特性
P. Edman降解測序主要涉及耦聯、水解、萃取和轉換等4個過程。首先使用苯異硫氰酸酯（PITC）在pH9.0的鹼性條件下對蛋白質或多肽進行處理，PITC與肽鏈的N-端的胺基酸殘基反應，形成苯氨基硫甲醯（PTC）衍生物，即PTC-肽。然後PTC-肽用三氟乙酸處理，N-端胺基酸殘基肽鍵被有選擇地切斷，釋放出該胺基酸殘基的噻唑啉酮苯胺衍生物。接下來將該衍生物用有機溶劑（例如氯丁烷）從反應液中萃取出來，而去掉了一個N-端胺基酸殘基的肽仍留在溶液中。萃取出來的噻唑啉酮苯胺衍生物不穩定，經酸作用，再進一步環化，形成一個穩定的苯乙內醯硫脲（PTH）衍生物，即PTH-胺基酸（下圖）。
留在溶液中的減少了一個胺基酸殘基的肽再重複進行上述反應過程，整個測序過程現在都是通過測序儀自動進行。每一循環都獲得一個PTH-胺基酸，經HPLC可以鑑定出是那一種胺基酸。Edman降解的最大優越性是在水解除去末端標記的胺基酸殘基時，不會破壞餘下的多肽鏈。
當蛋白質中含有一個或多個半胱氨酸殘基時，有時一對半胱氨酸殘基會通過二硫鍵交聯。在這種情況下測序，首先要經過處理（如用過甲酸處理）切斷二硫鍵，然後再進行Edman降解測序。
