建築布局
第一進大門南北開,東牆為一磚雕花卉照壁,院中心高聳異角飛檐、斗拱重疊木牌樓1座,兩廂新建有接待廳。穿過“五間樓”二門,二進院中心為一精緻石牌坊,中鐫“天監在茲”4字。其後兩側有雕龍碑樓兩座,碑樓前面分別為萬曆三十四年(1606)《敕賜重修清修寺碑》和乾隆三十三年(1768)《敕修清真寺碑》;後面各為米芾“道法參天地”和董其昌“敕賜禮拜寺”斗書。三道門相傳為早期“敕修殿”,是該寺最早的禮拜殿,與兩側垂花門連成一體。該殿現已成為過道,內藏阿拉伯文、波斯文、漢文碑石數方,其中以明景泰六年(1455)《長安禮拜寺天相記碑》及清雍正十年(1732)所立阿文“月碑”較為名貴。
第三進院內兩廂為北講堂、南接待廳和沐浴室等。院中心聳立1座3層八角攢頂木構“省心樓”,其後兩側各建有碑樓。第四進院門俗稱“連三門”,滿花磚雕,堪稱珍品。入內即為全寺主體院落,分為前後兩部分。前院為一庭院布局,正中建有形似鳳凰殿翅之“鳳凰亭”1座,兩旁為南北議事廳。亭西石欄甬道外側建有海棠形魚池各1,另有碑亭兩座。碑亭及南議事廳內藏有王釒共碑、明嘉靖五年(1526)《敕賜清修寺重修碑》和洪武二十五(1392)年創寺敕命碑等。後院高起處是一寬敞月台,由5座石門和石欄圍起,下面即明七暗九開間禮拜大殿,碧瓦琉璃,錐形鎏金頂,明柱雕花隔隔門,極為肅穆壯觀。殿前兩側內山牆為巨幅磚雕花卉。檐內斗拱內外懸有阿文“清真言”及明成祖保護清真寺敕諭等牌匾。大殿前殿系勾連搭建構,正西相接3間正方形後殿,深邃幽幽,可供2000人禮拜。殿內滿布藻井天花600餘幅,各呈花葉圖案,中心為阿文經文,形似篆體。入殿門有“欽若昊天”和“能有有有”兩匾,明柱上懸有80字瓦形牌長聯,以“獨”、“無”稱頌安拉德性,頗涵哲理。後殿“米哈拉布”(壁龕)周圍,由滿花圖案與庫法體經文飾滿牆壁,莊嚴超凡,使人凝息。由殿前兩側月洞門進入,有石欄圍繞大殿兩側,殿後堆起高阜1座,相傳為建寺時所遺余土,以作齋月前後登望新月之處。該寺月台外南牆外有一“六月雪石”,狀如雪峰。月台上還有日昃、清宮石等。
珍藏物品
寺內還藏有手抄本《古蘭經》、宗教繪畫、阿文書法中堂和條幅、示意《麥加圖》、各種經匣和香爐以及大殿內楠木“虎圖白樓”等,均為中國伊斯蘭教珍貴文物。相傳該寺過去有教民800餘戶,有完整的管理制度。寺內曾設有經文大學,清代以來經學人才輩出,為經堂教育“陝西學派”的中心。新中國成立後,政府曾幾次撥款修葺添建。現列為陝西省文物保護單位。