製作流程
傳統藥曲的製作流程：
混合中草藥粉 米粉 水陳酒藥→拌料→打實 切塊→陳曲接 種 滾角→入匾保溫保濕培養，換匾，並匾→曬乾。
中草藥的配方各地各人各異，少則10多種多則數十種。下面以福建寧德地區傳統方法製作的福建藥曲為例做介紹：
福建藥曲由36味中藥配成--當歸，升麻，山奈，川椒，甘松，肉桂，杜仲，黃芪，枝子，薄荷，良姜，陳皮，小回，京介，甘竹，甘草，益智，巴戟天等等。
材料：36味中草藥磨成粉，當年早秈谷磨成粉，白觀音土，泉水，陳母曲。
藥粉，谷粉，觀音土，水在大木桶里混合攪拌均勻
揉壓緊實成形，切成小塊（或用木模）
拌入陳曲粉滾動，讓陳曲粉均勻粘在曲塊上，過篩篩去粉末，粉末併入下次使用
接種曲擺上竹匾，放入密閉的曲房中，多層保溫保濕培養3天，待曲塊 表面長滿白色菌絲，逐步開窗透氣，在培養2天，待菌絲逐漸長透曲塊後，便可出曲
日曬，一次曬乾，保存，藥曲因曲力強勁，新做的藥曲性子太急，得靜養半月後方可釀酒，陳1年效果更佳
<<北山酒經>>；中則記載了一種人工接種的方式，即："團成餅子，以舊曲末逐個為衣"。也就是說把新製成的曲團在陳曲粉末上滾動一下， 陳曲末便粘在新曲團的表面，陳曲末中有大量的根霉孢子，可以在曲團上迅速繁殖，形成生長優勢。由於可以人為地選擇質量較好的陳曲作為曲種，這就可以擇優汰劣。通過年復一年的人工選育，自然淘汰，質量優越的曲種（實際上是微生物菌種）就保留下來了。而天然接種的酒麴，酒麴中微生物的來源主要是水源，原料本身所帶入，或者制曲場所及用具。性能優良的菌種無法代代相傳，酒質也就無法恆定。
明清時期，小曲中加入種類繁多的中草藥，成為這一時期的特點。明《天工開物》中說："其入諸般君臣與草藥，少者數味，多者百味，則各土各法，亦不可殫述"。這種傳統做法一直延續至現代。周恆剛先生在1964 年蒐集的四川邛崍的藥曲配方中，有一例，其配方中用藥達72味，合計50多公斤，可配1460公斤的原料（《糖化曲》，1964年，中國財經出版社）。但小曲也有少加甚至不加藥的。如明代的東陽酒麴中只加辣蓼。寧波白藥也是如此。故明代以來，小曲向藥曲和無藥曲兩個方向發展。
使用說明
藥曲藥曲主要是釀造米酒，黃酒，小曲白酒。使用量為4%的米重量，各藥曲略有不同。藥曲為南方各地民間常見的酒麴，有深厚的歷史積澱，所釀的黃酒酒度高達18度。
釀酒流程：浸泡糯米--蒸米--攤飯（淋飯）--拌曲 搭窩糖化--釀液滿加水發酵--攪拌壓帽--發酵結束壓榨--澄清去酒泥--陳釀。
保存方法
藥曲因為含用多種中草藥陳年使用效果更好。保存應注意密封，乾燥，勿潮，半年日曬一次防止受潮長蟲。保存要點，可使用密封袋子，多層密封，或者密封盒子，比如奶粉罐等，不用放冰櫃，冰櫃易潮。
