傑內(Djenné)早期的跨撒哈拉貿易
尼羅河谷附近的小型貿易路線已經存在了數千年，但是在馴化駱駝前，橫穿撒哈拉沙漠是非常困難的。一些物品和原材料在遠離它們原產地的地方被發現，這在考古學上證明了特別是在最西端,沙漠最狹窄的地方有貿易的行為。在古典文學中，也有一些貿易接觸的例子, 好比說奧達哥斯特(Aoudaghost)城的形成發展可能來自於於這些有限的貿易，但這不能證明所有在這區域的都市化都是由於這小型貿易而產生的。
在南部撒哈拉當時的石窟壁畫描繪了馬拉馬車的場景，引發了馬車在當時被套用的猜測。但是，在這一區域並沒有發現同時代的馬的骸骨，並且由於負載較小，馬車也不是合適的貿易運載方式。
這個地區最早的馴養駱駝的證據可以追溯至第三世紀。因柏柏爾人使用駱駝使得撒哈拉範圍內的貿易能變得更頻繁，但日常的貿易路線直到第七世紀 伊斯蘭教開始傳到西非才形成。發展出的貿易路線主要有兩條: 第一條路線穿越沙漠西部，從摩洛哥至尼日河灣；第二條由現代突尼西亞至查德湖區域。這些路線相對較短，而且被路途上經過的少數綠洲網路限制而難以更動。在這個區域以東，利比亞以南則是無法通過,沒有綠洲且充滿強烈沙漠風暴的區域。從尼日河灣通往埃及的路線在第十世紀因危險而被廢棄。
中世紀的跨撒哈拉貿易
位於今日毛利塔尼亞南部的加納帝國伴隨著撒哈拉貿易的發展而崛起。撒哈拉貿易中主要的有金鹽貿易, 地中海貿易多鹽缺金, 而西非國家則是多金而缺鹽。奴隸貿易也很重要，因為很多非洲人被送到北面做家庭奴隸, 而西非國家買進訓練有素的奴隸軍。因這些貿易, 幾條商路被開闢出來了，最重要的可能就要數終止於西吉爾馬薩和位於現在摩洛哥的東部的Ifriqua的商路了。和其他北非城市一樣，在那裡柏柏爾商人因為和伊斯蘭教的接觸增多而促進傳教。 在第八世紀的時候, 穆斯林到了迦納, 使很多迦納很多人改信伊斯蘭教, 這很可能也造成對迦納帝國的貿易有優惠. 在約1050年, 迦納占領了奧達哥斯特城, 但在Bure附近的新金礦降低了在城內的貿易, 反而使索索人受益. 索索人後來成立了馬里王國。
像加納一樣，馬里也是個穆斯林王國。在它的統治下，金鹽貿易繼續進行著。 另外，相對次要的貿易貨物是奴隸，來自南方的可樂果，玻璃珠，和來自北方作為流通貨幣的寶螺。 在馬里王國的統治下, 在尼日河岸的大城 —包括 加奧和傑內— 都興盛起來了,特別像廷巴克圖的財富還在歐洲出名。 在西南非大草原及森林的交界區還發展了重要的貿易中心, 像是貝格霍和Bono Manso (現在的加納) 還有邦杜庫 (現在的象牙海岸)。在西方的交易路線持續擁有其重要的地位, 像在現在茅利塔尼亞境內的瓦丹, 瓦拉塔 和 欣蓋提成為主要的貿易中心,而在Assodé(現在阿加德茲)境內的圖瓦雷克城市則是沿著東方的交易路線發展, 而成為現在的尼日。
東部跨撒哈拉貿易路線使得地處查德湖地區長久的卡奈姆－博爾努帝國興起。這條商路並不便捷，只有當西邊有動亂的時候（比如阿蒙哈德占領期間）才發揮作用。
跨撒哈拉貿易的衰落
非洲西海岸的葡萄牙旅行者們為歐洲和西非的貿易開拓了一條新的道路。 在十六世紀初期，歐洲人已經在海岸地區牢牢紮根，對西非來說，與富裕的歐洲人做生意成為頭等重要的大事，北非在政治與經濟方面的重要性均在下降。雖然穿越撒哈拉沙漠的旅程仍然是漫長而充滿危險的，但對跨撒哈拉貿易的主要打擊是1591-1592年的摩洛哥戰爭。摩洛哥軍隊穿越撒哈拉沙漠襲擊廷巴克圖(Timbuktu)，加奧(Gao)以及其他一些重要的貿易中心。他們破壞建築和財物，並且流放市民。這場對貿易的破壞致使這些城市的重要性戲劇般的下降，最終由於仇恨導致貿易減少了相當的幅度。
雖然貿易金額大幅地減少,貫通撒哈拉的貿易仍然繼續。可是通往西非海岸的貿易路線變得越來越簡易,特別是經過法國 在1890年向西非荒漠草原的侵略及後來非洲內陸鐵路的建築。一條計畫中的從達喀爾經由尼日到阿爾及爾的鐵路線最終沒有建造。隨著二十世紀六十年代此地區國家的紛紛獨立，眾多的國境線造成北-南之間的道路難以暢通。這些國家的政府對西撒哈拉和中撒哈拉的柏柏爾人的民族獨立運動懷有敵意。因此，這些政府對於保持或支持跨撒哈拉貿易幾乎沒有做出任何努力。二十世紀九十年代的“柏柏爾人大叛亂”和阿爾及利亞內戰使得很多道路被關閉，這進一步中斷了這條跨撒哈拉的貿易之路。
如今，穿越撒哈拉的少數柏油碎石路和同樣少數的卡車仍然進行著跨撒哈拉貿易，特別是燃料和鹽。在傳統的商路上基本上已經見不到駱駝了，但從阿加德茲到比爾馬和廷巴克圖到Taoudenni的短途路線上還是經常——可能少些——使用駱駝。圖阿雷格人中的一些仍然延用著這些傳統的商路，經常每年騎駱駝6個月跋涉1500英里穿越撒哈拉，從沙漠中心向邊緣販鹽。
