簡介
基本情況
神奇寶貝超世代在此系列中，小智和無印篇的女同伴小霞分別，並和從橙華市出發的新手訓練家小遙一同旅行。小遙本來只願意旅行，但得知神奇寶貝華麗大賽後，就決定成為協調訓練家。 兩人都為了達成各自的目標，與神奇寶貝一同奮鬥。
小遙的弟弟——小勝也跟著他們旅行，還帶著神奇寶貝領航員。不過，因為小勝年齡不足，所以沒有神奇寶貝。小智的顧問，也就是上一部的另一位主角，小剛也在此系列的開端回來。
小智與小剛都以新裝登場，小智沒有戴著舊帽子，且穿著完全不同的新行裝，並且小霞在超世代中客串時，也穿著新裝。
超世代系列的程式與無印篇分別比較大。在關都與城都地方，小智有遇見又收服到那地區的三隻初學者神奇寶貝。但在此系列中，小智收服到的初學者神奇寶貝只有木守宮。加之和橘子群島與城都地方不似，小智把他所收服的神奇寶貝留在大木博士的研究所，只打算帶著皮卡丘。另外，在這系列，小智也沒有主要的勁敵。
系列首播於2002年11月21日，最終集播出於2006年9月14日。完整的標題列表請參考下面的動畫目錄。
劇情縮微
故事的主角是一個名叫小智的男孩，原本與母親一起住在真新鎮，但小智為了要成為一流的神奇寶貝訓練家，而踏上修行的旅程。
《神奇寶貝》第一部講述了小智在關都地區、橘子群島和城都地區的冒險故事，城都聯盟篇結束後，小霞為了接替出門旅行的三位姐姐而不得不返回華藍市擔任道館訓練家，小剛也因為有事和小智分離了。 小智和好友小霞、小剛分離，為了找回剛剛開始冒險時的感覺，只帶上了最先獲得的神奇寶貝——皮卡丘，來到了豐緣地方（原為芳緣，但經任天堂意見改為豐緣），但是在到豐緣地方的途中，皮卡丘遭到了火箭隊的強大磁力攻擊，變得異常奇怪。小智趕忙來到了未白鎮上的小田卷博士的研究所求助，在那裡遇到了剛剛成為新人訓練家的小遙……故事再次展開……
說明
為了方便統一查閱管理，本詞條中神奇寶貝、人物、地點等內容的中文譯名，都以台灣地區播放的國語版名稱為主。請不要填寫網譯及香港翻譯名稱，以免造成混亂。
“對戰開拓區”篇改變
不同於遊戲版《神奇寶貝綠寶石》中對戰開拓區全部位於豐緣某小島上的設定，在動畫中，第三世代的對戰開拓區分散在關都各地。共有七所對戰設施，類似於神奇寶貝道館。如果全部挑戰通過鎮守對戰設施的所有開拓之腦，將能成為對戰開拓區的制霸。
極少數過去在《神奇寶貝》無印中涉及的城市，如淺紅市，金黃市重新在本篇中被提及。
登場人物
主要角色
小智和龍蝦小兵神奇寶貝中的男主角，真新鎮出生，出發旅行的時候10歲。他朝氣逢勃，目標是成為世界第一的神奇寶貝專家的少年。同時他那莽撞，容易得意忘形的個性常常會令他惹禍上身，甚至還經常捲入一大堆麻煩事當中……但很有戰鬥力，對神奇寶貝始終富有極大的興趣與關懷。
皮卡丘小遙
本片的女主角，父親是豐緣地區橙華道館的訓練家千里，為了成為獨立的神奇寶貝訓練家而展開旅程，雖然剛滿10歲訓練年齡，但是還是得拿一隻神奇寶貝做修行，老實說她幾乎對神奇寶貝一竅不通，所以有時也會鬧出笑話來。因最心愛的越野腳踏車被小智的皮卡丘的強大電擊燒焦而一起同行。
個性開朗，但有時很糊塗。後來決定挑戰華麗大賽，以大型慶典和頂尖協調訓練家為目標旅行。勁敵有小瞬、哈利等人。本部結束後和小智告別，前往城都地區繼續旅行。
像小霞一樣，小遙後來也在《神奇寶貝》第三部的《神奇寶貝鑽石與珍珠》中客串，並穿上了新的服裝（電玩綠寶石版）。
造型範本為GBA紅藍寶石版的女主人公。
小剛本來是關都地區尼比市的道館訓練家，一開始他擁有大岩蛇，小拳石，超音蝠等神奇寶貝。在第一部中，當他與小智對戰完後，深受感動，後來以成為頂級飼育家為目標，與小智一起旅行。
城都聯盟篇結束後分開過一段時間，後來在豐緣地區再度和小智小遙等人重逢。他很容易迷戀年紀比他大的美女，不過總是小勝拉走被拒絕。
小遙的弟弟，7歲，持有神奇寶貝領航員的人。喜歡神奇寶貝，了解很多專業知識。但是說話也很不客氣。有時會指導姐姐小遙，但也常被小遙和她的神奇寶貝給修理一頓。
很注意小剛照顧神奇寶貝的方式和方法。夢想是成為像父親一樣傑出的道館訓練家。
反派角色
幾乎每集都會登場，可愛又迷人的反派角色。火箭隊時常以華麗姿態出場。他們為了防止世界被破壞。為了維護世界的和平，可要繼續在豐緣大陸的舞台繼續貫徹愛與真實的邪惡喔！
豐緣地方的邪惡組織，企圖利用豐緣海陸傳說中的超古代神奇寶貝的力量，來達成自己的理想世界，兩隊為敵對關係，已解散。特徵是穿著紅色和藍色的隊服。
勁敵
小瞬
音譯版的不同，也有叫修或秀。是小遙的勁敵，出身拉魯斯市。最出色的神奇寶貝是毒薔薇。傳聞與小遙相互喜歡。立志要成為一個出色的神奇寶貝協調訓練家，而本身就是一個不錯的協調訓練家。
喜歡追求美麗的事物，經常對小遙說的一句是“你還是一樣一點都不美麗”。每次小遙參加華麗大賽結束後都會送她一支玫瑰。將小遙視為一名可以追上自己的強敵。本部結束後也前往城都地區旅行。
小遙的另外一個勁敵，綠色的麗人，出身凱那市。在小遙爭奪第四個緞帶的華麗大賽上認識。
性格很狡詐，經常耍一些卑鄙的手段捉弄剛出道的小遙，還假裝自己是無辜的，而且很容易就被小遙相信。他這么做其實是因為小遙和他初次見面的時候說錯了一句話，而且碰巧和小時候欺負過哈利的女生長得相似。被火箭隊尊稱為“哈利老師”，有一隻夢歌奈亞。擁有的神奇寶貝都十分另類。本部結束後也前往城都地區旅行。
配角
《神奇寶貝》第一部無印篇的女主角，也就是小智剛剛開始神奇寶貝旅行時就認識的一起旅行的同伴。城都聯盟結束後因照顧家裡的道館而和小智分別。
本部中也有客串戲份，接收到“擁有波可比的訓練家”的邀請函來到豐緣地方，後來在米拉丘王國的事件解決後回到關都。小智挑戰完豐緣聯盟回到故鄉後也再度遇見了她。
豐緣地區的名研究員，住在未白鎮。喜歡在野外實地觀察。豐緣地方的新人訓練家岀發時，都要前來和他拿取最初的神奇寶貝（可在木守宮，水躍魚和火稚雞中任選其一）。
在各地都十分有名的神奇寶貝研究員，住在真新鎮。對小智十分照顧，擅長神奇寶貝川柳造句，全名為大木雪成。關都地方的新人訓練家岀發時，都要前來和他拿取最初的神奇寶貝（可在妙蛙種子，傑尼龜和小火龍中任選其一）。
千里&美津子
小遙和小勝的父母，千里為豐緣地區橙華道館的道館訓練家，擅長一般系。
對戰開拓區的設立人即老闆，鼓勵小智挑戰對戰開拓區，邀請他成為對戰開拓區的首腦，但遭到了小智的婉言謝絕。
關都四天王之一同時也是城都的冠軍，世界首屈一指的訓練家，擅長龍系。同時也是神奇寶貝搜查官的成員。在AG中客串，出現在火岩隊和水艦隊爭奪海陸的劇情中。好搭檔是快龍，還有在卡吉鎮從火箭隊手中解救出的紅色暴鯉龍。
豐緣地方華麗大賽的主持人，十分會炒熱氣氛，被稱為本世紀最有活力的女主持人，特徵是左眼下方有顆痣。
康肯斯坦
華麗大賽大會事務局長，經常擔任華麗大賽評審委員長。
須木佐
神奇寶貝迷俱樂部的會長。華麗大賽的常客，同時也是受歡迎的神奇寶貝變裝大賽的評審。
莉莉安
關都地方華麗大賽的主持人，被稱為本世紀最行動派的女主持人。薇薇安的妹妹，特徵是右眼下方有顆痣。
達馬嵐其會長
神奇寶貝聯盟的會長，是個地位崇高的老人。豐緣聯盟彩幽大會開幕時他再度出現。
各地神奇寶貝中心的護士，皆有親戚關係，長相都很相似。除了救助神奇寶貝以外，還會擔任華麗大賽的評審。助手多為吉利蛋或幸福蛋。
君莎小姐
各地的女警察，跟喬伊一樣，皆有親戚關係且長相相似。助手多為卡蒂狗。
動畫目錄
1.斜體的為總集篇，S代表小瞬，H代表哈利，T代表水艦隊、火岩隊相關劇情
2.台灣版的國語版沒有計算第120集，導致計算時表現出共有191集。
但若按照當時在日本的實際播放情況，即包含第120集，本部實際上共有192集。
這裡採用後者進行編號。一些地方把第171集和第172集（播出時為一小時特別篇）算為一集，但是根據神奇寶貝半小時左右一集的劃分，這裡算作兩集。若在171集之後沒有在網路上找到相對應的集數，請嘗試在下表所列集數序號上加一減一再搜尋。
3.小霞僅在第44、45、132~134集中客串，下面不再說明。
4.豐緣聯盟下屬8所道館。按照主人公挑戰順序簡單劃分。最後加上凱那華麗大型慶典和彩幽大會的劇情。
岩石系道館（1~16）
AG01.新的大地！新的冒險！（小遙加入，並得到新人用火稚雞）
AG02.古代神奇寶貝與神秘軍團！T
AG03.橙華道館對抗過動猿！（小勝加入）
AG04.傲骨燕多多！危險多多！在橙華森林收服它！（小智收服傲骨燕，小剛歸隊）
AG05.蛇紋熊與短褲少年!小遙的第一場戰鬥！
AG06.火箭隊！瘋狂亂抓，再見了!（武藏的阿柏怪、小次郎的雙彈瓦斯離隊，小次郎得到沙漠奈亞）
AG07.木守宮的森林！保護大樹！（小智收服木守宮）
AG08.飯匙蛇對抗木守宮！必殺的拍擊攻擊！（武藏收服飯匙蛇）
AG09.怪奇！蘑蘑菇大宅之謎？
AG10.史上最強的大嘴鷗?!
AG12.蓮葉童子與花店三姊妹 （小剛獲得蓮葉童子）
AG13.神奇寶貝華麗大賽！狩獵鳳蝶的華麗戰鬥！
AG14.雙打比賽，捕捉刺尾蟲（小遙和武藏各收服一隻刺尾蟲）
AG15.用功 神奇寶貝訓練家培育學園！
AG16.卡那茲道館！朝北鼻的秘密武器！（皮卡丘學會鐵尾，小智得到岩石徽章）
格鬥系道館（17~31）
AG17.得文製造有限公司！水艦隊之影！ T
AG18.哈奇老人與長翅鷗小皮！
AG19.逃離巨牙鯊之島！
AG20.武鬥道館！衝浪的道館訓練家藤樹登場
AG21.刺尾蟲對刺尾蟲！到底是哪一隻?
AG23.海邊的搗蛋鬼——龍蝦小兵登場！（小智收服龍蝦小兵）
AG24.奔跑吧小智！越過利牙魚之河！（小遙的刺尾蟲進化成甲殼蛹，武藏的刺尾蟲進化成盾甲繭）
AG25.秘密之池！好多水躍魚 （小剛收服水躍魚）
AG26.長鼻葉族的襲擊
AG27.火岩隊對抗水艦隊，秘密基地的戰鬥！T
AG28.狩獵鳳蝶與毒粉蝶！進化之後！ （小遙的甲殼蛹進化成狩獵鳳蝶，武藏的盾甲繭進化成毒粉蝶）
AG29.勾魂眼的驚奇
AG30.格鬥少女與瑪沙那！暴風雨之中!
AG31.再戰武鬥道館！乘浪的戰鬥場地！（小智得到拳擊徽章）
電氣系道館（32~40）
AG32.廢棄之船！悄悄靠近的影子
AG33.小遙的勁敵！特訓！神奇寶貝華麗大賽！S
AG34.最初拿到的神奇寶貝，大混亂!
AG35.小遙！初次挑戰神奇寶貝華麗大賽！S
AG36.保護海之博物館，火岩隊的襲擊！T
AG37.美女與野獸?狡猾天狗和喬伊小姐
AG39.唱歌！神奇寶貝戲法屋！
AG40.紫堇道館！鐵鏇的電擊戰鬥！（小智得到電力徽章）
火炎系道館（41~56）
AG41.木守宮的新絕招！西瓜園的種子機槍（小智的木守宮學會種子機關槍）
AG43.飛吧寶貝龍！迎向明天！
AG44.小霞登場！波克比和夢幻王國！（小霞歸隊）
AG45.海市蜃樓的那邊 波克比的樂園！（小霞的波克比進化成波克基古；波克基古離開小霞；小霞離隊）
AG46.戰鬥家庭！4比4！
AG47.向尾喵和芳香治療 （小遙收服向尾喵）
AG48.貓鼬斬VS飯匙蛇！ 勁敵對決
AG49.小勝VS勝人！守護溜溜糖球！
AG50.神奇寶貝華麗大賽 秋葉大會！S
AG51.VS恰雷姆，華麗對戰（小遙得到緞帶）S
AG52.正電拍拍和負電拍拍，應援之道
AG53.向尾喵和協助 呆火駝牧場
AG54.再次遇見火岩隊&水艦隊！煙突山作戰！T
AG55.新人道館訓練家亞莎滿地坑洞的戰鬥場地
AG56.熱血徽章！在燃燒的戰鬥中得到它！（小智得到烈焰徽章）
一般系道館（57~70）
AG57.好多晃晃斑！找尋山另外一邊的幸福
AG58.闖越鋼之谷！煤炭龜VS大鋼蛇 （小智收服煤炭龜）
AG59.紫堇道館再度VS雷電獸！
AG60.向尾喵與優雅貓！傳說中的協調訓練家登場！（小遙的向尾喵學會暴風雪）
AG61.戴面具的協調訓練家，假面使者登場！！S
AG62.綠茵鎮 神奇寶貝華麗大賽！（小遙得到緞帶）S
AG63.太陽岩和蓮帽小童！神聖森林的傳說！（小剛的蓮葉童子進化成蓮帽小童）
AG64.青綿鳥的天空！小遙的心！
AG65.溶食獸擊退大作戰！
AG66.一觸即發！爆音怪VS森林蜥蜴（小智木守宮進化成森林蜥蜴）
AG67.跳舞戰鬥！樂天河童！
AG68.爸爸是偶像！？冒牌的道館訓練家！
AG69.橙華道館的危機！家庭危機！
AG70.橙華道館戰！第五個徽章！ （小智得到天秤徽章）
飛行系道館（71~85）
AG71.大木博士和小田卷博士！秘密基地之戰！
AG72.雙人合作賽，小智對抗小遙！？
AG73.禁忌森林的國王妙蛙花！（小遙得到妙蛙種子）
AG74.妙蛙種子和妙蛙種子！奪回寶貝球！（小智的妙蛙種子歸隊本集結束後離隊）
AG75.對決！巨大鯰魚王和釣魚高手
AG76.天秤偶和霧中的遺蹟！
AG77.強敵！？媽媽級協調訓練家登場！S
AG78.神奇寶貝華麗大賽 長壽大會！S
AG79.跳跳豬在找的東西！？
AG80.首度挑戰！空中競技 神奇圓環！（小智傲骨燕進化成大王燕）
AG81.怨影娃娃的大宅！
AG82.森林格鬥王！？力壯雞VS斗笠菇（小遙的火稚雞進化成力壯雞）
AG83.天氣研究所的漂浮泡泡！T
AG84.茵郁市的羽翼嘉年華會！（小次郎得到風鈴鈴）
AG85.茵郁道館！天空之戰！（小智得到白羽徽章）
超能力系道館（86~100）
AG86.噴火駝載著電影來！
AG87.神秘！從宇宙來的神奇寶貝！？
AG88.香蕉懶人翁園的卡比獸！
AG89.皮卡丘加入火箭隊！？
AG90.抵達水靜市！能量方塊和迴轉攻！
AG91.神奇寶貝華麗大賽 水靜大會！ （小遙得到緞帶）
AG92.那三隻登場，裁判學校之島！
AG93.珍珠貝和跳跳豬！尋找珍珠！
AG94.古空棘魚與深海的秘寶！
AG96.肌肉對戰！？雙打比賽！
AG98.固拉多VS蓋歐卡！（後篇）T
AG99.楓和南！宇宙中心的戰鬥！
水系道館（101~111）
AG101.大海男兒！四天王源治登場！
AG102.諸星博士之島！化石神奇寶貝出現！（小遙的妙蛙種子學會花之舞）
AG103.伊札貝島 神奇寶貝華麗大賽！小心勁敵！？（哈利登場，小遙得到緞帶）H
AG104.封印巨大念力土偶！
AG105.大嘴娃談戀愛！蓮帽小童的花之路!（小剛的蓮帽小童進化成樂天河童）
AG107.阿勃梭魯！悄悄靠近的災難之影!
AG108.抓住雪童子！(小智收服雪童子)
AG109.拯救拉魯拉絲！小勝快點！
AG110.琉璃道館！水的藝術家·亞當！（前篇）
AG111.琉璃道館！水的藝術家·亞當！（後篇） （小智得到雨滴徽章）
華麗大型慶典&彩幽大會（112~132）
AG112.直衝熊！友情的形式!?
AG113.夢幻島的小果然S
AG114.滾動吧！戀愛的頓甲
AG115.混戰、混亂！神奇寶貝華麗大賽 暮水大會（前篇）
AG116.混戰、混亂！神奇寶貝華麗大賽 暮水大會（後篇）（小遙得到緞帶）
AG117.用小遙美食收服小卡比獸！？（小遙得到小卡比獸）
AG118.勁敵登場！政宗和鐵啞鈴
AG119.怪盜班納伊與緞帶獎盃
AG120.小智與小遙，在豐緣大陸的激烈戰鬥
AG121.開幕！大型慶典（1）！S/H
AG122.熱斗！大型慶典（2）！S/H
AG123.決戰！大型慶典（3）！（小智的雪童子進化成冰鬼護，小遙止步凱那華麗大型慶典前8強）S/H
AG124.來野外求生吧！
AG125.抵達彩幽市！穿著長靴的喵喵!?
AG126.預賽開始！政宗登場！
AG127.開幕！彩幽大會！
AG128.通往決勝錦標賽！戰鬥白熱化的日子！
AG129 然後…不能輸的戰鬥依然持續！
AG130 勁敵對決！VS政宗
AG131.最後的激戰！通往優勝之路 （小智止步彩幽大會前8強）
AG132.亞希達先生與對戰開拓區!?（小霞片尾歸隊，小遙離隊並狩獵鳳蝶和向尾貓寄放在家，小剛離隊並樂天河童放在家，小勝片頭離隊，片尾歸隊）
對戰工廠（133~136）
AG133.大木研究所！全員大集合！（小遙歸隊並得到傑尼龜，小智的煤炭龜和冰鬼護寄放在大木研究所，小遙把妙蛙種子寄放在大木研究所，小智的小小象歸隊，小剛片尾歸隊）
AG134.月見山！皮寶寶與皮皮與皮可西！（小霞離隊）
AG135.初陣！對戰工廠！（前篇） （小智的噴火龍歸隊並學會過熱）
AG136.初陣！對戰工廠！（後篇）（噴火龍離隊，小智得到知識象徵）
對戰競技場（137~149）
AG137.大岩蛇的王國！
AG138.胖丁的歌，爸爸的歌！
AG139.勁敵對決！收服風速狗！S
AG140.可達鴨的憂鬱！
AG141.狃拉與吸盤魔偶！哪一家餐廳！？
AG142.進化！它的神秘與奇蹟！
AG143.神奇寶貝華麗大賽 金黃大會！（前篇）H
AG144.神奇寶貝華麗大賽 金黃大會！（後篇）（小遙得到緞帶）H
AG145.格鬥道場！小智VS小遙
AG146.超能力系VS幽靈系！深夜中的決鬥！？
AG147.魔尼尼登場！休息之館！（小次郎的風鈴鈴離隊，同時得到魔尼尼）
AG148.水躍魚與綿綿！戀愛的特效藥！？ （小剛的水躍魚進化成沼躍魚）
AG149.對戰競技場！格鬥對決！（卡比獸歸隊本集結束後離隊，小智獲得毅力象徵）
對戰巨蛋（150~153）
AG150.撫養家老闆與神奇寶貝蛋！（小遙得到蛋，皮卡丘學會伏特攻擊）
AG151.對手是上班族？！（小遙得到緞帶）
AG152.哈克龍之湖!
AG153.對戰巨蛋！火焰與水的融合（小智得到戰術象徵）
對戰水管（154~158）
AG154.震撼！吃驚！電擊怪（小智的小小象進化成頓甲）
AG155.神奇寶貝保育家登場！拯救雪拉比作戰
AG156.愛哭樹與忍者學校（小剛收服愛哭樹）
AG157.穿越時空的小遙（小遙的蛋孵化成伊布）
AG158.對戰水管大熱斗！對抗水管皇后小薊！（小智得到運氣象徵）
對戰宮殿（159~164）
AG159.優勝將落入誰的手中？定向越野競賽
AG160.小卡比獸的出道賽！與哈利一決勝負！H
AG161.森林蜥蜴VS熱帶龍！草原的決鬥！（小智的森林蜥蜴進化成蜥蜴王，蜥蜴王暫時用不了絕招）
AG162.神奇寶貝華麗大賽 讓葉大會！（力壯雞學會百萬噸飛腿，小遙得到緞帶）S
AG163.蜥蜴王！復活的黎明！（蜥蜴王可以用絕招了）
AG164.激戰！在對戰宮殿的叢林對抗賽！（小智的赫拉克羅斯本集歸隊後離隊，小智得到精神象徵，蜥蜴王學會陽光烈焰）
對戰塔（165~170）
AG165.愛哭樹國王與魔尼尼皇后？！
AG166.摩天大樓的紅色閃電
AG167.決勝戰，小遙VS小剛！（小遙得到緞帶）S
AG168.迷唇娃與迷唇姐三姐妹
AG170.對戰塔，心傳心的戰鬥（小智得到才能象徵，小智的肯泰羅離隊）
華麗大型慶典&對戰金字塔（171~190）
AG171.神奇寶貝保育家，代歐奇希斯危機（前篇）
AG172.神奇寶貝保育家，代歐奇希斯危機（後篇）
【說明：一些地方把第171集和第172集（播出時為一小時特別篇）算為一集，但是根據神奇寶貝半小時左右一集的劃分，這裡算作兩集。若在171集之後沒有在網路上找到相對應的集數，請嘗試在下表所列集數序號上減一再搜尋】
AG173.胡說樹！黃金傳說
AG174.哈利&火箭隊！反派角色同盟成立？S/H
AG175.小遙VS武藏！最後的華麗大賽（小遙得到緞帶）S/H
AG176.火箭隊解散？！各自的道路S/H
AG177.小剛與小智！用雙打對戰保護尼比道館（小剛的大岩蛇已進化成大鋼蛇）
AG178.對戰金字塔！對抗雷吉洛克
AG179.驚異！巨大請假王之山
AG180.開幕！神奇寶貝華麗大賽 華麗大型慶典！S/H
AG181.小遙VS哈利!用雙打比賽登上舞台！S/H
AG182.小遙VS小瞬!最後的戰鬥!（小智收服長尾怪手，小遙的力壯雞學會過熱，小遙止步石英華麗大型慶典前四強）S/H
AG183.長尾怪手與國王！
AG184.聒噪鳥與神奇寶貝相聲
AG185.襲擊！落單的瑪狃拉！
AG186.再度挑戰金字塔！VS雷吉斯奇魯！（煤炭龜歸隊本集結束後離隊，煤炭龜學會熱風）
AG187.小遙VS小瞬！永遠的勁敵！（小遙的狩獵鳳蝶已學會幻象術，向尾喵歸隊）S/H
AG188.神奇寶貝中心忙得不可開交！
AG189.最初的神奇寶貝！最後的戰鬥！（小智的妙蛙種子、傑尼龜、噴火龍歸隊，噴火龍學會鋼翼）
AG190.決戰！對抗雷吉艾斯！（妙蛙種子、傑尼龜、噴火龍離隊，小智得到勇氣象徵並成為對戰開拓區制霸）
尾聲（191~192）
AG191.小智對抗小遙！最後的戰鬥（小遙的力壯雞進化成火焰雞）
AG192.旅程的終點，以及旅程的開始！（小遙、小智共同獲得緞帶。小遙、小勝、小剛離隊，小智的除皮卡丘和長尾怪手以外的神奇寶貝都放在大木研究所）
劇場版
2003年：七夜的許願星
2004年：裂空的訪問者
2006年：滄海的王子
周刊放送局
簡介
主要講述的是和小智分別的主要角色，或者配角特別經歷的番外故事。劇情發展和後續的TV動畫都有一些關係。播出時也就是日本播出本部的時期。
目錄
01：小剛，拯救尼比道館
02：華藍道館 復仇之戰
03：加油，積極向上的火箭隊
04：大木研究所大決戰
05；相會千年鎮，喵喵辛苦打工記
06：小霞，得到藍色徽章吧（小霞得到蛋）
07：神秘偵探喵喵登場，小侄女露力麗是大麻煩
08：神奇寶貝搜查網 去尋找大木博士吧
09：小霞，認真對決 賭上性命
10：雪拉比的另一個傳說
11：火箭隊，愛與青春的原點
12：真新鎮，神奇寶貝訓練家的旅程
13：神奇寶貝研究者 小茂與復活的化石翼龍
14：小霞與愛心魚，愛的戰鬥（小霞得到愛心魚）
15：奈奈與噴火龍，火焰的猛烈特訓
16：穿梭天際的傳說，阿弘與火焰鳥。
主題曲
片頭曲（OP）
超世代篇片頭曲（OP）
| 序號 | 日文名 | 中文名 | 持續區間 | 演唱/演奏 | 作詞 | 作曲 | 編曲 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | アドバンスアドベンチャー | 冒險前進～ADVANCED ADVENTURE～ | 第1集～第69集 | GARDEN | GARDEN | 田中宏和 | 田中宏和 |
| 2 | チャレンジャー！！ | 挑戰者！ | 第70集～第104集 | 松本梨香 | 許瑛子 | 田中宏和 | 田中宏和 |
| 3 | ポケモンシンフォニックメドレー | 神奇寶貝交響組曲～POKEMON SYMPHONIC MEDLEY～ | 第105集～第134集 | 神奇寶貝交響樂團 | ​ | たなかひろかず、三留一純 | 三留一純 |
| 4 | バトルフロンティア | 對戰開拓區 | 第135集～第164集 | 高屋亞希那 | Rie | Rie | 高梨康治 |
| 5 | スパート！ | 衝刺！ | 第165集～第192集 | 松本梨香 | 戸田昭吾 | たなかひろかず | たなかひろかず |
片尾曲（ED）
超世代篇片尾曲（ED）
| 序號 | 日文名 | 中文名 | 持續區間 | 演唱 | 作詞 | 作曲 | 編曲 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | そこに空があるから | 因為那邊有天空 | 第1集～第18集；第45集～第51集 | 江崎とし子 | 渡辺なつみ | 三留一純 | 恩田直幸 |
| 2 | ポルカ?オ?ドルカ | Polka O Dolka | 第19集～第44集 | 喵喵（犬山犬子）&ノルソル合唱團 | 戶田昭吾 | 田中宏和 | 田中宏和 |
| 3 | スマイル | 微笑 | 第52集～第82集；第92集～第98集 | 江崎とし子 | 江崎とし子 | 江崎とし子 | 恩田直幸 |
| 4 | いっぱいサマー！！ | 盡情的夏天！！ | 第83集～第91集 | 田村直美與ヒマワリ合唱團 | ピカチュウ學芸部 | たなかひろかず | たなかひろかず |
| 5 | GLORY DAY ～輝くその日～ | GLORY DAY ～燦爛的那一天～ | 第99集～第134集；第149集～第171集 | GARDEN | GARDEN&ピカチュウ學芸部 | GARDEN | GARDEM |
| 6 | ポケモンかぞえうた | 神奇寶貝數數歌 | 第135集～第148集 | 金澤明子 | 戶田昭吾 | たなかひろかず | たなかひろかず |
| 7 | 私、負けない！ ～ハルカのテーマ～ | 我，不會輸的！ ～小遙的主題曲～ | 第172集～第192集 | ハルカ（KAORI） | 吉川兆二 | 西岡和也 | 西岡和也 |
音像製品
冒險前進
【專輯名稱】アドバンス・アドベンチャ
【發售日期】2003年1月29日
【專輯編號】ZMCP-1505
【專輯製作】皮卡丘唱片/MediaFactory
【專輯售價】1365日元
【收錄曲目】
1.アドバンス・アドベンチャー～AdvanceAdventure～
2.そこに空があるから
3.アドバンス・アドベンチャー～AdvanceAdventure～（オリジナルカラオケ）
4.そこに空があるから（オリジナルカラオケ）
5.ポケモンコンテスト
6.マグマの団テーマ
7.アクアの団テーマ
8.闘い
9.勝利
10.トウカシティ
ZMCP-1505
ZMCP-1505
挑戰者!!/微笑[4]
【專輯名稱】チャレンジャー!!/スマイル
【發售日期】2004年4月28日
【專輯編號】ZMCP-1719
【專輯製作】皮卡丘唱片/MediaFactory
【專輯售價】1365日元
【收錄曲目】
1.チャレンジャー!!
2.スマイル
3.ポケモン言えるかな？2004
4.ポケふりゲームのうた
5.チャレンジャー!!(オリジナルカラオケ)
6.スマイル(オリジナルカラオケ)
7.ポケモン言えるかな？2004(オリジナルカラオケ)。
關聯作品
神奇寶貝劇場版
神奇寶貝劇場版自1998年起以每年一部的速度上映，上映時間都在暑假期間。故事以傳說中的神奇寶貝為主。為了故事的連貫性，每部劇場版上映的時候，小智的夥伴們與手持的神奇寶貝都與當時播放的電視動畫保持一致，但是電視動畫中的小智並不知道電影版中發生的故事。劇場版正式放映前，都會播放一段皮卡丘短片。
| 劇場版 | 日文標題 | 中文標題 | 日本首映日期 |
|---|---|---|---|
| M06 | 七夜の願い星 ジラーチ | 七夜的許願星基拉祈 | 2003年7月19日 |
| M07 | 裂空の訪問者 デオキシス | 裂空的訪問者代歐奇希斯 | 2004年7月17日 |
| M08 | ミュウと波導の勇者 ルカリオ | 夢幻與波導的勇者路卡利歐 | 2005年7月16日 |
| M09 | ポケモンレンジャーと蒼海の王子 マナフィ | 神奇寶貝保育家與蒼海的王子瑪納霏 | 2006年7月15日 |
皮卡丘短片
皮卡丘短片是一系列以皮卡丘為主角的動畫短片的統稱，片中鮮少出現人類。這些短片有作為OVA發售的，也有在電影版正式播放之前放映，或於ANA機上放映，另外還有兩部3D電影單獨放映，非OVA的基本都是限定期間放映。
| 中文標題 | 日文標題 | 日本首映日期 |
|---|---|---|
| 跳舞秘密基地 | おどるポケモンひみつ基地 | 2003年7月19日 |
| 皮卡丘的夏日祭典 | ピカチュウのなつまつり | 2004年7月17日 |
| 皮卡丘的鬼怪狂歡節 | ピカチュウのおばけカーニバル | 2005年7月16日 |
| 皮卡丘的頑皮島 | ピカチュウのわんぱくアイランド | 2006年7月15日 |
周刊神奇寶貝放送局
周刊神奇寶貝放送局主要講述的是和小智分別的主要角色，或者配角特別經歷的番外故事。劇情發展和後續的TV動畫都有一些關係。播出時也就是日本播出本部的時期。
| 編號 | 日文標題 | 中文標題 | 日本首播日期 |
|---|---|---|---|
| SS001 | タケシ! ニビジムをすくえ! | 小剛！拯救尼比道館！ | 2002/12/3 |
| SS002 | ハナダジムのリベンジマッチ! | 華藍道館復仇之戰！ | 2002/12/10 |
| SS003 | がんばれ! 前向きロケット団 | 加油！前進的火箭隊 | 2002/12/17 |
| SS004 | オーキド邸だいけっせん!! | 大木博士家大作戰!! | 2003/1/14 |
| SS005 | カスミ! ブルーバッジをゲットせよ! | 小霞！取得藍色徽章吧！ | 2003/2/25 |
| SS006 | 出會いのミレニアムタウン | 相會千年鎮 | 2003/3/4 |
| SS007 | アルバイトはたいへんニャース!? | 喵喵辛苦打工記!? | 2003/3/4 |
| SS008 | ポケモン捜査網! オーキド博士をさがせ!! | 神奇寶貝搜查網！尋找大木博士!! | 2003/4/8 |
| SS009 | 迷探偵ニャース參上! | 迷偵探喵喵登場！ | 2003/6/17 |
| SS010 | メイッコルリリは大迷惑? | 侄女露力麗是大麻煩？ | 2003/6/17 |
| SS011 | カスミ真剣勝負! 命かけます!? | 小霞一決勝負！賭上性命!? | 2003/9/2 |
| SS012 | ロケット団 愛と青春の原點 | 火箭隊 愛與青春的原點 | 2003/9/30 |
| SS013 | もうひとつのセレビィ伝說 | 又一個雪拉比的傳說 | 2003/10/7 |
| SS014 | マサラタウン、ポケモントレーナーの旅立ち | 真新鎮，神奇寶貝訓練家的旅程 | 2003/10/14 |
| SS015 | ポケモン研究者シゲルと復活のプテラ | 神奇寶貝研究者小茂與復活的化石翼龍 | 2004/3/16 |
| SS016 | カスミとラブカス! ラブバトル! | 小霞與愛心魚！愛的戰鬥！ | 2004/9/14 |
| SS017 | ナナコとリザードン! 炎の猛特訓! | 奈奈與噴火龍！火炎的猛烈特訓！ | 2004/9/21 |
| SS018 | 天駆ける伝說 ヒロシとファイヤー! | 穿梭天際的傳說 阿弘與火焰鳥！ | 2004/9/28 |
