轉錄激活結構域（transcriptionactivationdomains）一般由20-100個胺基酸殘基組成。如GAL4分子中有2個這種結構域，分別位於多肽鏈的第147-196位和第768-881位；GCN4的轉錄激活結構域位於多肽鏈的第106-125位。
酸性α-螺旋(acidicα-helix)
該結構域含有由酸性胺基酸殘基組成的保守序列，多呈帶負電荷的親脂性α-螺旋，包含這種結構域的轉錄因子有GAL4、GCN4、糖皮質激素受體和AP-1/Jun等。增加激活區的負電荷數能提高激活轉錄的水平。可能是通過非特異性的相互作用與轉錄起始複合物上的TFIID等因子結合生成穩定的轉錄複合物而促進轉錄。
谷氨醯胺豐富區(glutamine-richdomain)
SP1的N末端含有2個主要的轉錄激活區，胺基酸組成中有25%的谷氨醯胺，很少有帶電荷的胺基酸殘基。酵母的HAP1、HAP2和GAL2及哺乳動物的OCT-1、OCT-2、Jun、AP2和SRF也含有這種結構域。
脯氨酸豐富區(proline-richdomain)
CTF家族（包括CTF-1、CTF-2、CTF-3）的C末端與其轉錄激活功能有關，含有20%-30%的脯氨酸殘基。
