基本做法
集中核算1、會計業務決策者與執行者的分離。以往會計做假行為的發生，多數是會計業務的決策者即單位的領導指使，會計人員出於行政上的領導關係或自身利益需要而具體操作。而會計集中核算模式則使會計業務從各單位的內部處理變為會計核算中心的集中處理，會計人員的隸屬關係與單位分離，單位領導不可能指使會計集中核算機構的會計人員做假，這種管理模式使想做假卻沒人去做。
2、財務審批與會計監督的分離。過去多數部門的財務機構設定是財務管理與會計核算融為一體，財務部門負責人既是財務審批人也是會計人員，在會計事項處理上經過部門負責人審簽同意的原始憑證，既表示符合財務制度的財務審批又表示符合會計處理規範的會計監督審批。這種集雙重職能為一身的管理方式，缺乏財務與會計的相互制約，使單位內部的會計舞弊行為成為可能。實行會計集中核算後，財務審批職能由單位行使，會計監督職能由會計核算中心行使，在審批責任人和實際操作人上形成分離，通過雙重製約職能的建立，使得想做假也沒人敢做。
集中核算4、會計業務處理的過程公開。在過去的分散核算形式下，會計業務的處理過程是封閉的，對會計業務的知情範圍非常有限，往往只有一、兩個人知道。在會計集中核算形式下，一項會計業務處理，至少要經過單位的經手人、證明人、財務審批人和報賬員、會計核算中心的審核會計、記賬會計和會計主管等七個環節，對數額較大的還要經過單位的主管領導、會計核算中心的分管領導等審批。整個業務處理過程又是在“一站式辦公，櫃組式作業”的運作方式下進行。知情範圍的擴大，運作過程的公開，變“暗箱操作”為“陽光作業”，從運作機制上就形成了對舞弊行為的有效遏制。
存在的問題
集中核算1、會計監督工作存在盲點。會計集中核算形式下，會計人員脫離了各委派單位的實際業務工作，很難詳細了解情況；一個核算人員又同時負責多個單位賬務，無力全局掌握每個單位業務細節，行使會計監督的職能有一定難度。具體說，核算站實行大廳式作業和核算站辦公的工作模式，單位計畫買什麼，花多少錢，是否真正產生這項經濟業務，單位在沒有去核算站報賬前，會計人員一無所知。會計人員對單位資金的使用，只能在單位來核算站報賬時進行監督。這種監督只能稱做事後監督。目前核算站己經實行了會計電算化，要做到賬證、賬賬和賬表三個一致很容易。如果三者不一致，微機就不執行下一個程式，並且電腦還會自動給操作者以提示。而要做到賬實相符，則相當困難。單位報賬時，會計人員只能根據單位報來的單據是否合法來判斷。只要單據合法有效，不管單據上反映的經濟業務是否真實，會計必須辦理報銷業務。所以說，會計集中核算後會計信息的質量得不到制度上的充分保證。
2、不能完全堵塞經費支出漏洞。節約財政支出，從源頭上預防和治理腐敗，是實行會計集中核算的出發點。核算站由於對單位的經濟業務缺乏必要的了解，對單位報來的票據只能從兩個方面進行監督審核：一是看有沒有單位領導的簽字，是否與預留核算站的印鑑相符；二是看單位拿來的票據是否合格。這種監督審核，實質上只能做到以單據論單據。如果上面兩點都符合要求，即使單位用合法的票據套取現金，核算站也無法控制，不合理支出不會減少，漏洞不能完全堵塞，腐敗行為照樣發生。另外，核算站設備購置費、正常運轉費和業務單位各種憑證資料的購置費，也是一筆不小的開支。
3、核算中心人員少，工作量大。實行會計集中核算後，由財政部門在銀行開設統一核算賬戶，集中辦理資金收付，各單位的財務工作主要都集中在會計核算中心。從目前各地會計核算中心的運行情況來看，都普遍存在著核算中心人員少、工作量過大，報賬員在核算站報賬等候時間較長，部分單位領導不夠理解，從而使單位與委派會計之間造成一些矛盾，特別是核算業務量較大的核算中心，這些矛盾更加突出。
4、核算中心制度建設滯後於業務的發展。會計核算中心成立時間較短，各項規章制度還不能完全適應不斷發展的業務要求，某些方面已經制約了會計業務的發展，主要表現有：一是核算中心職能定位與會計人員職責定位銜接不緊。核算與監督、管理與服務是會計核算中心的基本職能，究竟誰是第一位誰是第二位，實踐過程中，會計人員履行職責時常處於左右為難的尷尬境地。二是會計人員的思想政治工作缺乏針對性和實效性，會計人員堅持制度和原則的底氣不足。三是控制會計人員的崗位風險缺乏長效機制。
基本對策
集中核算1、轉變會計職能，從核算型向管理型轉化。目前會計核算中心的主要工作是資金支付和會計核算，如果將會計核算中心僅僅作為一個記賬機構是遠遠不夠的，更要著重預算執行信息的反饋和控制。必須加強預算資金支付的事前控制，在決定資金支付之前應確定是否應該支付、如何支付，而不能到支付完了事後才來明確。核算中心工作人員在收到預算單位支付申請後應確定是否可以支付，如何支付，然後才通知銀行付款。會計核算中心的發展，必須要從核算型向管理型轉變，儘快扭轉將核算中心視作單純的核算機構的觀念。
2、正確處理現行開支標準與實際支出的關係。在會計集中核算實踐中，現行行政事業單位開支標準與具體繁雜的實際支出有一定的差距，如何把握好既堅持規章制度，提高資金使用效益，又實事求是地處理好實際開支的報銷問題，以保證單位正常業務活動的開展，這是對核算中心工作人員業務素質和職業判斷能力的嚴峻考驗。一方面，如果對超出標準的開支一律不予報銷，則有可能影響各部門、各單位行政任務的完成和各項事業的發展；另一方面，統一財務制度開支標準是行政事業財務工作中正確處理事、人、錢、物四者之間關係的主要依據和標準。如果對超出規定的開支只要單位領導審批後就一律報銷，這不僅違背了財務制度，放棄了會計監督，而且還可能助長不正之風和腐敗現象，最終也不利於各部門、各單位行政任務的完成和各項事業的發展。因此，處理好開支標準與實際支出的關係尤為重要。
3、完善內外監控制度，確保財政資金、財產物資的安全。由於財政性資金集中管理後，財政資金管理的風險也大為集中，必須加強內控，建立內部制約機制，防範風險。每一筆支出都應實行事前審核，核對金額，在保證憑證真實、準確、合理、合法後，才能通知銀行付款。要建立和完善大額費用審批制度、超指標審批制度、超用款計畫審批制度、大額借款審批制度以及預算單位的財產物資管理制度等內控制度，明確責任。同時，會計核算中心還要主動接受外部監督，向預算單位反饋資金支付的信息，與單位形成相互制約的機制，接受財政內部監督部門、審計等職能部門的監督，保證財政資金、單位財產物資的安全。
集中核算5、建立遠程報賬系統和遠程查賬系統。建立遠程報賬系統和遠程查賬系統是會計核算中心電算化和網路化發展的必然選擇。用現代信息技術手段來處理日常工作，建立遠程報賬系統，可以從根本上解決核算中心工作人員的超負荷工作量。事實上，會計人員大量的工作集中在憑證的整理和摘要的輸入上，實現遠程報賬後只需審核和修改。工作效率提高后，能使會計人員有更多的精力從事單位的財務和預算管理工作。對單位而言，報銷和憑證的輸入工作可以在幾天的時間裡分散進行，到核算站報賬時可以減少報賬等候時間。整個管理流程完全自動化，單位、前台、後台之間數據資源完全共享，避免了重複勞動，從而實現系統最佳化。建立遠程查賬系統，還可以根據自己單位工作的特點和需求設定一些明細科目，有利於業務單位及時了解預算執行、財務收支情況，增進核算中心與單位之間的會計信息交流，對財政部門實施遠程預算監控、用款計畫管理、授權支付額度的下達、財政收支會計核算監督檢查有著重要的現實意義。
實踐證明，儘管目前實行會計集中核算還存在一些問題，但在加強財政資金收支管理、改變會計核算方式、預算執行情況控制等方面都已顯示出會計集中核算制的優越性，總的看是利大於弊，是一項成功的會計管理制度。而當前的主要工作就是明確會計核算中心作為預算執行機構的地位，以預算執行為主要任務，轉變工作職能，不斷推進會計集中核算制的改革和完善。
