中華人民共和國財政部令
第60號
《財政部關於修改〈國家農業綜合開發資金和項目管理辦法〉的決定》已經2010年第二次部務會議審議通過，現予公布，自公布之日起施行。
部 長 謝旭人
二〇一〇年九月四日
修改決定
財政部關於修改《國家農業綜合開發資金和項目管理辦法》的決定
經財政部部務會議決定，對《國家農業綜合開發資金和項目管理辦法》作如下修改：
一、將第四條第二款修改為：“土地治理項目，包括穩產高產基本農田建設、高標準農田示範工程、糧棉油等大宗優勢農產品基地建設、良種繁育、土地復墾等中低產田改造項目，草場改良、小流域治理、土地沙化治理、生態林建設等生態綜合治理項目，中型灌區節水配套改造項目。”
二、將第十六條第三款修改為：“產業化經營項目的自籌資金不得低於財政投入資金。”
三、將第十七條修改為：“農業綜合開發可以採取補貼、貼息等多種形式，吸引社會資金，增加農業綜合開發投入。”
四、將第二十一條修改為：“用於農業綜合開發的中央財政資金實行補貼、貼息等方式全部無償投入。”
五、將第二十二條第（二）項修改為：“修建農田機耕路所需沙石料、水泥、瀝青；改良土壤所需綠肥種子及秸稈還田機械設備、機械平整土地的施工；優良品種的購置、繁育及加工所需的工程設施、配套設備；推廣優良品種和先進實用技術所需的小型儀器設備及示範、培訓；購置農業機械及配套農機具的補助等。”
六、刪除第二十三條第二款，同時，增加一項，作為第二十三條第（五）項：“項目可行性研究、初步設計或實施方案（以下簡稱初步設計）、環境評估等所需費用。”
七、將第二十六條修改為：“各級財政部門應根據已批准的項目計畫、初步設計、工程建設進度，按有關規定及時、足額支付資金。”
八、刪除第二十七條第二款，並將第一款修改為：“財政資金的使用實行縣級報賬制。項目實施單位要嚴格按照規定的程式及時辦理報賬。報賬資金的撥付實行轉賬結算，嚴格控制現金支出，嚴禁白條入賬。”
九、將第二十九條修改為：“財政部對經查明的擠占、挪用農業綜合開發資金及虛報農業綜合開發項目等違規違紀問題，應責令改正，追回資金，並按照有關規定追究有關單位和責任人的責任。”
十、將第三十七條修改為：“產業化經營項目一般安排在農業綜合開發縣，申報單位或其控股單位應當具有獨立的法人資格，經營期在兩年以上，有一定的經營規模和經濟實力，有較強的自籌資金能力，能保證資金安全運行，近兩年資產負債率小於70%，銀行信用等級A級以上（含A級，未向銀行貸款的除外），開發產品科技含量高，市場潛力大，競爭優勢明顯，帶動能力強，與農戶建立了緊密、合理的利益聯結機制，建立了符合市場經濟要求的經營管理機制。
“除具備前款規定的條件外，種植養殖基地項目須有明顯的資源優勢和特色；農產品加工項目須有優勢農產品基地作依託，向農戶採購的原料占所需原料的70%以上；儲藏保鮮、產地批發市場項目須為項目區提供與生產和加工相關的服務。”
十一、將第三十八條第一款修改為：“高標準農田示範工程項目、中型灌區節水配套改造項目由國家農發辦組織評估、審定或委託省級農發機構組織評估、審定。”
十二、將第四十二條第（三）項修改為：“附屬檔案：省級財政部門對承擔配套資金的承諾意見。”
十三、將第四十三條第二款修改為：“產業化經營項目年度實施計畫由省級農發機構批覆，報國家農發辦備案”，第三款中的“撥借”改為“支付”。
十四、將第四十四條第（六）項修改為：“所有項目的調整、變更或終止，應在項目立項次年6月底之前完成，逾期由國家農發辦逐級收回資金。”
十五、將第五十三條修改為：“國家農發辦每年對竣工項目進行綜合檢查。省級農發機構在對竣工項目組織驗收的基礎上向國家農發辦提交驗收總結報告。國家農發辦採取直接組織或委託的方式進行檢查，作出綜合評價。”
十六、將第五十六條修改為：“對因自然災害造成的農業綜合開發項目區損毀工程，其修復所需資金原則上由各省自行解決。遇有特大災情，財政部視財力情況予以適當補助。”
十七、將第五十七條修改為：“對存在嚴重違規違紀問題的農業綜合開發縣，財政部應當暫停或取消其開發縣資格。
“對竣工項目存在嚴重違規違紀問題的，財政部應當予以通報批評，限期整改。在限期內未能達到要求的，可以不予安排新增資金、調減現有投入規模或者暫停投入。”
十八、將第六十條修改為：“中央農口部門農業綜合開發項目管理辦法、農業綜合開發利用國際金融組織貸款贈款項目管理辦法另行制定。”
本決定自公布之日起施行。現行有關農業綜合開發產業化經營項目中央財政有償資金和投資參股經營資金管理辦法繼續執行，待有償資金全部回收和財政投資參股國有股權全部退出並收回股權收益後自行廢止。
《國家農業綜合開發資金和項目管理辦法》根據本決定作相應的修訂，重新公布。
中華人民共和國財政部
二〇一〇年九月四日
國家農業綜合開發資金和項目管理辦法
（2005年8月22日財政部令第29號公布；根據2010年9月4日《財政部關於修改〈國家農業綜合開發資金和項目管理辦法〉的決定》修訂）
第一章 總 則
第一條 為了促進國家農業綜合開發資金和項目管理科學化、制度化、規範化，保證資金安全運行和有效使用，保證項目順利實施，根據國家有關法律、行政法規，制定本辦法。
第二條 本辦法所稱農業綜合開發是指中央政府為保護、支持農業發展，改善農業生產基本條件，最佳化農業和農村經濟結構，提高農業綜合生產能力和綜合效益，設立專項資金對農業資源進行綜合開發利用的活動。
第三條 農業綜合開發的任務是加強農業基礎設施和生態建設，提高農業綜合生產能力，保證國家糧食安全；推進農業和農村經濟結構的戰略性調整，推進農業產業化經營，提高農業綜合效益，促進農民增收。
第四條 農業綜合開發項目包括土地治理項目和產業化經營項目。
土地治理項目，包括穩產高產基本農田建設、高標準農田示範工程、糧棉油等大宗優勢農產品基地建設、良種繁育、土地復墾等中低產田改造項目，草場改良、小流域治理、土地沙化治理、生態林建設等生態綜合治理項目，中型灌區節水配套改造項目。
產業化經營項目，包括經濟林及設施農業種植、畜牧水產養殖等種植養殖基地項目，農產品加工項目，儲藏保鮮、產地批發市場等流通設施項目。
第五條 農業綜合開發應創新機制，強化管理，實行與社會主義市場經濟、公共財政相適應的管理機制和投資政策。
第六條 農業綜合開發實行“國家引導、配套投入、民辦公助、滾動開發”的投入機制。
農業綜合開發資金安排應遵循以下原則：
（一）效益優先，兼顧公平；
（二）突出重點，兼顧一般；
（三）集中投入，不留缺口；
（四）獎優罰劣，激勵競爭。
農業綜合開發以資金投入控制項目規模，按項目管理資金。
第七條 農業綜合開發項目管理應遵循以下原則：
（一）因地制宜，統籌規劃；
（二）規模開發，產業化經營；
（三）依靠科技，注重效益；
（四）公平競爭，擇優立項。
農業綜合開發項目實行自下而上申報。
第八條 依照統一組織、分級管理的原則，合理劃分國家農業綜合開發辦公室（以下簡稱國家農發辦）和省、自治區、直轄市、計畫單列市、新疆生產建設兵團、黑龍江農墾總局（以下簡稱省）農業綜合開發辦事機構（以下簡稱農發機構）的管理許可權和職責。
第二章 扶持重點
第九條 農業綜合開發主要扶持農業主產區，重點扶持糧食主產區。農業主產區按主要農產品產量和商品量以省為單位確定。
非農業主產區的省應確定本地區重點扶持的農業主產縣（包括不設區的市、市轄區、旗及農場，下同）。
第十條 土地治理項目以中低產田改造為重點，結合優勢農產品產業帶建設，建設旱澇保收、穩產高產基本農田。堅持山水田林路綜合治理，農業、林業、水利措施綜合配套，實現經濟、社會、生態效益的統一。
第十一條 產業化經營項目應參照國家制定的優勢農產品區域布局規劃，根據當地資源優勢和經濟發展狀況，確定重點扶持的優勢農產品產業。通過加強優勢農產品基地建設，扶持產業化龍頭企業，提高農業生產組織化程度和農業產業化經營水平。
第十二條 土地治理項目扶持對象應以農民為重點。
產業化經營項目扶持的對象包括國家級和省級農業產業化龍頭企業（含省級農發機構審定的龍頭企業）以及農民專業合作組織等。
第十三條 由國家農發辦確定納入扶持範圍的農業綜合開發縣，並按照“總量控制、適度進出、獎優罰劣、分級管理”的原則進行管理。
第三章 資金管理
第十四條 中央財政根據財力可能逐年增加用於農業綜合開發的資金。
第十五條 財政部依據各地財力狀況分別確定各省地方財政資金與中央財政資金的配套比例。
省級財政承擔的配套資金總體上不低於地方財政配套資金的80%。省級財政可以在確保地方財政配套資金的前提下根據地（包括設區的市、自治州、盟，下同）、縣財力狀況確定不同的配套比例。
地方各級財政配套資金應列入同級財政年度預算。
國家扶貧開發工作重點縣以及鄉級財政不承擔資金配套任務。
第十六條 農業綜合開發的扶持對象應有必要的投入。
土地治理項目的農村集體和農民籌資（含以物折資）投勞，要嚴格按照“農民自願，量力而行，民主決策，數量控制”和“誰受益、誰負擔”的原則進行籌集，並納入村內“一事一議”範疇，實行專項管理。
產業化經營項目的自籌資金不得低於財政投入資金。
第十七條 農業綜合開發可以採取補貼、貼息等多種形式，吸引社會資金，增加農業綜合開發投入。
第十八條 中央財政農業綜合開發資金的分配以綜合因素法為主，按資源條件和工作質量測算各省中央財政資金投資指標。
各省產業化經營項目中央財政資金投資規模根據項目申報情況確定。
第十九條 每年新增中央財政農業綜合開發資金重點用於農業主產區。各省農業綜合開發財政資金應對農業主產縣進行重點投入。
第二十條 農業綜合開發財政資金原則上70%以上用於土地治理項目，30%以下用於產業化經營項目，具體投入比例根據各省資源狀況和經濟發展要求確定。
農業綜合開發應逐步加大科技投入力度，提高財政資金中科技投入所占比重。
第二十一條 用於農業綜合開發的中央財政資金實行補貼、貼息等方式全部無償投入。
第二十二條 用於土地治理項目的農業綜合開發資金的使用範圍包括：
（一）總庫容在1000萬立方米以下的小型水庫、塘壩及攔河壩的改建、擴建、加固、新建；總裝機容量在5000KW以下的機電排灌站的改造、續建、新建及其配套的35KV以下輸變電設備；新打、修復機電井及配套的機、泵和10KV以下的輸變電設備；灌排渠道開挖、疏浚、襯砌及配套建築物；發展節水灌溉所需的建材、管材及噴滴灌設備。中型灌區節水配套改造項目資金的使用範圍及其管理辦法由國家農發辦另行制定。
（二）修建農田機耕路所需沙石料、水泥、瀝青；改良土壤所需綠肥種子及秸稈還田機械設備、機械平整土地的施工；優良品種的購置、繁育及加工所需的工程設施、配套設備；推廣優良品種和先進實用技術所需的小型儀器設備及示範、培訓；購置農業機械及配套農機具的補助等。
（三）營造農田防護林、防風固沙林、水源涵養林、水土保持林等所需的苗木購置（或苗圃建設）及工程設施；牧區改良草場所需種子購置、灌溉設施、草場圍欄、青貯窖、飼料加工、牲畜棚圈等。
第二十三條 用於產業化經營項目的農業綜合開發資金的使用範圍包括：
（一）經濟林及設施農業種植基地所需的灌排設施、農用道路、輸變電設備及溫室大棚，品種改良、種苗繁育設施，產品整理、分級、清洗、包裝等采後處理設施，質量檢測設施，新品種、新技術的引進、示範及培訓等。
（二）養殖基地建設所需的灌排設施、農用道路及輸變電設備等，種苗繁育、品種改良設施，養殖基地生產設施，專用飼料小型生產設施，疫病防疫設施，廢棄物處理及隔離環保設施，質量檢測設施，新品種、新技術的引進、示範及培訓等。
（三）農產品加工項目所需的生產車間、輔助車間、包裝車間、成品庫、原料庫、低溫庫、加工設備、輔助設備及配套的供水、供電、道路設施；質量檢驗設施，廢棄物處理等環保設施，衛生防疫及動植物檢疫設施，引進新品種、新技術，對基地的農戶進行技術培訓等。
（四）農產品產地批發市場、儲藏保鮮項目所需的氣調庫、預冷庫、低溫庫、設備購置安裝及配套的供水、供電、道路設施，產品質量檢測設施，衛生防疫與動植物檢疫設施，廢棄物配套處理設施，農產品產地批發市場的交易場所建設等。
（五）項目可行性研究、初步設計或實施方案（以下簡稱初步設計）、環境評估等所需費用。
第二十四條 農業綜合開發資金的其他使用範圍包括：
（一）貸款貼息。從中央財政農業綜合開發資金中單獨安排資金，專項用於符合農業綜合開發扶持範圍的貸款項目的貼息。貼息資金管理辦法由財政部另行制定。
（二）縣級農發機構項目管理費。按土地治理項目財政投資的一定比例提取使用：財政投資500萬元以下的按3.5%提取，1000萬元以下的其超過500萬元的部分按1.5%提取，超過1000萬元的其超過部分按0.5%提取。項目管理費從地方財政配套資金中列支，主要用於項目實地考察、檢查驗收、業務培訓、項目及工程招標、資金和項目公示以及土地治理項目可行性研究、土地治理項目一般工程初步設計等方面的支出，不得用於人員工資、補貼、購置車輛等行政經費開支。地、省級農發機構和國家農發辦由本級財政預算單獨安排事業費用於項目管理各項支出，不得另提項目管理費。
（三）土地治理項目主要單項工程監理費及其勘察設計費。從地方財政配套資金中列支，按實際支出數計入項目工程成本。具體辦法由國家農發辦參照國家有關規定製定。
第二十五條 農業綜合開發財政資金實行專人管理、專賬核算、專款專用，嚴格按照農業綜合開發財務、會計制度進行管理，按規定範圍使用資金，嚴禁擠占挪用。
第二十六條 各級財政部門應根據已批准的項目計畫、初步設計、工程建設進度，按有關規定及時、足額支付資金。
第二十七條 財政資金的使用實行縣級報賬制。項目實施單位要嚴格按照規定的程式及時辦理報賬。報賬資金的撥付實行轉賬結算，嚴格控制現金支出，嚴禁白條入賬。
第二十八條 各級農發機構應採取自查、委託社會中介機構等方式，加強對資金撥借、使用情況的監督檢查。
各級農發機構應積極配合審計和財政監督機構等部門的審計和監督檢查工作。
第二十九條 財政部對經查明的擠占、挪用農業綜合開發資金及虛報農業綜合開發項目等違規違紀問題，應責令改正，追回資金，並按照有關規定追究有關單位和責任人的責任。
第四章 項目管理
第三十條 農業綜合開發項目的前期準備是指項目正式申報前的準備工作，包括制定開發規劃、建立項目庫、編制項目可行性研究報告等。前期準備工作應做到經常化、制度化。
第三十一條 各級農發機構應依據農業發展中長期規劃和國家農業綜合開發政策，制定本地區農業綜合開發總體規劃及階段性開發方案，並在此基礎上，建立土地治理項目庫和產業化經營項目庫。
第三十二條 存入項目庫的項目應達到項目建議書的要求。項目建議書的主要內容包括：
（一）土地治理項目：開發的必要性及條件，建設範圍、規模及主要治理措施，投資估算及來源（含農民籌資投勞計畫），效益預測。
（二）產業化經營項目：建設條件，建設單位基本情況，市場分析與銷售方案，項目建設方案，投資估算與資金籌措，財務評價。
項目建議書經省級或地級農發機構實地考察合格，可存入項目庫，擬扶持項目從項目庫中擇優選擇。
第三十三條 農業綜合開發項目可行性研究報告應由具備相應資質的單位編制或組織有關專家編制。
可行性研究報告的主要內容包括：
（一）土地治理項目：項目背景，包括自然、社會、經濟等現狀；水土資源評價；項目建設的必要性及可行性；治理範圍、地點、規模；工程量及主要工程、農藝措施；項目區現狀及工程平面布置圖；投資估算及籌資方案；經2/3以上農戶簽字同意或村民代表大會通過的農民籌資投勞計畫及自願開發證明材料；綜合效益評價；組織實施和運行管理。
（二）產業化經營項目：項目背景及必要性，建設條件，建設單位基本情況，市場分析與銷售方案，項目建設方案，投資估算與資金籌措，財務評價，環境影響評價，農業產業化經營與農民增收效果評價，項目組織與管理。
第三十四條 農業綜合開發項目申報單位一般應在上年度申報下年度的農業綜合開發項目。
各級農發機構應區別各類項目不同情況，積極推行項目招商或項目招投標，發布項目申報指南，在較大範圍內擇優選項。
第三十五條 國家農發辦和省級農發機構應按職責分工組織項目評估，對擬建項目可行性研究報告採取定量分析和定性分析相結合，動態分析和靜態分析相結合的方法，對項目建設的必要性、技術可行性、經濟合理性、資金配套與償還能力的可靠性進行審查和綜合評價，為項目確立提供決策依據。
國家農發辦和省級農發機構應對產業化經營項目申報單位附報的社會中介機構出具的審計報告、城郊新建項目徵用土地的批准檔案以及乾旱地區中低產田改造項目申報單位附報的水利部門出具的水資源條件鑑定意見等進行審查和評價。
項目評估採取專家評議、現場答辯、實地考察等形式。對虛報材料或財務經營狀況不清的，實行一票否決。
項目評估應建立責任制，明確專業評估人員的評估責任。評估人員應對評估項目的技術可行性、經濟合理性等作出客觀真實的評價。因評估結論失實影響項目正確決策的，評估人員及其所屬評估機構應當承擔相應責任。
第三十六條 土地治理項目立項應符合以下條件：
（一）中低產田改造項目應符合土地利用規劃，有明確的區域範圍，按流域或灌區統一規劃；項目區水源有保證，防洪有保障，排水有出路，灌排骨幹工程基本具備；開發治理的地塊集中連片，具有較大的增產潛力。年度單個項目相對連片開發面積，原則上平原地區不低於1萬畝、丘陵山區不低於5000畝。
（二）生態綜合治理項目應有明確的區域範圍，治理區面積集中連片，具有一定開發治理條件，對改善農業生產條件和生態環境具有明顯的效果。年度單個項目相對連片治理面積，天然草場5000畝以上，人工草場1000畝以上，小流域治理和土地沙化治理5000畝以上。
（三）中型灌區節水配套改造項目應符合區域水資源利用總體規劃和節水灌溉發展規劃；直接為農業綜合開發項目區提供水利灌排條件；灌區設計灌溉面積一般不低於5萬畝、不超過30萬畝。
第三十七條 產業化經營項目一般安排在農業綜合開發縣，申報單位或其控股單位應當具有獨立的法人資格，經營期在兩年以上，有一定的經營規模和經濟實力，有較強的自籌資金能力，能保證資金安全運行，近兩年資產負債率小於70%，銀行信用等級A級以上（含A級，未向銀行貸款的除外），開發產品科技含量高，市場潛力大，競爭優勢明顯，帶動能力強，與農戶建立了緊密、合理的利益聯結機制，建立了符合市場經濟要求的經營管理機制。
除具備前款規定的條件外，種植養殖基地項目須有明顯的資源優勢和特色；農產品加工項目須有優勢農產品基地作依託，向農戶採購的原料占所需原料的70%以上；儲藏保鮮、產地批發市場項目須為項目區提供與生產和加工相關的服務。
第三十八條 高標準農田示範工程項目、中型灌區節水配套改造項目由國家農發辦組織評估、審定或委託省級農發機構組織評估、審定。
其他農業綜合開發項目一般由省級農發機構組織評估、審定，部分項目可以委託地級農發機構組織評估、審定，國家農發辦進行指導、監督和抽查。
第三十九條 在項目評估可行的基礎上，按照項目管理權責，由國家農發辦或省級農發機構根據財力可能，遵循合理布局的原則，擇優確定所扶持項目並編入項目計畫。
第四十條 農業綜合開發項目計畫原則上實行一年一定的辦法。國家農發辦逐年下達中央財政投資控制指標，作為省級農發機構編制年度項目實施計畫的依據。
第四十一條 農業綜合開發項目初步設計應由具備相應資質或能力的單位編制，其內容包括：項目總體設計，主要建築物設計，機械、設備及儀器購置計畫，配套設施設計，主要工程概算，項目區現狀圖和工程設計圖等。
初步設計由省級或地級農發機構組織審定，或委託相關技術部門審定。
第四十二條 地方農發機構應逐級編制、匯總年度項目實施計畫。年度項目實施計畫的主要內容包括：
（一）編制說明書。包括開發範圍及變更情況、區域布局與開發重點、投資規模及資金來源構成、開發任務與項目安排、主要治理措施及投資構成、預期效益目標等。
（二）項目計畫表。各類項目計畫表的格式由國家農發辦統一制發。
（三）附屬檔案：省級財政部門對承擔配套資金的承諾意見。
第四十三條 國家農發辦主要批覆土地治理項目年度實施計畫的開發範圍、任務及投資額等。省級農發機構根據國家農發辦的批覆向下批覆項目年度實施計畫，並報國家農發辦備案。
產業化經營項目年度實施計畫由省級農發機構批覆，報國家農發辦備案。
省級農發機構應按照國家農發辦規定的時間向國家農發辦申報項目年度實施計畫或備案其批覆的項目年度實施計畫，國家農發辦應及時批覆或核查。國家農發辦對省級農發機構報送備案的項目年度實施計畫在一個月內未提出異議的，視為同意。批覆或備案的年度項目實施計畫，作為支付中央財政資金和進行檢查驗收的依據。
第四十四條 年度項目實施計畫進行調整、變更和終止的，應按照以下規定進行。
（一）凡建設內容調整涉及財政資金額度達到100萬元以上的，應在項目初步設計重新審定後逐級報經國家農發辦批准；低於100萬元的，應由組織審定該項目初步設計的省級或地級農發機構批准。
（二）項目變更（指項目性質、建設地點、項目實施單位的任何一項變更）或終止，須逐級報經組織該項目評估審定的國家農發辦或省級農發機構批准。由省級農發機構批准變更或終止的項目，需報國家農發辦備案。因項目變更而實施的新項目需按本辦法第三十五條第二款的規定附報新建單位相關證明材料。
（三）項目變更、終止經國家農發辦或省級農發機構批准後，縣級農發機構應及時將項目變更或終止的決定正式通知項目實施單位或農民，並說明變更或終止的理由。
（四）經批准終止的項目的中央財政資金，縣級農發機構須在收到項目終止正式通知一個月內逐級上繳國家農發辦。
（五）終止項目及因項目變更取消的項目，其已發生的有關費用支出，原則上由項目實施單位自行負擔。
（六）所有項目的調整、變更或終止，應在項目立項次年6月底之前完成，逾期由國家農發辦逐級收回資金。
第四十五條 農業綜合開發項目建設期為1-2年。凡納入計畫的項目，應如期建成，並達到國家規定的建設標準。
第四十六條 農業綜合開發項目應當推行項目法人制、招投標制、工程監理制、資金和項目公示制。
土地治理項目主要單項工程的勘察設計、施工、監理、主要設備和材料的採購，實行公開招標。主要單項工程的施工，由具備相應資質或能力的單位進行監理。
農業綜合開發財政資金及農村集體、農民自籌資金使用情況，項目建設主要內容，應推行公示制。
第四十七條 項目實施單位應按照經批准的初步設計組織實施，施工單位應嚴格按照設計圖紙施工，不得擅自變更建設地點、規模、標準和主要建設內容。
第四十八條 各級農發機構要加強項目實施過程中的檢查監督，進行定期檢查或專項檢查，發現問題及時糾正，確保工程質量和資金使用效益。
第四十九條 省級農發機構應在每年3月底前向國家農發辦報送上年度項目實施計畫完成情況統計表。
第五十條 農業綜合開發竣工項目驗收的主要依據包括國家制定的農業綜合開發方針政策、規章制度及工程建設標準，項目年度實施計畫批覆、調整及資金撥借檔案，以及經批准的項目初步設計。
第五十一條 農業綜合開發竣工項目驗收的主要內容包括執行國家農業綜合開發政策的情況，項目建設任務與主要經濟技術指標完成情況，主要工程建設的質量情況，資金到位及農民籌資投勞情況、資金使用和回收落實情況，工程運行管理和文檔管理情況等。
第五十二條 農業綜合開發竣工項目一般由省級農發機構進行驗收，部分竣工項目可以委託地級農發機構驗收。
縣級農發機構和項目實施單位應做好項目竣工驗收前的準備工作，由地級農發機構進行督查。
第五十三條 國家農發辦每年對竣工項目進行綜合檢查。省級農發機構在對竣工項目組織驗收的基礎上向國家農發辦提交驗收總結報告。國家農發辦採取直接組織或委託的方式進行檢查，作出綜合評價。
第五十四條 農業綜合開發項目竣工驗收後，應當明確管護主體，及時辦理移交手續。
管護主體應建立健全各項運行管護制度，保證項目正常運轉，長期發揮效益。
各級農發機構應做好後期項目監測評價工作，為改進項目管理提供依據。
第五十五條 農業綜合開發項目區應按照“誰受益誰負擔”、“以工程養工程”的原則籌集項目運行管護費用；推行建立自主管理灌排區的投資、養護管理機制；採取拍賣、租賃、承包等方式對形成的資產實行有效管理。
第五十六條 對因自然災害造成的農業綜合開發項目區損毀工程，其修復所需資金原則上由各省自行解決。遇有特大災情，財政部視財力情況予以適當補助。
第五十七條 對存在嚴重違規違紀問題的農業綜合開發縣，財政部應當暫停或取消其開發縣資格。
對竣工項目存在嚴重違規違紀問題的，財政部應當予以通報批評，限期整改。在限期內未能達到要求的，可以不予安排新增資金、調減現有投入規模或者暫停投入。
第五章 附 則
第五十八條 本辦法所稱“以上”、“以下”均含本數。
第五十九條 省級農發機構可根據本辦法，結合本地區的實際情況，制訂具體實施辦法，報財政部備案。
第六十條 中央農口部門農業綜合開發項目管理辦法、農業綜合開發利用國際金融組織貸款贈款項目管理辦法另行制定。
第六十一條 本辦法自2005年10月1日起施行，原《國家農業綜合開發項目和資金管理暫行辦法》同時廢止。
