主要職責
1、負責轄區水上安全監督管理、防止船舶污染、航海保障工作；按照統一要求，負責轄區內執法工作的監督檢查。
2、協調、劃定、審核或審批轄區內水域港內非涉外錨地、臨時錨地、安全作業區、船舶調頭區、水產養殖區、挖沙區、引航員登（離）
3、審核轄區內與通航安全有關的港區岸線使用和轄區內水上水下施工項目通航安全事宜；審批有關施工船舶。
4、負責轄區內水上巡航工作；管理轄區內交通管理系統，對轄區內引航工作監督管理。
5、審批轄區內沉船、沉物打撈和礙航物清除，以及航行通告和航行警告的發布工作。
6、負責許可權範圍內海船船員丙、丁類(包括值班水手、機工)和內河船舶員三、四、五等適任證書的考試、發證和跟蹤管理工作；按轄區培訓機構的船員的專業和特殊培訓種類負責考試、發證；
7、負責轄區內航運公司的船員註冊和轄區航運公司的船員管理的監督、指導工作以及船員服務簿的簽發、審核和簽注工作。
8、負責轄區內航運公司所屬或所經營的非國際航行船舶的登記工作，以及所登記的非國際航行船舶的管理和危管防污方面的法定證書、操作性手冊和文書的簽發和審批；受理轄區內航運公司所屬或所經營的國際航行船舶的登記申請，並進行初審 [該國際航行船舶的船籍港為受理申請的分支海事局（處）所在港口]。
9、審批國際航行船舶進出轄區港口、港外裝卸作業點。
10、實施轄區港口國監督和中國籍國際航行船舶安全檢查，以及船舶防污染設備和證書、文書的檢查。
11、調查處理轄區內非涉外、一次死亡3人及以上10人以下水上交通事故，以及轄區內一次死亡3人以下（不含3人）水上交通事故的結案審批。
12、辦理轄區內外國籍船舶的海事簽證。
13、組織和協調轄區溢油（污染危險性物質）1噸及以上、10噸以下的船舶污染事故的應急反應和調查處理。
14、負責轄區內防止船舶污染港區水域及船舶拆解的防污染監督工作。
15、審核轄區內排污口設定和海洋工程、海岸工程環境影響報告書。
16、審批和監督一般液化船過駁作業。
17、參與轄區非幹線航道助航標誌配布的審核。
18、作為海上搜救分中心辦公室，協助省級搜救中心組織、協調責任區內搜救行動，處理海上搜救分中心的日常業務。
19、擬訂轄區內有關水上安全監督管理辦法、防止船舶污染、航海保障方面的特別規定。
20、負責船舶的審核發證工作，並將結果報浙江局備案。
內設機構
1、指揮中心：主要負責掌握溫州轄區動態海事監管信息，具體負責實施轄區水上交通管理和組織、相關航行安全保障工作協調、航行通（警）告管理、水上交通安全動態信息處理(AIS)、VTS、VHF和CCTV監控值班、季節性水上安全工作；履行海上搜救中心辦公室的職責，承擔日常值班和應急反應（包括油類及化學品污染應急反應）的現場指揮和現場支持等任務。
2、督察處：主要負責溫州海事局及各海事處各項海事執法工作的執法監督，海事業務規範性檔案審核管理，執法行為和行政處罰的合法性審查，海事行政救濟，執法規範化管理等工作，海事業務綜合評價，海事科研項目、課題研究管理，執法人員資格管理等工作；負責水上交通事故調查處理工作。
3、監管處：是溫州海事局研究轄區海事監管特點，貫徹落實海事法規、政策的專業管理部門，為海事執法事務綜合協調部門。負責對分支機構各項海事業務進行專業研究和管理，並對基層海事處業務工作進行指導，具體承擔船舶監督管理、通航管理業務、水工工程通航安全審核和評估、船員管理事務、危險品和防污染管理、航運公司安全管理體系審核事務等海事業務的專業管理職能和承辦相關口岸管理工作。負責轄區船舶技術狀況的統計、分析與評估工作。歸口管理海事處辦事視窗的業務工作。
4、辦公室：主要負責溫州海事局行政協調、管理和督查；負責文秘、綜合檔案、政務信息；負責信息化建設和管理；負責人事管理、工資與福利管理、專業技術職務管理、教育與培訓管理、人事檔案管理；負責綜治、信訪、後勤及基建、裝備管理等工作。
5、黨群工作部：主要負責溫州海事局的黨組織建設、黨員隊伍建設、黨員教育和精神文明建設工作；負責新聞宣傳、工會、共青團、紀檢監察和老幹部等管理工作；負責參與對幹部的年度考核、任免考核以及參與對領導幹部的考廉考績等工作；負責全局後備幹部選拔考察工作。
6、財務處：主要負責溫州海事局財務管理、會計核算、經費報銷審核、監督、經濟契約管理工作；負責局年度預算的編制、執行和監督；船舶港務費徵收管理；政府採購監督管理；固定資產、流動資產和各項資金的核算管理；負責全局工資、獎金和各種津貼的發放工作；負責匯總、編制全局月、季、年度會計報告和財務、稽徵、資料收集、整理、分類、立卷、歸檔工作及財務票證的領、發、繳、存、銷、歸檔等管理工作。負責溫州海事局的審計工作。
直屬單位
1、政務中心：政務中心作為溫州海事局的直屬單位，主要負責分支機構層面的各類行政許可和報備事項申請的受理；經授權，負責分支機構層面的行政許可事項審批；對超越政務中心授權審批許可權的申請材料的齊備性進行審查，並對受理後審批（審核）事項各環節的全程催辦；負責各類行政許可審批結果的送達；提供海事監管業務的宣傳和諮詢服務等工作。
2、船舶安檢站：船舶安檢站為監管處的辦事機構，主要負責組織開展轄區內船舶安全檢查；負責對海事處船舶安全檢查業務的指導、考核、監督及安檢員隊伍的管理工作。
派出機構
（一）海事處主要工作職責：負責溫州轄區內禁航區、交通管制區、施工作業區、錨地、碼頭、航道等區域的現場安全監督和通航秩序管理工作，並應急處理轄區水域內有礙通航秩序、影響通航環境的異常情況；負責許可權內的船舶查驗簽證、安全檢查、危管防污、船員管理、海事調查等管理工作；配合局職能部門做好轄區內水上相關事故的現場初步調查和取證工作；負責轄區內助航標誌的監督檢查和組織指揮港區、碼頭、船舶的防抗台工作；負責做好下屬船艇及設備的管理工作。
1、負責轄區水域禁航區、航道、交通管制區、錨地、安全作業區、施工作業區等區域的現場安全監督和秩序管理。
2、維護轄區水域內水上遊覽區、水上體育競技活動區的現場通航秩序。
3、監督轄區內引航工作。
4、監督檢查轄區碼頭、泊位安全狀況，監督轄區錨地、航道、調頭區、泊位水深情況。
5、受理轄區內航運公司所屬或所經營的非國際航行船舶的登記申請，並進行初審（如果該基層海事處轄區為一獨立港口，則受理登記申請的非國際航行船舶的船籍港即為該港口）。負責轄區內航運公司所屬或所經營的內河航行船舶的登記。
6、應急處理轄區水域內有礙通航秩序、影響通航環境的異常情況。
7、現場監督檢查轄區內船舶的船員配備、持證、適任、值班等情況；負責船員服務簿的簽注工作。
8、負責轄區內的國際航行船舶進出口查驗和國內航行船舶進出港簽證。
9、負責轄區內國內航行船舶的安全檢查，以及船舶防污染設備和證書、文書的檢查。
10、現場監督檢查轄區內船舶、設施的航行、停泊和作業情況，處理轄區內船舶、設施的違法行為。
11、審批和現場監督轄區內船舶熏蒸作業等需經批准後方可進行的作業。
12、調查處理轄區內非涉外、一次死亡3人以下（不含3人）水上交通事故；配合轄區內所有水上交通事故的現場初步調查和取證工作。
13、負責轄區內中國籍船舶的海事簽證。
14、負責轄區內船舶載運危險貨物的申報審批及現場監督。
15、審批轄區內船舶排放洗、壓艙水和艙底水；負責轄區內船舶拆解的防污染的現場監督管理和船舶污油水、殘油及生活垃圾等接收工作的監督管理。
16、負責轄區船舶溢油應急計畫的監督實施及港區水域污染監視，應急處理船舶污染事故；調查處理溢油（污染危害性物質）低於1噸的小規模船舶污染事故。
17、負責轄區助航標誌的監督檢查。
18、根據轄區的重點監管對象制訂轄區的月度巡航計畫並負責組織實施。
（二）執法支隊：主要負責溫州海事局轄區內海區、重點水域（界定待定）、重點工程（界定待定）的水上巡查等現場執法工作；負責海區應急待命和應急反應；負責指導海事處執法大隊相關業務工作；全面掌握、匯集、分析海事處巡航執法動態；做好執法支隊管轄內巡邏艇的日常維護保養工作。
