APG分類法，全稱為被子植物APG分類法。
在科一級的分類時，這種分類法因為將一些傳統的科分為幾個科，或將幾個傳統的科合併，引起了很大的爭議。在目以上的分類時，這種分類法沒有使用傳統的分類名稱：門和綱，而是使用“分支”，例如單子葉植物分支、真雙子葉植物分支、薔薇分支、菊分支等。
2003年這種分類法出版了修訂版：《被子植物APG II分類法 (修訂版)》。
基本分支
如下：
被子植物 angiosperms :
單子葉植物分支 monocots
鴨跖草分支 commelinids
真雙子葉植物分支 eudicots
核心真雙子葉植物分支 core eudicots
薔薇分支 rosids
I類真薔薇分支 eurosids I
II類真薔薇分支 eurosids II
菊分支 asterids
I類真菊分支 euasterids I
II類真菊分支 euasterids II
具體分類
APG系統下設分類包括40個目和462個科，下列表中開始部分是沒有分到任何一個分支內的科或目。有的科分布地域非常狹小或新分出的科，尚未有通用的漢語譯名。
被子植物分支 angiosperms
無油樟科 Amborellaceae
木蘭藤科 Austrobaileyaceae
白桂皮科 Canellaceae
金粟蘭科 Chloranthaceae
菌花科 Hydnoraceae
八角茴香科 Illiciaceae
睡蓮科 Nymphaeaceae + 蓴菜科 Cabombaceae
大花草科 Rafflesiaceae
五味子科 Schisandraceae
腺齒木科 Trimeniaceae
林仙科 Winteraceae
金魚藻目 Ceratophyllales
金魚藻科 Ceratophyllaceae
樟目 Laurales
香皮茶科 Atherospermataceae
臘梅科 Calycanthaceae
腺蕊花科 Gomortegaceae
蓮葉桐科 Hernandiaceae
樟科 Lauraceae
杯軸花科 Monimiaceae
壇罐花科 Siparunaceae
木蘭目 Magnoliales
番荔枝科 Annonaceae
單室木蘭科 Degeneriaceae
帽花木科 Eupomatiaceae
舌蕊花科 Himantandraceae
木蘭科 Magnoliaceae
肉豆蔻科 Myristicaceae
胡椒目 Piperales
馬兜鈴科 Aristolochiaceae
短蕊花科 Lactoridaceae
胡椒科 Piperaceae
三白草科 Saururaceae
單子葉植物分支 monocots
白玉簪科 Corsiaceae
櫻井草科 Japonoliriaceae
納茜菜科 Nartheciaceae
無葉蓮科 Petrosaviaceae
霉草科 Triuridaceae
菖蒲目 Acorales
菖蒲科 Acoraceae
澤瀉目 Alismatales
澤瀉科 Alismataceae
水蕹科 Aponogetonaceae
天南星科 Araceae
花藺科 Butomaceae
絲粉藻科 Cymodoceaceae
水鱉科 Hydrocharitaceae
水麥冬科 Juncaginaceae
黃花絨葉草科 Limnocharitaceae
波喜盪草科 Posidoniaceae
眼子菜科 Potamogetonaceae
川蔓藻科 Ruppiaceae
芝菜科 Scheuchzeriaceae
岩菖蒲科 Tofieldiaceae
大葉藻科 Zosteraceae
天門冬目 Asparagales
百子蓮科 Agapanthaceae
龍舌蘭科 Agavaceae
蔥科 Alliaceae
石蒜科 Amaryllidaceae
知母科 Anemarrhenaceae
吊蘭科 Anthericaceae
星捧月科 Aphyllanthaceae
天門冬科 Asparagaceae
獨尾草科 Asphodelaceae
芳香草科 Asteliaceae
非洲菝葜科 Behniaceae
香水花科 Blandfordiaceae
澳韭蘭科 Boryaceae
鈴蘭科 Convallariaceae
矛花科 Doryanthaceae
萱草科 Hemerocallidaceae
異菝葜科 Herreriaceae
風信子科 Hyacinthaceae
仙茅科 Hypoxidaceae
鳶尾科 Iridaceae
鳶尾蒜科 Ixioliriaceae
毛石蒜科 Lanariaceae
異蕊草科 Laxmanniaceae
蘭科 Orchidaceae
藍星科 Tecophilaeaceae
紫燈花科 Themidaceae
刺葉樹科 Xanthorrhoeaceae
血劍草科 Xeronemataceae
薯蕷目 Dioscoreales
水玉簪科 Burmanniaceae
薯蕷科 Dioscoreaceae
蒟蒻薯科 Taccaceae
肉質腐生科 Thismiaceae
毛柄花科 Trichopodaceae
百合目 Liliales
六出花科 Alstroemeriaceae
金梅草科 Campynemataceae
秋水仙科 Colchicaceae
百合科 Liliaceae
菝葜木科 Luzuriagaceae
黑藥花科 Melanthiaceae
垂花科 Philesiaceae
菝葜藤科 Rhipogonaceae
菝葜科 Smilacaceae
露兜樹目 Pandanales
環花草科 Cyclanthaceae
露兜樹科 Pandanaceae
百部科 Stemonaceae
翡若翠科 Velloziaceae
鴨跖草分支 commelinoids
阿波波達草科 Abolbodaceae
鳳梨科 Bromeliaceae
多須草科 Dasypogonaceae
匍莖草科 Hanguanaceae
苔草科 Mayacaceae
偏穗草科 Rapateaceae
檳榔目 Arecales
檳榔科 Arecaceae
鴨跖草目 Commelinales
鴨跖草科 Commelinaceae
血皮草科 Haemodoraceae
田蔥科 Philydraceae
雨久花科 Pontederiaceae
禾本目 Poales
苞穗草科 Anarthriaceae
刺鱗草科 Centrolepidaceae
莎草科 Cyperaceae
二柱草科 Ecdeiocoleaceae
谷精草科 Eriocaulaceae
須葉藤科 Flagellariaceae
獨蕊草科 Hydatellaceae
擬葦科 Joinvilleaceae
燈心草科 Juncaceae
禾本科 Poaceae
袖珍棕櫚科 Prioniaceae
帚燈草科 Restionaceae
黑三棱科 Sparganiaceae
梭子草科 Thurniaceae
香蒲科 Typhaceae
黃眼草科 Xyridaceae
姜目 Zingiberales
美人蕉科 Cannaceae
閉鞘姜科 Costaceae
蠍尾蕉科 Heliconiaceae
蘭花蕉科 Lowiaceae
竹芋科 Marantaceae
芭蕉科 Musaceae
鶴望蘭科 Strelitziaceae
姜科 Zingiberaceae
真雙子葉植物分支 eudicots
黃楊科 Buxaceae
雙頰果科 Didymelaceae
清風藤科 Sabiaceae
昆欄樹科 Trochodendraceae + 水青樹科 Tetracentraceae
山龍眼目 Proteales
蓮科 Nelumbonaceae
懸鈴木科 Platanaceae
山龍眼科 Proteaceae
毛茛目 Ranunculales
小檗科 Berberidaceae
星葉草科 Circaeasteraceae + 獨葉草科 Kingdoniaceae
領春木科 Eupteleaceae
木通科 Lardizabalaceae
防己科 Menispermaceae
罌粟科 Papaveraceae + 荷包牡丹科 Fumariaceae+ 蕨葉草科 Pteridophyllaceae
毛茛科 Ranunculaceae
核心真雙子葉植物分支 core eudicots
鱗枝樹科 Aextoxicaceae
智利藤科 Berberidopsidaceae
五椏果科 Dilleniaceae
洋二仙草科 Gunneraceae
香灌木科 Myrothamnaceae
葡萄科 Vitaceae
石竹目 Caryophyllales
瑪瑙果科 Achatocarpaceae
番杏科 Aizoaceae
莧科 Amaranthaceae
鉤枝藤科 Ancistrocladaceae
翼萼茶科 Asteropeiaceae
落葵科 Basellaceae
仙人掌科 Cactaceae
石竹科 Caryophyllaceae
龍樹科 Didiereaceae
雙鉤葉科 Dioncophyllaceae
茅膏菜科 Droseraceae
露葉毛氈苔科 Drosophyllaceae
瓣鱗花科 Frankeniaceae
粟米草科 Molluginaceae
豬籠草科 Nepenthaceae
紫茉莉科 Nyctaginaceae
非洲桐科 Physenaceae
商陸科 Phytolaccaceae
藍雪科 Plumbaginaceae
蓼科 Polygonaceae
馬齒莧科 Portulacaceae
棒木科 Rhabdodendraceae
肉葉刺莖藜科 Sarcobataceae
油蠟樹科 Simmondsiaceae
閉籽花科 Stegnospermataceae
檉柳科 Tamaricaceae
檀香目 Santalales
鐵青樹科 Olacaceae
山柚子科 Opiliaceae
桑寄生科 Loranthaceae
羽毛果科 Misodendraceae
檀香科 Santalaceae
虎耳草目 Saxifragales
楓香科 Altingiaceae
連香樹科 Cercidiphyllaceae
景天科 Crassulaceae
交讓木科 Daphniphyllaceae
茶藨子科 Grossulariaceae
小二仙草科 Haloragaceae
金縷梅科 Hamamelidaceae
鼠刺科 Iteaceae
芍藥科 Paeoniaceae
扯根菜科 Penthoraceae
齒蕊科 Pterostemonaceae
虎耳草科 Saxifragaceae
四果木科 Tetracarpaeaceae
薔薇分支 rosids
單果樹科 Aphloiaceae
燧體木科 Crossosomataceae
西蘭木科 Ixerbaceae
刺球果科 Krameriaceae
美洲苦木科 Picramniaceae
川苔草科 Podostemaceae
旌節花科 Stachyuraceae
省沽油科 Staphyleaceae
三裂科 Tristichaceae
蒺藜科 Zygophyllaceae
牻牛兒苗目 Geraniales
花莖草科 Francoaceae
牻牛兒苗科 Geraniaceae + 高柱花科 Hypseocharitaceae
鞘葉樹科 Greyiaceae
杜香果科 Ledocarpaceae
蜜花科 Melianthaceae
曲胚科 Vivianiaceae
I類真薔薇分支 eurosids I
衛矛科 Celastraceae
蒜樹科 Huaceae
梅花草科 Parnassiaceae + 微形草科 Lepuropetalaceae
木根草科 Stackhousiaceae
葫蘆目 Cucurbitales
四柱木科 Anisophylleaceae
秋海棠科 Begoniaceae
馬桑科 Coriariaceae
棒果木科 Corynocarpaceae
葫蘆科 Cucurbitaceae
野麻科 Datiscaceae
四數木科 Tetramelaceae
豆目 Fabales
豆科 Fabaceae
遠志科 Polygalaceae
皂皮樹科 Quillajaceae
海人樹科 Surianaceae
殼斗目 Fagales
樺木科 Betulaceae
木麻黃科 Casuarinaceae
山毛櫸科 Fagaceae
胡桃科 Juglandaceae
楊梅科 Myricaceae
南青岡科 Nothofagaceae
馬尾樹科 Rhoipteleaceae
太果木科 Ticodendraceae
金虎尾目 Malpighiales
鐘花科 Achariaceae
槲樹果科 Balanopaceae
油桃木科 Caryocaraceae
金殼果科 Chrysobalanaceae
藤黃科 Clusiaceae
毒鼠子科 Dichapetalaceae
古柯科 Erythroxylaceae
大戟科 Euphorbiaceae
合絲花科 Euphroniaceae
大風子科 Flacourtiaceae
毛藥樹科 Goupiaceae
亞麻藤科 Hugoniaceae
香膏科 Humiriaceae
金絲桃科 Hypericaceae
包芽樹科 Irvingiaceae
粘木科 Ixonanthaceae
裂藥花科 Lacistemataceae
亞麻科 Linaceae
王冠草科 Malesherbiaceae
金虎尾科 Malpighiaceae
水母柱科 Medusagynaceae
金蓮木科 Ochnaceae
小盤木科 Pandaceae
西番蓮科 Passifloraceae
非洲核果木科 Putranjivaceae
羽葉樹科 Quiinaceae
紅樹科 Rhizophoraceae
楊柳科 Salicaceae
杯蓋花科 Scyphostegiaceae
三角果科 Trigoniaceae
時鐘花科 Turneraceae
堇菜科 Violaceae
酢漿草目 Oxalidales
土瓶草科 Cephalotaceae
牛栓藤科 Connaraceae
火把樹科 Cunoniaceae
杜英科 Elaeocarpaceae
酢漿草科 Oxalidaceae
孔藥花科 Tremandraceae
薔薇目 Rosales
鉤毛樹科 Barbeyaceae
大麻科 Cannabaceae
傘樹科 Cecropiaceae
朴科 Celtidaceae
八瓣果科 Dirachmaceae
胡頹子科 Elaeagnaceae
桑科 Moraceae
鼠李科 Rhamnaceae
薔薇科 Rosaceae
榆科 Ulmaceae
蕁麻科 Urticaceae
II類真薔薇分支 eurosids II
癭椒樹科 Tapisciaceae
十字花目 Brassicales
疊珠樹科 Akaniaceae + 鍾萼木科 Bretschneideraceae
藜木科 Bataceae
十字花科 Brassicaceae
番木瓜科 Caricaceae
澳遠志科 Emblingiaceae
環蕊科 Gyrostemonaceae
刺枝樹科 Koeberliniaceae
池花科 Limnanthaceae
辣木科 Moringaceae
瘤藥樹科 Pentadiplandraceae
木犀草科 Resedaceae
刺茉莉科 Salvadoraceae
夷白花菜科 Setchellanthaceae
烈味三葉草科 Tovariaceae
旱金蓮科 Tropaeolaceae
錦葵目 Malvales
紅木科 Bixaceae + 彎子木科 Cochlospermaceae
半日花科 Cistaceae
地果蓮木科 Diegodendraceae
龍腦香科 Dipterocarpaceae
錦葵科 Malvaceae
文定果科 Muntingiaceae
沙莓科 Neuradaceae
鏇花樹科 Sarcolaenaceae
球萼樹科 Sphaerosepalaceae
瑞香科 Thymelaeaceae
桃金孃目 Myrtales
雙翼果科 Alzateaceae
使君子科 Combretaceae
隱翼科 Crypteroniaceae
異裂果科 Heteropyxidaceae
千屈菜科 Lythraceae
野牡丹科 Melastomataceae
谷木科 Memecylaceae
桃金孃科 Myrtaceae
方枝樹科 Oliniaceae
柳葉菜科 Onagraceae
管萼科 Penaeaceae
裸木科 Psiloxylaceae
喙萼花科 Rhynchocalycaceae
蠟燭樹科 Vochysiaceae
無患子目 Sapindales
漆樹科 Anacardiaceae
薰倒牛科 Biebersteiniaceae
橄欖科 Burseraceae
番苦木科 Kirkiaceae
楝科 Meliaceae
白刺科 Nitrariaceae + 駱駝蓬科 Peganaceae
芸香科 Rutaceae
無患子科 Sapindaceae
苦木科 Simaroubaceae
菊分支 asterids
山茱萸目 Cornales
山茱萸科 Cornaceae + 珙桐科 Nyssaceae
假石南科 Grubbiaceae
繡球花科 Hydrangeaceae
水穗草科 Hydrostachyaceae
刺蓮花科 Loasaceae
杜鵑花目 Ericales
獼猴桃科 Actinidiaceae
鳳仙花科 Balsaminaceae
山柳科 Clethraceae
翅萼樹科 Cyrillaceae
岩梅科 Diapensiaceae
柿樹科 Ebenaceae
杜鵑花科 Ericaceae
福桂花科 Fouquieriaceae
銀鐘花科 Halesiaceae
玉蕊科 Lecythidaceae
蜜囊花科 Marcgraviaceae
紫金牛科 Myrsinaceae
假紅樹科 Pellicieraceae
花荵科 Polemoniaceae
報春花科 Primulaceae
捕蠅幌科 Roridulaceae
山欖科 Sapotaceae
瓶子草科 Sarraceniaceae
野茉莉科 Styracaceae
山礬科 Symplocaceae
厚皮香科 Ternstroemiaceae
四籽樹科 Tetrameristaceae
山茶科 Theaceae
假輪葉科 Theophrastaceae
I類真菊分支 euasterids I
紫草科 Boraginaceae
環生籽科 Plocospermataceae
二歧草科 Vahliaceae
絞木目 Garryales
桃葉珊瑚科 Aucubaceae
杜仲科 Eucommiaceae
絞木科 Garryaceae
五蕊茶科 Oncothecaceae
龍膽目 Gentianales
夾竹桃科 Apocynaceae
胡蔓藤科 Gelsemiaceae
龍膽科 Gentianaceae
馬錢科 Loganiaceae
茜草科 Rubiaceae
唇形目 Lamiales
爵床科 Acanthaceae
海欖雌科 Avicenniaceae
紫葳科 Bignoniaceae
醉魚草科 Buddlejaceae
腺毛草科 Byblidaceae
盤果木科 Cyclocheilaceae
苦苣苔科 Gesneriaceae
唇形科 Lamiaceae
狸藻科 Lentibulariaceae
苦檻藍科 Myoporaceae
木犀科 Oleaceae
泡桐科 Paulowniaceae
胡麻科 Pedaliaceae + 角胡麻科 Martyniaceae
透骨草科 Phrymaceae
車前科 Plantaginaceae
夷地黃科 Schlegeliaceae
玄參科 Scrophulariaceae
密穗草科 Stilbaceae
四粉草科 Tetrachondraceae
馬鞭草科 Verbenaceae
茄目 Solanales
鏇花科 Convolvulaceae
田基麻科 Hydroleaceae
山醋李科 Montiniaceae
茄科 Solanaceae
楔瓣花科 Sphenocleaceae
II類真菊分支 euasterids II
五福花科 Adoxaceae
鱗葉樹科 Bruniaceae
香茜科 Carlemanniaceae
彎藥樹科 Columelliaceae + 離水花科 Desfontainiaceae
寄奴花科 Eremosynaceae
南鼠刺科 Escalloniaceae
茶茱萸科 Icacinaceae
多香木科 Polyosmaceae
楔蕊花科 Sphenostemonaceae
智利木科 Tribelaceae
傘形目 Apiales
傘形科 Apiaceae
五加科 Araliaceae
假茱萸科 Aralidiaceae
夷茱萸科 Griseliniaceae
番茱萸科 Melanophyllaceae
海桐花科 Pittosporaceae
鞘柄木科 Torricelliaceae
冬青目 Aquifoliales
冬青科 Aquifoliaceae
青莢葉科 Helwingiaceae
葉茶藨科 Phyllonomaceae
菊目 Asterales
假海桐科 Alseuosmiaceae
雪葉科 Argophyllaceae
菊科 Asteraceae
頭花草科 Calyceraceae
桔梗科 Campanulaceae + 半邊蓮科 Lobeliaceae
腕帶花科 Carpodetaceae
陀螺果科 Donatiaceae
草海桐科 Goodeniaceae
睡菜科 Menyanthaceae
五膜草科 Pentaphragmataceae
石冬青科 Phellinaceae
盧梭木科 Rousseaceae
花柱草科 Stylidiaceae
川續斷目 Dipsacales
忍冬科 Caprifoliaceae
黃錦帶科 Diervillaceae
川續斷科 Dipsacaceae
北極花科 Linnaeaceae
刺續斷科 Morinaceae
敗醬科 Valerianaceae
系屬不清的科
蛇菰科 Balanophoraceae
多子科 Bonnetiaceae
心翼果科 Cardiopteridaceae
垂籽樹科 Ctenolophonaceae
鎖陽科 Cynomoriaceae
簇花草科 Cytinaceae
十齒花科 Dipentodontaceae
溝繁縷科 Elatinaceae
四棱果科 Geissolomataceae
單柱花科 Hoplestigmataceae
扁果樹科 Kaliphoraceae
洋酢漿草科 Lepidobotryaceae
光果科 Lissocarpaceae
五翼果科 Lophopyxidaceae
毛絲花科 Medusandraceae
管花木科 Mettenusiaceae
帽蕊草科 Mitrastemonaceae
盔瓣花科 Paracryphiaceae
五列木科 Pentaphylacaceae
圍盤樹科 Peridiscaceae
斜翼科 Plagiopteraceae
單室木科 Pottingeriaceae
肋果茶科 Sladeniaceae
栓皮果科 Strasburgeriaceae
苦皮樹科 Tepuianthaceae
