簡介
建築位於奎文閣後，專為保存封建皇帝御製石碑而建，習稱“御碑亭”，南八北五，東西排列。形制大同小異，重檐歇山，黃琉璃瓦頂，平面呈方形，三間見方，明間開敞，稍間砌牆。亭記憶體唐、宋、金、元、明、清、民國石碑55塊。其中金代碑亭2座，約建於金明昌二年至六年（1191年—1195年）的大修工程中，是孔廟現存最古老的建築；元代碑亭2座，分別建於元大德六年（1320年）和元至元五年（1339年）；清代碑亭9座，其中御製碑亭5座，遣官致祭碑亭4座，分別建於康熙、雍正、乾隆年間。
十三碑亭內碑文的內容均為歷代帝王、大臣們修廟、祭廟、告廟之類的記錄，極具史料價值。其中有蒙古文、滿文與漢文對照碑，通過十三碑亭可窺見出歷代帝王豪門的尊孔祭祀、孔廟修建沿革發展的歷史。
在孔廟內1172塊碑刻中，按其重量來說，最重的一塊碑應數清康熙二十五年所立的康熙御製碑（位置在大成門前東側），該碑重35噸，連同贔屓水盤共達65噸之重。此碑的石料采自於北京的西山，當時從北京將碑刻好後，沿京杭大運河從通州運往濟寧，中間用了兩個多月的時間。然後又從濟寧運至曲阜，徵用了民工600人，耕牛443頭。濟寧到曲阜90華里，趁冬季寒冷，在行進的道路上潑水使其結冰，巨大的碑身與石刻從冰上滑行前進。文獻上講每天走臥牛之地，這樣90華里路行運了整整十五個晝夜，耗費庫銀600餘兩。
在此院內，除十三碑亭外，東南、西南兩角的露天碑群，加上北面廊下的石刻，仿佛構成碑林。這些石碑均為歷代帝王、大臣們修廟、祭廟、謁拜的內容。從書法上看，書體嚴謹，石石不同，風格筆法，各有千秋。另有幾幢石碑從不同側面記載了元末紅巾軍、明正德年間劉六、劉七，明末徐鴻儒等農民起義的情況，是研究中國農民戰爭史的珍貴的歷史資料。
此院東、西各有一門，東為“毓粹門”，西為“觀德門”，俗稱東、西華門。始建於金代，供祭孔時出入方便而設，歷代均重修。現存系明代建築。
碑亭建造特點
十三碑亭的建築奇觀“勾心鬥角”在十三碑亭院內出現了雙檐穿插交錯的擁擠現象。因此有人說這種建築結構犬牙交錯，兩角相頂，巨檐相交，是古建築學上所講的“勾心鬥角”。“勾心鬥角”是碑亭建築中的奇觀，這種犬牙交錯的建築模式，也只有在孔廟十三碑亭的院落里才會出現。這種匠心獨具的建築美學，巧妙地解決了空間狹窄所造成的擁擠現象，不僅顯示了古人高超的建築技藝，更以一種文化現象留給後人不盡的思索。
各亭石碑多以似龜非龜的動物為趺，名曰贔屓（bi,xi)，據說是龍的兒子。傳說龍生9子，各有所能，贔屓擅長負重，故用以馱碑。十三碑亭中最早的是兩幢唐碑，一幢是立於唐高宗總章元年（公元668年）的“大唐贈泰師魯先聖孔宣尼碑”，一幢是立於唐玄宗開元七年（公元719年）的“魯孔夫子廟碑”，皆位於南排開東起第六座金代碑亭中。最大的一幢石碑是清康熙二十五年（公元1686年）所立，位於北排東起第三座碑亭內。這塊碑約重35噸，加上碑下的贔屓，水盤，約重65噸。這塊石采自北京的西山，在當時的技術條件下，能將此碑安然運抵千里之外的曲阜，不能不使人驚嘆。當時從北京將碑刻好，然後沿京杭大運河從通州運往濟寧，中間用了兩個多月的時間。然後又從濟寧運往曲阜，濟寧到曲阜 90華里，徵用了民工600人，耕牛443頭，趁冬季寒冷，地上潑水結冰，碑從冰上滑行，文獻上講每天走臥牛之地，這樣90華里路運了整整十五個晝夜，耗費庫銀600餘兩。
石碑藝術歷史價值
此院的東南、西南部，各有一片叢林似的碑碣。北牆朱欄內還鑲著大量刻石均為歷代帝王大臣們修廟、謁廟、祭廟後所刻。如從書法藝術上來看，真草隸篆，各有千秋。另有幾座石碑從側面記載了元末紅巾軍、明代中期劉六、劉七、明末徐鴻儒等農民起義的情況,是研究農民革命歷史難得的珍貴史料。
古樹十三碑亭院兩側，東建毓粹門，西建觀德門，供人出入，人們依照皇宮之名，稱為東、西華門。這是孔廟的第三道偏門。
