肺孢子菌在形態學上PC類似原蟲,且對殺原蟲藥物噴他脒和SMZco有效,長期以來被劃歸原蟲。直至1988年Edman等在分子水平的研究發現PC的16SRNA編碼基因核苷酸序與釀酒酵母菌具有高度同源性。有學者將之與其他38種真菌的分子進化樹進行比較,證實PC為真菌中獨立的一屬,同源性介於子囊菌和擔子菌之間。此後PC多種功能蛋白編碼基因相繼被克隆,核苷酸序列分析均顯示其與真菌非常接近。所以現在一致同意PC歸宿真菌。
上世紀70年代的研究就發現,PC的不同株型可以具有宿主特異性,主要寄生於人體內的是伊氏肺孢子菌(Pneumocystisjiroveci,PJ),而以大鼠作為中間宿主的則是卡氏肺孢子菌(PC),二者的18SRNA序列差異達5%。但有研究稱不同株型可同時寄居於哺乳動物肺內,如PC和衛氏肺孢子菌存在競爭與共存關係。1976年Frenkel提議將感染人的肺孢子蟲命名為伊氏肺孢子菌(PJ)以紀念首次發現人體感染肺孢子菌肺炎的捷克寄生蟲病學家伊諾維奇(OttoJirovci),但未得到認可。隨著越來越多的研究證明肺孢子菌的宿主特異性,1997年《肺孢子菌國際研討會》決定予以新的命名,但鑒於各肺孢子菌之間是否存在遺傳性差異尚未最終證實,故其差異暫定為型間差異,而非種間差異,將PJ仍歸屬於PC,命名為P.Cariniif.sp.hominis,其中f.sp(formailspecialis)為型的含義,即人型卡氏肺孢子菌。其後的研究進一步證明不同肺孢子菌之間的差異具有遺傳性,因此肺孢子菌應是一個屬,存在多個不同的種。1999年Freukel再次提議套用PJ代替PC,得到廣泛贊同。2001年《機會性原生生物國際研討會》一致通過重新修改命名,以肺孢子菌代替卡氏肺孢子菌成為屬,PJ和PC為不同的種。肺孢子菌肺炎的縮寫仍為PCP(PneumocystisPneumonia)。由於過去將Pneumocystis劃為原蟲,中文譯成肺孢子蟲;目前改劃歸真菌,中文也就相應改稱肺孢子菌,其實它的英文名稱中並無蟲或菌的含義與區分。P.Jiraveci中後一個紀念名現有耶氏和伊氏兩種中文譯法,按捷克語譯成伊氏,2006年桑福德熱病指南專門註明Jiroveci發音應是yee-row-vek-ee,故譯為耶氏是不對的。翁心華教授建議中文名可根據宿主不同作出修正,感染人的PJ就稱為人肺孢子菌,其肺炎即為肺孢子菌肺炎,其相對應的英文不變。這是一個很好主張,希望全國自然科名詞審定委員會予以重視和積極的研究。
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