
阿巴扎倉為密宗學院,大殿由48根大柱組成,面積480平方米,殿中供奉的是9頭34臂的勝魔飾畏金剛像,是黃教密宗三大本尊之一。傳說該佛是大法王宗喀巴親手塑建的。怖畏金剛右側的宗喀巴像,據說也是宗喀巴親自塑制的,其塑像的鼻樑端直挺拔,與其它寺院供奉的宗喀巴像有明顯不同。
[甘丹頗章] 該殿是達賴喇嘛在哲蚌寺的寢宮。在重建布達拉宮以前五世達賴喇嘛一直住在這裡,並在那一時期執掌了西藏的政教大權,甘丹頗章也就成了西藏地方政府的同義語,史學界故稱其為"甘丹頗章政權"。甘丹頗章生活費哲蚌寺第十任堪布、即二世達賴喇嘛郭嘉措於公元1530年時興建,宮室共7層,分前、中、後三幢建築。前院系地下室的各類倉庫。二層院落面積達400多平方米,四則皆為僧舍遊廊。達賴喇嘛生活起居主要在7樓,設有經堂、臥室、講經堂、客廳等。7樓還有兩個殿,卓瑪殿和護法神殿。殿內供奉有一個少女乾屍,據說她原是旦巴林一個農民的女兒,後被寺廟以妖女為由處死,並將屍體風乾後塑為吉祥天女神像。