分為耦合、切割、萃取、轉化、鑑定等幾個步驟。首先在pH9.0的鹼性環境下,將異硫氰酸苯酯(Ph—N=C=S,PITC)和蛋白質或多肽N端胺基酸耦合,形成苯氨基硫甲醯(PTC)衍生物;然後以三氟乙酸(TFA)處理耦合後產物,將多肽或蛋白的N一端第一個肽鍵選擇性的切斷,釋放出該胺基酸殘基的噻唑啉酮苯胺衍生物;隨後萃取出釋放的胺基酸衍生物並在強酸性條件下轉化為穩定的乙內醯苯硫脲胺基酸(PTH-胺基酸);最後以色譜法鑑定出降解下來的PTH-胺基酸種類,從而得到蛋白質或多肽N端序列信息。Edman降解法的優點是異硫氰酸苯酯與所有胺基酸殘基的反應產率和回收率都相當高,因此反應副產物少,用色譜可以準確鑑定。而且對大多數胺基酸殘基而言,30 min的耦合反應時間、5 min的切割反應時間都已足夠。
特點:從N-段依次對胺基酸進行鑑定