二十三代 勝如 1911.11.1～2002.6.14，1977退位
俗家名：大谷光照伯爵，正室：德大寺實厚之女嬉子
明如——大谷尊由（1886—1939）——勝如
二十四代 即如 1945～今
俗家名：大谷光真
