歷史沿革
建院初期
1957年3月1日，中國農業科學院成立大會召開。
1958年3月19日，中國農業科學院在北京召開第一次全國農業科學研究所、站長及其直屬研究所、室領導參加的會議。8月20日，農業部同意中國農業科學院將所屬6個大區農業科學研究所的行政業務關係，除西南農業科學研究所下放雲南省，全部下放到所在省領導，作為地方建制。9月22日，國務院科學規劃委員會原則同意中國農業科學院新建大豆、油菜等22專業研究所和蔬菜研究室。
1959年6月6日，中國農業科學院遼寧分院成立。
1960年7月1日，中國農業科學院完成精簡機構任務，京內原有研究單位精簡為11個，京外精簡為14個。
1962年9月29日，周恩來總理在接見參加國家科學技術委員會農業組擴大會議的科學家時指出：“在精簡中把農業科學研究機構精簡過頭了”、“這些機構當然要恢復起來”、“科學研究方面的設備、儀器、人才和場地都要解決，可做為緊急措施來處理”。
1963年2月8日，中共中央、國務院在北京召開全國農業科學技術工作會議，討論和審議農業科學技術各有關專業1963-1972年的規劃，座談對20年至25年農業技術改造規劃構想。
1964年，新建內蒙古草原研究所、上海家畜血吸蟲病研究室。
1965年，中國農業科學院科研機構發展到33個。
文革時期
1970年5月14日，在“不靠七千五，要靠七億五”的錯誤思想指導下，國務院決定撤銷中國農業科學院的建制，與中國林業科學研究院合併，成立中國農林科學院。該年度，原農林口各部門所屬科研單位68個，職工13963人，下放後合併成立中國農林科學院，暫編620人（其中幹部603人，工人17人），組成35個科技服務組，分別到全國有關基層生產單位蹲點。
1971年1月7日，《中國農業科學院下放工作簡報》中指出，全院原有35個單位，職工27345人，根據農林兩院體制改革方案，約需留下434人，占全院職工數的5.95%，應下放6911人。截至1970年底估計已下放京內外單位28個，職工25899人，占應下放人數的85.3%。12月9日，中國農林科學院黨的核心小組成立。
1972年10月11日，農業部在關於中國農林科學院調整體制編制的報告中指出，該院是“全國農林牧漁綜合性的科研機構”，除院部外，設情報研究所、農業研究所、農業物理研究所、林業研究所、畜牧（養豬）研究所。編制1000人，其中幹部800人，工人200人。下放所調整領導管理和任務，以院為主雙重領導的8個研究所，帶全國任務的23個研究所，屬地方承擔部分國家任務的4個研究所。
1975年10月21-31日，中國農林科學院和湖南省農業科學院主持，在長沙召開第四次全國雜交水稻科研協作會。代表考察湖南、江西、廣東、廣西等4省區4200餘畝的雙季晚稻的現場，並鑑定1400畝旱季稻的生產表現，一致同意宣布雜交水稻研究成功。
恢復建制
1977年9月27日，農業部上報國務院《關於加強農林科教工作和調整農林科學、教育體制的報告》提出，中國農林科學院擬收回下放北京市的作物育種栽培研究所、蔬菜研究所和農業氣象室，原下放地方的31個專業研究所調整為以部為主和地方雙重領導，完全下放給地方的有9個單位。此報告後經黨中央批示同意。
1977年10月28日，中國農林科學院黨的核心小組改名為中國農林科學院黨組。
1978年3月13日，恢復中國農業科學院和中國林業科學研究院建制。6月17日，中國農業科學院成立黨組。11月27日-12月20日，中國農業科學院恢復建制後召開第一次工作會議，討論制定中國農業科學院1978-1985年科學技術發展規劃。12月6日，柑橘所、茶葉、蠶業、鄭州果樹分所、遺產室和甘肅畜牧三室的領導體制由以地方為主雙重領導改為以部為主雙重領導；鄭州果樹研究所分所改為中國農業科學院鄭州果樹研究所，蘭州畜牧研究室改為中國農業科學院蘭州畜牧研究所。12月15日，中共中央、國務院批准中國農業科學院遷出下放的研究所搬回北京，對下放以地方為主雙重領導的研究所，恢復以部為主的領導體制。
1979年9月28日，中國共產黨第十一屆四中全會通過《中共中央關於加快農業發展若干問題的決定》，要求迅速恢復和加強農業科研機構和高等院校的研究和教學條件。
開拓發展
1982年2月20日，收回特產研究所，上海家畜血吸蟲病研究室升格為上海家畜血吸蟲病研究所。
1983年，新建中國水稻研究所。
1985年2月7日，文化部同意中國農業科學院成立中國農業科技出版社。8月19日，草原研究所實行以中國農業科學院為主，農牧漁業部和自治區雙重領導體制，同時掛“內蒙古自治區草原研究所”的牌子。
1986年，國家質量監督檢驗檢疫總局和國家農業部依法授權，依託中國農業科學院飼料研究所成立國家飼料質量監督檢驗中心（北京）。4月25日，國家農牧漁業部批准，依託中國農業科學院哈爾濱獸醫所組建獸醫生物技術國家重點實驗室。6月16日，農牧漁業部批准中國農業科學院成立生物技術研究中心。
1987年，情報所、院圖書館、農業科技出版社3個單位合併組建科技文獻信息中心，蔬菜研究所更名為蔬菜花卉研究所。
1988年，養蜂所更名為蜜蜂研究所。
1989年10月9-11日，中國水稻研究所落成典禮在杭州富陽舉行。上海血研所更名為上海家畜寄生蟲病研究所。
1990年，中國農業科技出版社從文獻中心分出獨立建制。
1991年11月，國家科技部批准，依託中國農業科學院建立國家昌平綜合農業工程技術研究中心；成立中國農業科學院博士後流動站。
1992年，設立了農業巨觀研究室。依託中國農業科學院植物保護研究所組建植物病蟲害生物學國家重點實驗室。
1993年，成立了廊坊中試基地。
1995年11月21日，中國農業科學院機關調整後機構設定為八個職能部門，分別是：院辦公室、科技管理局、人事局、國際合作與產業發展局、計畫財務局、監察局、審計局、直屬機關黨委。
1997年，農業部將其直屬的南京農業機械化研究所、成都沼氣研究所、天津環境保護科研監測所3個單位劃歸中國農業科學院領導。9月10日，中國農業科學院中獸醫研究所與蘭州畜牧研究所合併成立中國農業科學院蘭州畜牧與獸藥研究所。
1998年4月13日，國家農業部批覆，依託中國農業科學院水稻研究所組建國家水稻改良中心，依託中國農業科學院作物科學所組建國家小麥改良中心。8月，國家農業部批覆，依託中國農業科學院蔬菜花卉研究所組建國家蔬菜改良中心，依託中國農業科學院棉花研究所組建國家棉花改良中心，依託中國農業科學院甜菜研究所組建國家糖料改良中心。
1999年，遺產室劃轉給南京農業大學管理，加掛“中國農業科學院遺產室”的牌子。同年，生物技術研究中心改名為生物技術研究所。
展望未來
中國農業科學院2001年，農業氣象所與生物防治研究所合併，組建“農業環境與持續發展研究所”，蠶業所併入華東船舶工業學院，加掛“中國農業科學院蠶業研究所”的牌子。同年，甘肅省草原生態研究所加掛“中國農業科學院草原生態研究所”的牌子。
2002年9月，國家農業部批覆，依託中國農業科學院柑桔研究所組建“國家柑桔品種改良中心”。9月27日，農業部批覆在中國農業科學院麻類研究所組建國家麻類作物育種中心。12月6-8日，江蘇徐州甘薯研究中心和江蘇家禽科學研究所增掛“中國農業科學院甘薯研究所”、“中國農業科學院家禽研究所”牌子儀式先後在江蘇徐州市和揚州市舉行。
2003年，國家科技部批准，由華中農業大學和中國農業科學院油料作物研究所共同組建國家油菜工程技術研究中心，依託中國農業科學院果樹研究所組建國家蘋果育種中心。1月1日，中國農業科學院作物育種栽培研究所與作物品種資源研究所合併，成立作物科學研究所。5月13日，土壤肥料研究所與農業自然資源與區劃研究所合併重組，暫名為中國農業科學院農業資源與農業區劃研究所。7月8日，中國農業科學院農業質量標準與檢測研究所正式成立。8月18日，國家農業部批覆，依託中國農業科學院茶葉研究所組建國家茶葉改良中心。8月25日，中國農業科學院甜菜研究所與黑龍江大學合併儀式在黑龍江大學舉行。12月，國家科技部批覆，在中國農業科學院水稻研究所建立水稻生物學國家重點實驗室。
2004年8月，經國家發改委、農業部批准，依託中國農業科學院菸草研究所組建國家菸草改良中心。12月19日，中國農業科技東北創新中心在吉林省農業科學院揭牌。
2005年3月，國家科技部批覆，在中國農業科學院畜牧研究所和中國農業大學共同建立動物營養學重點實驗室。北京畜牧獸醫研究所、哈爾濱獸醫研究所、蘭州獸醫研究所和上海獸醫研究所分別加掛中國動物衛生與流行病學中心北京分中心、哈爾濱分中心、蘭州分中心、上海分中心的牌子。
2006年7月26日，國家科技部批准在中國農業科學院蘭州獸醫研究所建立家畜疫病病原生物學國家重點實驗室。11月15日，國家科技部批准，依託中國農業科學院作物科學研究所組建全國農作物種質資源野外觀測研究圃網。
2016年6月1日，由中國農業科學院和荷蘭瓦赫寧根大學共同建立的中荷畜禽廢棄物資源化中心在中國農科院成立。
組織體系
機構概況
據2016年10月中國農業科學院官網顯示，農科院擁有32個直屬研究所與9個共建研究所，建有研究生院、中國農業科學技術出版社、海外農業研究中心。
海外農業研究中心：海外生物資源研究室、海外糧食作物研究室、海外經濟作物研究室、海外園藝作物研究室、海外植物保護研究室、海外動物疫病防控研究室、海外動物養殖研究室、海外資源環境研究室、海外農產品加工研究室、海外農機與裝備研究室、國際農業標準研究室、海外農業經濟政策研究室、海外農業大數據研究室、海外農業戰略情報研究室、海外農業人才培養基地、海外農業生產技術集成平台。
| 中國農業科學院作物科學研究所 | 中國農業科學院農產品加工研究所 |
| 中國農業科學院植物保護研究所 | 中國農業科學院生物技術研究所 |
| 中國農業科學院蔬菜花卉研究所 | 中國農業科學院農業經濟與發展研究所 |
| 中國農業科學院農業環境與可持續發展研究所 | 中國農業科學院農業資源與農業區劃研究所 |
| 中國農業科學院北京畜牧獸醫研究所 | 中國農業科學院農業信息研究所 |
| 中國農業科學院蜜蜂研究所 | 中國農業科學院農業質量標準與檢測技術研究所 |
| 中國農業科學院飼料研究所 | 農業部食物與營養發展研究所 |
| 中國農業科學院農田灌溉研究所 | 中國農業科學院蘭州畜牧與獸藥研究所 |
| 中國水稻研究所 | 中國農業科學院上海獸醫研究所 |
| 中國農業科學院棉花研究所 | 中國農業科學院草原研究所 |
| 中國農業科學院油料作物研究所 | 中國農業科學院特產研究所 |
| 中國農業科學院麻類研究所 | 中國農業科學院環境保護科研監測所 |
| 中國農業科學院果樹研究所 | 農業部沼氣科學研究所 |
| 中國農業科學院鄭州果樹研究所 | 農業部南京農業機械化研究所 |
| 中國農業科學院茶葉研究所 | 中國農業科學院菸草研究所 |
| 中國農業科學院哈爾濱獸醫研究所 | 中國農業科學院深圳農業基因組研究所 |
| 中國農業科學院蘭州獸醫研究所 | ---- |
| 中國農業科學院柑桔研究所 | 中國農業科學院水牛研究所 |
| 中國農業科學院甜菜研究所 | 中國農業科學院草原生態研究所 |
| 中國農業科學院蠶業研究所 | 中國農業科學院家禽研究所 |
| 中國農業科學院·南京農業大學中國農業遺產研究室 | 中國農業科學院甘薯研究所 |
人員編制
中國農業科學院組織機構圖中國科學院院士：李家洋、莊巧生、丁穎（已故）、金善寶（已故）、陳鳳桐（已故）、馮澤芳（已故）、盛彤笙（已故）、戴松恩（已故）、李競雄（已故）、徐冠仁（已故）、朱祖祥（已故）、李博（已故）、鮑文奎（已故）
中國工程院院士：盧良恕、方智遠、張子儀、范雲六、郭予元、陳宗懋、劉旭、喻樹迅、吳孔明、唐華俊、萬建民、李光博（已故）、劉更另（已故）、邱式邦（已故）、董玉琛（已故）、沈榮顯（已故）
國際交流
據2016年10月中國農業科學院官網顯示，中國農業科學院先後與81個國家、33個國際組織、6個跨國公司及蓋茨基金會建立了科技合作關係，有13個國際機構在中國農業科學院設立了駐華辦事處，共建聯合實驗室、聯合研究中心27個；組織全國20多個省（市、區）的農業科研與教學單位參加了“國際農業研究磋商組織（CGIAR）挑戰計畫”、蓋茨基金會“綠色超級稻項目”等重大國際科技合作項目。2016年4月6日，中國農業科學院黨組書記陳萌山會見了來訪的寮國人革黨中央委員順通·賽雅佳率領的代表團一行；5月28日，接待了來訪的泰國國家立法議會主席蓬佩一行。4月18日，中國農業科學院院長李家洋會見了來訪的芬蘭議會農林委員會主席亞力·勒帕；4月19日，會見了來訪的聯合國糧農組織（FAO）副總幹事古斯塔夫森一行；4月19日，會見了來訪的歐盟委員會農業和農村發展委員菲爾·霍根一行。
科學研究
創新單元
據2016年10月中國農業科學院官網顯示，農科院建成了49個國家與部門重點實驗室、27個國家農作物畜禽改良中心與國家工程技術研究中心、23個國家農作物種質資源庫（圃）等科技創新平台，9個國家重大科學工程與工程實驗室（研究中心）、29個國家與部門野外台站、25個國家產業技術與農產品加工技術研發中心等科技支撐平台，以及36個國家與部門質檢中心、11個國家或OIE認可的參考實驗室等科技服務平台。國家重大科學工程：農作物基因資源與基因改良國家重大科學工程、國家農業生物安全科學中心
國家重點實驗室：植物病蟲害生物學國家重點實驗室、動物營養學國家重點實驗室、水稻生物學國家重點實驗室、獸醫生物技術國家重點實驗室、家畜疫病病原生物學國家重點實驗室、棉花生物學國家重點實驗室
省部共建國家重點實驗室：特種經濟動物分子生物學省部共建國家重點實驗室
農業部農產品質量安全風險評估實驗室：農業部稻米產品質量安全風險評估實驗室（杭州）、農業部穀物產品質量安全風險評估實驗室（北京）、農業部油料產品質量安全風險評估實驗室（武漢）、農業部奶產品質量安全風險評估實驗室（北京）、農業部蔬菜產品質量安全風險評估實驗室（北京）、農業部果品質量安全風險評估實驗室（鄭州）、農業部果品質量安全風險評估實驗室（興城）、農業部柑桔產品質量安全風險評估實驗室（重慶）、農業部茶葉產品質量安全風險評估實驗室（杭州）、農業部蜂產品質量安全風險評估實驗室（北京）、農業部農產品質量安全生物性危害因子風險評估實驗室（北京）、農業部農產品質量安全環境因子風險評估實驗室（天津）、農業部農產品加工質量安全風險評估實驗室（北京）、農業部棉花產品質量安全風險評估實驗室（安陽）、農業部菸草質量安全風險評估實驗室（青島）、農業部畜產品質量安全風險評估實驗室（蘭州）、農業部微生物產品質量安全風險評估實驗室（北京）、農業部動物產品質量安全生物性危害因子風險評估實驗室（上海）、農業部動物產品質量安全環境因子風險評估實驗室（北京）、農業部植物纖維產品質量安全風險評估實驗室（長沙）、農業部特種動植物產品質量風險評估實驗室（長春）、農業部農產品質量與營養功能風險評估實驗室（北京）、農業部蠶桑產品及食用昆蟲質量安全風險評估實驗室（鎮江）、農業部糖料產品質量安全風險評估實驗室（哈爾濱）、農業部禽類產品質量安全風險評估實驗室（揚州）。
農業部重點開放實驗室（第五批）：農業部作物種質資源利用重點開放實驗室、農業部果樹種質資源利用重點開放實驗室、農業部作物生物技術重點開放實驗室、農業部作物遺傳改良與育種重點開放實驗室、農業部油料作物生物學重點開放實驗室、農業部棉花遺傳改良重點開放實驗室、農業部蠶桑遺傳改良重點開放實驗室、農業部園藝作物遺傳改良重點開放實驗室、農業部作物生理生態與栽培重點開放實驗室、農業部作物營養與施肥重點開放實驗室、農業部作物需水與調控重點開放實驗室、農業部旱作節水農業重點開放實驗室、農業部生物防治重點開放實驗室、農業部農藥化學與套用技術重點開放實驗室、農業部畜禽遺傳資源與利用重點開放實驗室、農業部飼料生物技術重點開放實驗室、農業部授粉昆蟲生物學重點開放實驗室、農業部草食動物疫病重點開放實驗室、農業部動物流感重點開放實驗室、農業部動物寄生蟲學重點開放實驗室、農業部獸醫公共衛生重點開放實驗室、農業部能源微生物與利用重點開放實驗室、農業部莖纖維生物質與工程微生物重點開放實驗室、農業部農產品加工與質量控制重點開放實驗室、農業部茶及飲料植物產品加工與質量控制重點開放實驗室、農業部菸草類作物質量控制重點開放實驗室、農業部農業環境與氣候變化重點開放實驗室、農業部草原資源與生態重點開放實驗室、農業部產地環境與農產品安全重點開放實驗室、農業部農業機械重點開放實驗室、農業部資源遙感與數字農業重點開放實驗室、農業部智慧型化農業預警技術重點開放實驗室。
國家工程技術研究中心：國家昌平綜合農業工程技術研究中心、國家飼料工程技術研究中心、國家油菜工程技術研究中心、國家茶產業工程技術研究中心、國家柑桔工程技術研究中心。
國家工程實驗室和工程研究中心：作物分子育種國家工程實驗室、作物細胞育種國家工程實驗室、棉花轉基因育種國家工程實驗室、耕地培育技術國家工程實驗室、作物高效用水與抗災減損國家工程實驗室、動物用生物製品國家工程研究中心、生物飼料開發國家工程研究中心。
改良中心（分中心）：國家小麥改良中心、國家蘋果育種中心、國家大豆改良北京分中心、國家桃葡萄改良中心、國家蔬菜改良中心、國家茶樹改良中心、國家畜禽分子育種中心、國家菸草改良中心、國家牛奶質量改良中心、國家柑桔品種改良中心、國家水稻改良中心、國家糖料改良中心、國家棉花改良中心、國家蠶桑育種中心、國家油料作物改良中心、國家禽類實驗動物種子中心、國家麻類作物育種中心。
國家級農作物種質庫：國家作物種質長期庫、國家農作物種質資源保存中心、國家蔬菜中期庫、國家水稻中期庫、國家棉花中期庫、國家油料作物中期庫、國家麻類作物中期庫、國家西甜瓜中期庫、國家牧草中期庫、國家菸草中期庫、國家甜菜中期庫。
國家級農作物種質圃：國家種質北京多年生小麥野生近緣植物圃、國家種質海南野生棉圃、國家種質武昌野花生圃、國家種質沅江苧麻圃、國家種質興城梨蘋果圃、國家種質鄭州桃葡萄圃、國家種質杭州茶樹圃、國家種質多年生牧草圃、國家種質左家山葡萄圃、國家種質重慶柑桔圃、國家種質鎮江桑樹圃、國家種質徐州甘薯試管苗庫。
國家級野外台站：全國農作物種質資源野外觀測研究圃網、全國農業土壤肥力效益野外研究站網路、祁陽農田生態系統國家野外台站、內蒙古呼倫貝爾草原生態系統國家野外科學觀測研究站、河南商丘農田生態系統國家野外科學觀測研究站。
農業部野外台站：農業部遷西燕山生態環境重點野外科學觀測試驗站、農業部洛陽旱地農業重點野外科學觀測試驗站、農業部呼倫貝爾草甸草原生態環境重點野外科學觀測試驗站、農業部祁陽紅壤生態環境重點野外科學觀測試驗站、農業部昌平潮褐土生態環境重點野外科學觀測試驗站、農業部德州農業資源與生態環境重點野外科學觀測試驗站、農業部長白山野生生物資源重點野外科學觀測試驗站、農業部杭州茶樹資源重點野外科學觀測試驗站、農業部壽陽旱地農業重點野外科學觀測試驗站、農業部鄂爾多斯沙地草原生態環境重點野外科學觀測試驗站、農業部沙爾沁牧草資源重點野外科學觀測試驗站、農業部玉樹高寒草原資源與生態環境重點野外科學觀測試驗站、農業部沅江麻類資源重點野外科學觀測試驗站、農業部廊坊有害生物防治重點野外科學觀測試驗站、農業部錫林浩特草原有害生物防治重點野外科學觀測試驗站、農業部興城北方落葉果樹資源重點野外科學觀測試驗站、農業部武昌花生資源重點野外科學觀測試驗站、農業部商丘農業資源與生態環境重點野外科學觀測試驗站、農業部蘭州黃土高原生態環境重點野外科學觀測試驗站、農業部昌平畜禽資源重點野外科學觀測試驗站、農業部新鄉矮敗小麥重點野外科學觀測試驗站、農業部大理農業生態環境重點野外科學觀測試驗站、農業部鎮江桑樹資源重點野外科學觀測試驗站、農業部徐州甘薯資源重點野外科學觀測試驗站
中國農業科學院野外科學觀測試驗站：祁陽紅壤生態環境野外科學觀測試驗站、呼倫貝爾草甸草原生態環境野外科學觀測試驗站、洛陽旱地農業野外科學觀測試驗站、遷西燕山生態環境野外科學觀測試驗站、昌平潮褐土生態環境野外科學觀測試驗站、德州農業資源與生態環境野外科學觀測試驗站、長白山野生生物資源野外科學觀測試驗站、杭州茶樹資源野外科學觀測試驗站、壽陽旱地農業野外科學觀測試驗站、鄂爾多斯沙地草原生態環境野外科學觀測試驗站、沙爾沁牧草資源野外科學觀測試驗站、玉樹高寒草原資源與生態環境野外科學觀測試驗站、沅江麻類資源野外科學觀測試驗站、廊坊有害生物防治野外科學觀測試驗站、錫林浩特草原有害生物防治野外科學觀測試驗站、興城北方落葉果樹資源野外科學觀測試驗站、武昌花生資源野外科學觀測試驗站、商丘農業資源與生態環境野外科學觀測試驗站、蘭州黃土高原生態環境野外科學觀測試驗站、昌平畜禽資源野外科學觀測試驗站、新鄉矮敗小麥野外科學觀測試驗站、大理農業生態環境野外科學觀測試驗站、鎮江桑樹資源野外科學觀測試驗站、徐州甘薯資源野外科學觀測試驗站、新鄉有害生物防治野外科學觀測試驗站、天水有害生物防治野外科學觀測試驗站、桂林有害生物防治野外科學觀測試驗站、廊坊數字水肥野外科學觀測試驗站、密雲生態農業野外科學觀測試驗站、鄂托克旗牧草資源與育種野外科學觀測試驗站、杭州水稻種質資源野外科學觀測試驗站、長江中下游棉花野外科學觀測試驗站、平安油菜育種野外科學觀測試驗站、進賢紅壤地區油料作物野外科學觀測試驗站、漢川轉基因油料作物環境安全野外科學觀測試驗站、武清轉基因生物農田生態系統影響野外科學觀測試驗站、藁城農業生態環境野外科學觀測試驗站、彭州農產品產地環境野外科學觀測試驗站、南京農業機械野外科學觀測試驗站、鄭州果樹瓜類野外科學觀測試驗站、阿克蘇果樹瓜類野外科學觀測試驗站、青島菸草資源與環境野外科學觀測試驗站、張掖牧草及生態農業野外科學觀測試驗站、蘇尼特溫帶荒漠草原資源與生態環境野外科學觀測試驗站、太僕寺旗草地資源生態監測與評價野外科學觀測試驗站、葫蘆島落葉果樹生理生態及有害生物野外科學觀測試驗站、新鄉農業水土環境野外科學觀測試驗站、廊坊蔬菜資源野外科學觀測試驗站、信息農業野外科學觀測試驗站、數位化文獻信息服務系統野外科學觀測試驗站、岳陽農業環境野外科學觀測試驗站、那曲高寒草原生態與氣候變化野外科學觀測試驗站、密雲農業環境野外科學觀測試驗站、共和農業環境野外科學觀測試驗站、蘭州農業環境野外科學觀測試驗站、永寧農業環境野外科學觀測試驗站、大荔農業環境野外科學觀測試驗站、崇明農業環境野外科學觀測試驗站、東營農業環境野外科學觀測試驗站。
現代農業產業技術體系綜合試驗站：祁陽綜合試驗站、德州綜合試驗站、沅江苧麻試驗站、葫蘆島綜合試驗站、左家綜合試驗站、豫西與黃土高原綜合試驗站、鄭州綜合試驗站、鄂爾多斯綜合試驗站、呼倫貝爾綜合試驗站
現代農業產業技術體系功能研究室：育種與繁育研究室、栽培與土肥研究室、病蟲害防控研究室、栽培與土肥研究室、加工研究室、病蟲害防控研究室、栽培與土肥研究室、產業經濟研究室、病蟲害防控研究室、加工研究室、設施與設備研究室、病蟲害防控研究室、機械研究室、綜合研究室、病蟲害防控研究室、育種與種子研究室、栽培與土肥研究室、加工研究室、設施設備研究室、育種研究室、育種與種子研究室、病蟲害防控研究室、養蠶與桑樹栽培研究室、病蟲害防控研究室、加工研究室、栽培與茶園機械研究室、產業經濟研究室、病蟲害防控研究室、育種與種子研究室、病蟲害防控研究室、栽培與耕作研究室、綜合研究室、育種與資源利用研究室、遺傳與育種研究室、病蟲害防控研究室、育種研究室、栽培研究室、栽培與綜合研究室、產業經濟研究室、栽培與草地管理研究室、環境控制研究室、疾病控制研究室、遺傳育種與繁殖研究室、疾病控制研究室、加工研究室、營養與飼料研究室、疾病控制研究室、產業經濟研究室、營養與飼料研究室、疾病控制研究室、生產與環境控制研究室、病蟲害防控與質量監督研究室、育種與授粉研究室。
現代農業產業技術體系技術研發中心：國家水稻產業技術研發中心、國家玉米產業技術研發中心、國家小麥產業技術研發中心、國家大豆產業技術研發中心、國家大麥青稞產業技術研發中心、國家穀子糜子產業技術研發中心、國家食用豆產業技術研發中心、國家馬鈴薯產業技術研發中心、國家油菜產業技術研發中心、國際棉花產業技術研發中心、國家麻類產業技術研發中心、國家茶葉產業技術研發中心、國家食用菌產業技術研發中心、國家大宗蔬菜產業技術研發中心、國家肉雞產業技術研發中心、國家水禽產業技術研發中心、國家蜂產品技術研發中心。
國家參考實驗室：國家牛傳染性胸膜肺炎參考實驗室、國家禽流感參考實驗室、國家口蹄疫參考實驗室。
獲OIE認可的參考實驗室：OIE禽流感參考實驗室、OIE馬傳染性貧血參考實驗室、OIE馬流感twinning實驗室、OIE口蹄疫參考實驗室、OIE禽傳染性法氏囊病twinning實驗室、OIE人獸共患病亞太區協作中心、OIE羊泰勒蟲病參考實驗室、FAO動物流感參考中心。
國家質檢中心：國家飼料質量監督檢驗中心（北京）、國家化肥質量監督檢驗中心（北京）、國家植保機械質量監督檢驗中心。
部級質檢中心：農業部穀物品質監督檢驗測試中心、農業部植物抗病蟲性及農藥監督檢驗測試中心（北京）、農業部轉基因植物環境安全監督檢驗測試中心（北京）、農業部蔬菜品質監督檢驗測試中心（北京）、農業部畜牧環境設施設備質量監督檢驗測試中心（北京）、農業部奶及奶製品質量監督檢驗測試中心（北京）、農業部轉基因動物及飼料安全監督檢驗測試中心（北京）、農業部蜂產品質量監督檢驗測試中心（北京）、農業部輻照產品質量監督檢驗測試中心、農業部微生物肥料和食用菌菌種質量監督檢驗測試中心、水利部節水灌溉設備質量檢測中心、農業部稻米及製品質量監督檢驗測試中心、農業部轉基因植物環境安全監督檢驗測試中心（杭州）、農業部棉花品質監督檢驗測試中心、農業部轉基因植物環境安全監督檢驗測試中心（安陽）、農業部油料及製品質量監督檢驗測試中心、農業部轉基因植物環境安全監督檢驗測試中心（武漢）、農業部麻類產品質量監督檢驗測試中心、農業部果品及苗木質量監督檢驗測試中心（興城）、農業部果品及苗木質量監督檢驗測試中心（鄭州）、農業部茶葉質量監督檢驗測試中心、農業部實驗動物質量監督檢驗測試中心（哈爾濱）、農業部動物毛皮及製品質量監督檢驗測試中心（蘭州）、農業部特種經濟動植物及產品質量監督檢驗測試中心、農業部環境質量監督檢驗測試中心、農業部轉基因生物生態環境安全監督檢驗測試中心（天津）、農業部沼氣產品及設備質量監督檢驗測試中心、機械工業鏇耕機械產品質量監督檢測中心、機械工業茶葉加工機械質量監督檢測中心、農業部菸草產業產品質量監督檢驗測試中心、農業部轉基因菸草環境安全監督檢驗測試中心（青島）、農業部轉基因植物用微生物環境安全監督檢驗測試中心（北京）、農業部柑桔及苗木質量監督檢驗測試中心、農業部甜菜品質監督檢驗測試中心、農業部蠶桑產業產品質量監督檢驗測試中心（鎮江）
科研成就
開創性科技成果——創立了水稻、小麥品種光溫反應特性理論，發現並建立了蝗蟲、黏蟲、小麥條鏽病等重大害蟲流行規律和防治技術體系。
——建成了世界最大的畜禽遺傳資源體細胞庫和第二大的農作物種質資源庫，率先構建了水稻、小麥、大豆等主要作物的核心種質和微核心種質。
——牽頭開展了小麥、棉花、油菜、黃瓜、馬鈴薯、甘藍、菸草、西紅柿等農作物基因組測序，發掘了一批有重要農藝性狀的新基因。
——實現了雜交水稻、超級稻、雜交玉米、轉基因植酸酶玉米、轉基因抗蟲棉、矮敗小麥、雜交油菜、高產大豆、畜禽重大疫病基因工程疫苗等重大核心技術的突破。
——取得了重大病蟲害綜合防治、中低產田改造，瘦肉豬、肉雞、奶牛、肉羊、氂牛等良種繁育體系，優質高效配合飼料和集約化養殖技術，豬瘟、牛瘟、馬傳貧、口蹄疫、禽流感等重大疫病高效疫苗等一大批實用科研成果。
——聯合組織開展秈型雜交水稻的全國科研大協作，突破雄性不育系、保持系和恢復系等關鍵技術，實現“三系”配套，使雜交水稻很快用於生產，並在水稻產區迅速推廣，增產20%-50%，為保障國家糧食安全做出巨大貢獻。
——研製成功馬傳貧疫苗、口蹄疫疫苗、禽流感疫苗和豬藍耳病（繁殖與呼吸綜合徵）疫苗，為中國重大動物疫病防制發揮了關鍵作用。
——利用國產抗蟲基因培育出的轉基因抗蟲棉品種已達200多個，國產抗蟲棉的種植面積已占到全國抗蟲棉種植面積的98%，全國累計推廣國產抗蟲棉3.5億畝。之後又研製出轉抗蟲基因三系雜交棉，增產超過25%。
——培育出近30年來中國推廣種植面積最大、利用時間最長的玉米雜交種“中單2號”，其多抗、豐產、適應性廣等綜合性狀均超從美國、歐洲引進的優良玉米雜交種，比主推品種增產15%-20%，在病害常發地區增產幅度高達30%。
——培育出一批以“中雙4號”、“中雙9號”、“中油雜2號”為代表的雙低油菜新品種，綜合性狀突出，品質、產量和抗性達到國際先進水平，覆蓋中國油菜種植面積的1/3以上。
——培育出一批以“協優9308”、“國稻1號”、“國稻6號”為代表的超級稻新品種組合，高產潛力大、米質優良、抗逆性強，已超過農業部、科技部制定的超級稻第二階段的產量目標。
——先後創建了100多個科技型企業，形成了種子種苗、農化、獸用生物製品及獸藥、飼料、特色農產品食品及加工品等5大支柱產業。
科技獎勵
2002年至2014年，中國農業科學院共獲得國家獎成果98項，省部級獎成果565項，中國農業科學院科學技術成果獎249項，社會力量獎成果139項。
國家級獎成果
| 年度 | 成果總數 | 以第一完成單位獲國家獎 | 以參加單位獲國家獎 | |||||
| 小計 | 一等獎 | 二等獎 | 小計 | 特等獎 | 一等獎 | 二等獎 | ||
| 總計 | 98 | 64 | 7 | 57 | 34 | 1 | 2 | 31 |
| 2014 | 9 | 7 | -- | 7 | 2 | -- | -- | 2 |
| 2013 | 10 | 6 | -- | 6 | 4 | 1 | -- | 3 |
| 2012 | 12 | 8 | 2 | 6 | 4 | -- | 1 | 3 |
| 2011 | 8 | 4 | -- | 4 | 4 | -- | -- | 4 |
| 2010 | 8 | 5 | 1 | 4 | 3 | -- | 1 | 2 |
| 2009 | 15 | 6 | -- | 6 | 9 | -- | -- | 9 |
| 2008 | 5 | 4 | 1 | 3 | 1 | -- | -- | 1 |
| 2007 | 7 | 4 | -- | 4 | 3 | -- | -- | 3 |
| 2006 | 10 | 6 | -- | 6 | 4 | -- | -- | 4 |
| 2005 | 4 | 4 | 2 | 2 | -- | -- | -- | -- |
| 2004 | 6 | 6 | -- | 6 | -- | -- | -- | -- |
| 2003 | 2 | 2 | 1 | 1 | -- | -- | -- | -- |
| 2002 | 2 | 2 | -- | 2 | -- | -- | -- | -- |
| 年度 | 成果總數 | 以第一完成單位獲省部級獎 | 以參加單位獲省部級獎 | |||||||
| 小計 | 一等獎 | 二等獎 | 三等獎 | 小計 | 特等獎 | 一等獎 | 二等獎 | 三等獎 | ||
| 總計 | 565 | 409 | 80 | 161 | 168 | 156 | 1 | 36 | 67 | 51 |
| 2014 | 51 | 30 | 5 | 12 | 13 | 21 | -- | 3 | 12 | 6 |
| 2013 | 90 | 61 | 19 | 24 | 18 | 29 | -- | 6 | 17 | 6 |
| 2012 | 34 | 22 | 2 | 12 | 8 | 12 | 1 | 1 | 6 | 4 |
| 2011 | 35 | 16 | 1 | 10 | 5 | 19 | -- | 4 | 7 | 7 |
| 2010 | 44 | 26 | 6 | 13 | 7 | 18 | -- | 6 | 5 | 7 |
| 2009 | 47 | 26 | 8 | 10 | 8 | 21 | -- | 3 | 11 | 7 |
| 2008 | 38 | 24 | 5 | 7 | 12 | 14 | -- | 6 | 2 | 6 |
| 2007 | 45 | 34 | 10 | 9 | 15 | 11 | -- | 4 | 4 | 3 |
| 2006 | 43 | 32 | 6 | 8 | 18 | 11 | -- | 3 | 3 | 5 |
| 2005 | 31 | 31 | 5 | 10 | 16 | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2004 | 39 | 39 | 6 | 20 | 13 | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2003 | 39 | 39 | 6 | 17 | 16 | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2002 | 29 | 29 | 1 | 9 | 19 | -- | -- | -- | -- | -- |
資源條件
會議據2016年10月中國農業科學院官網顯示，農科院擁有中國農業科技文獻信息平台、農業科學數據共享中心、玉米病蟲草害診斷系統、國家作物種質資源資料庫、中國外來入侵物種資料庫、中國生態農業信息資料庫、中國農業生態環境政策法規資料庫、中國農業生態環境規範標準資料庫、中國牧草種質資源信息網、中國草地資源、牧草種質資源信息系統、中國轉基因作物檢測與監測網、中華農業文明網、中國菸草種質資源信息系統、中國水稻品種及其系譜資料庫、中國水稻基因資料庫、中國家禽行業市場信息資料庫等資料庫資源。
學術期刊&圖書
據2016年10月中國農業科學院官網顯示，農科院擁有72種期刊，編著出版圖書30項。
期刊
| 中國農業科學 | 植物營養與肥料學報 | 中國油料作物學報 | 新飼料 |
| 作物學報 | 農業圖書情報學刊 | 中國果樹 | 規模養豬 |
| 農產品質量與安全 | 中國乳業 | 果樹實用技術與信息 | 中國農業科技導報 |
| 農業科技通訊 | 生物技術通報 | 果樹學報 | 生物技術進展 |
| 中國食物與營養 | 農業網路信息 | 中國瓜菜 | 中國農機化 |
| Journal of Integrative Agriculture | 農業展望 | 中國茶葉 | 農業開發與裝備 |
| 作物雜誌 | 中國園藝文摘 | 茶葉科學 | 農業環境與發展 |
| The Crop... | 中國豬業 | 中國預防獸醫學報 | 農業環境科學學報 |
| 中國種業 | 中國畜牧獸醫文摘 | 畜牧獸醫科技信息 | 中國農史 |
| 植物遺傳資源學報 | 中國畜禽種業 | 中國獸醫科學 | 中國菸草科學 |
| 植物保護 | 農業科研經濟管理 | 中國草食動物 | 中國農業信息 |
| 中國蔬菜 | 灌溉排水學報 | 中獸醫醫藥雜誌 | 中國禽業導刊 |
| 園藝學報 | 中國水稻科學 | 中國動物傳染病學報 | 中國家禽 |
| 中國生物防治學報 | Rice Science | 中國草地學報 | 中國南方果樹 |
| 中國農業氣象 | 中國稻米 | 特產研究 | 中國果業信息 |
| 核農學報 | 中國棉花 | 中國糖料 | 草業科學 |
| 農業經濟問題 | 棉花學報 | 中國沼氣 | 中國蜂業 |
| 農業技術經濟 | 中國麻業科學 | 春華 | 中國農業資源與區劃 |
| 中國與國際農業研究磋商組織戰略合作三十年 | 中國蘆筍研究與產業發展 |
| 美國《科學》雜誌——中國農業科學院專刊 | 中國馬鈴薯產業10年回顧（1998~2008） |
| 農業可持續發展與生態補償——中國-歐盟農業生態補償的理論與實踐 | 中國奶業經濟組織模式研究 |
| 農科英才 | 中國主要農區綠肥作物生產與利用技術規程 |
| 熱帶果樹病理學 | 重慶市主推牧草栽培利用技術 |
| 設施園藝植物養分調控研究 | 內蒙古特色作物 |
| 生態康復草原病蟲防控技術圖冊 | 蜜環菌伴栽天麻和豬苓的生產技術 |
| 雙重危機下的中國奶業發展：2009中國奶業高峰論壇成果集 | 黃瓜果實成熟衰老特性 |
| 水稻DNA指紋及套用 | 河南小麥栽培學(新編) |
| 四青作物優質高效栽培技術 | 國內外畜禽飼養標準與飼料成分表 |
| 飼料安全及生產套用手冊 | 國內外熱帶作物產業發展分析 |
| 中國農村生活能源消費研究 | 高產桑園管理及其間作技術 |
| 燕麥和蕎麥研究與發展 | 冬小麥新品種選育研究 |
| 油桐豐產培育技術 | 大豆研究50年 |
| 中國北方木本花卉 | 北京百種木本經濟植物繁育技術 |
學術交流
農科講壇農科講壇，又稱中國農業科技報告會，由中國農業科學院舉辦，以發布農業科技最新進展、交流新的學術思想和新方法、研討農業科技熱點問題為主要內容，每月1期。農科講壇的定位是高端、權威、前沿和體現原創性。據2016年10月中國農業科學院官網顯示，農科講壇舉辦了41次。
人才培養
創新團隊據2016年10月中國農業科學院官網顯示，“十五”以來，中國農科院根據國家發展目標和重大需求，圍繞“三個中心、一個基地”發展戰略目標，實施“傑出人才工程”、“科技創新團隊建設工程”和“海外高層次人才引進工程”，持續引進和培養高層次優秀科技人才，不斷壯大科技人才隊伍，完善高層次人才評價和培養機制。
院優秀科技創新團隊
| 團隊名稱 | 團隊首席科學家 | 團隊所在單位 |
|---|---|---|
| 水稻優質、抗逆分子設計育種創新團隊 | 黎志康 | 作物科學研究所 |
| 作物種質資源保護與創新團隊 | 李立會 | 作物科學研究所 |
| 水稻遺傳育種創新團隊 | 程式華 | 水稻研究所 |
| 棉花育種新技術研究與新品種選育創新團隊 | 喻樹迅 | 棉花研究所 |
| 油菜遺傳改良創新團隊 | 王漢中 | 油料作物研究所 |
| 糧棉作物重大害蟲監測預警與控制技術創新團隊 | 吳孔明 | 植物保護研究所 |
| 作物分子生物學創新團隊 | 郭三堆 | 生物技術研究所 |
| 動物流感研究創新團隊 | 陳化蘭 | 哈爾濱獸醫研究所 |
| 口蹄疫研究創新團隊 | 劉湘濤 | 蘭州獸醫研究所 |
| 家畜基因資源與種質創新團隊 | 李奎 | 北京畜牧獸醫研究所 |
| 植物營養與肥料研究創新團隊 | 金繼運 | 農業資源與農業區劃研究所 |
| 蔬菜遺傳育種研究創新團隊 | 杜永臣 | 蔬菜花卉研究所 |
| 農業政策分析創新團隊 | 秦富 | 農業經濟與發展研究所 |
| 團隊名稱 | 團隊首席科學家 | 團隊所在單位 |
|---|---|---|
| 作物品質遺傳改良 | 何中虎 | 作物科學研究所 |
| 玉米種質改良與育種創新 | 李新海 | 作物科學研究所 |
| 大豆遺傳育種 | 韓天富 | 作物科學研究所 |
| 作物耐旱基因資源挖掘及分子基礎研究 | 王國英 | 作物科學研究所 |
| 作物高產高效栽培與生理 | 趙明 | 作物科學研究所 |
| 作物基因發掘與套用基因組學 | 毛龍 | 作物科學研究所 |
| 功能基因組學研究創新團隊 | 錢前 | 水稻研究所 |
| 水稻可持續生產技術研究創新團隊 | 朱德峰 | 水稻研究所 |
| 稻米質量標準與檢測技術 | 朱智偉 | 水稻研究所 |
| 棉花種質創新團隊 | 王坤波 | 棉花研究所 |
| 棉花轉基因創新團隊 | 李付廣 | 棉花研究所 |
| 棉花高效生產技術創新團隊 | 毛樹春 | 棉花研究所 |
| 油料質量安全研究創新團隊 | 李培武 | 油料作物研究所 |
| 油料加工創新團隊 | 黃鳳洪 | 油料作物研究所 |
| 夏油遺傳改良創新團隊 | 廖伯壽 | 油料作物研究所 |
| 麻類作物創新團隊 | 熊和平 | 麻類研究所 |
| 麻產品加工創新團隊 | 劉正初 | 麻類研究所 |
| 蔬菜花卉種質資源研究團隊 | 李錫香 | 蔬菜花卉研究所 |
| 蔬菜花卉栽培與生理研究 | 於賢昌 | 蔬菜花卉研究所 |
| 蔬菜花卉病蟲害可持續防治研究團隊 | 謝丙炎 | 蔬菜花卉研究所 |
| 果樹資源與育種科技創新團隊 | 叢佩華 | 果樹研究所 |
| 果樹優質高效可持續生產技術科技創新團隊 | 劉鳳之 | 果樹研究所 |
| 果樹資源與遺傳育種創新團隊 | 王力榮 | 鄭州果樹研究所 |
| 西甜瓜資源與遺傳育種創新團隊 | 徐永陽 | 鄭州果樹研究所 |
| 果樹栽培與品質控制創新團隊 | 方金豹 | 鄭州果樹研究所 |
| 菸草遺傳育種創新團隊 | 王元英 | 菸草研究所 |
| 菸草栽培營養與調製加工創新團隊 | 王樹聲 | 菸草研究所 |
| 菸草病蟲害可持續治理創新團隊 | 王鳳龍 | 菸草研究所 |
| 茶樹資源與改良研究團隊 | 成浩 | 茶葉研究所 |
| 茶樹綠色栽培技術研究團隊 | 阮建雲 | 茶葉研究所 |
| 茶葉質量安全檢測團隊 | 劉新 | 茶葉研究所 |
| 茶葉加工工程團隊 | 林智 | 茶葉研究所 |
| 農業特殊微生物資源利用創新團隊 | 林敏 | 生物技術研究所 |
| 生物反應器技術研究創新團隊 | 張志芳 | 生物技術研究所 |
| 轉基因農作物環境風險評價及控制技術 | 彭於發 | 植物保護研究所 |
| 植物病理學與病害防控 | 何晨陽、王錫峰 | 植物保護研究所 |
| 農業重要入侵生物的生物學及控制技術 | 萬方浩 | 植物保護研究所 |
| 農藥化學與套用技術 | 鄭永權 | 植物保護研究所 |
| 生物防治與利用 | 邱德文 | 植物保護研究所 |
| 動物營養學基礎與健康養殖技術研究 | 羅緒剛 | 北京畜牧獸醫研究所 |
| 畜禽分子育種技術研究與套用 | 杜立新 | 北京畜牧獸醫研究所 |
| 牧草遺傳改良與利用 | 高洪文 | 北京畜牧獸醫研究所 |
| 人畜共患傳染病研究團隊 | 步志高 | 哈爾濱獸醫研究所 |
| 慢病毒研究研究團隊 | 孔憲剛 | 哈爾濱獸醫研究所 |
| 禽傳染病研究團隊 | 劉勝旺 | 哈爾濱獸醫研究所 |
| 人獸共患病研究創新團隊 | 才學鵬 | 蘭州獸醫研究所 |
| 草食家畜傳染病研究創新團隊 | 柳紀省 | 蘭州獸醫研究所 |
| 放牧動物寄生蟲病研究創新團隊 | 殷宏 | 蘭州獸醫研究所 |
| 動物寄生蟲病防治研究團隊 | 林矯矯 | 上海獸醫研究所 |
| 豬病毒病研究創新團隊 | 袁世山 | 上海獸醫研究所 |
| 創新獸藥研發團隊 | 薛飛群 | 上海獸醫研究所 |
| 水禽傳染病研究團隊 | 丁鏟 | 上海獸醫研究所 |
| 獸藥研究創新團隊 | 張繼瑜 | 蘭州畜牧與獸藥研究所 |
| 中國氂牛種質創新與資源利用 | 閻萍 | 蘭州畜牧與獸藥研究所 |
| 中獸醫藥學現代化研究 | 楊志強 | 蘭州畜牧與獸藥研究所 |
| 旱生牧草種質資源與牧草新品種選育 | 時永傑 | 蘭州畜牧與獸藥研究所 |
| 特種經濟動物傳染病流行病學與防制 | 武華 | 特產研究所 |
| 長白山特色藥用植物資源評價與利用科技創新團隊 | 王英平 | 特產研究所 |
| 特種經濟動物飼養創新研究團隊 | 楊福合 | 特產研究所 |
| 草地可持續利用創新團隊 | 孫啟忠 | 草原研究所 |
| 草地資源和生態環境監測評價團隊 | 劉桂香 | 草原研究所 |
| 草類遺傳資源與育種 | 於林清 | 草原研究所 |
| 飼料生物技術 | 姚斌 | 飼料研究所 |
| 飼料套用技術 | 刁其玉 | 飼料研究所 |
| 蜜蜂生物學科技創新團隊 | 周婷 | 蜜蜂研究所 |
| 蜂產品質量安全與套用研究創新團隊 | 趙靜 | 蜜蜂研究所 |
| 農業遙感 | 周清波 | 農業資源與農業區劃研究所 |
| 區域農業發展與生態環境建設 | 任天志 | 農業資源與農業區劃研究所 |
| 農業微生物資源與利用 | 張金霞 | 農業資源與農業區劃研究所 |
| 土壤學 | 張維理 | 農業資源與農業區劃研究所 |
| 旱作節水農業創新團隊 | 梅旭榮 | 農業環境與可持續發展研究所 |
| 氣候變化與農業減災創新團隊 | 林而達、李玉娥 | 農業環境與可持續發展研究所 |
| 農業環境工程創新團隊 | 董紅敏 | 農業環境與可持續發展研究所 |
| 農區污染環境修復研究 | 唐世榮 | 環境保護科研監測所 |
| 農業環境監測與信息研究 | 李玉浸 | 環境保護科研監測所 |
| 食品質量與安全 | 魏益民 | 農產品加工研究所 |
| 農產品加工技術與工程 | 王強 | 農產品加工研究所 |
| 農產品質量安全與檢測技術 | 王靜 | 農業質量標準與檢測技術研究所 |
| 技術經濟與產業發展 | 趙芝俊 | 農業經濟與發展研究所 |
| 產業組織與農村發展 | 吳敬學 | 農業經濟與發展研究所 |
| 農業信息分析與預警創新團隊 | 許世衛 | 農業信息研究所 |
| 農業信息技術創新團隊 | 王文生 | 農業信息研究所 |
| 能源微生物及利用優秀創新團隊 | 張輝 | 沼氣科學研究所 |
| 沼氣工程技術創新團隊 | 鄧良偉 | 沼氣科學研究所 |
| 主要農作物生產全程機械化研究創新團隊 | 易中懿 | 南京農業機械化研究所 |
| 特色經濟作物生產與加工全程機械化研究創新團隊 | 肖宏儒 | 南京農業機械化研究所 |
| 有害生物綜合防控機械化研究團隊 | 梁建 | 南京農業機械化研究所 |
| 作物-水關係及高效用水技術 | 段愛旺 | 農田灌溉研究所 |
| 灌溉新技術與新設備 | 黃修橋 | 農田灌溉研究所 |
| 農業水資源安全利用與環境保護 | 齊學斌 | 農田灌溉研究所 |
培養模式
青年英才計畫“青年英才計畫”是2013年中國農業科學院啟動的一項高目標、高標準和高強度的青年科技人才引進計畫，旨在吸引一批40歲以下具有國際視野和高水平的青年學科帶頭人，探索形成一整套與國際接軌的、符合院情的引才用才新機制、新模式，進一步提高中國農業科學院科技創新工程科研團隊的創新能力、國際競爭能力和學術引領能力，為建設“世界一流農業科研院所、實現跨越式發展”提供強有力的人才支撐。
“青年英才計畫”分為A、B、C、D四類人才，其中，A類是引進的海外傑出青年人才，B類是引進的國內優秀青年人才，C類是引進的“青年千人計畫”人才，D類是研究所自籌經費引進的海內外優秀青年人才。
研究生教育
以中國農業科學院分布在全國18個省（市、自治區）的42個研究所為依託，堅持“立足科研、質量為本、科教興農”的辦學理念，以“院所結合、兩段式培養”為特色開展研究生教育。
研究生院統一組織招生、授課和學位授予，課程學習期間由研究生院實行全方位管理；課程結束後跟隨導師進入研究所開展課題研究，直到完成畢業論文，在所期間，研究生主要由各專業研究所負責管理，研究生院進行輔助管理。
據2016年10月中國農業科學院研究生院官網顯示，中國農業科學院共有在讀研究生4400餘人，其中普通全日制在讀研究生2900餘人；予博士、碩士學位9600餘人。
博士後流動站：獸醫學、畜牧學、作物學、農業資源利用、植物保護、農林經濟管理、生物學、園藝學、草學、農業工程
一級學科博士學位點：生物學、生態學、作物學、園藝學、農業資源與環境、植物保護、畜牧學、獸醫學、草學、農林經濟管理
二級學科博士學位點：生理學、微生物學、生物化學與分子生物學、生物物理學、生物信息學（自主設定）、農業生態學（自主設定）、設施農業與生態工程（自主設定）、農業氣象與氣候變化（自主設定）、農業區域發展與規劃（自主設定）、農業水土工程、作物栽培學與耕作學、作物遺傳育種、作物種質資源學（自主設定）、農產品質量與食物安全（自主設定）、藥用植物資源學（自主設定）、農產品加工利用（自主設定）、作物土壤機械工程學（自主設定）、果樹學、蔬菜學、茶學、觀賞園藝（自主設定）、土壤學、植物營養學、農業水資源與環境（自主設定）、農業遙感（自主設定）、農業環境學（自主設定）、植物病理學、農業昆蟲與害蟲防治、農藥學、雜草學（自主設定）、入侵生物學（自主設定）、轉基因生物安全學（自主設定）、生物防治學（自主設定）、動物遺傳育種與繁殖、動物營養與飼料科學、特種經濟動物飼養（含：蠶、蜂等）、畜禽環境科學與工程（自主設定）、基礎獸醫學、預防獸醫學、臨床獸醫學、中獸醫學（自主設定）、獸藥學（自主設定）、草地資源利用與保護（自主設定）、飼草遺傳育種與種子科學（自主設定）、飼草生產加工及利用（自主設定）、農業經濟管理、農業資源與環境經濟學（自主設定）、國際農產品貿易（自主設定）、農業技術經濟（自主設定）、農業信息管理（自主設定）、產業經濟（自主設定）、農業信息分析學（自主設定）
一級學科碩士學位點：大氣科學、生物學、生態學、農業工程、環境科學與工程、食品科學與工程、作物學、園藝學、農業資源與環境、植物保護、畜牧學、獸醫學、林學、草學、管理科學與工程、農林經濟管理、圖書情報與檔案管理
二級學科碩士學位點：氣象學、生理學、微生物學、生物化學與分子生物學、生物物理學、生物信息學（自主設定）、農業生態學（自主設定）、設施農業與生態工程（自主設定）、農業氣象與氣候變化（自主設定）、農業區域發展與規劃（自主設定）、農業機械化工程、農業水土工程、農業生物環境與能源工程、環境科學、環境工程、食品科學、糧食油脂及植物蛋白工程、農產品加工及貯藏工程、農產品加工裝備、作物栽培學與耕作學、作物遺傳育種、作物種質資源學（自主設定）、農產品質量與食物安全（自主設定）、藥用植物資源學（自主設定）、農產品加工利用（自主設定）、作物土壤機械工程學（自主設定）、果樹學、蔬菜學、茶學、觀賞園藝（自主設定）、土壤學、植物營養學、農業水資源與環境（自主設定）、農業遙感（自主設定）、農業環境學（自主設定）、植物病理學、農業昆蟲與害蟲防治、農藥學、雜草學（自主設定）、入侵生物學（自主設定）、轉基因生物安全學（自主設定）、生物防治學（自主設定）、動物遺傳育種與繁殖、動物營養與飼料科學、特種經濟動物飼養（含：蠶、蜂等）、畜禽環境科學與工程（自主設定）、基礎獸醫學、預防獸醫學、臨床獸醫學、中獸醫學（自主設定）、獸藥學（自主設定）、野生動植物保護與利用、草地資源利用與保護（自主設定）、飼草遺傳育種與種子科學（自主設定）、飼草生產加工及利用（自主設定）、農業經濟管理、農業資源與環境經濟學（自主設定）、國際農產品貿易（自主設定）、農業技術經濟（自主設定）、農業信息管理（自主設定）、產業經濟（自主設定）、農業信息分析學（自主設定）、情報學。
自主設定交叉學科碩士、博士點：信息技術與數字農業。
創新文化
形象標識
院徽中國農業科學院院徽整體為圓形圖案，中間是梅花圖形，梅花圖形上方是院名，下方是農科院的英文簡稱“CAAS”，梅花圖形內是“業”的藝術圖案，與梅花圖案緊密相連，其標準色為綠色。
院徽詮釋了農業科研院所創新文化的內涵，傳達了中國農科院作為農業科研國家隊特有的功能定位、精神信念和發展活力，展現了中國農科院人“嚴謹求實、潛心科研、勇攀高峰、愛國為民”的精神風貌。
會徽會徽標誌圖案的主體形狀由“50”組成，體現出中國農業科學院建院五十周年這一重大歷史事件。以院徽組成“0”，流暢的“5”字中間形成了一個“祥雲”的符號。祥雲是中國傳統文化中祥和的代表，它和標誌下方的彩帶一起呈現出一派歡慶、祥和的氣氛。
院慶標誌的主色調為鮮紅色。
院歌
《中國農業科學院之歌》
伴隨共和國的成長，農科院人奮鬥自強。
探索科學的真理，傳承知識的力量。
肩負科技興農的重望，追尋現代化的理想。
新型農業、農村、農民，譜寫自主創新的篇章。
啊……啊……我們勤勞；啊……啊……我們開拓。
攀登農業科的高峰，為民高呼，為國爭光。
啊……啊……我們前進；啊……啊……我們昂揚。
走在世界的科技前沿，繼往開來，再創輝煌！
繼往開來，再創輝煌！再創輝煌！
文化精神
祁陽站精神上個世紀六十年代開始，祁陽站一代一代的科技人員，懷著對農業科技事業的熱愛，懷著對祖國和人民的忠誠，紮根土壤，心繫農民，堅守農村，樂於奉獻，甘於清貧，求真務實，創新進取，為中國南方14省區紅壤土質的改良和農業的現代化貢獻了自己的青春年華，為科技人員履行職責、成長成才提供了寶貴的精神財富。
祁陽站科技人員身上體現出來的無私奉獻的精神、頑強執著的精神、務實求真的精神、創新進取的精神，正是“祁陽站精神”的核心和個性所在，也是中國共產黨員先進性在這些科技人員身上的具體體現。
領導集體
現任領導
| 職務 | 姓名 |
|---|---|
| 院長 | 唐華俊 |
| 院黨組書記 | 張合成 |
| 副院長、黨組成員 | 李金祥 |
| 吳孔明 | |
| 王漢中 | |
| 梅旭榮 | |
| 副院長 | 萬建民 |
| 院紀檢組組長 | 李傑人 |
| 院黨組成員 | 劉大群 |
| 賈廣東 |
歷任領導
| 任次 | 姓名 | 任期 |
|---|---|---|
| 第一任 | 丁穎 | 1957年9月-1964年10月 |
| 第二任 | 金善寶 | 1965年7月-1982年6月 |
| 第三任 | 盧良恕 | 1982年7月-1986年11月 |
| 第四任 | 王連錚 | 1987年12月-1994年11月 |
| 第五任 | 呂飛傑 | 1994年11月-2001年7月 |
| 第六任 | 翟虎渠 | 2001年7月-2011年10月 |
| 第七任 | 李家洋 | 2011年10月-2016年12月 |
中國網際網路協會網路科普聯盟
| 中國網際網路協會網路科普聯盟（簡稱“網路科普聯盟”）是由相關政府部門，全國主要科普網站和有關新聞網站、商業網站，與網際網路相關的社會團體、企業、科研、教育單位和大眾傳媒等領域及從事網路科普工作的專家、學者自願組成的從事非營利公益性科普活動的社會團體，由中國科協和中國網際網路協會共同發起，並經信息產業部批准，於2004年9月2日在北京成立。 |
