職責調整
（一）取消已由國家和本市依法公布取消的行政審批事項。
（二）取消公路運輸管理費、公路客貨運輸附加費、水路運輸管理費、水運客貨運附加費、農用車和機車養路費等交通規費的管理職責。
（三）加強協調全區交通重大事故應急管理和處置的職責。
（四）加強負責交通行業應急預案的擬訂和體系建設；組織重點物資、緊急客貨運輸和高峰客運疏導的職責。
（五）加強交通一體化的規劃、建設和管理的職責。
主要職責
（一）貫徹執行國家和市、區有關交通運輸的法律、法規和方針政策。
（二）負責擬訂交通運輸發展規劃、年度計畫，並組織實施和監督檢查；負責交通行業統計。
（三）負責交通項目基本建設程式的管理；指導交通基礎設施的管理和養護。
（四）負責交通運輸行業和運輸市場的管理，承擔交通運輸市場監管責任。
（五）負責公路路產路權管理和保護；負責組織超限運輸治理工作。
（六）負責交通基礎設施建設的質量、安全生產監督，承擔交通建設市場監管責任；協調交通重大事故的應急管理和處置；負責交通戰備工作和交通行業應急預案擬訂及體系建設工作；按規定組織協調重點物資、緊急客貨運輸和高峰客運疏導工作。
（七）負責局直屬單位安全監督管理；指導、監督鄉鎮船舶交通安全管理。
（八）負責交通行業科技工作。
（九）承辦區政府交辦的其他事項。
內設機構
根據上述職責，重慶市南岸區交通局設5個內設機構：
辦公室
負責機關黨務政務綜合協調工作；負責重要會議組織、檔案起草；負責所屬單位基層黨組織建設、班子建設和黨員管理、教育工作；負責交通行業宣傳、統戰、群團和精神文明建設工作；負責機關人事、老乾、文秘、值班、政務信息、辦公自動化、機要、保密、信訪、檔案、目標管理、督辦工作；負責交通系統政府採購、機關後勤和接待工作。
交通建設管理
（南岸區交通戰備辦公室）
貫徹執行國家及重慶市交通規劃、建設及行業管理方面的法律法規；負責擬訂和實施交通建設規劃、年度建設計畫；負責轄區交通項目基本建設程式管理和質量監督，為鎮村交通項目建設提供工程技術指導；指導轄區公路養護管理工作，維護路產路權；負責交通建設、養護和管理方面的統計；負責交通戰備和科技創新工作。
計畫財務科
指導檢查交通行業財務管理和會計核算工作；負責編制交通行業預算；負責管理交通建設資金；指導局屬單位財務管理工作；參與交通建設項目招投標工作。
法制安全科
負責局屬單位安全監督工作；指導轄區街鎮水上交通安全管理工作；監督交通運輸行業和交通項目建設安全工作；參與涉及交通運輸行業的安全生產事故處置；負責局系統法制宣傳教育工作及交通行政許可、審批的複議。
港航科
負責港政和水路運政工作的政策宣傳、規劃編制、日常管理和監督檢查。
人員編制
重慶市南岸區交通局行政編制數為15名，其中：局長1名、副局長3名，書記、副書記各1名（其中兼職1名），科級領導職數6名。
機關後勤服務人員事業編制為2名。
其他事項
《重慶市人民政府關於南岸區綜合行政執法試點實施方案的批覆》（渝府〔2004〕13號）批准南岸區進行綜合行政執法試點，市政府依照行政處罰法和國務院關於相對集中行政處罰工作的相關規定和程式，授權南岸區交通行政執法大隊行使交通行政處罰以及相關行政強制、監督檢查職責；區交通局行使交通行政執法監督職能，但不直接從事相關執法活動。區交通局與交通執法隊伍要建立溝通聯繫機制，完善綜合管理。
