分型方法
HCV的分型方法主要有PCR依賴的基因分型方法和血清型分型方法兩大類。
1.基因分型方法
（1）全基因序列測定分型：是確定HCV基因型最直接、最準確的方法，通過全序列的測定，可以全面的分析不同的HCV毒株，再與其他已知基因型的HCV株進行核苷酸同源性比較，從而進行分型。此分型方法對樣本要求高，不能大量進行，常用於研究工作。
（2）引物特異性PCR法後再作基因分型法：首先用一對通用引物，擴增產物為292個核苷酸，每個擴增循環為94℃變性1分鐘，55℃復性1.5分鐘，及引物延伸反應72℃2分鐘，共進行35個循環。取第一次PCR反應產物進行第二次PCR，在反應混合物中有一個通用引物和4個型特異性引物。在第一次PCR擴增，選擇能擴增出各型為同長的片段，再在此基礎上利用型特異性引物進行第二次PCR，並根據擴增產物的長短進行分型。
（3）5’末端非編碼區酶切分型：常用的方法是限制性片段長度多態性法的分型法，即利用不同基因型的HCV，分別有其特異性的切斷基因序列的酶，切割後進行電泳可得到酶切後的特異片段圖譜，並根據圖譜進行分型。
（4）HCV NS5b基因分型：不同基因型NS5基因變異有一定的規律，以NS5b的PCR產物直接測序進行基因分型證實，1a、1b、2a、2b、3a、1b與2a和1b與3a混合感染等不同基因型，具有特異的限制性內切酶位點，可分別的採取酶切分型。
（5）以特異性核酸探針進行雜交分型：由Enomoto採用的HCV分型，即Ⅱ型和Ⅱ型PCR產物，其長度為400bp作為探針，與被檢標本的PCR產物進行核酸分子雜交，其結果即可分為K1即Ⅰ型、K2a為Ⅱ型。操作複雜，成本高，不常採用。
2.血清型分型
（1）核心區Cp9陽性血清分型：選用HCV高保守區，分別合成1、2型肽。第65至81位胺基酸序列合成2條，具有17個胺基酸。先用5’末端非編碼區引物的RT-PCR，得到陽性PCR產物，按常規酶標法測得抗-HCV Cp9陽性後，再分別對以上兩條分別包被的肽進行再測定。
（2）加入NS4區合成寡肽建立檢測C型肝炎抗體分型試劑：用ELISA法來合成NS4區序列，合成的NS4區序列相當於第1690位至1719位胺基酸。將四條合成肽分別包被於酶標板，經4℃孵育過夜，用150mmol/L 的NaCl，0.05%的Tween-20清洗標板5次，常溫封閉2小時後，將血清標本1:10稀釋加入反應板，每一份標本分別加入包被不同抗原的4個孔內，為減少不同血清型抗-HCV的交叉反應，每孔內加相應抑制液5μL，常溫振盪孵育1小時，加入辣根過氧化物酶標記的羊抗人IgG，常溫振盪孵育1小時，洗板後再加入OPD顯色劑100μL/孔，室溫避光顯色15分鐘，在492nm波長下測定光密度，cut off值測定健康人血清，以光密度均值加2SE來確定檢測結果。
臨床意義
1.基因型分布概況
全世界HCV基因型已公認的有Ⅰ/1a、Ⅱ/1b、Ⅲ/2a、Ⅳ/2b、Ⅴ/3a及Ⅵ/3b型。但還沒有統一。我國情況，除Ⅱ/1b和Ⅲ/2a占大多數外，極少數地區有Ⅰ、Ⅳ、Ⅴ、Ⅵ型存在。整體上看南方約占80%為Ⅱ型，北方50%為Ⅲ型。
2.流行病學意義
國內外均證明了HCV母嬰傳播的存在，母子所感染的型是一致的，也有人證明家庭內傳播的可能性，主要傳播途徑為輸血。
3.基因分型與抗病毒治療效果的關係
不同基因型患者用干擾素治療其療效明顯不同，Ⅲ型患者有效率可達85%，Ⅳ型患者有效率可達70%，而Ⅱ型患者僅有40%。
4.基因分型與疫苗研究的關係
HCV RNA基因組變異很大，尤其是編碼外殼蛋白E區變異，且地域性不同導致的基因型差異為疫苗研製帶來了困難。
