歷史沿革
其前身是1888年在伍茲霍爾建立的海洋生物研究所。1927年由美國科學院海洋學委員會開始籌建海洋研究所，1930年成立。當時，該所由洛克菲勒基金會和卡乃基基金會資助並設理事會領導，僅在夏季工作，H.B.比奇洛博士任所長。第二次世界大戰期間大量接受海軍任務,改為全年工作,研究力量迅速增強。戰後由國家科學基金會和海軍研究署資助。該所設有海洋生物學、海洋化學、海洋地質學和地球物理學、物理海洋學以及海洋工程 5個研究室。擁有 4個大型實驗室、4艘研究船、“阿爾文”號潛水器、 電子顯微鏡中心和計算中心等。1957年以後，積極參與國際印度洋考察、國際海洋考察十年等國際海洋科學活動，研究課題廣泛，涉及海洋基礎學科和海洋工程各個方面。在海洋生物研究，北大西洋洋流、墨西哥灣流與西部邊界流以及大渦旋的研究，深海大環流模擬等方面取得了重大成果。60年代末,開設頒授海洋學博士學位的研究生課程,前期課程限於自然科學，後與麻薩諸塞州理工學院、哈佛大學等合作增設海洋政策和管理,海洋及其資源的利用、權益和歸屬等方面的課程。該所研究船隊年總航程10萬海里左右。出版物有技術報告、論文彙編以及季刊《海洋》等。
大事表
1930年1月6號，在美國國家科學院委員會海洋地質中心的建議下，組建成立了伍茲霍爾海洋研究所。芝加哥大學的Frank R任主席，Henry Bigelow任所長。
1931年6月， 40英尺（12米）的沿海船在美國麻薩諸塞州的新貝德福德交付使用，進行伍茲霍爾海洋研究所第一個研究季的科研工作。
1939年，經過近十年的研究，對北美西部的洋流有了更深入的了解。
1940年7月1日，處於軍事需要，伍茲霍爾海洋研究所第一次與聯邦政府簽訂契約。1942-1945年研究所規模從92人發展到超過300人，承擔了40項軍事方面的課題。
1946年，戰爭結束後，海軍相關的課題繼續進行，40多名研究人員對太平洋比基尼環礁附近發生的核子彈試驗區進行大規模的測量。
1947年底，Atlantis號前往地中海，為海軍繪製愛琴海的海底地形圖。
1950年，戰時的通貨膨脹使得私人資助支撐研究所的工作力不從心，因此WHOI只剩下了一個私人公司，此時政府的資助在推動海洋科學發展時占據了主要地位。同年，Edward Smith任所長，並修建了WHOI的第二大建築——海軍資助的實驗室，該實驗室後來以Edward Smith來命名。
1957-1958進行的國際地理年（IGY）工作繼續吸引了更多的資金資助。
1958年，Paul Fye任所長，這位戰時頗受爭議的研究團隊的成員領導WHOI走上更加正規化的研究所道路。
1962年，WHOI的各項研究均居世界前沿。
1968年，此時WHOI的員工達到600人，迫切需要更大的實驗室空間。經過數年的努力，和麻省理工學院簽訂了共同培養研究生的計畫。
1970年，國家科學基金會發起的國際海洋探測十年計畫（IDOE）帶來了許多“大科學項目”。
1974年，WHOI歷史上最大的進展發生了：在Quissett校園再次建立一些獨立學科的研究部門。10月，Clark實驗室建成。
1977年，Paul Fye在擔任19年所長後，WHOI迎來了它的輝煌發展。在Paul Fye在任期間，WHOI的員工數量翻了一番，獲得的項目資助有了成十倍的增加，從1958年的250萬元增長到1977年的2400萬元。新的建築、船隻、潛艇、研究生培養計畫和海事政策計畫大大提升了WHOI的科研力量。
1980年WHOI迎來50周年所慶。同時主辦了主題為“海洋學的現在與未來”的海洋學研討會。
1985年，在進行Knorr探險時，發現了沉陷的Titanic號。標誌著深海的勘探達到新的階段。
1989年，世界洋流實驗室的水文研究室在WHOI建立。
1993年，迄今為止世界上最具影響力的研究項目自1990年開始，耗資5000萬，1996年該項目結束時實際耗資5400萬。
1997年，在Atlantis2造訪過紐約港、亞歷山大港和維吉尼亞港後，研究所的第三艘Atlantis號開始用於海洋科學研究。
2000年，為了加強學科的交叉研究，加強科研成果與公眾和政策制定者之間的溝通，四個海洋研究所成立。它們分別是：海岸帶所、深海探測研究所、海洋與氣候變化研究所和大洋生命研究所。
2004年，75周年所慶。
