兗州南站示意圖魯南高鐵菏澤至曲阜段起點站與規劃京九客運專線接駁共站，站址在菏澤市陳集附近，線路出站後大致沿日蘭高速公路走行，依次途徑定陶區、鄆城縣、巨野縣和濟寧市的嘉祥縣、汶上縣、任城區、兗州區和曲阜市，線路正線全長163km。全線新建菏澤新東站、巨野北、嘉祥北、濟寧北站、兗州南和曲阜南站6個車站包括高鐵站房、站前廣場、高架進站平台、軌道交通土建預留、地下停車及商業設施、公共車站、公交樞紐、計程車及社會車輛停放系統及周邊配套設施等。高鐵站房工程包括主站房、高架候車廳、地下出站區和城市通廊 。 由於兗州南站建設需要考慮到與濟寧新機場相連線，為濟寧軌道交通預留接入口，兗梁城際鐵路也有可能在這裡北上，遠期濟徐城際鐵路聯絡線也將經過，建設地下停車場等和配套的公交中心等，因而其總體建築面積達40000平方米，方便人們直接通達濟寧新機場或到其它城市進行旅遊和商務活動。屆時濟寧軌道交通三號線支線和濟微高速和西浦路也將經過兗州南站，形成一個立體的交通網路。
據濟寧公共資源交易網顯示，兗州南站站房主體結構為鋼筋混凝土框架結構體系，屋面為鋼網架結構，主體結構耐久性：高架站房100年，其他站房50年；建築結構安全等級為一級；建築耐火等級：地面以上為二級，站台柱、雨棚二級，地下建築為一級。
2016年11月，中國曾發布《新建魯南高速鐵路曲阜南站等8座客站建築概念設計方案徵集信息公告》。
3月13日，中國鐵路經濟規劃研究院又發布了最新版本的《新建魯南高速鐵路曲阜南站等8座客站建築概念設計方案徵集信息公告》，再次對魯南高鐵8座客站的建築規模和車場規模進行公示。
2017年5月，中國鐵路經濟規劃研究院又對魯南高鐵8座車站進行澄清，其中第一個就是兗州南站。
通過對比兩份公告，在新修建的8個高鐵站中，兗州南站比原計畫的5000平米，擴大了8倍，現在擴大到40000平米。
據了解，曲阜東站的建築面積為9996平方米，新建的兗州南站是其4倍。
2018年8月，山東省住房和建設廳發布了《 新建魯南快速通道曲阜菏澤段批覆公示》，這表示魯南高鐵已經批覆，兗州南站也即將開工建設。
據中國鐵路經濟規劃研究院檔案，兗州南站建築規模改為40000平米，跨線設施兩處：一處8米寬天橋，一處8米寬出站地道。按照濟寧市軌道交通規劃，軌道交通1號線下穿兗州南站
| 序號 | 站名 | 車場規模 | 建築規模 |
| 1 | 曲阜南站 | 2台4線 | 一萬平方米 |
| 2 | 兗州南站 | 2台6線 | 四萬平方米 |
| 3 | 濟寧北站 | 2台6線 | 三萬平方米 |
| 4 | 嘉祥站 | 2台4線 | 一萬平方米 |
| 5 | 巨野北站 | 2台4線 | 五千平方米 |
| 6 | 鄆城南站 | 已取消 | 已取消 |
| 7 | 菏澤新東站 | 3台8線 | 六萬平方米 |
| 8 | 莊寨站 | 2台4線 | 一萬平方米 |
