郭沫若除詩歌女人以外，另一大愛好是挖掘皇帝陵墓。對郭沫若而言，能夠親身開啟皇陵帝冢，親眼看到裡面埋藏的稀世珍寶，親手記錄下前所未有的珍貴史料，是畢生所願所求。
因而，建國後不久，郭沫若等人就力主發掘皇帝陵墓。最初的方案是對明成祖朱棣的長陵進行考察，但由於考古界反對聲浪太大，於是改為發掘萬曆皇帝的定陵。
萬曆皇帝朱翊鈞這個人很有意思，在中國幾千年歷史中，萬曆開創了三十年不上朝的紀錄，他也因此被史學家們評為昏庸無道之主。但實際上，萬曆在登基早年，是一位勤政愛民的明君，支持張居正推行改革，一度出現“萬曆中興”的盛況。
但這樣的境況沒有持續多久，一夜之間，萬曆就好像突然間變了一個人。《明清史講義》中記載，萬曆主政的後期“怠於臨朝，勇於斂財，不郊不廟不朝者三十年，與外廷隔絕”，很多政令均以指令形式發出，不與朝臣溝通，以至於很多中樞大臣當了幾年的官，都沒見過皇帝長什麼樣子。
但奇怪的是，一個皇帝三十年不祭天、不祭祖、不上朝，朝政上卻沒有發生過什麼大的動盪，既無外戚專權，也無宦官釀禍。若說萬曆真的是昏庸無能之主，這幾點都是說不過去的。
由於沒有其他更詳細的史料記載，萬曆皇帝昏庸無道的說法被蓋棺定論的數百年之久，直到郭沫若等人開棺查看，才發現了萬曆皇帝以前不為人知的秘密。
根據參與現場發掘人員後來的記述，棺內萬曆皇帝屍骨的左腿伸直，在右腿卻呈畸形的彎曲形狀，且右腿比左腿要短，明顯是足部有疾的表征。
這一點在萬曆首輔申時行的記述中也能得到印證，萬曆曾對大臣們解釋說自己不上朝是因為“足心疼痛、步履艱難”，到後來出現面部浮腫，大臣們卻說是因為萬曆飲酒過多導致。萬曆在當時自然是百口莫辯，但這些如果放在今天來看，很明顯是中年人痛風性關節炎發作的特徵。
所以事實的真相很有可能並非是歷史學家所說的那樣，萬曆皇帝因朝中無人可用而心生倦怠，荒廢朝政，而是因為中年時期得了痛風，腳底不便故而無法上朝。儘管萬曆仍依靠自己的政治智慧維持了朝廷數十年的正常運轉，仍逃不過被史學家們評為昏君的命運。
郭沫若等人此次考古工作的最大成果就是幫萬曆皇帝申了冤，但由於文物保護工作做得極不到位，導致許多珍貴歷史文物遭到人為破壞，連萬曆皇帝的屍骨都沒有完整保存下來，給史學界和考古學界造成了重大損失。
因此，後來郭沫若主張挖掘武則天的乾陵的時候，周總理高瞻遠矚，駁回了這一計畫，才使得這一千古帝陵，免遭了萬曆陵墓一般的噩運。
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