混合啟動子
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基於混合神經網絡的人類基因組啟動子識別研究：提出了基於混合神經網路的人類基因組啟動子識別的新方法:PromPredictor.該方法通過對轉錄起始位點(TSS)信息,調控區、編碼區組成成分特徵信息及CpG島相關信息的綜合來預測人類基因組啟動子.對人類4、21、22號染色體啟動子的預測結果為:敏感性達到了64.47%,特異性達到了82.2%.與其它三個算法相比,PromPredictor具有更高的敏感性和特異性.研究中所用到的數據集合及用MATLAB編寫的程式代碼
網址：http://scholar.ilib.cn/A-gjstx98200511016.html
B型肝炎病毒C基因啟動子雙突變的檢測意義：分析B型肝炎病毒(HBV)C基因啟動子(BCP)雙突變與B型肝炎臨床表現及HBeAg表型的關係.方法針對BCP雙突變的特點,設計一條通用捕捉探針、一條野生型和一條雙突變顯色探針.待測標本DNA經聚合酶鏈反應(PCR)擴增後分別與野生型和雙突變顯色探針雜交,然後用酶聯免疫吸附試驗(ELISA)顯示雜交結果,判定BCP突變與否.結果147例經證實為HBVDNA陽性的急慢性肝炎患者中共有51例雙突變,其中42例為單純雙突變,9例為混合突變(雙突變和野生型皆為陽性).117例慢性中、重型肝炎中共有36例BCP雙突變,8例混合突變.78例HBeAg陽性患者中,有25例BCP雙突變,其中7例為混合突變.65例HBeAg陰性患者中,有26例BCP雙突變.結論慢性肝炎BCP雙突變高於急性肝炎;BCP雙突變對HBeAg的表達有一定影響;PCR微板核酸雜交ELISA技術是一種簡便、特異的基因突變檢測的新方法.
網址：http://scholar.ilib.cn/Article.aspx?AIT=QCode&AI=zhcrbzz200205007&A=zhcrbzz200205007
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利用基因組文庫篩選啟動子
基因組文庫篩選啟動子是使用較早的一種克隆啟動子的方法。首先構建適當豐度的基因組文庫,然後用與待克隆啟動子相關的已知序列片段或特異基因片段做探針與構建好的基因組文庫雜交,篩選出含有目的啟動子的克隆,測序及活性分析即可確定啟動子序列。Rinehart等利用此方法克隆了纖維發育中後期特異表達基因FbL2A2.3kb的啟動子序列。目前該方法由於需要構建文庫及同位素標記探針,操作複雜而較少套用。
2 利用啟動子探針質粒載體篩選啟動子
構建含有報告基因的啟動子缺失質粒載體篩選啟動子是一種高效、快速分離啟動子的方法。將用適當限制性內切酶酶切的DNA片段與啟動子缺失質粒載體重組,然後把重組混合物轉化寄主細胞,檢測報告基因活性。若檢測報告基因具有活性,則該插入重組DNA片段具有啟動子活性。Rechael等最早利用該方法,以四環素抗性基因為報告基因構建了啟動子探針質粒pbrh3B,並得到了一些原核和真核啟動子片段;隨後Fordor等利用大腸桿菌(E.coli)LacZ基因為報告基因,從酵母基因組中分離到PX啟動子。儘管該方法能夠用於隨即篩選啟動子,獲得大量未知序列啟動子片段,但不能特異分離某一特定基因的啟動子片段而使其套用受到局限。
3 利用啟動子捕獲方法分離和鑑別啟動子
啟動子捕獲(promotertrap)技術是近年來隨著基因標記技術的發展而興起的一項新的克隆啟動子的方法,類似於利用報告基因篩選啟動子。該技術將不含啟動子的報告基因構建於載體上,插入到內源基因的外顯子中,當插入位點與內源基因方向一致時,可以由該內源基因的啟動子驅動報告基因表達。通過檢測報告基因是否表達及表達的時空特異性,判斷報告基因插入位點近旁是否存在基因的啟動子及其表達特性,進而從報告基因的旁鄰序列中分離出該啟動子序列。王愛民等將無啟動子的gus基因構建在非自律的Ds轉座子上,同時引入抗除草劑的Bar基因構建了Ac/Ds(GUS)結構的啟動子捕獲質粒p13B,用農桿菌介導的方法轉化粳稻品種中花11的胚性愈傷組織,在T2植株中檢測到37株Ds發生可遺傳轉座的植株。塗知明等利用一個無啟動子並帶有UidA基因的質粒pPLGUS捕獲了一個株系的花葯組織特異性啟動子,並通過PCR的方法分離了該啟動子。方華舟等同樣利用pPLGU改造質粒通過基因槍轉化水稻材料,通過連續3代的遺傳分析證明至少3株水稻花粉組織特異啟動子被捕獲
網址：http://news.biox.cn/content/200811/20081124111154_6575.shtml
