胡塞佩·德·里貝拉的油畫童年及少年時期
方濟生於1181年前後，原名若望·伯爾納道奈，他父親後來把他改名為方濟各。他的父親伯多祿是個富有的布料商人。他母親Pica則少有記載。方濟各有數個兄弟姊妹。
由於不滿於他父親的企業還有對物質欲望的追求，方濟將他少年時期多半時間花在讀書上面，其中還包含拉丁文。方濟本還因為飲酒以及喜歡和他多半有貴族背景的朋友在一起玩樂出名，不過他很早就對現實周遭環境有所領悟，這從一個他和乞丐的故事中可以看出來。在那故事中，當他在和朋友出遊時碰到了個要求施捨的乞丐，他的朋友對那乞丐視若無睹，但方濟卻把他當時身上所有的東西都給了那乞丐。他的朋友因此譏笑他這行為的愚蠢，而當他回家後他的父親為這件事大發雷霆。
在1201年方濟加入了軍隊抵抗佩魯賈，被抓起來當戰犯關了一年。大概是這段時間，方濟的思想開始變為嚴肅。
當方濟剛開始迴避他原來的朋友不和他們出遊時，他們開他玩笑問方濟說是不是想要結婚了，方濟回答說：「是的，而她比任何一個你們看過的新娘還要漂亮」—方濟指的是「貧窮」女士：方濟後來常用這詞。
方濟花很多時間隱居修道，要求天主開導他。由此方濟也作犧牲去亞西西附近的麻瘋病院照顧一些最可怕的病患。
在去羅馬朝聖要求教會幫助窮人之後，他看到一個異象，有個聲音呼叫他重整開始破裂的耶穌教會。方濟本來以為這是重建阿西西旁倒塌的聖達米盎教堂，所以方濟把他的馬還有一些父親店裡的布料賣掉，捐錢給教堂神父重建教堂。
方濟父親非常憤怒，為了要使方濟回頭，他首先恐嚇然後用體罰，在主教的陪同下和父親的最後一次談判中，方濟放棄所有從他父親來的東西，連身上的衣物都還給父親。方濟因此有段時間成為無家可歸的遊民遊蕩在亞西西的山區中。
方濟後來回到城鎮後待了兩年，在這段期間修建了不少教堂，其中包括在亞西西郊外的聖馬利亞天使堂的小堂，這裡後來成為他最喜歡的去處。
修會的初期
在這段時間後（照約旦·卡達拉尼的記載是1209年），新約聖經馬太福音第十章第九節對他造成了很大的影響，使他決定終生要神貧。那段福音的故事是耶穌告訴信徒要他們出去宣揚天國的來臨，他們宣揚時不需要帶錢，連走路的柺杖都不用帶，而且他們也不要穿鞋。
方濟穿著粗布衣服，赤腳，而且照著聖經的說法連柺杖也沒有，四處呼籲大家要反省悔過。很快的城內有名望的人士伯納多·昆特瓦雷把所有財產都貢獻出去來跟隨他，而在一年內陸續加入有將近十一個跟隨者。他稱這些跟隨者為「fratres minores」，在拉丁話中「小兄弟」的意思。方濟會修士有時候會被稱為Friars，這是由拉丁話的兄弟「fratres」轉來的。
方濟追隨者住在亞西西旁曲河的麻瘋病院裡，但他們花很多時間在翁布里亞山區間傳教。他們總是很高興地傳教，而且常常唱歌，可是他們的講道詞讓人產生很深的印象。
聖方濟各與大自然
很多方濟生平的故事是和他對動物的愛有關。關於方濟對於大自然的關懷最有名的故事大概是在小花（Fioretti）一書中提到的，說到關於方濟和鳥的故事。小花一書蒐集了在聖方濟各死後的多種傳聞及民間故事。一天聖方濟和他的伴侶們在旅途上看到了路的兩邊的樹上有很多鳥，他告訴他同伴們說「你們等我，我要去對我的鳥姊妹傳教。」鳥在他傳教的時候圍繞著他，被他的聲音吸引，一隻都沒有飛走。聖方濟各對他們說：
「我的鳥姊妹，你們受助於天主太多了，所以你們一定要隨時隨地感謝上主。為了他給你們自由在天空飛翔，為了他給你們衣裳……你們不用耕種不用收割上主就餵了你們，給你們河流和泉水止渴，給你們山谷遮蔭，給你們高樹築巢。你們雖不知道如何縫紉或編織，上主就幫你和你後代制好了衣服。因為主如此愛你們，他對你們滿是恩惠。因此，永遠要讚美天主」
由於方濟與動物的親近，也導致他的慶日（10月4日）成了世界動物日。
聖方濟各主要文獻
對太陽弟兄的頌歌，(Canticum Fratris Solis)
十字架前的禱詞, 1205（以本來翁布里亞方言寫成，今有現代拉丁文譯版）
早期的規範，(Regula non bullata), 1221
後來的規範，(Regula bullata), 1223
證詞，1226
勸戒
