性質
日本國鐵 常因其名，而被 誤認作是由日本政府 直營的鐵路機構。事實上，日本國鐵的性質為 公共企業體（參見概述）。
組織
日本國鐵是將原本由 政府 機關經營的 國有鐵路部門 ，改制為以 獨立 利潤 制的 公共事業形式而設立的法人機構 ，因而與一般採用股份制的國營企業略有不同 ：其 最高負責人被稱為 “總裁” ，由日本內閣 直接任命 ；而其 最高治理機構則為 “理事會” ，與一般企業的董事會類似 。
歷任總裁
| 任次 | 姓名 | 任職時間 | 備註 |
| 1 | 下山定則 | 1949年（昭和24年）6月1日～1949年（昭和24年）7月6日 | 第一任日本國鐵總裁，於1949年7月5日早上上班途中神秘失蹤；其屍體於翌日在常磐線鐵軌上被發現，但是死亡原因至今不明。（詳見下山事件） |
| 2 | 加賀山之雄 | 1949年（昭和24年）9月24日～1951年（昭和26年）8月24日 | 因櫻木町事故引咎辭職 |
| 3 | 長崎惣之助 | 1951年（昭和26年）8月25日～1955年（昭和30年）5月13日 | 因紫雲丸事故引咎辭職 |
| 4 | 十河信二 | 1955年5月（昭和30年）14日～1963年（昭和38年）5月19日 | 因東海道新幹線建設經費問題辭職 |
| 5 | 石田禮助 | 1963年（昭和38年）5月20日～1969年（昭和34年）5月26日 | 高齡退休 |
| 6 | 磯崎睿 | 1969年（昭和34年）5月27日～1973年（昭和48年）9月21日 | 因上尾事件引咎辭職 |
| 7 | 藤井松太郎 | 1973年（昭和48年）9月22日～1976（昭和51年）年3月5日 | 因違法罷工問題引咎辭職 |
| 8 | 高木文雄 | 1976年（昭和51年）3月6日～1983年（昭和58年）12月1日 | 在改善日本國鐵經營的問題上受日本政府施壓辭職 |
| 9 | 仁杉嚴 | 1983年（昭和58年）12月2日～1985年（昭和60年）6月24日 | 在日本國鐵分割民營化的議題上因與日本政府產生對立而辭職 |
| 10 | 杉浦喬也 | 1985年（昭和60年）6月25日～1987年（昭和62年）3月31日 | 最後一任日本國鐵總裁 |
汽車客運事業
![國鐵巴士[特急“南國（なんごく）號”]](/img/9/2fa/wZwpmL4MDM3EDN1YjN4YDN1UTM1QDN5MjM5ADMwAjMwUzL2YzL1gzLt92YucmbvRWdo5Cd0FmLxE2LvoDc0RHa.jpg)
國鐵巴士[特急“南國（なんごく）號”]國鐵巴士（國鉄バス）（由日本國有鐵道自動車局經營）
船舶事業
宇高聯絡船用“土佐號”若有線路被水體隔絕時，則以 聯絡船（實際上就是火車渡輪）作為連線方式。
•青函聯絡船[連線青森站與函館站，在1988年（昭和63年）3月13日青函隧道啟用後停止運營。]
•宇高聯絡船[連線宇野站與高松站，在1988年（昭和63年）4月10日瀨戶大橋通車與瀨戶大橋線啟用後於1991年（平成3年）3月16日停止運營。]
•宮島聯絡船（連線宮島口站與宮島站，目前繼續運營中，由JR西日本宮島渡輪股份有限公司經營。）
•仁堀聯絡船[連線仁方站與堀江站，因為財政嚴重虧損，所以於1982年（昭和57年）7月1日停止運營。]
•大島聯絡船[連線大畠站與周防大島，在1976年（昭和51年）7月4日大島大橋通車後於翌日停止運營。]
醫院
•札幌鐵路醫院[現名JR札幌醫院，由北海道旅客鐵道（JR北海道）管理。]
•釧路鐵路醫院（廢院）
•青森鐵路醫院
•盛岡鐵路醫院（廢院）→盛岡鐵路健診中心[由東日本旅客鐵道（JR東日本）管理]
•仙台鐵路醫院（現名JR仙台醫院，由JR東日本管理。）
•秋田鐵路醫院（廢院）→秋田鐵路健診中心（由JR東日本管理）
•水戶鐵路醫院
•高崎鐵路醫院
•大宮鐵路醫院（廢院）
•千葉鐵路醫院（廢院）
•田端鐵路醫院（廢院）
•中央鐵路醫院（現名JR東京綜合醫院，由JR東日本管理。）
•新潟鐵路醫院（現名新潟鐵路健診中心，由JR東日本管理。）
•金澤鐵路醫院[1985年（昭和60年）3月31日廢院]→金澤健診中心[由西日本旅客鐵道（JR西日本）管理]
•長野鐵路醫院（廢院）→長野鐵路健診中心（由JR東日本管理）
•靜岡鐵路醫院（廢院）→靜岡鐵路健診中心[由東海旅客鐵道（JR東海）管理]
•名古屋鐵路醫院 [現名名古屋中央醫院（曾經被更名為JR東海綜合醫院），由JR東海管理。]
•大阪鐵路醫院（由JR西日本管理）
•大阪鐵路醫院梅田分院（廢院）→大阪鐵路醫院大阪保健管理部（由JR西日本管理）
•大阪鐵路醫院新宮分院[1985年（昭和60年）3月31日廢院]
•姬路鐵路醫院[1982年（昭和57年）3月31日廢院]→大阪鐵路醫院姬路分院診療所[1985年（昭和60年）3月31日廢院]
•福知山鐵路醫院[1955年（昭和30年）3月開院，1983年（昭和58年）3月31日廢院。]→福知山綜合診療中心[1983年（昭和58年）4月1日開院，1984年（昭和59年）3月31日廢院。]→福知山鐵路健診中心[在日本國鐵分割民營化以後由JR西日本管理，於1984年（昭和59年）4月開院，現已廢院。]
•米子鐵路醫院（廢院）→米子健診中心（由JR西日本管理）
•岡山鐵路醫院[在日本國鐵分割民營化以後由JR西日本管理，於1991年（平成3年）3月31日廢院。]→岡山健診中心（由JR西日本管理）
•廣島鐵路醫院（由JR西日本管理）
•下關鐵路醫院[1956年（昭和34年）11月1日開院，1982年（昭和57年）3月31日廢院。]→廣島鐵路醫院下關分室[1982年（昭和57年）4月1日開院]
•徳島鐵路醫院（廢院）
•四國鐵路醫院（廢院）
•門司鐵路醫院[現名JR九州醫院，由九州旅客鐵道（JR九州）管理。]
•熊本鐵路醫院（廢院）
•大分鐵路醫院
•鹿兒島鐵路醫院
改革
主詞條：日本國鐵分割民營化
由於 負債 等經營問題 ，1986年（昭和61年）11月28日，日本國會參議院大會通過 《日本國有鐵道改革法》 ，決定將日本國鐵 分割民營化 ，設立 由日本政府出資的JR集團和 日本國有鐵道清算事業團 。
其中，日本國有鐵道清算事業團負責承擔日本國鐵的 清算 事務，並且是最初持有 整個JR集團全部股份的 特殊法人 ；而至於JR集團，人們常將它與日本國鐵視作兩個 獨立的事業體 。
這次日本國鐵分割民營化由日本中曾根康弘內閣實施 ，是中曾根內閣自1986年開始進行的政治改革中的一部分 ，同時也是由日本自由民主黨所推動的一連串民營化改革中的一部分 。1982年（昭和57年），自民黨籍的中曾根康弘就任日本首相後，便開始大力推行 將公共事業 民營化 ；而攸關社會民生產業的 電電公社 、日本國鐵及專賣公社三個“公共企業體”（又稱“三公社”） ，則被列為民營化的 首要目標 。
1985年（昭和60年）4月1日，電電公社與專賣公社 率先進行民營化，而日本國鐵最終也於1987（昭和62年）年4月1日 依照《日本國有鐵道改革法》被分割民營化 ，成為如今的JR集團。
此外，在這次日本國鐵分割民營化的過程中， 運輸大臣 三冢博充分展示了他的才能 。
變遷
| 成立日期 | 國有鐵路事業體 | 政府主管機關 |
| 1870年4月19日（明治3年3月19日） | 民部大藏省鐵道掛 | |
| 1870年8月6日（明治3年7月10日） | 民部省鐵道掛 | |
| 1870年12月12日（明治3年閏10月20日） | 工部省鐵道掛 | |
| 1871年9月28日（明治4年8月14日） | 工部省鐵道寮 | |
| 1877年（明治10年）1月11日 | 工部省鐵道局 | |
| 1885（明治18年）年12月22日 | 內閣鐵道局 | |
| 1890（明治23年）年9月6日 | 內務省鐵道廳 | |
| 1892年（明治25年）7月21日 | 遞信省鐵道廳 | |
| 1893年（明治26年）11月10日 | 遞信省鐵道局 | |
| 1897年（明治30年）8月18日 | 遞信省鐵道作業局 | |
| 1907年（明治40年）4月1日 | 遞信省帝國鐵道廳 | |
| 1908年（明治41年）12月5日 | 內閣鐵道院 | |
| 1920年（大正9年）5月15日 | 鐵道省 | |
| 1943年（昭和18年）11月1日 | 運輸通信省鐵道總局 | |
| 1945年（昭和20年）5月19日 | 運輸省鐵道總局 | |
| 1949年（昭和24年）6月1日 | 日本國有鐵道 | 運輸省鐵道監督局 |
| 1987（昭和62年）年4月1日 | JR集團 鐵道通信 新幹線鐵道保有機構 日本國有鐵道清算事業團 | |
| 1991年（平成3年）7月1日 | 運輸省鐵道局 | |
| 2001年（平成13年）1月6日 | 國土交通省鐵道局 | |
注釋
① 鐵道通信於1989年5月1日 與日本電訊合併，現已 併入軟體銀行電訊。
② 新幹線鐵道保有機構於1991年10月1日 解散，曾先後 改組為 鐵道整備基金與 運輸設施整備事業團，現為 鐵道建設運輸施設整備支援機構的一部分。
③ 日本國有鐵道清算事業團於1998年10月22日 解散，成為 日本鐵道建設公團屬下的 國鐵清算事業本部；日本鐵道建設公團於2003年10月1日解散後，國鐵清算事業本部的業務 被併入 鐵道建設運輸施設整備支援機構。
