不導致胺基酸改變的核苷酸變異我們稱為同義突變，反之則稱為非同義突變。一般認為，同義突變不受自然選擇，而非同義突變則受到自然選擇作用。在進化分析中，了解同義突變和非同義突變發生的速率是很有意義的。常用的參數有以下幾種：同義突變頻率(Ks)、非同義突變頻率(Ka)、非同義突變率與同義突變率的比值(Ka/Ks)。如果Ka/Ks>1，則認為有正選擇效應。如果Ka/Ks=1，則認為存在中性選擇。如果Ka/Ks<1，則認為有純化選擇作用。
