基因結構
HCV為一有包膜呈球形的正單鏈RNA病毒。HCV基因組為單股正鏈RNA，全長約9500 鹼基。 基因組兩側分別為5’和3’非編碼區，中間為開放讀碼框（ORF），分為結構區和非結構區(圖1)。結構區包括核心蛋白區 (C) 和兩個包膜蛋白區 (E1、E2)，分別編碼核心蛋白和包膜蛋白。非結構蛋白區包括NS2、 NS3、 NS4和NS5區，編碼功能蛋白，如蛋白酶 (NS2、 NS3和NS4A區)，螺旋酶 (NS3) 以及依賴RNA的RNA多聚酶 (NS5B區)。雖然非結構蛋白不是病毒顆粒的組成部分，但在病毒複製中起到非常重要的作用。通常採用基因工程表達上述結構和非結構蛋白作為包被抗原，來建立抗-HCV檢測的ELISA方法。HCV基因組具有顯著的異質性，同一基因組不同區段變異程度有顯著差別。5’非編碼區最為保守，因此PCR檢測HCV、RNA的引物設計多選用該區域。
HCV基因結構及編碼蛋白定義
抗-HCV就是C型肝炎病毒抗體。
它是目前套用最廣泛的用於流行病學調查、臨床C型肝炎病人的篩查和診斷的檢測項目。至今為止檢測抗-HCV的方法不斷改進。隨著方法的改進，敏感性和特異性逐漸提高。
C型肝炎病毒簡稱為HCV，在病毒分類上屬於正鏈RNA病毒，早期被認為是造成非A非B病毒型肝炎（non-A, non-B viral hepatitis）的主要致病因子之一。於1978年被發現，1989年通過基因技術首次獲得基因組序列。它是一種45納米大的、有外殼的、單鏈核糖核酸的病毒，它屬於黃病毒科中的肝炎病毒屬。根據1994年新建立的分類系統，HCV可分成六種不同的屬型（Genotype）和30種亞型（subtype）。在歐美與日本主要是第1型為主、第二型以日本、中國居多、第三型在泰國、新加坡、與部份的印度較常見、在埃及、中東與非洲中部主要是第4型，而第5型與第6型則是南非與東南亞較常見。C型肝炎只感染人。顧名思義，抗-HCV即C型肝炎病毒抗體。
檢測手段提升
根據試劑中抗原組成成分的不同，已經研製出三代的檢測試劑。
1.第一代酶聯免疫(EIA)檢測方法首先建立了C型肝炎的篩查和診斷方法，但其敏感性和特異性較差。
2.1992年發明了第二代EIA的檢測方法，在試劑中增加了HCV的多肽片段，其靈敏度和特異性均有了明顯提高，在高危人群檢出C型肝炎並經分子生物學檢測證實其敏感性約95%。
3.第三代試劑進一步提高了敏感性至97%，同時縮短了檢出時間。第三代抗HCV試劑關鍵是改進了HCV NS3的質量，國產NS3抗原質量和國外相比還是有一定差距，進一步提高國產NS3的質量是提高抗HCV試劑質量的關鍵。
臨床套用
多數人認為，第一代方法僅用於篩查，臨床確診需做進一步檢查(即補充試驗，如HCVRNA的檢測等)。經。干擾素治療的C型肝炎病人，可用第一代方法檢出抗-HCV。進一步表明抗-HCV既不是中和抗體，亦不屬於保護性抗體。他既可以反映 HCV的現症感染，也可能是感染後痊癒以前感染的情況。對抗-HCV陽性結果的解釋和評估要結合檢測時所採用的方法、必要的補充實驗、臨床特點等綜合進行，儘可能防止片面性。
