爭議
有不少學者認為,由於始祖鳥被視作原始鳥類已經有100餘年了,因此最好還是將始祖鳥、現生鳥類以及它們最近的共同祖先都包含在鳥綱之內;同時將新鳥類(Neornithes)定義為現生鳥類類群。後一種觀點將鳥翼類定義為一個基幹(stem based)類群單元,它包括新鳥類以及那些與它們親緣關係更為接近而與恐爪龍下目關係更遠的類群。在這種情況下,鳥翼類與恐爪龍下目構成一組基幹姐妹群關係。
始祖鳥的謎團
鳥翼類是否包含始祖鳥,對於這個類群的定義影響最大。根據塞利諾的始祖鳥科定義,始祖鳥應該屬於恐爪龍下目,並取代原先的馳龍科,成為始祖鳥科。同樣,熱河鳥(學名是神州鳥)也不是鳥翼類,可能歸於恐爪龍下目,成為獨立的科屬。
鳥翼類包含恐龍嗎
有時,不是鳥類的擅攀鳥龍科會歸入鳥翼類,但是該科化石很少,並且大部分是幼龍化石,和成年之後的狀態可能有差異,所以我們尚不能做出正確的判斷。擅攀鳥龍科包括擅攀鳥龍、樹息龍和耀龍。它們的分類很混亂,曾經被當成一個演化支(在耀龍被發現前)。
一個問題是,鳥翼類是允許包含恐龍的,這使得恐爪龍下目有可能是原始的鳥翼類,他們和鳥翼類一起被稱作近鳥類(Paraves)。