歷史
協恩中學協恩中學的歷史可追溯至1886年，英國傳道會創辦女子漢文學校—飛利女校。該校設於般鹹道，創校目的是為華人基督徒的女兒們教授基本知識。其後曾跟聖士提反女子中學一同遷往巴丙頓道同一校舍，但兩校依然獨立運作。而聖士提反女子中學於1924年遷往列提頓道後，飛利女校於五年後增建東翼校舍，並開設中學部。
1936年，奉教育司及聖公會教區之命，飛利女校與另一間聖公會女校：維多利亞女校暨孤兒院（同樣創立於1886年，位於九龍城農圃道）合併創立新校，除解決兩校發展空間不足的問題外，並藉此見證上帝恩典。
1936年10月23日，正當飛利和維多利亞兩校在慶祝各自的金禧校慶之際，時任香港總督郝德傑為位於農圃道的新校主持奠基禮。校舍於翌年5月18日落成，由何明華會督主持獻校禮；並於翌日正式上課。新學校取名為“協恩”—取“兩校協作以見證神恩”之意；而校訓更加說明了校名當中的意義：“協力藉恩，信主愛群”。
現在已成為了香港114間英文授課中學（即EMI學校）其中之一。
重要里程
1886年：聖公會接管學校，交予莊思端女士，並將學校命名為飛利女學校。
1936年：校舍的基石奠於農圃道校園。張陳儀貞女士獲委任為協恩中學首任校長。
1941年：學校因日軍侵略香港被迫關閉。
1946年：校舍於一月由英軍交還協恩中學。學校於二月重開，有男女學生共309人。
1948年：體育館揭幕。
1957年：小禮拜堂啟用。
1958年：張陳儀貞女士以校長身份領導學校22年後榮休。張盧璞卿女士獲委任為第二任校長。
1963年：開設中六文科及理科班。
1965年：校園拓展工程竣工。
1966年：協恩首批學生（共三名）考入香港大學。
1971年：白約翰會督為大禮堂及圖書館式揭幕。
1972年：關閉協恩宿舍。
1974年：首批中七社會科學班學生報考高級程度會考，為升讀香港大學社會科學院作準備。
1978年：張盧璞卿校長擔任協恩中學校長20年後榮休。黎韋潔蓮女士獲委任為第三任校長。
1981年：游泳池啟用。
1983年：學校增添三個網球場和一個排球場。
1984年：教堂旁邊的花園和籃球場側的跑步徑建成。協恩贏得歐米茄玫瑰杯（比賽自2002年起易名為中銀香港紫荊杯），自此一直是港九地域女子組總冠軍。
1985年：國小部的操場建成。
1986年：金禧樓啟用。協恩慶祝50周年紀念，分別於香港大會堂舉行音樂會及在校內舉行為期兩天的展覽。
1991年：校舍完成安裝空氣調節設備。
1993年：金禧樓頂樓工程竣工。地理室遷入這座新教學樓。
1994年：圖書館面積倍增。
1996年：由中學、國小及幼稚園合辦的音樂會於1996年7月在文化中心音樂廳舉行，慶祝協恩中學創校60周年。
1998年：圖書館電腦化。協恩中學設立內聯網，每位協恩學生均獲編配一個帳戶。
1999年：投資港幣250萬元發展LAN系統，分別在圖書館及多間特別室安裝16台及72台電腦。
2002年：黎韋潔蓮校長領導學校24年後榮休。劉李國建女士接任為校長。學校改善工程展開。
2005年：學校改善工程竣工，多用途教學大樓落成。大樓設有文吳泳沂體育館、葉盧慶元學生活動中心及由校友捐獻而成的SororityGarden。此外，金禧樓內的黎韋潔蓮校長劇院亦告落成啟用。
2006年：慶祝協恩70周年，於3月份舉行“春天的繆思”（展示學校的戲劇作品）、7月份於沙田大會堂舉行“榮耀頌”音樂會和“追尋真善美”協恩70周年戲劇之夜，以及在10月份舉行感恩崇拜及晚宴聚餐。圖書館重新裝修後易名區林瑞蘭紀念圖書館。
2011年：協恩成立鑽禧紀念
2011年：向教育局申請於2012年轉為直資學校，獲接納。
2011年：校長劉李國建於處理轉直資事宜期間突然因家庭需要向陳衍昌牧師辭任校長一職，於9月1日正式離職，並由副校長李鎮洪升任其校長職務，成為歷來首名男校長。
文體活動
學校現有16個運動隊伍、3個樂團、中文和英文辯論隊、1個活躍的劇社及逾60個分別與語文、人文研究、視覺藝術、科學、社會服務和領袖訓練有關的輔助項目。這些項目旨在推動創新和創意，重點講求同儕互相支持、個人責任感和投入感，而容許學生按其不同水平的能力，分層次進行學習。
校園刊物及創作
協恩中學每年都會出版一本名為《思齊》的校刊（英文名稱為《Vintage》），由校內一個全由學生擔任的編委會（EditorialBoard）負責編輯及設計，並於每年學年尾出版。另外，編委會每年也負責出版一本名為《Flourish》的小本，裡面紀錄了該學年學生在各項比賽中所奪的獎項和獎學金。校方大力推動學校的寫作文化，鼓勵同學多寫作，因而該校設有中文和英文校報，每年不定時出版幾份刊物。中文版的校報名為《聚曦》，而英文版則名為《Gatherine》。英文版也設有網站，供同學重溫以前的文章。
著名校友
娛樂界
佘詩曼：1997年香港小姐季軍
鄧萃雯：香港電視演員
樂易玲：電視廣播有限公司製作資源部總監
陳淑蘭︰1988年香港小姐亞軍
翁嘉穗：1997年香港小姐冠軍
陳美詩：香港電視藝員、電影演員、歌手、節目主持人、模特
劉雪華：電視演員
單慧珠︰香港電台導演
李姿敏︰（2002年中三）2009年香港小姐亞軍
鄭 融︰歌手（F.1-3）
何雁詩︰歌手，超級巨聲參賽者
陳僖儀︰已故香港女歌手
文化界
崔妙姍︰（70年代中學畢業）作家及基督教金書獎得主
關秀瓊︰（筆名：余非；80年代預科畢業）作家
陳碧霞︰（90年代畢業），入讀中大新聞系，現任《星島日報》助理採訪主任
李嘉齡：（90年代中五畢業）2005年國際蕭邦鋼琴比賽第6名
張 彥：筆名西西，香港作家、編輯
胡雪麗：《新報》社長。胡雪麗曾為電影血玫瑰任編劇。血玫瑰（1988）為成人III級電影類別，該片導演為藍乃才，演員有王小鳳，林正英，金燕玲[2]
陳宇凰：前now寬頻電視財經資訊部主播，陳宇寧胞姊
劉紫鳳：有線新聞主播
李朗怡：無線新聞記者
專業界
張慧玲︰（70年代預科畢業）高等法院法官
余國慧︰香港律師、現職香港特別行政區律政司“政府律師”，檢控（公訴）工作中擔當檢控官
招秉茵︰香港大律師、現職香港特別行政區律政司“政府律師”，檢控（公訴）工作中擔當署任高級檢控官
程德君︰（90年代畢業）聖母醫院醫生、無國界醫生義務工作者
陳可恩︰廣華醫院外科駐院醫生
余古少賢︰（70年代中五畢業）香港理工大學套用社會科學系助理教授；註冊教育心理學家
梁若芊博士︰（70年代預科畢業）香港大學學生輔導總監；臨床心理學家
政經界
俞 化︰譽邦投資亞洲有限公司董事總經理
趙潔儀︰醫院管理局公積金計畫辦事處副總監
莫宜端：勞工及福利局政治助理
體育界
蔡曉嵐：前香港短跑代表
陳宇寧：香港女游泳選手，前香港游泳紀錄保持者
陳敏儀：前香港長跑代表
醫學界
陳可恩：（2000年預科畢業）廣華醫院外科駐院醫生
宗教學校一覽
| 宗教院校分為高等和中等。高等宗教學院學制為4年以上，畢業生學歷為本科以上；中等宗教學校學制為2至3年，畢業生學歷為中專或大專。 |
