菏澤南站站址在山東省菏澤市牡丹區解放街南端(程堤口社區),西鄰山東菏澤音樂學院,客運已停用多年,現為山東菏澤音樂學院演播大廳,(藝博排練廳)郵政編碼274000。建於1978年。離新鄉站167公里,離兗州站147公里,隸屬濟南鐵路局管轄。
規劃新菏澤站(高鐵站)設定在日蘭高速公路西側佃戶屯附近,新建鐵路魯南快速鐵路客運通道與未來京九客運專線在此交匯。新建鐵路魯南快速鐵路客運通道菏澤至曲阜段起點站與規劃京九客運專線分場共建,設定在日蘭高速公路西側佃戶屯附近,線路出站後上跨 S259 省道、日蘭高速公路後,沿日蘭高速公路東側北行,跨新兗鐵路、G327 國道和濟廣高速公路後折向東北,再沿濟廣高速公路(日蘭高速公路)南側走行,跨洙趙新河進入鄆城縣境內,在唐廟鎮設鄆城南站,出站後線路繼續東走行,上跨 S339 省道、鄄鄆河後漸漸遠離沿高速公路,跨趙王河後沿趙王河南側行走,經大尹莊南側上跨 S254 省道,再經後屯村北至楊莊村北側設巨野北站,出站後線路稍折向東北,漸漸靠近高速公路並在其南側向東行走,經高速公路巨野服務區南側進入濟寧市境內。