專業設定
仲愷農業工程學院農學院現設有農學、植物保護和種子科學與工程等3個本科專業；學院擁有 植物保護一級學科碩士點1個， 植物病理學、 農業昆蟲與害蟲防治、 農藥學等3個目錄內 二級學科碩士點3個，以及目錄外自主設定交叉二級學科“ 種質資源保護與利用”碩士點1個；擁有植物保護全日制農業推廣碩士點1個，植物保護、作物、種業等3個農業推廣碩士專業學位培養領域和農業推廣植物保護領域校外（南雄）合作辦學點1個；目前在校本科生456人，碩士研究生37人。
學院下設 植物病理學重點實驗室，作物學實驗室和植物保護學實驗室，植物病理學研究所、外來有害生物預警與控制研究所、作物研究所和種子科學與工程研究所等教學和科研機構。
師資力量
學院擁有一支高素質、高水平的教師隊伍。現有教職工39人，其中教授10人、副教授13人（含副研究員和高級實驗師），高級職稱教師占教師隊伍總數的59%；博士16人、碩士12人，碩士以上學歷的教師占教師隊伍總數的71 %。擁有農業部油料專家指導組成員1名、廣東省農作物品種審定委員會委員2名。
科研成果
近五年來，學院共承擔省部級以上科研項目25項，其中 國家自然科學基金項目5項、 省部級自然科學基金和科技計畫20項，在研總經費2000多萬元；共選育出國審、省審農作物新品種8個，榮獲 國家科技進步獎二等獎1項， 省級科學技術獎一等獎2項， 省農業技術推廣獎和 市級科學技術獎7項。擁有 省級特色專業1個、 校級特色專業1個、 校級教學團隊1個和 校級精品課程2門； 校級重點學科（植物病理學、作物遺傳育種）2個， 校級重點實驗室2個。
學院擁有 植物病理學重點實驗室、 作物學實驗室和植物保護學實驗室， 校植物病理學研究所、 校外來有害生物預警與控制研究所、 校作物研究所、 校種子科學與工程研究所等教學和科研機構。
辦學理念
學院已成為仲愷農業工程學院特色明顯、優勢突出、專業學術水平高、人才培養質量好的創新型和套用複合型人才培養基地，今後將立足廣東，輻射華南，面向城鄉，服務三農；強化本科教育和研究生教育，為現代化農業發展多做貢獻。
