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科學家發明了一種新的、全基因組範圍內的精確描繪開放染色質（可能與基因調節有關的區域）的方法。
基因調節“百科全書計畫”委員會（ENCODEConsortium）成員、來自杜克大學波士頓大學、美國癌症研究院、美國人類基因組研究院的研究人員將靶向DNA消化和晶片分析和測序技術聯合起來，鑑定出了94925個可能與某種形式的基因調節有關的區域。他們的這些發現公布在1月24日的《Cell》雜誌上。杜克大學的生物統計學家、論文的共同作者TerrenceFurey指出，這些新發現是目前所知道第一套這種類型的全基因組基因調節注釋。這些信息將為整個基因組學研究領域提供大量重要信息。大部分的核DNA都被包裹起來，並且被蛋白質複合體所纏繞。但是基因調節區域往往不能被裝配到這些複合體上的“開放染色質”，並且這些DNA片斷更容易被DNaseI切割。
在近三十年來，研究人員利用這種DNA酶對鑑定調節區域（從啟動子道基因沉默和刺激元件的促進子）的超敏感性來研究感興趣基因。Furey和同事將這種方法推進了幾步，將這個過程放大來尋找全基因組上對DNaseI敏感的調節區域。
研究人員表示，他們的目的是鑑定真箇基因組上沒有被包裹的DNA區域，這些區域對調節基因的活性至關重要。該項研究利用晶片和測序方法確定出了整個基因組中所有未包裝的區域。
在用DNaseI處理過一種健康、原始的血細胞系後，研究組使用尺寸篩選方法選初了較小的DNA片段，它們源自高敏感調節區域。然後，他們將這些片段域整基因在NimbleGen晶片雜交，或者用Illumina和454LifeSciences的新一代測序平台進行測序。
最終，他們在94925個DNaseI高敏感位點的基礎上，對這些信息進行分析，從而創建一個綜合、精確的基因組範圍的開發染色質圖譜。他們還評估了轉錄位點上、轉錄位點間或基因中可能的調節區域。
儘管這些實驗是對健康細胞系進行的，但是研究人員希望這些研究結果也能適用於疾病狀況。他們下一步將會使用相似的技術來描繪15到20各其他細胞系的DNaseI敏感區域，從而尋找與疾病狀態有關的模式。
Furey表示這種全基因組方法還可能用於研究基因調節的進化，例如比較人類和其他靈長類動物的基因組調節區域模式。
