廈門捷運6號線一期工程為6號線林埭西站至西柯站段與9號線同安新城站至新店仔站段的組合線路，線路大體呈西南—東北走向，途徑海滄、集美和同安三區，串聯了海滄區馬鑾灣片區、杏林老城區、集美新城、同安新城、同安老城等大型居住區。線路西起海滄馬鑾灣片區西邊緣林埭西站，終點為新店仔站，線路正線全長46.17km，全部為地下線。
全線共設車站33座（含換乘站5座，其中2座換乘站與2號線共用，由2號線建設），平均站間距1.42km。最大站間距2.846km，為後吳站至西湖村站；最小站間距0.702km，為城西路口站至小西門站。全線設1段2場，別分為磁窯車輛段、林埭停車場和宋宅停車場。全線於官任站新設6號線與1號線聯絡線1處，聯絡線長0.32km。6號線一期工程設定4座110/35kV 主變電所，其中一座利用1號線董任主變電所，一座利用4號線一期工程官潯主變電所，新建馬鑾中心主變電所和新民主變電所。控制中心與1號線園博苑控制中心共用。
線路採用地下敷設方式沿規劃東孚路向東北方向行進，沿林埭村——集美島——杏林西路——杏林北——杏林灣路——集美市民中心——杏林灣——集美大道——禹州大學城——同集路——洪塘頭村——潘塗村——古龍醬文化園——西洲路——濱海西大道——後吳村——西湖村——廈門第三醫院——集銀路——霞尾村——環城西路——環城北路——梵天寺——五秀路，終於新店仔村新店仔站。
待6號線向東延伸段（丙洲站至舫陽北路站）和9號線向南延伸段（丙洲站至蔡厝站）全部完工後，6號線一期工程進行疏解，林埭西站經西柯站、丙洲站至舫陽北路站為6號線，新店仔站經同安新城站、丙洲站至蔡厝站為9號線。除 9 號線外，與 6 號線一期工程換乘的還有 1、2、4 和 5 號線。
