影片簡介
《神奇寶貝超世代》《神奇寶貝超世代》（PokémonAdvancedGeneration）也就是神奇寶貝第二部，共分為芳緣地區豐緣聯盟及關都地區對戰開拓區兩篇。《神奇寶貝超世代》和前面的劇情不一樣的就是，故事變成了兩個主線，小智為了參加豐緣聯盟，努力挑戰道館，豐緣聯盟結束後，則改挑戰故鄉關都地區新設的對戰開拓區，而小遙則以成為協調訓練家努力，挑戰各地的華麗大賽，取得優勝緞帶勳章，好參加大型慶典，兩人都為了達成各自的目標，與神奇寶貝一同奮鬥。
這個星球上生活著不可思議的生物神奇寶貝。現在開始講述少年小智和神奇寶貝們的相遇、冒險和戰鬥經歷的故事。
立志成為神奇寶貝訓練大師的小智胸中懷著新的理想，帶者皮卡丘終於來到了芳緣地方在路上認識了剛成為神奇寶貝訓練員的小遙和她弟弟小正以及在路上會和的小剛結伴為了追尋夢想和冒險開始方緣地方的旅程……
故事內容
神奇寶貝超世代（日文：ポケットモンスター アドバンスジェネレーション）是神奇寶貝動畫的第二個系列，既然小智曾經過的三個地區構成第一個系列。
在此系列中，小智不跟無印篇的女同伴小霞，卻與從橙華市的新手訓練家小遙。小遙本來只願意旅行，但得知神奇寶貝華麗大賽後，就決定成為協調訓練家。小遙的弟弟，小勝也跟著他們旅行，還帶著神奇寶貝領航員。不過，因為小勝年齡不足，所以沒有神奇寶貝。小智的顧問，小剛也在此系列的開端回來。
小智與小剛都以新裝登場，小智也沒有戴著舊帽子，但穿著完全不同的新行裝，並且小霞在超世代中客串，也穿著新裝。
超世代系列的程式與無印篇分別大。在關都與城都地方，小智有遇見又收服到那地區的三隻初學者神奇寶貝。但在此系列中，小智收服到的初學者神奇寶貝只有木守宮。加之和橘子群島與城都地方不似，小智把他所收服的神奇寶貝留在大木博士的研究所，只打算帶著皮卡丘。另外，在這系列，小智也沒有主要的勁敵。
系列首播於2002年11月21日，最終集播出於2006年9月14日。
角色介紹
主要角色
| 小智 CV松本梨香 神奇寶貝中的男主角，真新鎮出生，出發旅行的時候10歲。他朝氣逢勃，目標是成為世界第一的神奇寶貝專家的少年。同時他那莽撞，容易得意忘形的個性常常會令他惹禍上身，甚至還經常捲入一大堆麻煩事當中……但很有戰鬥力，對神奇寶貝始終富有極大的興趣與關懷。 在豐緣地區經常攜帶的神奇寶貝：皮卡丘、傲骨燕→大王燕、木守宮→森林蜥蜴、龍蝦小兵、煤炭龜、雪童子→冰鬼護、長尾怪手。 在關都地區經常攜帶的神奇寶貝：皮卡丘、大王燕、森林蜥蜴→蜥蜴王、龍蝦小兵、小小象→頓甲。 [1] 皮卡丘 CV大谷育江 這隻皮卡丘擁有比其它皮卡丘更強大的電力。在第一部中，小智從大木博士的研究所得到的。在第一話中，它對小智的印象很差，因為特別的原因後開始喜歡小智，並和他一起旅行。親密度為99.8%。原則是決不進化。 |  主角們 |
| 小遙 CVKaori 本片的女主角，父親是豐緣地區橙華道館的訓練家千里，為了成為獨立的神奇寶貝訓練家而展開旅程，雖然剛滿10歲訓練年齡，但是還是得拿一隻神奇寶貝做修行，老實說她幾乎對神奇寶貝一竅不通，所以有時也會鬧出笑話來。因最心愛的越野腳踏車被小智的皮卡丘的強大電擊燒焦而一起同行。 個性開朗，但有時很糊塗。後來決定挑戰華麗大賽，以大型慶典和頂尖協調訓練家為目標旅行。勁敵有小瞬、哈利等人。本部結束後和小智告別，前往城都地區繼續旅行。 像小霞一樣，小遙後來也在《神奇寶貝》第三部的《神奇寶貝鑽石與珍珠》中客串，並穿上了新的服裝（電玩綠寶石版）。 造型範本為GBA紅藍寶石版的女主人公。 豐緣地區經常攜帶的神奇寶貝：火稚雞→力壯雞、刺尾蟲→甲殼蛹→狩獵鳳蝶、向尾喵、妙蛙種子、小卡比獸。 關都地區經常攜帶的神奇寶貝：力壯雞→火焰雞、妙蛙種子、小卡比獸、傑尼龜、伊布。 [2] | |
| 小剛 CV上田佑司 小剛本來是關都地區尼比市的道館訓練家，一開始他擁有大岩蛇，小拳石，超音蝠等神奇寶貝。在第一部中，當他與小智對戰完後，深受感動，後來以成為頂級飼育家為目標，與小智一起旅行。 城都聯盟篇結束後分開過一段時間，後來在豐緣地區再度和小智小遙等人重逢。他很容易迷戀年紀比他大的美女，不過總是小勝拉走被拒絕。 神奇寶貝 榛果球→ 佛烈托斯、水躍魚--沼躍魚、蓮葉童子--蓮帽小童--樂天河童、愛哭樹 | |
| 小勝 CV山田恭子 小遙的弟弟，7歲，持有神奇寶貝領航員的人。喜歡神奇寶貝，了解很多專業知識。但是說話也很不客氣。有時會指導姐姐小遙，但也常被小遙和她的神奇寶貝給修理一頓。 很注意小剛照顧神奇寶貝的方式和方法。夢想是成為像父親一樣傑出的道館訓練家。 |
反派角色
| 武藏 CV林原惠美 夢想成為女明星，潑辣。因為在青春的道路上屢屢受挫而加入了火箭隊。在豐緣地區經常變裝，參加神奇寶貝華麗大賽。 在本系列中常用的神奇寶貝有：果然翁、 飯匙蛇、毒粉蝶 小次郎 CV三木真一郎 原來是豪門子弟，後為躲避未婚妻和父母的逼婚，從此離家出走加入了火箭隊 在本系列常用的神奇寶貝有：魔尼尼、沙漠奈亞 喵喵 CV犬山犬子 曾為了女喵喵瑪丹娜頑強地學會了只用兩條腿走路、說話，後來輸給了貓老大。後來加入了火箭隊。 |  火箭隊 |
| 火岩隊&水艦隊 豐緣地區的邪惡組織，企圖利用豐緣海陸傳說中的超古代神奇寶貝的力量，來達成自己的理想世界，兩隊為敵對關係，已解散。特徵是穿著紅色和藍色的隊服。 |
配角
| 小霞 CV飯冢雅弓 《神奇寶貝》第一部無印篇的女主角，也就是小智剛剛開始神奇寶貝旅行時就認識的一起旅行的同伴。城都聯盟結束後因照顧家裡的道館而和小智分別。 本部中也有客串戲份，接收到“擁有波可比的訓練家”的邀請函來到豐緣地方，後來在米拉丘王國的事件解決後回到關都。小智挑戰完豐緣聯盟回到故鄉後也再度遇見了她。 露力麗、暴鯉龍、太陽珊瑚、波克比 |  |
| 小田卷博士 CV立木文彥 豐緣地區的名研究員，住在未白鎮。喜歡在野外實地觀察。豐緣地方的新人訓練家岀發時，都要前來和他拿取最初的神奇寶貝。 神奇寶貝：木守宮，水躍魚、火稚雞。 |  |
| 大木博士 CV 石冢運升 在各地都十分有名的神奇寶貝研究員，住在真新鎮。對小智十分照顧，擅長神奇寶貝川柳造句，全名為大木雪成。關都地方的新人訓練家岀發時，都要前來和他拿取最初的神奇寶貝。 神奇寶貝妙蛙種子，傑尼龜和小火龍 |  |
| 千里&美津子 CV小杉十郎太/? 小遙和小勝的父母，千里為豐緣地區橙華道館的道館訓練家，擅長一般系。 |  |
| 亞希達 CV坂口候一 對戰開拓區的設立人即老闆，鼓勵小智挑戰對戰開拓區，邀請他成為對戰開拓區的首腦，但遭到了小智的婉言謝絕。 |  |
| 渡 CV千葉進歩 關都四天王之一同時也是城都的冠軍，世界首屈一指的訓練家，擅長龍系。同時也是神奇寶貝搜查官的成員。在AG中客串，出現在火岩隊和水艦隊爭奪海陸的劇情中。神奇寶貝：快龍（紅色）暴鯉龍。 |  |
| 薇薇安 CV岡村明美 豐緣地方華麗大賽的主持人，十分會炒熱氣氛，被稱為本世紀最有活力的女主持人，特徵是左眼下方有顆痣。 |  |
| 康肯斯坦 華麗大賽大會事務局長，經常擔任華麗大賽評審委員長。 | |
| 須木佐 神奇寶貝迷俱樂部的會長。華麗大賽的常客，同時也是受歡迎的神奇寶貝變裝大賽的評審。 | |
| 莉莉安 關都地方華麗大賽的主持人，被稱為本世紀最行動派的女主持人。薇薇安的妹妹，特徵是右眼下方有顆痣。 | |
| 達馬嵐其會長 神奇寶貝聯盟的會長，是個地位崇高的老人。豐緣聯盟彩幽大會開幕時他再度出現。 | |
| 喬伊小姐 CV山口由里子 各地神奇寶貝中心的護士，皆有親戚關係，長相都很相似。除了救助神奇寶貝以外，還會擔任華麗大賽的評審。 神奇寶貝吉利蛋、幸福蛋。 |  |
| 君莎小姐 CV西村千奈美 各地的女警察，跟喬伊一樣，皆有親戚關係且長相相似。 神奇寶貝卡蒂狗。 |  |
動畫目錄
電視動畫
1.S代表小瞬，H代表哈利，T代表水艦隊、火岩隊相關劇情2.台灣、香港不播第120集（總集篇），計算時表現出共有190集。若按照當時在日本的實際播放情況，即包含第120集，本部實際上共有191集。
3.第171和172集屬於同一集，為一小時特別篇播出（只限日本，當時標題沒有分開前後篇）。
4.小霞僅在第44、45、131~133集中客串，下面不再說明。
5.豐緣聯盟下屬8所道館。按照主人公挑戰順序簡單劃分。最後加上凱那華麗大型慶典和彩幽大會的劇情。
豐緣聯盟篇
| 進度 | 集數 | 中文名 | 日文名 | 注釋 |
|---|---|---|---|---|
| 岩石系道館 | 第001集 | 新的大地！新的冒險！！ | 新たなる大地！新たなる冒険！！ | 小遙加入，並得到新人用火稚雞 |
| 第002集 | 古代神奇寶貝與神秘軍團！ | 古代ポケモンと謎の軍団！ | T | |
| 第003集 | 橙華道館 對抗過動猿！ | トウカジム！VSヤルキモノ！ | 小勝加入 | |
| 第004集 | 傲骨燕嘟嘟！危險嘟嘟！在橙華森林收服它！ | スバメがいっぱい危険がいっぱい！トウカの森でゲットだぜ！！ | 小智收服傲骨燕，小剛歸隊 | |
| 第005集 | 蛇紋熊與短褲少年！小遙的第一場戰鬥！ | ジグザグマと短パン小僧！ハルカはじめてのバトル！！ | ||
| 第006集 | 火箭隊！瘋狂亂抓，再見了！ | ロケット団！みだれひっかきでサヨウナラ！！ | 武藏的阿柏怪、小次郎的雙彈瓦斯離隊，小次郎得到沙漠奈亞 | |
| 第007集 | 木守宮之森！保護巨大樹！ | キモリの森！巨大樹を守れ！！ | 小智收服木守宮 | |
| 第008集 | 飯匙蛇對抗木守宮！必殺的拍擊攻擊！ | ハブネークVSキモリ！必殺のはたく攻撃！！ | 武藏收服飯匙蛇 | |
| 第009集 | 怪奇！怪奇蘑蘑菇大宅之謎？ | 怪奇！キノココ屋敷の謎！？ | ||
| 第010集 | 史上最強的大嘴鷗出現了！！ | 史上最強のペリッパー現る！！ | ||
| 第011集 | 大狼犬與土狼犬！進化的神秘！！ | グラエナとポチエナ！進化の神秘！！ | ||
| 第012集 | 蓮葉童子與花店三姊妹！ | ハスボーとフラワーショップの三姉妹！ | 小剛得到蓮葉童子 | |
| 第013集 | 神奇寶貝華麗比賽！狩獵鳳蝶的華麗戰鬥！！ | ポケモンコンテスト！アゲハントの華麗なバトル！！ | ||
| 第014集 | 雙打比賽，捕捉刺尾蟲！ | ダブルバトルとダブルでケムッソ！？ | 小遙和武藏各收服一隻刺尾蟲 | |
| 第015集 | 用功！！神奇寶貝訓練家培育學園！ | 勉強します！ポケモントレーナーズスクール！！ | ||
| 第016集 | 卡那茲道館！朝北鼻的秘密武器！ | カナズミジム！ノズパスの秘密兵器！！ | 皮卡丘學會鐵尾，小智得到岩石徽章 | |
| 格鬥系道館 | 第017集 | 得文製造有限公司！！水箭隊之影！！ | デボンコーポレーション！アクア団の影！！ | T |
| 第018集 | 哈奇老人與長翅鷗小皮！ | ハギ老人とキャモメのピーコちゃん！ | T | |
| 第019集 | 逃離巨牙鯊之島！ | 脫出！サメハダーの島！！ | ||
| 第020集 | 武鬥道館！衝浪道館訓練家藤樹登場！ | ムロジム！波乗りジムリーダートウキ登場！ | ||
| 第021集 | 刺尾蟲對刺尾蟲！到底是哪一隻？ | ケムッソVSケムッソ！どっちがどっち！？ | ||
| 第022集 | 大吾，可可多拉跟波士可多拉！ | ダイゴ、ココドラ、ボスゴドラ！ | ||
| 第023集 | 海邊的搗蛋鬼，龍蝦小兵登場！ | 海辺の暴れ者、ヘイガニ登場！ | 小智收服龍蝦小兵 | |
| 第024集 | 奔跑吧！小智！越過利牙魚之河！ | 走れサトシ！キバニアの川を越え！ | 小遙的刺尾蟲進化成甲殼蛹，武藏的刺尾蟲進化成盾甲繭 | |
| 第025集 | 秘密之池！好多水躍魚！？ | 秘密の池！ミズゴロウがいっぱい！？ | 小剛收服水躍魚 | |
| 第026集 | 長鼻葉族的襲擊！ | コノハナ族の襲撃！！ | ||
| 第027集 | 火岩隊對抗水艦隊！秘密基地的戰鬥！ | マグマ団VSアクア団！ひみつきちの戦い！ | ||
| 第028集 | 狩獵鳳蝶與毒粉蝶！進化之後！ | アゲハントとドクケイル！進化の果てに！ | 小遙的甲殼蛹進化成狩獵鳳蝶，武藏的盾甲繭進化成毒粉蝶 | |
| 第029集 | 勾魂眼的驚奇！？ | ヤミラミでドッキリ！ | ||
| 第030集 | 格鬥少女與瑪沙那！暴風雨之中！！ | バトルガールとアサナン！嵐の中で！ | ||
| 第031集 | 武鬥道館再戰！乘浪的戰鬥場地！ | ムロジム再戦！波乗りバトルフィールド！ | 小智得到拳擊徽章 | |
| 電氣系道館 | 第032集 | 棄船！悄悄靠近的影子！？ | すてられ船！しのびよる影！！ | |
| 第033集 | 小遙的勁敵！特訓！神奇寶貝華麗大賽！ | ハルカにライバル！特訓ポケモンコンテスト！！ | S | |
| 第034集 | 最初拿到的神奇寶貝，大混亂！ | はじめてのポケモンで大パニック！！ | ||
| 第035集 | 小遙！初次挑戰神奇寶貝華麗大賽！ | ハルカ！ポケモンコンテスト初挑戦！！ | S | |
| 第036集 | 保護海之博物館！火岩隊的襲擊！ | 海の博物館を守れ！マグマ団の襲撃！！ | T | |
| 第037集 | 美女與野獸？狡滑天狗和喬伊小姐！ | 美女と野獣！？ダーテングとジョーイさん！ | ||
| 第038集 | 正電拍拍與負電拍拍！山上的燈塔！ | プラスルとマイナン！山の燈台！！ | ||
| 第039集 | 唱歌！神奇寶貝戲法屋！ | 歌う！ポケモンからくり屋敷！！ | ||
| 第040集 | 紫菫道館！鐵鏇的電擊戰鬥！ | キンセツジム！テッセンの電撃バトル！！ | 小智得到電力徽章 | |
| 火炎系道館 | 第041集 | 木守宮的新絕招，西瓜田的種子機關槍！ | キモリの新技！！スイカ畑のタネマシンガン！ | 小智的木守宮學會種子機關槍 |
| 第042集 | 電螢蟲與甜甜螢，愛的舞蹈！ | バルビートとイルミーゼ！愛のダンス！ | ||
| 第043集 | 飛吧寶貝龍！迎向明天！ | 飛べ、タツベイ！明日にむかって！！ | ||
| 第044集 | 小霞登場！波克比與夢幻王國！ | カスミ登場！トゲピーとまぼろしの王國！！ | 小霞歸隊 | |
| 第045集 | 海市蜃樓的另一邊！波克比的樂園！ | 蜃気樓の彼方に！トゲピーの楽園！ | 小霞的波克比進化成波克基古；波克基古離開小霞；小霞離隊 | |
| 第046集 | 戰鬥家庭四比四！ | かちぬきファミリー！4VS4！！ | ||
| 第047集 | 向尾喵與芳香療法！ | エネコとアロマテラピー！ | 小遙收服向尾喵 | |
| 第048集 | 貓鼬斬對抗飯匙蛇，宿敵大對決！ | ザングースVSハブネーク！ライバル対決！！ | ||
| 第049集 | 小勝與勝人，保護溜溜糖球！ | マサトとマサト！アメタマを守れ！ | ||
| 第050集 | 神奇寶貝華麗大賽，秋葉大會！ | ポケモンコンテストハジツゲ大會！！ | S | |
| 第051集 | 對抗恰雷姆，華麗對戰！ | VSチャーレム！コンテストバトル！！ | S | |
| 第052集 | 正電拍拍與負電拍拍，應援之道？ | プラスルとマイナン！応援の道！？ | ||
| 第053集 | 向尾喵與貓之手，呆火駝的牧場！ | エネコとねこのて！ドンメルの牧場！ | ||
| 第054集 | 火岩隊再度槓上水艦隊！煙突山的戰鬥！ | マグマ団VSアクア団、再び！えんとつ山の戦い！！ | ||
| 第055集 | 新人道館訓練家亞莎！滿地坑洞的戰鬥場地！？ | 新人ジムリーダーアスナ！穴だらけのバトルフィールド！？ | ||
| 第056集 | 烈燄徽章！在燃燒的戰鬥中獲得！ | ヒートバッジ！燃えるバトルでゲットだぜ！！ | 小智得到烈焰徽章 | |
| 一般系道館 | 第057集 | 許多的晃晃斑，到山的那一邊尋找幸福！ | パッチールがいっぱい！幸せさがして山の彼方に！？ | |
| 第058集 | 突破鋼之谷！煤炭龜VS大鋼蛇！ | ハガネの谷を突破せよ！コータスVSハガネール！！ | 小智收服煤炭龜 | |
| 第059集 | 再訪紫菫道館，VS雷電獸！ | キンセツジムふたたび！VSライボルト！！ | ||
| 第060集 | 向尾喵與優雅貓，傳說的神奇寶貝協調訓練家登場 | エネコとエネコロロ！伝說のコーディネーター登場！！ | 小遙的向尾喵學會暴風雪 | |
| 第061集 | 戴面具的協調訓練家，假面使者登場！ | 仮面のコーディネーターファントム登場！！ | S | |
| 第062集 | 綠蔭鎮，神奇寶貝華麗大賽！ | シダケタウン！ポケモンコンテスト！！ | S；小遙獲得綠蔭緞帶 | |
| 第063集 | 太陽岩與蓮帽小童，神聖森林的傳說！ | ソルロックとハスブレロ！聖なる森の伝說！ | 小剛的蓮葉童子進化成蓮帽小童 | |
| 第064集 | 青綿鳥的天空 ，小遙的心！ | チルットの空！ハルカの心！！ | ||
| 第065集 | 擊退溶食獸大作戰！ | ゴクリン撃退大作戦！！ | ||
| 第066集 | 一觸即發，爆音怪對抗森林蜥蜴！！ | 一觸即発！バクオングVSジュプトル！！ | 小智的木守宮進化成森林蜥蜴 | |
| 第067集 | 跳舞戰鬥！樂天河童！ | 踴るバトルだ！ルンパッパ！！ | ||
| 第068集 | 爸爸是偶像！？冒牌的道館訓練家！ | パパはアイドル！？いつわりのジムリーダー！！ | ||
| 第069集 | 橙華道館的危機，家庭危機！ | トウカジムの危機！家庭の危機！！ | ||
| 第070集 | 橙華道館賽！第五個徽章！ | トウカジム戦！五つ目のバッジ！！ | 小智得到天秤徽章 | |
| 飛行系道館 | 第071集 | 大木博士與小田卷博士，秘密基地之戰！ | オーキド博士とオダマキ博士！秘密基地の戦い！！ | |
| 第072集 | 雙人合作賽！小智對抗小遙！？ | タッグバトル！サトシVSハルカ！？ | ||
| 第073集 | 禁忌森林的國王，妙蛙花！ | 禁斷の森の王者！フシギバナ！！ | 小遙得到妙蛙種子 | |
| 第074集 | 妙蛙種子與妙蛙種子，搶回神奇寶貝球！ | フシギダネとフシギダネ！モンスターボールを取り返せ！！ | 小智的妙蛙種子歸隊本集結束後離隊 | |
| 第075集 | 對決！巨大鯰魚王與釣魚高手！ | 対決！巨大ナマズンと釣り名人！！ | ||
| 第076集 | 天秤偶與霧中的遺蹟！ | ヤジロンと霧の中の遺蹟！ | ||
| 第077集 | 強敵！媽媽協調訓練家登場！ | 強敵！？ママさんコーディネーター登場！ | S | |
| 第078集 | 神奇寶貝華麗大賽！長壽大會！ | ポケモンコンテスト！ルイボス大會！！ | S | |
| 第079集 | 跳跳豬尋找的東西！ | バネブーのさがしもの！？ | ||
| 第080集 | 初次挑戰！空中競技．神奇圓環！ | 初挑戦！空中競技ポケリンガ！！ | 小智的傲骨燕進化成大王燕 | |
| 第081集 | 怨影娃娃的大宅！ | カゲボウズの館！ | ||
| 第082集 | 森林的格鬥王！？力壯雞對抗斗笠菇！ | 森の格闘王！？ワカシャモVSキノガッサ！ | 小遙的火稚雞進化成力壯雞並學會上天拳和火焰漩渦 | |
| 第083集 | 天氣研究所的漂浮泡泡！ | お天気研究所のポワルン！ | T | |
| 第084集 | 茵郁市的羽翼嘉年華會！ | ヒワマキシティのフェザーカーニバル！！ | 小次郎得到風鈴鈴 | |
| 第085集 | 茵郁道館！天空之戰！ | ヒワマキジム！大空の戦い！！ | 小智得到白羽徽章 | |
| 超能力系道館 | 第086集 | 噴火駝載著電影來！ | 映畫はバクーダに乗って！！ | |
| 第087集 | 神秘！來自宇宙的神奇寶貝！ | 神秘！宇宙から來たポケモン！？ | ||
| 第088集 | 懶人翁香蕉樂園的卡比獸！ | バナナナマケロ園のカビゴン！！ | ||
| 第089集 | 皮卡丘加入火箭隊！？ | ピカチュウ、ロケット団に入る！？ | ||
| 第090集 | 抵達水靜市！能量方塊與迴轉攻！ | ミナモシティ到著！ポロックとつばめがえし！ | ||
| 第091集 | 神奇寶貝華麗大賽！水靜大會！！ | ポケモンコンテスト！ミナモ大會！！ | 小智的大王燕學會迴轉攻，小遙得到緞帶 | |
| 第092集 | 那三隻登場！裁判學校之島！ | あの三匹登場！審判學校の島！ | ||
| 第093集 | 珍珠貝與跳跳豬！尋找珍珠！ | パールルとバネブー！しんじゅをさがせ！ | ||
| 第094集 | 古空棘魚與深海的秘寶！ | ジーランスと深海の秘寶！ | ||
| 第095集 | 獵斑魚與櫻花魚！進化之謎！ | ハンテールとサクラビス！進化の謎！ | ||
| 第096集 | 肌肉比賽！？雙打比賽！！ | 筋肉バトル！？ダブルバトル！！ | ||
| 第097集 | 固拉多VS蓋歐卡！（前篇） | グラードンVSカイオーガ！（前編） | T | |
| 第098集 | 固拉多VS蓋歐卡！（後篇） | グラードンVSカイオーガ！（後編） | T | |
| 第099集 | 楓與南！宇宙中心的戰鬥！ | フウとラン！宇宙センターの戦い！ | ||
| 第100集 | 綠嶺道館！太陽岩與月石！ | トクサネジム！ソルロックとルナトーン！ | 小智得到心靈徽章 | |
| 水系道館 | 第101集 | 大海男兒！四天王源治登場！！ | 海の男！四天王ゲンジ登場！！ | |
| 第102集 | 諸星博士之島！化石神奇寶貝出現！！ | ドクターモロボシの島！化石ポケモン現る！！ | 小遙的妙蛙種子學會花之舞 | |
| 第103集 | 伊札貝島神奇寶貝華麗大賽！小心勁敵！！ | イザベ島ポケモンコンテスト！ライバルに気をつけろ！！ | 哈利登場，小遙得到緞帶 H | |
| 第104集 | 封印巨大念力土偶！！ | 巨大ネンドールを封印せよ！！ | ||
| 第105集 | 大嘴娃談戀愛！蓮帽小童的花之路！！ | 戀するクチート！ハスブレロの花道！！ | 小剛的蓮帽小童進化成樂天河童 | |
| 第106集 | 大顎蟻與超音波幼蟲！夢幻之湖！ | ナックラーとビブラーバ！幻の湖！ | ||
| 第107集 | 阿勃梭魯！悄悄靠近的災禍陰影 | アブソル！忍び寄るわざわいの影 | ||
| 第108集 | 抓住雪童子！ | ユキワラシをつかまえろ！ | （小智收服雪童子） | |
| 第109集 | 拯救拉魯拉絲！動作快點 小勝！ | ラルトスを救え！急げマサト！ | ||
| 第110集 | 琉璃道館！水的藝術家 亞當！（前篇） | ルネジム！水のアーティストアダン！（前編） | ||
| 第111集 | 琉璃道館！水的藝術家 亞當！（後篇） | ルネジム！水のアーティストアダン！（後編） | 小智得到雨滴徽章 | |
| 大型慶典&彩幽大會 | 第112集 | 直衝熊！友情的形式！？ | マッスグマ！友情のカタチ！？ | |
| 第113集 | 夢幻島的小果然！ | まぼろし島のソーナノ！ | S | |
| 第114集 | 滾動吧！愛河中的頓甲！ | ころがれ！戀するドンファン！ | ||
| 第115集 | 混戰、混亂！神奇寶貝華麗大賽暮水大會！（前篇） | 混戦、混亂！ポケモンコンテストキナギ大會！（前編） | ||
| 第116集 | 混戰、混亂！神奇寶貝華麗大賽暮水大會！（後篇） | 混戦、混亂！ポケモンコンテストキナギ大會！（後編） | 小遙得到緞帶 | |
| 第117集 | 用小遙美食 收服小卡比獸！！ | ハルカデリシャスで、ゴンベGETかも！！ | 小遙得到小卡比獸 | |
| 第118集 | 勁敵登場！政宗與鐵啞鈴！！ | ライバル登場！マサムネとダンバル！！ | ||
| 第119集 | 怪盜班納伊與緞帶獎盃！！ | 怪盜バンナイとリボンカップ！！ | ||
| 第120集 （總集篇） | 小智與小遙！在豐緣的熱血戰鬥！！ （台灣、香港不播） | サトシとハルカ！ホウエンでの熱きバトル！！ | ||
| 第121集 | 開幕！大型慶典（1）！！ | 開幕！グランドフェスティバル（1）！！ | S H | |
| 第122集 | 熱斗！大型慶典（2）！！ | 熱闘！グランドフェスティバル（2）！！ | S H | |
| 第123集 | 決戰！大型慶典（3）！！ | 決戦！グランドフェスティバル（3）！！ | 小智的雪童子進化成冰鬼護並學會急凍光線，小遙止步凱那華麗大型慶典前 S H | |
| 第124集 | 來野外求生吧！ | サバイバルでいこう！ | ||
| 第125集 | 抵達彩幽市！穿著長靴的喵喵！？ | サイユウシティ到著！長靴をはいたニャース！？ | ||
| 第126集 | 預賽開始！政宗登場！！ | 予備選スタート！マサムネ登場！！ | ||
| 第127集 | 開幕！彩幽大會！！ | 開幕！サイユウ大會！！ | ||
| 第128集 | 通往決勝錦標賽！戰鬥白熱化的日子！ | 決勝トーナメントへ！熱き戦いの日々！ | ||
| 第129集 | 然後…不能打輸的戰鬥依然持續！！ | そして…負けられない戦いは続く！！ | ||
| 第130集 | 勁敵對決！VS政宗！！ | ライバル対決！VSマサムネ！！ | ||
| 第131集 | 最後的激戰！通往優勝之路！！ | 最後の激闘！優勝への道！！ | 小智止步彩幽大會前8強 | |
| 第132集 | 亞希達先生與對戰開拓區！ | エニシダとバトルフロンティア！ | 小霞片尾歸隊，小遙離隊並狩獵鳳蝶和向尾貓寄放在家，小剛離隊並樂天河童放在家，小勝片頭離隊，片尾歸隊 | |
| 第133集 | 大木研究所！全員大集合！！ | オーキド研究所！全員集合！！ | 小遙歸隊並得到傑尼龜，小智的煤炭龜和冰鬼護寄放在大木研究所，小遙把妙蛙種子寄放在大木研究所，小智的小小象歸隊，小剛片尾歸隊 | |
| 第134集 | 月見山！皮寶寶與皮皮與皮可西！ | オツキミやま！ピィとピッピとピクシーと！ | 小霞離隊 |
對戰工廠
AG135.初陣！對戰工廠！（前篇）（小智的噴火龍歸隊並學會過熱）AG136.初陣！對戰工廠！（後篇）（噴火龍離隊，小智得到知識象徵）
對戰競技場
AG137.大岩蛇的王國！AG138.胖丁的歌，爸爸的歌！
AG139.勁敵對決！收服風速狗！S
AG140.可達鴨的憂鬱！
AG141.狃拉與吸盤魔偶！哪一家餐廳！？
AG142.進化！它的神秘與奇蹟！
AG143.神奇寶貝華麗大賽金黃大會！（前篇）H（小遙的傑尼龜學會急凍光線）
AG144.神奇寶貝華麗大賽金黃大會！（後篇）（小遙得到緞帶）H
AG145.格鬥道場！小智VS小遙
AG146.超能力系VS幽靈系！深夜中的決鬥！？
AG147.魔尼尼登場！休息之館！（小次郎的風鈴鈴離隊，同時得到魔尼尼）
AG148.水躍魚與綿綿！戀愛的特效藥！？（小剛的水躍魚進化成沼躍魚）
AG149.對戰競技場！格鬥對決！（卡比獸歸隊本集結束後離隊，小智獲得毅力象徵）
對戰巨蛋
AG150.撫養家老闆與神奇寶貝蛋！（小遙得到蛋，皮卡丘學會伏特攻擊）
AG151.對手是上班族？！（小遙得到緞帶）
AG152.哈克龍之湖!
AG153.對戰巨蛋！火焰與水的融合（小智得到戰術象徵）
對戰水管
AG154.震撼！吃驚！電擊怪（小智的小小象進化成頓甲）
AG155.神奇寶貝保育家登場！拯救雪拉比作戰
AG156.愛哭樹與忍者學校（小剛收服愛哭樹）
AG157.穿越時空的小遙（小遙的蛋孵化成伊布）
AG158.對戰水管大熱斗！對抗水管皇后小薊！（小智得到運氣象徵）
對戰宮殿
AG159.優勝將落入誰的手中？定向越野競賽AG160.小卡比獸的出道賽！與哈利一決勝負！H
AG161.森林蜥蜴VS熱帶龍！草原的決鬥！（小智的森林蜥蜴進化成蜥蜴王，蜥蜴王暫時用不了絕招）
AG162.神奇寶貝華麗大賽讓葉大會！（力壯雞學會百萬噸飛腿，小遙得到緞帶）S
AG163.蜥蜴王！復活的黎明！（蜥蜴王可以用絕招了）
AG164.激戰！在對戰宮殿的叢林對抗賽！（小智的赫拉克羅斯本集歸隊後離隊，小智得到速度象徵，蜥蜴王學會陽光
對戰塔
AG165.愛哭樹國王與魔尼尼皇后？！
AG166.摩天大樓的紅色閃電
AG167.決勝戰，小遙VS小剛！（小遙得到緞帶）S
AG168.迷唇娃與迷唇姐三姐妹
AG169.對戰塔大君，莉拉登場（小智的肯泰羅歸隊）
AG170.對戰塔，心傳心的戰鬥（小智得到才能象徵，小智的肯泰羅離隊）
對戰篇
AG171.神奇寶貝保育家，代歐奇希斯危機AG172.胡說樹！黃金傳說
AG173.哈利&火箭隊！反派角色同盟成立？S/H
AG174.小遙VS武藏！最後的華麗大賽（小遙得到緞帶）S/H
AG175.火箭隊解散？！各自的道路
AG176.小剛與小智！用雙打對戰保護尼比道館（小剛的大岩蛇已進化成大鋼蛇）
AG177.對戰金字塔！對抗雷吉洛克
AG178.驚異！巨大請假王之山
AG179.開幕！神奇寶貝華麗大賽華麗大型慶典！S/H
AG180.小遙VS哈利!用雙打比賽登上舞台！S/H
AG181.小遙VS小瞬!最後的戰鬥!（小智收服長尾怪手，小遙的力壯雞學會過熱，小遙止步石英華麗大型慶典前四強）S/H
AG182.長尾怪手與國王！
AG183.聒噪鳥與神奇寶貝相聲
AG184.襲擊！落單的瑪狃拉！
AG185.再度挑戰金字塔！VS雷吉斯奇魯！（煤炭龜歸隊本集結束後離隊，煤炭龜學會熱風）
AG186.小遙VS小瞬！永遠的勁敵！（小遙的狩獵鳳蝶已學會幻象術，向尾喵歸隊）S/H
AG187.神奇寶貝中心忙得不可開交！
AG188.最初的神奇寶貝！最後的戰鬥！（小智的妙蛙種子、傑尼龜、噴火龍歸隊，噴火龍學會鋼翼）
AG189.決戰！對抗雷吉艾斯！（妙蛙種子、傑尼龜、噴火龍離隊，小智得到勇氣象徵並成為對戰開拓區制霸）
尾聲
AG190.小智對抗小遙！最後的戰鬥（小遙的力壯雞進化成火焰雞並學會火焰踢）
AG191.旅程的終點，以及旅程的開始！（小遙、小智共同獲得緞帶。小遙、小勝、小剛離隊，小智的除皮卡丘和長尾怪手以外的神奇寶貝都放在大木研究所）
劇場版
七夜的許願星基拉祈
主條目：七夜的許願星基拉祈千年一次的彗星之夜裡，願望將會實現……
立志成為出色的神奇寶貝訓練師的小智、小遙和小勝，帶著皮卡丘展開了新的旅程。為了觀看千年彗星出現的剎那，來到恩斯遊樂場，並認識魔術師巴特勒與戴安。在魔術表演中，小勝聽到一陣細微的呼喚聲…
那是在〝沉眠之繭〞中沉睡了千年，可幫助人類達成願望的神奇寶貝——基拉祈。在千年彗星出現的夜晚，如果遇到擁有純真心靈的夥伴便會甦醒。為了讓基拉祈醒來，巴特勒請小勝當基拉祈的夥伴，果然，基拉祈從萬花鏡般的光芒中甦醒過來。
雖然基拉祈只能停留短暫的七日就會再消失，但是頭一次擁有屬於自己的神奇寶貝的小勝，對基拉祈卻非常寵愛。充滿野心的魔術師巴特勒，因為知道基拉祈具有神奇的力量，便把基拉祈給搶走，並且想利用他來完成願望。
不懷好意的巴特勒，他的願望是什麼呢？小智與小勝要如何克服困難，成功救出同伴呢？小勝與基拉祈又會面臨怎樣的生離死別呢？
裂空的訪問者代歐奇希斯
主條目：裂空的訪問者代歐奇希斯為了調查棲息在冰原地區的神奇寶貝，科學家倫多博士帶著兒子小超和助手優子來到極地。突然，從遙遠的宇宙飛來的隕石撞擊到地表。這時仔細一看，從隕石坑中出現了DNA神奇寶貝「代歐奇希斯」！它拿起一顆裡面閃透著綠光的隕石正在端詳的時候，天空出現了天空神奇寶貝「烈空坐」（又名天空龍）的身影。以為代歐奇希斯是侵入者的烈空坐，二話不說就對著他來一記破壞死光，整個冰原頓時變成大打出手的戰場！
…然後過了4年。來到一個科學極度發達，每件事物都采電腦化管理的高科技都市--拉魯斯市的小智和皮卡丘一行人，準備挑戰這城市裡最壯觀的建築物--戰鬥塔。正準備好好打一場神奇寶貝戰鬥的小智，偶然相遇一位少年，那就是小超。目睹的恐怖體驗造成他心靈創傷而無法碰觸神奇寶貝。知道此事的小智一行人便想幫小超敞開封閉已久的心靈。正當他們努力想讓小超克服恐懼時，忽然，消失四年的代歐奇希斯又再度出現！小智一行人和小超也再次體會到迥然不同的驚異體驗和驚心動魄的冒險。
在這極光般的舞台中，烈空坐和代歐奇希斯再度卯足全勁地互相激戰，可說是魄力百分百！究竟烈空坐和代歐奇希斯的戰鬥會如何？而代歐奇希斯這次回來究竟要的是什麼？最後又會發生什麼令人意想不到的意外危機呢？打破以往的模式，這部電影是以壯觀的戰鬥場景與精緻的電腦動畫取勝！
夢幻與波導的勇者路卡利歐
主條目：夢幻與波導的勇者路卡利歐小智與皮卡丘決定參加勇者對戰。激烈的戰鬥，獲得了冠軍的小智當選為當年“波導的勇者”。城中舉辦了慶祝優勝者的盛大宴會。突然幻之神奇寶貝“夢幻”出現。然而夢幻卻帶著皮卡丘消失了身影。與此同時，“迷之神奇寶貝”「路卡利歐」數百年前的封印被解開，在小智面前顯現了身影的！皮卡丘在哪？夢幻的目的是什麼？還有，隱藏在路卡利歐身上的過去和波導傳說的秘密是什麼？帶著所有謎團，小智與路卡利歐一起朝向<世界初始之樹>開始了冒險。
滄海的王子瑪娜菲
主條目：滄海的王子瑪娜菲
為了稱霸對戰開拓區，持續在關都地區旅行的小智、小遙、小剛和小勝一行人在某個城鎮遇到了一位女性廣美和以水中神奇寶貝表演而出名的碼頭巡迴團明星。廣美是水之民的後裔，可以了解水系神奇寶貝的內心。小智等人便聽廣美訴說著水之民流傳已久的傳說。原來在海洋某處，水之民一族建造了“海之神殿-亞庫夏”，裡面供奉隱藏著珍寶“海之王冠”。但據說誰也沒看過這頂王冠真正的樣子。
這時，追尋著傳說之謎的神奇寶貝的保育家“傑克·渥克”（傑奇）出現了。原來傑奇正執行一項機密任務，那就是要把滄海的王子──瑪娜菲的蛋給安然送進神殿里。於是廣美和小智等人也協助這項任務。忽然這時！出現了有“魅影”之稱的海盜船長開來的大型潛水艦。原來魅影想要奪取王冠，借住王冠的神力來策劃征服世界。但是要解開王冠隱藏的謎團，似乎還需要靠瑪娜菲的蛋。這時連火箭隊都想過來分一杯羹，造成了大混亂！
為了抵制魅影的陰謀，傑奇開始用捕獲器借住許多神奇寶貝的力量，小智他們也拿出自己的神奇寶貝準備應戰。但畢竟對方的高科技潛水艦威力太強，頓時陷入危機！神秘的蛋此時發出燦爛的光芒，瑪娜菲終於誕生了！隱藏於王冠珍寶里的秘密是？而瑪娜菲的神秘力量又是？最後傑奇和小智等人的任務究竟能不能圓滿成功呢？！
周刊放送局
簡介
周刊神奇寶貝放送局主要講述的是和小智分別的主要角色，或者配角特別經歷的番外故事。劇情發展和後續的TV動畫都有一些關係。播出時也就是日本播出本部的時期。目錄
01：小剛，拯救尼比道館02：華藍道館復仇之戰
03：加油，積極向上的火箭隊
04：大木研究所大決戰
05；相會千年鎮，喵喵辛苦打工記
06：小霞，得到藍色徽章吧（小霞得到蛋）
07：神秘偵探喵喵登場，小侄女露力麗是大麻煩
08：神奇寶貝搜查網去尋找大木博士吧
09：小霞，認真對決賭上性命
10：雪拉比的另一個傳說
11：火箭隊，愛與青春的原點
12：真新鎮，神奇寶貝訓練家的旅程
13：神奇寶貝研究者小茂與復活的化石翼龍
14：小霞與愛心魚，愛的戰鬥（小霞得到愛心魚）
15：奈奈與噴火龍，火焰的猛烈特訓
16：穿梭天際的傳說，阿弘與火焰鳥。
分集劇情
- 第1集 新的大地！新的冒險！！
新的大地！新的冒險
以神奇寶貝大師為目標，小智與皮卡丘來到未知的新天地--芳緣地方旅行。然而皮卡丘的狀況卻不大對勁。為了讓發高燒呻吟不止的皮卡丘得到治療，小智與芳緣地方出名的神奇寶貝博士，小田卷博士取得連絡。原來皮卡丘是受到之前火箭隊的攻擊影響，體內累積大量的電氣，再惡化下去搞不好會發生爆炸。於是吸取皮卡丘體內的電氣治療馬上展開，但是皮卡丘太過龐大的電氣能量卻引發機械發生爆炸！意識不清的皮卡丘就這樣逃到外面。小智與小田卷博士也馬上緊追上去…。差不多這時候，住在芳緣地方的小遙正踩腳踏車往小田卷博士的方向來，打算拿最初的神奇寶貝以踏上神奇寶貝訓練家之旅。個性開朗、活蹦亂跳的小遙一知道博士不在研究所，也馬上追了出去。到底逃出研究所的皮卡丘是否營安無事？！小智要怎樣克服在新天地突然遭逢的危機呢？ - 第2集 古代神奇寶貝與神秘軍團！
古代神奇寶貝與神秘軍團
小智與皮卡丘在芳緣地方展開新的冒險之旅。由於諸多原因，為了與新人神奇寶貝訓練家小遙一起登錄參加芳緣聯盟，正往神奇寶貝中心所在的古辰鎮前進。小遙對神奇寶貝的用法依然很生疏，一路上可用手忙腳亂來形容。最後勉強來到神奇寶貝中心的一行人，從在中心研究古辰遺蹟的梅茲博士那裡聽到有關古代神奇寶貝之謎的故事。據說博士最近已解開該謎題。也就在這個夜裡，數個男人突然出現把梅茲博士與小智等人擄走。這些神秘男子的目的到底是什麼？古辰遺蹟到底隱藏著什麼秘密？ - 第3集 橙華道館 對抗過動猿！
橙華道館對抗過動猿
小智等人完成參加登錄芳緣聯盟的手續，為了挑戰在芳緣地區的第一場道館比賽，意氣風發的向橙華市前進。可是小遙一到橙華市，就好像有意避開道館似的，在街頭跑得不見人影，留下小智一人敲橙華道館的大門。應門的是一位嚮往神奇寶貝訓練家的小男孩。一看到小智就提起小智在城都聯盟中戰鬥上的錯誤。小智聽得很不高興，放話要對方找道館訓練家，男孩說自己就是道館訓練家…這下子小智在芳緣地方最初的道館比賽到底會如何發展呢？ - 第4集 傲骨燕嘟嘟！危險嘟嘟！在森林收服它
傲骨燕嘟嘟！危險嘟嘟！在森林收服它
小遙的弟弟小勝也一起加入小智的旅行。不管怎樣，一行人熱熱鬧鬧的向附近最近的神奇寶貝道館所在地卡那茲市前進。森林中小智等人遇到燕子神奇寶貝的傲骨燕，受到爭地盤的傲骨燕群襲擊。不服輸的傲骨燕受到皮卡丘的十萬伏特電擊，就是死也不肯服氣。小智等人被傲骨燕軍團包圍，陷入大危機。此時跳出來搭救一行人的，竟是在常磐市告別的小剛！脫離危機後，小智等人都很高興這次的再會，小遙與小勝也很快的與新同伴打成一片。但是那時候，看上傲骨燕的傲氣的火箭隊，又打算利用傲骨燕來捕捉皮卡丘的作戰計畫，到底小智他們有辦法解決嗎？ - 第5集 蛇紋熊與短褲少年！小遙的第一場戰鬥
蛇紋熊與短褲少年！小遙的第一場戰鬥
以卡那茲市為目的地而持續旅行的小智等人在森林遇到大得離譜的豆貍神奇寶貝蛇紋熊。其實那是穿著短褲、想接觸大自然、套著神奇寶貝布偶想了解神奇寶貝的心情的古怪少年--阿奇變裝的姿態。雖然阿奇由於小智等人的關係沒有抓到蛇紋熊，不過正打算到橙華道館挑戰的他，得知小遙是道館訓練家的女兒，便趁此機會向小遙提出對戰的要求。小遙接受挑戰，然而還是初學者的她，自然很快的輸掉這場比賽。阿奇因此而說橙華道館太容易打贏了，而後得意洋洋的跑去抓蛇紋熊。小遙心不甘願，但也只能在心裡抱怨。但是弟弟小勝卻吞不下這口氣。認為對方可以輕視小遙，就是不可以輕視道館訓練家的父親。於是獨自一個人採取個別行動，到底事情會怎麼收場呢？ - 第6集 火箭隊!瘋狂亂抓，再見了！
火箭隊!瘋狂亂抓，再見了！
前往卡那茲市的小智等人來到一座森林。聽說最近這一帶目無法紀的神奇寶貝盜獵者很猖狂。由於發現了盜獵者使用的捕獲網的一部份，小智等人遂加入幫忙逮捕犯人。這時火箭隊照慣例的挖掘捕捉皮卡丘的地洞，偶然發現盜獵者抓到的大量有毒神奇寶貝阿柏蛇與瓦斯彈。由於長期以來的好搭擋阿柏怪與雙彈瓦斯都是由阿柏蛇與瓦斯彈進化而來，對這兩種神奇寶貝有深切感情的火箭隊，決定將這群神奇寶貝放出來，自己收下。但是這個行動被盜獵者阿隆發現，火箭隊的阿柏怪與雙彈瓦斯也成了被狙擊的目標！面對使用實力強大的神奇寶貝的阿隆，火箭隊完全無反抗能力！他們是否有辦法保住長期合作的夥伴阿柏怪與雙彈瓦斯呢？火箭隊還會有白色的未來嗎？ - 第7集 木守宮之森!保護巨大樹!
木守宮之森!保護巨大樹!
旅行途中，小智在森林遇到以前就很在意的森林蜥蜴神奇寶貝木守宮，馬上興奮的想加以收服，但是卻不小心從山坡上滾下去。與小遙等人走失的小智，滾到了枯萎而神秘的巨樹附近。受其存在感而靠近的小智遇到一隻木守宮攻擊。雖然有皮卡丘可以應戰，但還是被木守宮敏捷的身手給壓制住。幸好在幾隻木守宮的介入下，才結束了這場莫名奇妙的戰鬥。那些木守宮是來帶走這只不肯離去獨居的木守宮的。木守宮們被這隻頑固不肯離去的木守宮而深感頭痛。唯有小智支持一心一意要照顧巨大樹的木守宮。這時候，火箭隊企圖大量補捉木守宮，想連森林的樹木也一起奪走！到底小智與木守宮是不是能守住巨大樹呢？ - 第8集 飯匙蛇對抗木守宮!必殺的拍擊攻擊!
飯匙蛇對抗木守宮!必殺的拍擊攻擊!
小智一行人在森林公園用餐。這是旅行中最快樂的時間之一。但是有個黑影躲在草叢中專門瞄準這快樂的時刻。原來是毒蛇神奇寶貝飯匙蛇想要偷走食物。小遙的神奇寶貝火稚雞被耍了一招，食物還被搶了。不過小智的木守宮很快的以漂亮的身手又將食物搶了回來！可是，憤怒的飯匙蛇的反擊也讓木守宮的右手受了重傷。緊急送去神奇寶貝中心治療後雖然沒什麼大礙，但是木守宮無法接受自己被飯匙蛇打敗，而一個人悄悄離開神奇寶貝中心。他想一個人找飯匙蛇做個了結。在火箭隊費盡心機想收服飯匙蛇的情況下，木守宮賭上尊嚴的第二回合比賽即將開始！ - 第9集 怪奇！怪奇蘑蘑菇大宅之謎？
怪奇！怪奇蘑蘑菇大宅之謎？
前往卡那茲市的旅途，小智等人穿越廣大的森林，終於來到睽違已久的城鎮。一夥人分成二組行動，享受都市生活的樂趣。小智帶著小勝想先去吃飯，在街頭發現因害怕躲在巷中發抖的蘑菇神奇寶貝－蘑蘑菇。蘑蘑菇最初對小智等人深懷戒心，不過很快的就對溫柔呵護自己的兩人打開心扉。小智對本來應該住在森林的野生蘑蘑菇為何會在城市出現，感到很不可思議，想將蘑蘑菇帶往神奇寶貝中心。途中經過一棟老舊的房子前面時，蘑蘑菇突然跑進大宅子裡面！於是小智等人慌張的追了上去。同時，在街上購物的小遙與小剛聽到了鎮上被詛咒的大宅院的謠言…到底蘑蘑菇是發生什麼事了呢？那個大宅子裡面到底有什麼東西在呢？ - 第10集 史上最強的大嘴鷗出現！
史上最強的大嘴鷗出現！
旅行途中，小智等人發現一所號稱擁有「世界最強的神奇寶貝」的民間道館。雖然「世界最強」一詞令人懷疑，但一行人仍興致勃勃的敲起道館大門。裡面走出來的是少年安東尼與水鳥神奇寶貝大嘴鷗。小智馬上與這個人展開對戰，可是水系神奇寶貝的大嘴鷗口中，竟然使出草系的絕招，連火焰系的絕技也跑出來！這些不合常理的絕招變化，把木守宮、傲骨燕紛紛打倒。皮卡丘是勉強打成平手，可是也是兩敗俱傷的局面。小智帶三隻神奇寶貝到神奇寶貝中心治療時，火箭隊在想弄到大嘴鷗的過程中，偶然發現最強的神奇寶貝大嘴鷗那千變萬化的絕招秘密，進而立了陰謀想大賺一筆。到底，世界最強的神奇寶貝的秘密是什麼呢？ - 第11集 大狼犬跟土狼犬,進化的神秘
大狼犬跟土狼犬,進化的神秘
旅行途中、小智等人誤入神奇寶貝保護區、在那裡遇到一位叫做可莉的女人與「緊咬神奇寶貝」大狼犬。他們是守護這個保護區不被盜獵者侵害的神奇寶貝保護官。一行人都以欽佩的眼光注視擁有厲害的大狼犬與保護官、醫生資格的可莉。但是在大狼犬之中，有一隻是沒有進化的土狼犬。聽說它是與其它大狼犬同時期出生的，可是不知道為什麼，只有這隻土狼犬的進化很遲緩。從沒目睹神奇寶貝進化的小勝，鬧著要看土狼犬的進化，堅持要留下來。不得已，一行人只好在這裡停留一陣子…。就這樣，小勝魯莽的土狼犬進化大作戰開始了！ - 第12集 蓮葉童子和花店的三姐妹
蓮葉童子和花店的三姐妹
旅行的途中，小智等人在歇息的湖邊結識了「浮萍神奇寶貝」蓮葉童子與花店三姐妹典子、玲子、奈緒子。一行人拜訪他們的店鋪﹑享用好吃的果子料理、熱烈談論起對神奇寶貝有各種效果的果實。三姐妹中最年幼的奈緒子似乎喜歡上了小剛。由於小剛一句想看看果實中少見的香柚之果，奈緒子竟然獨自到森林裡去尋找！森林天黑後容易迷路。小智等人急忙出發去尋找奈緒子，但是偏偏這個時候火箭隊想要捕抓這些蓮葉童子，小智他們能保護湖泊的和平嗎？ - 第13集 神奇寶貝大賽,狩獵鳳蝶的戰鬥！
小智等人為了挑戰在豐緣地方的第一場道館比賽，以卡那茲市為目標前進。在卡那茲市附近還有一個特殊場所，卡那茲中心，那裡正在舉辦神奇寶貝華麗大賽。這與依靠實力來決勝負的一般對戰不同，比的是絕招的華麗度與神奇寶貝本身的成長情況。一行人很感興趣的想要參加，可惜大會已經報名截止。但是，在剛認識的參賽者惠美與英二的好意邀請下，一行人得以助手身份出場。不止如此，以前曾參加這個比賽的火箭隊的武藏，也會出場?!對這項比賽抱有濃厚興趣的小遙興奮不已，別開生面、精采的神奇寶貝大賽現在即將開始!! - 第14集 雙打比賽,捕捉刺尾蟲!
小智等人在森林深處輕快的前進。越過這座森林，就是第一個目的地卡那茲市了。此時忽然出現一隻竽蟲神奇寶貝，刺尾蟲。小遙在先前的華麗大賽中迷上了狩獵鳳蝶的美麗，所以就興致勃勃的想捕捉可以進化成鳳蝶的刺尾蟲，然後細心培育，使其進化。由於太專注於追逐，不知不覺留下了小智等人，走入了森林的深處。另一方面，在大會上得到慘痛經驗的火箭隊，也想捕抓可以進化成鳳蝶的刺尾蟲。這兩組都想得到刺尾蟲的人馬，在森林中不期而遇。想得到華麗的狩獵鳳蝶的小遙，與火箭隊展開爭奪刺尾蟲之戰。到底，小遙能不能打贏這場比賽？刺尾蟲到底會落入誰手呢？ - 第15集 用功!神奇寶貝訓練家學校!
以卡那茲市為目標的小智一行人，終於來到卡那茲市。立刻與道館訓練家兼神奇寶貝訓練家學校老師的杜鵑認識，不過，與訓練家戰鬥前，必須學習關於神奇寶貝各種各樣的事。從入門班、競賽班、博士班，對學校的教育內容制定，都是學生高興決定的。尤其是小勝，由於校長的好意，將用一天的時間體驗這個入門班所有的事。與神奇寶貝無法接觸的孩子，和小勝激起競爭，小勝的神奇寶貝訓練家學校一日體驗開始了! - 第16集 卡那茲道館!朝北鼻的秘密武器!
小智等人到達卡那茲市。向豐緣地方第一場道館挑戰賽的日子終於到了。從以前就對比賽絕招華麗度的神奇寶貝華麗大賽有興趣的小遙，下定決心參加華麗大賽，放棄到道館挑戰比賽。這次成了小智一個人的挑戰。為了對抗擅長使用高防禦力的岩石系神奇寶貝的道館訓練家杜娟，小智與皮卡丘苦練對岩石系效果優越的絕招「鋼鐵尾巴」。然而，無法隨心所欲使出該絕招的皮卡丘還是陷入了苦戰。在杜娟的岩石神奇寶貝朝北鼻的強烈攻擊下，皮卡丘到底能不能及時使出新絕招「鋼鐵尾巴」呢?! - 第17集 得文製造股份有限公司!!
打贏了卡那茲道館的比賽，小智一行人的心早就飛向下一個目的地武鬥道館。等待搭船到武鬥島的期間，一行人決定在卡那茲市分開來自由行動一陣子。小勝在街上認識了從衣服到食品、什麼都生產的夢幻公司，得文製造股份有限公司的社長，茲伏奇。喜歡小孩的茲伏奇很欣賞小勝，帶小勝到總公司參觀，讓小勝對一個又一個的新發明大開眼界。這時候，兩人發現偽裝成社員的可疑男子，展開了跟蹤。同一時間，研究所內因為遭竊而一陣騷動。東西是這個男人偷走的嗎？他的真實身份究竟是什麼？ - 第18集 哈奇老人與長翅歐--小皮!!
小智一行人想搭上每個月只有幾班船的聯絡船到武鬥島。但是由於小遙的疏失，趕不上最近的班船。小遙為了負起責任，到處尋找開往武鬥島的船隻，認識了退休的老船員哈奇。哈奇老人自願送一行人到武鬥島。但是，等小遙帶大家過來時，哈奇老人的態度卻是180度大轉變，冷淡的趕走一行人。百思不解的一行人，從君莎小姐那裡聽來令人擔憂的訊息。上次躲在得文公司的水艦隊的人，聽說就躲在這附近，打算與同伴會合。企圖在海上與同伴會合的水艦隊的男子，與擁有私人船隻的哈奇老人的變化，二者似乎有某種關聯。一行人抱著這樣的想法，趕緊回到哈奇老人的地方。到底，哈奇老人與水艦隊之間有什麼樣的關係？小智等人是否能夠抓住水艦隊呢？ - 第19集 逃離巨牙鯊之島!!
為了出席下一場道館的戰鬥，小智一行人乘著哈奇老人的小船朝著武鬥島移動。可是一行人卻來到了無人島，小遙和小勝跑到了海中玩水，卻突然遭到一大群「凶暴神奇寶貝」巨牙鯊的包圍，但幸好被皮卡丘救回了性命。夜晚，一行人在海邊用餐，發現了幾隻巨牙鯊徘徊在岸邊，一行人不以為然。隔早，蓮葉童子被巨牙鯊咬了去，才發現巨牙鯊已經受了傷，小剛徹夜照顧它。突然!!火箭隊又出現了，將皮卡丘抓了去!!小智慧型將皮卡丘救出嗎??他們能逃離這座島嗎?? - 第20集 武鬥道館！
衝浪的道館訓練家藤樹登場！ 為了儘快得到豐緣地方的第二個道館徽章，小智等人來到道館門口。然而，道館訓練家藤樹卻拒絕小智的挑戰，跑出去衝浪。鬥志高昂的小智氣不過去，一直糾纏著藤樹，最後終於如願以償。小智認定藤樹是只曉得玩衝浪的吊兒啷噹的人物，所以對這場比賽充滿了自信。可是面對小智來勢洶洶的攻擊，藤樹的神奇寶貝卻運用衝浪中練出來的身手，很輕鬆的就化解小智的攻擊。小智急得失去判斷情況的能力，依然採用硬攻的方式，結果… - 第21集 刺尾蟲對決！哪邊會贏呢！？
在武鬥道館之戰裡面，小智被道館訓練家藤樹打倒，感受到自己實力的不足，決定在武鬥島暫時修行一段時間。然而在那個時候，出現了企圖奪走小智等人的神奇寶貝的火箭隊！小智等人好不容易將火箭隊趕跑，但是回過神來卻注意到，小遙的刺尾蟲跟火箭隊的刺尾蟲在混戰中弄混了！刺尾蟲是小遙第一次收服，細心照料的神奇寶貝，想到自己的刺尾蟲被迫與卑鄙的火箭隊待在一塊兒，小遙就非常的不安。忍住盈眶的淚水，小遙拚命奔走尋找火箭隊… - 第22集 大吾，可可多拉，波士可多拉！
為了武鬥道館而繼續旅行了小智一行人，正在商討著大吾的事情而來到了「岩石洞窟」，卻意外掉入了火箭隊所設下的陷阱。但是那個時候，周圍的地面卻陷了下去。一行人和火箭隊一起掉進的洞穴的最深處。而在小勝的周圍,皮卡丘和喵喵聚在一起。好像所有人都分散了。小智、小剛、小次郎在一起，而小遙和武藏在一起，尋找出口的活動開始了.「鐵鎧神奇寶貝」可可多拉就居住在這危險的洞穴里，爭吵不停的3組聯合起來，能逃出洞窟嗎！？小智慧型和大吾相遇嗎！？ - 第23集 海邊的狂暴者，龍蝦小兵登場！
小智一行人，在武鬥島邊架設帳篷，繼續著神奇寶貝的修行。那個時候，沙中突然出現的未知生物，襲擊了小智一行人。打算捕獲它的小智，卻因為它的強大力量，而失敗了。而且那個生物，還把帳篷給弄倒了。被嚇到的小智，燃起的捕獲謎的生物的欲望，決定揭發未知生物的原形。靜靜等待的夜晚的到來。於是當天晚上，未知生物還是出現了！！小智慧型順利捕獲未知生物嗎！？ - 第24集 跑吧小智！穿越利牙魚之河！
加入了新夥伴「無賴神奇寶貝」龍蝦小兵，小智一行人持續著在武鬥島的旅行和學習。在與火箭隊的戰鬥中，龍蝦小兵卻發燒了。龍蝦小兵得回到神奇寶貝球里，但是，神奇寶貝球放在露營的帳篷內。小智打算到神奇寶貝中心請求支持，於是背起龍蝦小兵開始跑！但是，到神奇寶貝中心得經過的河卻沒有橋。而且，這河裡還居住了很多「野蠻神奇寶貝」利牙魚．．．小智慧型夠打敗這些利牙魚嗎！？ - 第25集 秘密之水池！好多的水躍魚！？
為了打敗武鬥道館的道館訓練家藤樹，持續旅行的小智一行人，把鍛鍊自己和尋找珍奇的神奇寶貝當為目標，而來到了一座沼澤。一行人和「沼魚神奇寶貝」水躍魚以及沼澤的主人認識。不管什麼，來到這裡的都得將初學者用的蛋送回培育的地方？向來以打工謀生的小剛倍感興趣，這時打算奪走水躍魚的火箭隊出現了！然後管理水量的控制器卻出了問題，水躍魚群們被大量的水沖走了！！到底小智一行人得怎樣面對這個危機！？並且保護水躍魚群們呢！？ - 第26集 長鼻葉族的襲擊
在某個洞窟做修行的小智等人，不小心激怒了在洞窟睡覺的大聲神奇寶貝吼爆彈。在急於逃離吼爆彈追打的情況下，小智等人居然與皮卡丘他們走失了。而此時，勉強逃到外面的皮卡丘等神奇寶貝也拚命的想尋找小智。神奇寶貝們雖然受傷了，還是以出去遠足的心情往森林前進。但是，突然的，四周響起奇特的草笛聲。皮卡丘他們像中了催眠術一樣，開始在同樣的地方打轉起來。神奇寶貝們的身上是出什麼事了?!還有，這個吹草笛的，到底是誰?? - 第27集 火岩隊對抗水艦隊,秘密基地的戰鬥!
以突破武鬥道館為目標，而持續修行的小智等人，在某個洞窟裡面發現了少年和輝的秘密基地。和輝生氣想趕跑小智等人。在旁偷窺的火箭隊想篡奪和輝的秘密基地，卻突然出現神秘的一隊人馬，火岩隊，占據了這個基地。火岩隊在秘密基地內開始挖洞，挖到很深的地方時，火箭隊看火岩隊的情況，認定此地必有寶物，遂在後頭緊跟上來。而從和輝口中得知詳情的小智等人，為了搶回洞窟，又折返回來… - 第28集 狩獵鳳蝶與毒粉蝶!進化之後!
小智等人今天依然在武鬥島努力修行。企圖搶走一夥人的神奇寶貝的火箭隊，又跑來鬧事。在格鬥中，小遙的「蛹神奇寶貝」甲殼蛹進化成「蝴蝶神奇寶貝」狩獵鳳蝶了!!其進化令小遙高興極了。然而，火箭隊的武藏卻不高興極了。因為她所疼愛的蛹神奇寶貝盾甲繭一點要進化的跡象也沒有。敗給小智等人之後，武藏也燃起了競爭意識，對盾甲繭展開特訓，偏偏盾甲繭實力太強，火箭隊的人所擁有的神奇寶貝根本不是它的對手。為了讓重要的盾甲繭進化，武藏只好尋找厲害的神奇寶貝來磨練，以再度向小智等人挑戰。 - 第29集 勾魂眼的驚奇
今天小智等人依然在武鬥島繼續修行。個性火爆的問題專家，龍蝦小兵的行為使大家有點頭痛。小智想訓練龍蝦小兵的合作精神，決定到廢棄的金礦里去玩試膽遊戲。他想嚇嚇龍蝦小兵，使它乖一點。扮演鬼怪的小遙與小勝埋伏在金礦中，龍蝦小兵不知情的進去了…。另一方面，火箭隊為了尋寶來到金礦裡面，受到眼光發亮的某個東西的攻擊!!那是真正的妖怪嗎?小遙與龍蝦小兵的命運將會如何呢? - 第30集 格鬥少女與瑪沙那!暴風雨之中!!
- 第31集 武鬥道館再戰!乘浪的戰鬥場地!
為了再度挑戰武鬥道館，而不斷修行的小智，終於要向道館訓練家藤樹做復仇戰了。可是在藤樹的秘密練習場的戰鬥，攻守狀況卻和上次的對戰顛倒過來…。面對藤樹猛發攻勢的神奇寶貝，小智發揮了修行的成果，在輕鬆閃躲中慎重地尋找機會。藤樹的神奇寶貝果然因為不斷發出攻擊，很快就喘不過氣來了。任誰來看都會覺得小智占了上風，但是，小剛卻有不同的看法。小剛在藤樹這宛如故意製造機會給小智的戰鬥中，感到隱隱約約的不安… - 第32集 棄船!悄悄靠近的影子
小智一行人結束武鬥道館的復仇戰，為了小遙即將參加的神奇寶貝華麗大賽，而搭船前往大會場地的凱那市。由於火箭隊設下的圈套，船遇難了。小智等人順水飄流，最後遇上了氣氛陰森的觸礁的棄船。在那裡，一行人結識了來調查棄船的廣海，一同休息了一段時間。這期間，火雉雞突然不見了?!一行人不加思索，到處搜尋，沒多久，小勝與小遙也不見了。小智等人感受到危機，提高了警覺，可是… - 第33集 小遙的勁敵!特訓!神奇寶貝大賽!
小遙來到凱那市，馬上就以神奇寶貝華麗大賽的優勝為目標，和蝴蝶神奇寶貝的狩獵鳳蝶展開了特訓。特訓中，小遙遇到了也想拿到大賽優勝的少年，神奇寶貝協調家，小瞬。小遙與小瞬之間燃起了激烈的競爭意識，又跟小智等人展開更激烈的特訓。煙火工匠畢希見到這個情況，告訴小遙，有個果實吃了可以讓參賽的神奇寶貝擁有更有利的條件。為了分得一些果實，小遙等人來到畢希的倉庫，可是在那裡只見到將果實完全吃光的火稚雞。小遙等人得知這個果實是畢希今夜放神奇寶貝煙火的製作材料，深感自責，於是決定到森林去尋找果實來還給畢希先生。 - 第34集 最初拿到的神奇寶貝，大混亂
為了得到神奇寶貝華麗大賽的優勝，小遙將火稚雞交給小智等人保管，自己與狩獵鳳蝶離開去練習。此時小智等人又受喬伊小姐所託，幫忙照顧三隻神奇寶貝做健康檢查，因為不久之後，即將成為神奇寶貝訓練的小孩會過來領取。做完健康檢查後，喬伊小姐又托小智等人保管這些神奇寶貝。可是，其中有隻活潑不聽話的火稚雞一直想逃跑。為了抓這隻火稚雞，小智拿出龍蝦小兵戰鬥。沒想到戰鬥中，火稚雞意外進化成力壯雞了。小智等人無計可施，偷偷拿小遙的火稚雞來頂替，但是… - 第35集 小遙!初次挑戰神奇寶貝華麗大賽!
神奇寶貝華麗大賽舉辦的日子，會場人潮洶湧，熱鬧極了。身處其中的小遙，在休息室內一直緊張得無法冷靜。第一次審查的主題是魅力演技。在神奇寶貝展現的多彩多姿的絕招中，勁敵小瞬的「荊棘」毒薔薇得到了高分。然後終於輪到小遙跟狩獵鳳蝶上場了。狩獵鳳蝶拿出為了這一天努力練習已久的絕招，銀色之風，成功進入了第二次審查。接下來的審查是只靠美麗還不夠，必須以實力獲勝的華麗戰鬥。小遙的對戰對手是小瞬。這場戰鬥到底會誰勝誰負呢? - 第36集 保護海之博物館，火岩隊的襲擊!
神奇寶貝華麗大賽告一段落，小智等人在凱那市停留了最後一天。小遙與小剛到市區買東西，小智與小勝和皮卡丘決定到海之博物館參觀。很不湊巧，博物館剛好休館。小智等人遇到了庫斯諾吉館長，並被帶入館內參觀。在那裡，小智等人看到了罕見的燒焦的神秘岩石。此時出現了企圖奪走博物館展示品的火箭隊，將小智等人關進牢籠內。然而比他們更早一步潛入館內的火岩隊又跟火箭隊發生衝突。兩派人馬為了寶物，突然展開了戰鬥… - 第37集 美女與野獸?狡滑天狗和喬伊小姐
小智等人向著紫菫市一路旅行，來到山路旁的神奇寶貝中心。但是裡面卻一個人也沒有。最後面的房間一片凌亂，地板上還有殘餘的睡眠粉。小智等人覺得出事了，趕快查看監視器的錄像帶。出乎意料的看到邪惡神奇寶貝，狡滑天狗將喬伊小姐擄走的畫面。一行人為了救出喬伊小姐，趕往狡滑天狗居住的大樹。可是一路上卻遇到草系神奇寶貝們的阻撓。這時候，喬伊小姐在大樹中醒來，注意到旁邊有一隻睡著的長鼻葉… - 第38集 正電拍拍與負電拍拍，山上的燈塔
以紫堇市為目的地而前進的小智等人，在濃霧的山路中行走著。聽說山中有個村子，在那裡，有著被當成路標的燈塔。小智等人遇到了守護燈塔的「光之石」的正電拍拍與負電拍拍，其主人和智見到小智的打扮，認定他就是村子傳說中的勇者。和智完全沒有戰鬥經驗，他帶著加油神奇寶貝跟隨自己崇拜的小智一起練習。誰知火箭隊卻跑來搗蛋，搶走了光之石與皮卡丘… - 第39集 唱歌！神奇寶貝戲法屋！
前往紫菫市的途中，小智等人來到了某個城鎮。一行人在那裡認識了帶著「呢喃神奇寶貝」咕妞妞的明菜，決定一起參加即將舉辦的「戲法屋大賽」。克服戲法大王設下的機關，獲得優勝的人將可以得到一年份的能量方塊！一行人以優勝為目標，努力向終點前進，先是迷宮，後是過獨木橋、地洞陷阱等等，後來連拿著麥克風的胖丁也來搗亂。大賽的優勝者到底會是誰呢？ - 第40集 紫菫道館，鐵鏇的電擊戰鬥
抵達紫菫市的小智等人，為了得到第三個徽章來到紫菫道館。一入道館，突然冒出雷公機器人，與皮卡丘發生了戰鬥。後來，小智與現身的道館訓練家，鐵鏇做道館挑戰賽。竟然一下子就打贏了。然而過了不久，皮卡丘的情況馬上變不對勁。帶去神奇寶貝中心疹療後，才知道皮卡丘在與雷公戰鬥的過程中，吸收了過多的電力，所以挑戰時出招的威力才會那么大… - 第41集 木守宮的新絕招，西瓜田的機關槍
小智等人結束了在紫菫市的道館賽，為了讓小遙參加神奇寶貝華麗大賽，而決定前往秋葉鎮。一行人途中發現河面有西瓜漂過來，於是把西瓜撈過來吃了。這時少女納奇出現了。她誤以為小智等人是偷西瓜的小偷，命令熔岩蟲與森林蜥蜴攻擊小智。後來一行人解開了誤會，被邀請到納奇的西瓜田去。在那裡，小智與納奇以西瓜田旁邊的戰鬥場地，展開了一場雙打比賽。比賽進行中，想偷走西瓜的火箭隊出現了… - 第42集 電螢蟲與甜甜螢，愛的舞蹈
小智等人來到了遠遙湖畔的一個城鎮。由於那裡即將舉辦慶典，羅密歐帶著電螢蟲，朱麗葉帶著甜甜螢，努力的做舞蹈練習。可是羅密歐對電螢蟲下錯指示，在小智等人面前出了洋相……細問之下，才知道羅密歐與電螢蟲都喜歡上了朱麗葉與甜甜螢，因為太在意舞蹈的對方，而拿不出平常的實力。於是小智等人決定幫助羅密歐與電螢蟲… - 第43集 飛吧寶貝龍！迎向明天！
小智等人向著秋葉鎮的方向前進，在懸崖斜面上的山路行走。在那裡，一行人遇到了崖上跳下來的石頭神奇寶貝，寶貝龍。小智認識了寶貝龍的主人米雪兒，得知寶貝龍想要飛翔的心愿…。由於寶貝龍進化成暴蠑螈之後就可以飛行，於是小智等人為了讓寶貝龍早日進化，決定與其對戰。可是比賽中，火箭隊又跑出來，把寶貝龍帶走了。寶貝龍命運將會如何?它能夠不經由進化而飛行嗎? - 第44集 小霞登場!波克比與夢幻王國!
小智等人向著秋葉鎮前進，與睽違已久的小霞跟波克比，約定在途中的沙漠綠洲碰面。小霞接受綠洲的飯店邀請，要去參加那裡舉辦的波克比慶典。但是去被偽裝成執行委員的火箭隊所騙，使得波克比被綁架到叫做米拉祖的國度去。波克比似乎是米拉祖王國決定王位時必需用到的神奇寶貝。小智等人隨後追上，遇到想利用波克比來登上王位的攝政韓佐，而發生一場戰鬥… - 第45集 海市蜃樓的另一邊波克比的樂園
韓佐企圖成為米拉祖王國下任國王，設下陷阱，引來了小霞與小智到宮殿。幸好被偶然認識的莎拉公主所救，正要與波克比一起逃脫到國外。但是韓佐的鐵面忍者與脫殼忍者卻突然來襲，將波克比強行奪走。韓佐奸計得逞成為國王后，還想利用波克比，到海市蜃樓另一頭的波克比樂園，企圖釋放出被封印起來的危險力量。但是…… - 第46集 戰鬥家庭四比四
小智等人向著秋葉鎮的方向旅行，途中存糧用盡，餓著肚子在荒野中流浪。此時搭救他們的，是在荒野中開墾的連勝家族。聽說這個家的長子良平，也是為了成為神奇寶貝聯盟的冠軍而在外面旅行。一家人突然對小智等人提出四比四的挑戰。與這個好戰家族的比賽，結果將是如何呢？ - 第47集 向尾喵與芳香療法
小智一行人向著秋葉鎮的方向繼續旅行，途中在草叢發現一隻精力旺盛的向尾喵。小智等人雖然不知道向尾喵虛弱的原因，但還是在看過芳香療法書籍的小剛建議下，帶著向尾喵前往研究神奇寶貝芳香療法的「綠色之館」。向尾喵經過館內工作人員亞里莎的芳香治療，果然恢復了元氣。接著，小遙為了收服向尾喵正打算打一場的時候，火箭隊的人又跑出來，把館內的香水搶走了!... - 第48集 貓鼬斬對抗飯匙蛇，宿敵大對決!
小智等人向著秋葉鎮的方向旅行，與曾經在某個森林認識的短褲少年阿奇重逢。阿奇自從上次跟小智告別後，也到橙華道館挑戰過。因為挑戰失敗的關係，現在正在這個森林修行。小智等人決定陪阿奇修行一陣子，但是在戰鬥中，阿奇的貓鼬斬狀況顯得很不正常。原來它是察覺到了藏在樹叢中的宿敵，火箭隊的飯匙蛇的氣息。兩隻神奇寶貝立刻一場死斗。論實力，是飯匙蛇占上風。眼看貓鼬斬快被打敗，小智派出龍蝦小兵加入助陣，停止了一場惡鬥。但是，貓鼬斬想一決勝負的鬥志更加旺盛，於是第二場生死搏鬥又開始了。到底勝負將會如何呢？ - 第49集 小勝與勝人，保護溜溜糖球
小智一行人向著秋葉鎮的方向旅行，來到了位在美麗湖畔的某神奇寶貝中心。在那裡，認識了跟小勝一樣，名字中有個「勝」字，綽號叫小勝的少年，勝人。勝人不知為何，對小勝一副想找人打架的態度非常討厭...。離開神奇寶貝中心後，小勝看見勝人在湖畔疼愛溜溜糖球的樣子。接著，兩人一見面又開始吵架了。此時，企圖奪走溜溜糖球的火箭隊出現了。為了尋找受驚嚇而逃入森林的溜溜糖球，小勝與勝人的感情漸有改善，最後倆人決定一起合作保護溜溜糖球。 - 第50集 神奇寶貝華麗大賽，秋葉大會
小智等人終於抵達秋葉鎮。小遙二度挑戰的神奇寶貝華麗大賽即將開始。在神奇寶貝中心，小智等人認識帶著恰雷姆的協調訓練家葛蕾絲。葛蕾絲給了小遙許多善意的建議，然而，卻反而成了小遙的壓力。為了抗壓，小遙一大早就帶著狩獵鳳蝶做練習。差不多在這時候，神奇寶貝中心裏面，小智與小瞬也展開了戰鬥…… - 第51集 對抗恰雷姆，華麗對戰!
小遙與狩獵鳳蝶二度挑戰的神奇寶貝華麗大賽，秋葉大會終於開始了。第一次審查時，競敵小瞬跟葛蕾絲都以美麗的絕招得到高分。輪到小遙的狩獵鳳蝶時，苦練的成果也讓她得到高分，成功晉級第二次審查。第二次審查時，小遙的第一關的對手，是第一次審查時的最高分得主，武藏野。小遙是不是能夠打贏武藏野呢？ - 第52集 正電拍拍與負電拍拍，應援之道？
神奇寶貝華麗大賽結束，為了小智的下一場道館挑戰賽，一行人向著釜炎鎮的方向持續旅行。途中，與帶著正電拍拍與負電拍拍的和智重逢。和智在修行的旅行中加入了當地的應援團。關戶團長的應援理念乍聽之下冠冕堂皇，但是小勝等人卻覺得其中一定有問題。為了拆穿關戶團長的謊言，小智等人與委託應援團加油的火箭隊展開戰鬥… - 第53集 向尾喵與貓之手，呆火駝的牧場
為了前往煙突山，小智一行人走在有「熱焰小徑」之稱的洞窟里，遭受大群熔岩蟲的追擊，逃到一座山坡上的牧場。在那裡，小智等人遇到飼育呆火駝的陽子，借宿一夜。小遙為了讓向尾喵體驗真正的戰鬥，和陽子展開比賽。小遙讓向尾喵使出絕招「協助」，但還是被陽子善戰的大尾立給逼進苦戰。當天晚上，不明人士為了得到呆火駝，偷偷潛入牧場。 - 第54集 火岩隊再度槓上水艦隊！
小智等人一路向下一個道館所在地釜炎鎮旅行，來到了煙突山的山麓。一行人向著山頂前進，途中纜車突然停了下來。用緊急電話求救，也遲遲沒有回響。於是小智就一個人離開纜車，出去求救。此時，在火山口附近，為了得到學者索藍斯博士發現的隕石，火岩隊與水艦隊展開了戰鬥。 - 第55集 新人道館訓練家亞莎
小智等人來到釜炎鎮後馬上來到釜炎道館。可是與道館訓練家亞莎到了戰鬥場地後，才發現不只戰鬥場地破爛不堪，而且連個裁判都沒有。與亞莎聊天，得知道館本來由她的祖父穆拉爺爺主持，但是就在三天前，穆拉爺爺已突然將道館交給亞莎，外出旅行去了。被留下的亞莎，滿腦子只想著怎么讓自己的神奇寶貝變強。此時，外出旅行的穆拉爺爺又因為擔心亞莎而折回釜炎道館。出去短短几天就折回來，穆拉爺爺覺得無臉見眾人，決定偽裝身份，默默關心亞莎。但是... - 第56集 烈焰徽章！在燃燒的戰鬥中獲得！
小智等人終於迎接攸關豐緣地方第四個徽章的道館挑戰賽。對剛成為訓練家的亞莎來說，這是她的第一場道館比賽。相對的，小智已經有很多比賽經驗，所以可以說是自信滿滿。比賽剛開始時，小智針對火系神奇寶貝使用戰術獲得了領先。但是得到前道館訓練家穆拉爺爺建議的亞莎，也漸漸的沉著下來，開始對大意輕敵的小智展開攻擊。 - 第57集 許多的晃晃斑。尋找幸福，到山那邊
決定以橙華道館為下一個目標後，小智等人從釜炎鎮出發了。它們在山路上遇到許多隻晃晃斑。其中有一隻額頭還長著罕見的心型斑點。此時一心想抓住有心型斑點的晃晃斑的女性，愛莉出現了。但心型斑點的晃晃斑又跑進樹叢裡面不見蹤影。小智等人從大感困擾的愛莉口中了解原因，得知那隻晃晃斑是某人託付給愛莉保管，今天必須要還給對方。於是小智等人就和愛莉一起開始尋找有心型斑點的晃晃斑。 - 第58集 突破鋼之谷！煤炭龜對抗大鋼蛇！
小智等人以橙華道館為目標旅行。雖然選擇經往紫菫市的路徑，但是途中還是迷路了。然後，撞見石炭神奇寶貝的煤炭龜遭到幾隻神奇寶貝的圍攻。小智等人救了煤炭龜，注意到這地方是有強烈地盤意識的鋼神奇寶貝居住的鋼之谷。急著趕往紫菫市的小智等人，決定與救起的煤炭龜一起穿越山谷，但是… - 第59集 再訪紫菫道館，vs雷電獸
為了得到第五個徽章而向橙華市前進的小智等人，來到了路途中的紫菫市。久沒有在大城市中逛逛，無意中發現有許多種類的遊樂設施的遊樂場。小智拿出神奇寶貝球叫自己的神奇寶貝出來，一起玩遊戲。誰知，整個遊樂場就是火箭隊設下的陷阱。神奇寶貝們都被抓走了。救出這些神奇寶貝的，是以前在紫菫道館交手過的道館訓練家鐵鏇。小智為了測試新同伴煤炭龜的能力，向鐵鏇提出挑戰，做練習賽... - 第60集 向尾喵與優雅貓
小智等人向著即將舉辦神奇寶貝華麗大賽的綠蔭鎮前進。但是，與火箭隊的戰鬥使得向尾喵嗓子出了問題，一行人遂決定到附近的神奇寶貝診所看看。向尾喵在經過治療後恢復了健康。小智等人得知這位負責治療的女性，是有名的傳說的協調訓練家綾子時，跟她問了許多的問題。但是，可疑的陰影也正悄悄靠向他們... - 第61集 戴面具的協調訓練家，假面使者登場
小智等人終於抵達即將舉辦神奇寶貝華麗大賽的綠蔭鎮。來到神奇寶貝中心時，發現小遙的競敵小瞬的毒薔薇受傷了，在那裡接受治療。小瞬在跟戴假面具的訓練家對戰中落敗，無法參加這次的華麗大賽。小智等人聽到後，對這個打敗強敵小瞬的戴面具的訓練家，假面使者，感到很好奇。然後，假面使者也找上了小智一行人... - 第62集 綠蔭鎮，神奇寶貝華麗大賽
小智等人來到即將舉辦神奇寶貝華麗大賽的綠蔭鎮。在那裡認識了軟弱的少年君麻呂。他的母親很討厭神奇寶貝，還對君麻呂下了禁令，不準接近神奇寶貝。小智等人知道君麻呂很喜歡神奇寶貝，遂與他的父親田村麻呂合作，想讓君麻呂參加神奇寶貝華麗大賽。另外，這次的綠蔭大會裡，對第一次與向尾喵搭檔參賽，以緞帶勳章為目標的小遙來說，也是很重要的一場比賽。小遙與君麻呂的競賽的結果將是如何呢？ - 第63集 太陽岩與蓮帽小童，神聖森林的傳說
為了下一場道館挑戰賽，小智向著橙華市前進，途中路過森林深處的一個小村子。在那裡，小剛的蓮葉童子進化成蓮帽小童。村民們看到蓮帽小童，不知為什麼，就開始拜了起來。好像是因為村子從兩星期前就開始缺水，所以村民們才如此崇拜村子的水神蓮帽小童。村民們認為缺水的原因是兩周前出現在森林的太陽岩，因而想盡辦法想將太陽岩趕出森林... - 第64集 青綿島的天空，小遙的心
以橙華市為目標前進的小智等人，途中在森林迷路，發現了一隻受傷的青綿鳥。它好像是因為前幾天的暴風雨而受傷、離群的。於是小智等人決定照顧到青綿鳥身體康復為止。因為小智等人努力的照顧，青綿鳥的傷勢好了，將要回到同伴的身邊了。可是，不知為什麼就是飛不上來，掉到地上。小智等人雖不曉得原因，但還是擬立了種種作戰計畫，想讓青綿鳥可以再度飛翔。 - 第65集 擊退溶食獸大作戰！
前往下一個都市橙華市的途中，小智等人來到了某個城鎮，突然聽到神秘的警報聲。據君莎小姐所說，這個城鎮一到某個特定時期，就會有大批溶食獸來襲，搶奪鎮上的糧食。由於迄今為止的受害太過嚴重，鎮上已委託溶食獸研究家的釋吉博士，決定這次一定要擊退溶食獸。小智等人得知此事，想要助博士一臂之力，但是...... - 第66集 一觸即發，爆音怪對抗森林蜥蜴
以橙華市為目的地的小智等人，中途在某個森林用早餐。一行人都很快樂，唯獨木守宮的情況怪異。它對小智所說的話幾乎完全沒有反應。這時候，爆音怪大吼大叫的跑出來。聽跟著跑過來的少年蓋伊說，這個爆音怪最近都無視自己的訓練家蓋伊說的話，非常狂暴。蓋伊搞不清楚原因，非常困擾。小智猜測原因應該是壓力太大，想要化解其壓力，而決定跟蓋伊來一場比賽。結果直到剛才都還很安靜的森林蜥蜴突然鬥志高昂，要求小智派自己上場。於是小智就派森林蜥蜴上場了，可是...... - 第67集 跳舞戰鬥!樂天河童!
小智等人終於來到橙華市。在那裡，小智對自己的神奇寶貝們，介紹由木守宮進化成功的森林蜥蜴。大家都露出歡迎的態度，不知為什麼，唯獨龍蝦小兵除外。這時候，樹林間出現帶著樂天河童的蓄鬍須的男子，潘裘。潘裘提出以午飯為賭注來比一場。小智認為這是道館賽之前的練習好機會，答應比賽。小智本想派森林蜥蜴戰鬥。然而龍蝦小兵突然搶在森林蜥蜴前頭，要求讓自己出賽... - 第68集 爸爸是偶像?冒牌的道館訓練家
小智等人為了參加橙華市的道館賽，來到了鄰鎮的北橙華市。一行人還沒到神奇寶貝中心，市民見到小遙與小勝就一陣騷動。因為二人是該市市民崇拜的道館訓練家「千里」的子女，而大受歡迎。火箭隊見狀，想出了一個計畫。情勢促使下小遙在眾人面前表演神奇寶貝的絕技。而小智，則受到某個訓練家要求比賽... - 第69集 橙華道館的危機，家庭危機!
為了向千里再度挑戰道館賽，以得到第五個徽章，小智來到了橙華市。這地方對小遙小勝來說，是令人懷念的故鄉。小遙等人回到家裡，期待著與父母的重逢，然而，家裡卻找不到父親.千里的身影。小遙感覺到母親美津子的神色不同往常。好像是因為千里與喬伊小姐有外遇的樣子。看似親密的二人之間到底發生了什麼事呢?在同一時期，火箭隊潛入了橙華道館巨大的溫室，想奪走懶人翁、過動猿、與請假王... - 第70集 橙華道館賽第五個徽章
攸關第五個徽章的戰鬥終於在橙華市展開了。道館訓練家是小遙與小勝的父親千里。小智鬥志高昂站上戰鬥場地，誓言這次一定要打敗千里。對於派皮卡丘打先鋒的小智，千里派出了懶人翁。懶人翁懶洋洋地躺在戰鬥場地上，一副無心戰鬥的樣子。然而，皮卡丘的攻擊卻都被一一的閃過。對於千里精於計算的戰鬥方式，小智等人完全束手無策... - 第71集 大木博士與小田卷博士秘密基地之戰
在橙華道館得到第五個徽章的小智一行人，在前往茵郁市之前，決定先到小田卷研究所一趟。在那裡遇到小田卷博士的小智等人，知道博士正要去迎接大木博士，於是就跟隨著一起去了。然而，應該在研究所的小遙與小勝，卻偶然先遇到大木博士。小遙等人想讓大木博士看看地方上難得一見的訓練家專用的神奇寶貝，可是正好被趁虛而入的火箭隊給搶走… - 第72集 雙人合作賽!小智vs小遙!
前往下一個目的地，茵郁市的小智等人，途中小智怪罪小遙動作太慢，導致大夥遲遲無法出發。於是兩人就引發口角。此時出現穿著華麗的兩人組，奧斯卡與安東尼，向小智與小遙挑戰拉鋸賽。這種比賽需要合作無間的默契，可是小遙與小智卻互扯對方後腿。這樣下去倆人恐怕會打輸比賽… - 第73集 禁忌森林的國王妙蛙花
以茵郁市為目標的小智等人，途中在森林裡迷路，小遙被突然跳出來的盔甲鳥給帶走。小智等人急忙追上去，卻遭到厚重的木門與一群神秘男子的阻擋。這些人是住在森林的村民。對他們來說，門的另一邊是禁地，自古以來就為人所畏懼，據說，進入裡面的人會觸怒草系神奇寶貝。一心想要趕快救出小遙的小智等人，趁村民不注意時偷偷爬過大門，可是…。另一方面，小遙被帶進禁地之後，被妙蛙種子、臭臭花、口呆花等「草系神奇寶貝」所包圍… - 第74集 妙蛙種子與妙蛙種子搶回神奇寶貝球
小智等人路過一個都市，使用神奇寶貝中心的電視電話與大木博士取得連絡，讓博士傳送小智的妙蛙種子過來，與小遙的妙蛙種子一起玩耍。然後，傳送開始了，可是什麼東西也沒有過來。原來是有人偽裝成技師，假藉修理故障的機會，改造傳送機，將傳送過來的神奇寶貝球奪走。為了拿回被偷走的神奇寶貝球，小智等人趕忙追上去，但是… - 第75集 對決巨大鯰魚王與釣魚高手
小智等人在湖畔休息。小智觀賞著目前為止戰勝得來的徽章太入神，一不小心讓徽章與盒子一起掉進水中。此時巨大鯰魚王突然出現，將盒子連徽章一口就咬走掉。為了追回盒子，小智情急之下跳湖，搞得自己也溺水。剛好在場的釣客出手將小智救起。這位釣客看起來與巨大鯰魚王似乎有某種關連… - 第76集 天秤偶與霧中的遺蹟
為了參加豐緣聯盟的比賽而持續旅行的小智一行人，決定要爬上迷霧山。可是，在深霧籠罩的山中，小智和皮卡丘卻跟大家走失了。迷路的小智突然遇到霧中出現的神秘婆婆。這個婆婆一邊唱著奇怪的童謠，又消失在霧中。繼續迷路的小智與皮卡丘因為救了差點跌落懸崖的天秤偶，又遇到了名叫神代的少女。調查夢幻般的古代遺蹟的她，就是以先前小智聽到的奇怪童謠當線索... - 第77集 強敵!媽媽協調訓練家登場!
旅行途中小智來到了長壽鎮。小遙得知鎮上即將舉辦神奇寶貝華麗大賽，非常的高興。遇到宿敵小瞬，兩人果然又迸出火花，但是一群婦女們的熱烈加油聲，卻讓兩人嚇一大跳。而且，自稱"pmdm"神奇寶貝愛好媽媽的成員之一人，月子也要參加比賽。小遙與月子成為好朋友，見月子緊張的樣子，提出建議讓自己成為練習的夥伴。另一方面，火箭隊得知只有擁有緞帶勳章的人可以參加比賽，而動起搶劫小遙的歪腦筋... - 第78集 神奇寶貝華麗大賽!長壽大會!
長壽鎮的神奇寶貝華麗大賽終於開始了。狩獵鳳蝶表現不錯，令小遙顯得很從容。一同練習的月子也恢復了比賽的直覺，表現得可圈可點。宿敵小瞬則是以毒薔薇的花吹雪絕招讓在場觀眾陶醉不已。雖然第一次審察大家都順利通過，可是第二次審察時，小遙的對手居然是月子。小遙興沖沖的想讓妙蛙種子的出道比賽製造高潮，但是... - 第79集 跳跳豬尋找的東西
小智等人向著下一場道館賽的所在地茵郁市前進。途中，遇到一隻無精打采的跳跳豬。小智等人得知跳跳豬頭上的真珠搞丟了，遂決定幫忙一起尋找。然而令人傷腦筋的是，這隻跳跳豬一看到圓的東西就往自己頭上戴。差點累死小智等人。後來，水躍魚好不容易找到真珠，跳跳豬的頭上頂著真珠，高興極了。就在小智等人鬆一口氣的時候，火箭隊出現了... - 第80集 初次挑戰!空中競技神奇圓環!
以茵郁市為目的地的小智一行人，途中，在風的十字路口搭救了一隻被強風吹跑的青綿鳥，結識了少年凱特。在風的十字路口這地方，有舉辦一種利用神奇圓環競爭訓練家與神奇寶貝的合作默契的比賽─神奇圓環。小智與小遙自然是馬上報名。可是在會場，也出現了曾過神奇圓環特訓的小次郎的身影... - 第81集 怨影娃娃的大宅
旅行到茵郁市的途中，小智等人在路上迷路，為了躲雨，進入一間大洋房，結果被關了起來。小勝小遙因出不去而急得要命。最後倆人還吵起來，小勝氣得跑離眾人，遇到了以憤怒念頭為食物的人偶神奇寶貝，怨偶娃娃。倆人成為好朋友。於是小勝想出辦法，要求怨影娃娃幫忙，一起來嚇嚇小遙... - 第82集 森林的格鬥王 力壯雞對抗斗笠菇
小智等人在廣大森林中休息。皮卡丘也吃著神奇寶貝飼料杯，氣氛十分悠閒。然而，龍蝦小兵生氣火稚雞搶食自己的食物，使得現場氣氛變得火爆起來。其它神奇寶貝也被捲入糾紛中，場面一團混亂。另一方面，火箭隊餓得到處找食物，搶走森林裡的蘑蘑菇的食物，導致憤怒的蘑蘑菇群接二連三進化成斗笠菇.... - 第83集 天氣研究所的漂浮泡泡
小智等人來到離第六個徽章的所在地茵郁市不遠的地方，中途遇到大雪，陷入危機。然後一行人又遇到會因天氣而變化外形的天氣神奇寶貝，漂浮泡泡。漂浮泡泡帶領小智等人到氣象研究所，看到儲存氣象數據的巨大控制器而吃驚不已。火箭隊也衝著這個東西過來了。接著，水艦隊的人也來了... - 第84集 茵郁市的羽翼嘉年華會
小智等人終於來到茵郁市。鎮上正為了一年一度以"天空"為主題的妖精嘉年華會而熱鬧沸騰。此時，一行人遇到了用盔甲鳥帶領孩子們玩樂的娜琪。原來她是專攻飛行神奇寶貝的茵郁道館的道館訓練家。小智等人決定在道館比賽開始之前，好好享受慶典活動。這時候，火箭隊的小次郎得到了珍貴的神奇寶貝，風鈴鈴... - 第85集 茵郁道館天空之戰
以第六個徽章為賭注的道館戰在茵郁道館展開了。小智鬥志高昂。相對的，娜琪卻在戰前，靜靜地對空祈禱。相對於娜琪拿出同時具有飛行與龍系屬性的七夕青鳥，小智卻拿出被飛行屬性克到的森林蜥蜴對抗... - 第86集 噴火駝載著電影來
小智等人在茵郁市得到白羽徽章後，為了挑戰下一個道館而持續旅行。途中，搭救了卡在路邊無法動彈的噴火駝。同時，也認識了少年高谷。高谷為了讓小村落的人們有電影可看，背著底片與放映機旅行。火箭隊等人見狀，跳出來想搶走放影機... - 第87集 神秘!來自宇宙的神奇寶貝!
小智等人向著水靜市方向旅行，來到了四周環山的溪谷鎮。為了消除旅行疲勞，一人決定到神奇寶貝中心休息。但是，喬伊小姐神色詭異的趕走小智等人，使得小智等人迫不得已露宿野外，遭到奇怪的兩人組的攻擊。這兩人是神奇寶貝不思議俱樂部的肯恩與瑪麗。他們好像在尋找掉落到小鎮附近的隕石與來自宇宙的神奇寶貝... - 第88集 懶人翁香蕉樂園的卡比獸
小智等人看到有趣的招牌「懶人翁香蕉樂園」，決定順路進去逛逛。小勝與小遙聽說這個蒐集很多懶人翁的動物園有香蕉甜點，高興極了。然而，進入園內，什麼人也沒看見，一片荒涼。原因似乎是因為卡比獸吃光了園內的香蕉，使得懶人翁不願見人。小智等人受園瑪奇之託，決定想辦法趕走卡比獸... - 第89集 皮卡丘加入火箭隊
小智等人終於到了接近水靜市的地方。但是，他們卻在市區前方的森林受到火箭隊偷襲。小智等人被爆炸炸飛。然後，等皮卡丘醒來時，它已經因為爆炸的衝擊而喪失記憶。在旁的喵喵見機不可失，故意捏造謊言哄騙皮卡丘加入火箭隊... - 第90集 到達水靜市！能量方塊與迴轉攻！
小智等人終於抵達水靜市。公園的果實市場非常熱鬧，一行人看得雀躍不已。並與加奈及她的搭檔「操縱神奇寶貝」噗噗豬成為朋友，被招待到加奈的家裡玩。在那裡，小遙使用果實調理機嘗試自己製造能量方塊。另一方面，小智的大王燕從人稱絕招高手的加奈的爺爺那裡，學習「迴轉攻」的絕招.. - 第91集 神奇寶貝華麗大賽！水靜大會!!
神奇寶貝華麗大賽水靜大會終於開始了。但是，最初登場的小遙與力壯雞，遇到了意想不到的狀況。比賽中，小遙跌倒，力壯雞的火炎正好撲向小遙。幸好小遙臨危不亂，化解危機，成功的表演結束。加奈以小遙為榜樣，士氣大振，與噗噗豬一起登場。到底加奈與噗噗豬會拿出什麼樣的表演呢？ - 第92集 那三隻登場！裁判學校之島！
小智等人得到了第三個緞帶勳章。為了前往下一個道館所在的綠嶺市，一行人搭上了連絡船班。然而他們不知自己搞錯了目的地，船其實是到達邦巴島的。在那裡，小智等人遇到了帶著妙蛙草、卡咪龜、火恐龍的少年，吉米。吉米正在神奇寶貝比賽裁判養成學校學習如何當裁判。受養成學校老師莎莉娜所託，小智與小剛加入幫忙學生的雙打比賽的實習課... - 第93集 珍珠貝與跳跳豬！尋找珍珠！
小智等人在前往瑞弗勒島的途中，發現了搭著小船漂流的跳跳豬。跳跳豬把頭上的珍珠搞丟了，非常困擾。於是神奇寶貝們就潛入海中幫忙尋找，偏偏怎樣都找不著。此時，出現一位叫做伊崎的研究學家，告訴他們只要找到「雙殼神奇寶貝」珍珠貝就可以了。在伊崎的嚮導下，小智等人來到珍珠貝研究所，看到罕見的藍珍珠。並且，火箭隊的人也跑了過來... - 第94集 古空棘魚與深海的秘寶！
在瓦滋瓦島的海邊，小智等人遇到了一位男性，草也。草也宣稱自己是以搜尋海中寶物販賣維生的寶物獵人。聽說草也可能發現了古時沉船的寶物，小智等人馬上跟著起鬨，前往海中尋寶，但是聽到風聲的火箭隊也靠近過來... - 第95集 獵斑魚與櫻花魚！進化之謎！
小智等人來到伊呂波三島。一行人把沒有元氣的力壯雞交給島上的神奇寶貝中心，意外偶遇小田卷博士。原來他是來調查珍珠貝為何在特定島上，只會進化成獵斑魚或櫻花魚的謎題。根據博士的研究，解開進化的秘密的關鍵，在於「深海之牙」與「深海之鱗」上頭。小智等人為了解開海底謎題，與島上的少女奈美子一起前往古老傳說中的洞窟... - 第96集 肌肉比賽!?？雙打比賽!!
小智等人來到剛迦島。在那裡，遇到了一群為了獲得格鬥勝利，努力於肌肉鍛練的一群人，並被拖下去一起練習。在那裡，島上最強的訓練家岩清水向小智挑戰雙打比賽。面對水系的沼王與帝牙海獅，小智決定用皮卡丘與森林蜥蜴對戰，但又陷入意料不到的危機之中... - 第97集 固拉多vs蓋歐卡！(前篇)
搭船前往綠嶺市的旅行途中，小智等人的皮卡丘差點被火箭隊搶走。戰鬥中，皮卡丘的電擊招引起了爆炸，導致小智等人與火箭隊都被彈飛到海中。這時火岩隊的潛水艦突然出現，將小智等人抓起來。想利用超古代神奇寶貝固拉多的力量征服世界的他們，終於發現了蓋歐卡，可是... - 第98集 固拉多vs蓋歐卡！(後篇)
為了得到超古代神奇寶貝，火岩隊與水艦隊對決的時刻終於來臨。水艦隊的老大水梧桐利用紅色之珠讓蓋歐卡甦醒。另一方面，火岩隊握有的可以控制固拉多的藍色之珠卻跟皮卡丘融合為一體。被邪惡之心所控制，失控發狂的蓋歐卡。火山爆發、與帶著藍色力量的皮卡丘和固拉多果然發生了激烈衝突... - 第99集 楓與南宇宙中心的戰鬥
為了得到第七個徽章，小智等人終於抵達綠嶺市，前往位於本市的宇宙中心。在中心裏面，小智等人迷路了，遇到在地下訓練室做神奇寶貝對戰的雙胞胎，楓與南。他們使用天秤偶的念力，正在無重力狀態中戰鬥。在他們的帶路下，小智等人在中心玩得很愉快。此時，楓與南的父親，航天員基恩搭乘的火箭發射升空了。火箭隊的人知道此事，不知又打起了什麼鬼主意... - 第100集 綠嶺道館!太陽岩與月石
攸關小智豐緣聯盟第七個徽章的道館賽終於在綠嶺道館開始了。對手是控制月石與太陽岩的道館訓練家，楓與南。小智拿出皮卡丘與大王燕戰鬥，向雙打比賽挑戰。這場比賽究竟會是誰輸誰贏呢？ - 第101集 大海男兒四天王源治登場
以第八個徽章為目標的小智等人在前往目的地琉璃市的途中，路過了一座島嶼，正想在其中一家店用餐，偶然遇見四天王之一的源治，一行人興奮不已。源治的身份是船長。在他帶領下小智見識了巨大的帆船，並受邀做一場神奇寶貝對戰比賽。面對這場與四天王的對決，小智摩拳擦掌，正想大顯身手，然而... - 第102集 諸星博士之島化石神奇寶貝出現
前往下一個目的地琉璃市的途中，小智等人來到了一座小島。小勝在島上看到「藤壺神奇寶貝」搖藍百合，追逐在後，因而與大家走散。大夥拚命尋找小勝，途中遇到了名叫諸星博士的男子。他正從事讓古代神奇寶貝復活的研究，並說要讓大家看看罕見的古蝦神奇寶貝太古羽蟲的進化。這時，火箭隊的人又照慣例跑來作怪... - 第103集 伊札貝島神奇寶貝華麗大賽!
為了在最後的道館贏得徽章，小智等人到達召開神奇寶貝華麗大賽的伊札貝島的普里加市。小遙帶著妙蛙種子挑戰第四個緞帶勳章，很幸運地輕鬆通過第一次審查。另一方面，會場一個穿著綠色衣裳的挑戰者哈利，帶著「惡神奇寶貝」夢歌奈亞連戰連勝。不知為何原因，小遙感受到這個人對自己似乎懷有惡意... - 第104集 封印巨大念力土偶
以贏得第八個徽章為目標的小智等人，在橫越伊札貝島的途中，來到了毀滅之谷。在那裡，遇到老人重盛，在其帶領下前往傳說封印巨大力量的巨大神奇寶貝球所在的湖泊。此時，聞風而來的火箭隊跑出來了。就在火箭隊想奪走巨大神奇寶貝球的時候，球的封印被解開，巨大的念力土偶甦醒了。小智等人依靠著重盛的古文書，挺身對抗巨大念力土偶... - 第105集 大嘴娃談戀愛蓮帽小童的花之路
旅行途中小智等人在原野上稍做歇息。這時小智為了小試身手，與小剛很難得地做神奇寶貝對戰賽。然而戰鬥中，煤炭龜的「重擊」力道過強，把蓮帽小童炸飛掉，撞到森林中的欺騙神奇寶貝大嘴娃。大嘴娃迷上蓮帽小童，蓮帽小童一點也不領情。另一方面，小遙看過訓練家莎由梨的緞帶舞絕活之後，對大嘴娃大感興趣。然而，遠方還有一群可疑人物看上了大嘴娃... - 第106集 大顎蟻與超音波幼蟲夢幻之湖
向伊札貝島前進的途中，小智等人誤入了廣大的荒野。那裡，有著「獅蟻神奇寶貝」大顎蟻的巢穴。一行人在那裡認識了保護巢穴安全的管理員，秋子，及大顎蟻的研究員平八郎。他正尋找大顎蟻製造的地下迷宮所在地的湖泊。這時火箭隊的人又來偷襲了。並導致皮卡丘掉進大顎蟻的巢穴中... - 第107集 阿勃梭魯悄悄靠近的災難陰影
小智等人以賽羅斯鎮為目標而旅行的途中，來到了山勢險峻的岩山山麓的利亞多村。最近在這個村莊出現了罕見的災禍神奇寶貝阿勃梭魯，村民們正為了可能發生的災禍而困擾。村子的少年阿德說他的哥哥小聰為了證明災禍並非阿勃梭魯引起，而離開了村子。小智等人遂陪伴阿德尋找小聰。另一方面火箭隊偽裝成阿勃梭魯獵人，企圖找機會奪走皮卡丘... - 第108集 抓住雪童子!
小智等人以拿到豐緣地方第八個徽章為目標而旅行，來到了伊札貝島的山頂。在那裡，小智的徽章盒被喜好惡作劇的雪笠神奇寶貝雪童子搶走。小智在暴風雪中拚命追逐，在很陡的斜坡上滑倒，掉到山谷的深處。不只這樣，皮卡丘想要救出小智，卻與雪童子一起被火箭隊抓住... - 第109集 拯救拉魯拉絲動作快點小勝
小智等人在森林中小歇一會兒，看到了身體虛弱倒地不起的感受神奇寶貝拉魯拉絲。它似乎是掉到河中全身濕透，而發高燒的樣子。小智等人想帶拉魯拉絲到神奇寶貝中心醫治，可是突然出現一位紳士帶著沙奈朵跟奇魯莉安阻擋小智等人。小智被迫應戰，只好拜託小勝先帶著拉魯拉絲離開... - 第110集 琉璃道館水的藝術家亞當(前篇)
小智等人終於抵達琉璃市，興致高昂，在道館挑戰賽之前，很期待看看有水之都之稱的本地名產，藝術大型慶典。亞當是獲得觀眾熱烈歡迎的水之藝術家。他使用水系神奇寶貝的藝術演出，深深迷住了小智等人的心。當小智等人得知他就是本地的道館訓練家時，非常吃驚。緊接著，一行人被帶往巨大泳池狀的戰鬥場地，看得目瞪口呆... - 第111集 琉璃道館水之藝術家亞當(後篇)
小智為了得到第八個徽章而向琉璃道館挑戰。但是，道館訓練家亞當的水系神奇寶貝卻相當難纏，而陷入了苦戰。所依賴的森林蜥蜴、龍蝦小兵都被亞當的出沒神奇寶貝愛心魚，與鯰魚王的巧妙攻擊耍得團團轉，敗下陣來。於是小智拿出學會「迴轉攻」的大王燕對戰... - 第112集 直衝熊友情的形式?!
向下一個目的地前進的小智等人，途中來到了一座小島。在那裡，小遙的神奇寶貝球被人偷走。嫌犯好像是擁有蒐集圓型物體的習性的直衝熊。小智等人與其飼主凱真拚命的追逐直衝熊，火箭隊的人又突然出現攪局... - 第113集 夢幻島的小果然
為了暮水鎮舉辦的下一場華麗大賽而鬥志旺盛的小遙面前，宿命的勁敵小瞬出現了。倆人在海邊展開戰鬥，期間遭到火箭隊襲擊，所有人都失散各地。小遙拚命尋找同伴，遇到了島上的老人碌介，而知道自己飛到了磁鐵失效的夢幻之島的森林裡頭... - 第114集 滾動吧!愛河中的頓甲
明天就是小遙出場華麗大賽的日子。為此，小智等人急於趕往大會場地暮水島。可是途中船隻故障，只好停靠在咚咚島。小智等人在這座島上，遇到了滾來滾去跳著充滿活力的愛之舞求婚的雄性頓甲。這裡，是鎧甲神奇寶貝頓甲的樂園。現在正是他們戀愛的季節。旁若無人到處滾的頓甲，把小智等人耍得團團轉。到底小遙有沒有辦法平安到達暮水島，參加明天的華麗大賽呢? - 第115集 神奇寶貝華麗大賽暮水大會！(前篇)
神奇寶貝華麗大賽暮水大會的早晨終於來臨了。在神奇寶貝中心前面的廣場，比賽前的協調訓練家們早早的就與神奇寶貝們展開練習。小遙的神奇寶貝都處於最佳狀況，唯有向尾喵，老是東張西望心不在焉。這時候，與小智做練習的雪童子失去控制，導致廣場一團混亂，而向尾喵也被逃出會場的長尾怪手引開，小遙緊追在後，遇到了住在島上的協調訓練家，利樹與江梨子.... - 第116集 神奇寶貝華麗大賽暮水大會！(後篇)
暮水大會戰況激烈。小遙與向尾喵平安通過第一次審查。在島上認識的朋友利樹與江梨子也獲勝通過。第二次審查比的是華麗對戰。如何漂亮地使出絕招是決勝的關鍵。最初的戰鬥是武藏絲基VS江梨子。迷唇姐迷上喵喵，使出的「惡魔之吻」讓喵喵一直忙於閃躲。另一方面，小遙的對戰對手是利樹。隨著戰鬥的開始，向尾喵與黑魯加的速度之戰也展開了.... - 第117集 用小遙美食收服小卡比獸!!
小智等人以凱那市為目的地一路旅行，來到了有很多果實的一座小島。小遙利用島上的神奇寶貝中心的果實調理機完成了屬於自己的能量方塊「小遙美食」。她迫不及待的拿給神奇寶貝們試吃，可是小遙美食難吃的程度，足足讓神奇寶貝們都昏倒不起。唯有一隻神奇寶貝一直吃個不停。它就是大胃王神奇寶貝小卡比獸。這時候，發生了孩子們的能量方塊消失不見的事件。孩子們開始大鬧，認為大胃王小卡比獸就是嫌疑犯.... - 第118集 勁敵登場！政宗與鐵啞鈴!!
在前往凱那市的途中的某座島上，小智與雪童子繼續做急凍光線的特訓。突然，山上滾下一個大飯糰。其後面，有個少年正追著飯糰而來。少年名叫政宗，為了成為世界第一的超級訓練家而在外旅行。政宗二話不說就要求與小智決鬥。小智與皮卡丘很乾脆的接受挑戰。到底，這個使用鐵球神奇寶貝鐵啞鈴的訓練家政宗的實力有多少呢? - 第119集 怪盜班納伊與緞帶獎盃!!
小智等人搭上豪華客船聖繁花號，欲前往凱那市。但是聽說已經解散的火岩隊的班納伊也在船上。船上公開展示將頒給大型慶典優勝者的緞帶獎盃。這個獎盃卻被神不知鬼不覺的被人掉包。假獎盃的背面還留了一張班納伊的作案卡片。於是小智等人為了引誘班納伊出來，進行了某個作戰計畫...... - 第120集 開幕！大型慶典(1)!!
神奇寶貝大型慶典開辦的日子終於來臨了。小遙面對即將展開的預賽，非常緊張。但是在母親美津子的鼓勵與來自各地友人的諸多電報，又士氣大振。小遙遇到了同樣參加大賽的小瞬與哈利，但是聽到哈利說父親橙華道館訓練家千里來到會場。但是照理來說，千里應該忙著道館比賽，無法來到會場的... - 第121集 熱斗！大型慶典(2)!!
比賽高潮迭起的大型慶典。小遙與小瞬、哈利一起打贏預賽。為了明天的正式比賽，小遙正努力練習中，但是哈利給小遙的建議似乎不懷好意。此時，正與雪童子做特訓的小智遇到了大型慶典的參賽者敦平。敦平的通行證與緞帶勳章不見了。聽說是撞到奇怪的三人組之後不見的。小智等人便分頭尋找”奇怪的三人組”... - 第122集 決戰！大型慶典(3)!!
比賽高潮迭起的大型慶典。第二次審查的華麗對戰 - 第123集 來野外求生吧！
小遙中獎得到飛機票，小智一行人持票搭上飛機，想前往彩幽島。然而，這個抽獎與飛機都是火箭隊設下的陷阱。更糟的是飛機出了狀況，迫降在一座小島。小智等人在島上遇到名叫羅賓的男子。搭船遇難的他解釋，自己是被球鯨神奇寶貝"吼吼鯨"救起，在這座島上生活的。小智等人藉助羅賓的力量，想一起逃出這座小島，但是... - 第124集 抵達彩幽市！穿著長靴的喵喵!?
小智等人終於來到彩幽市，一到這個地方，一夥人馬上忙著找本地出名的拉麵店彩幽軒。可是他們誤入小巷，遭到黑暗鴉群的攻擊。此時出手解救小智等人的，是穿著長靴的喵喵與其訓練家哲也。哲也身兼大會聖火跑者的工作。而火箭隊一幫人，正打著偷走聖火「火焰鳥的火焰」的鬼主意...... - 第125集 預賽開始！政宗登場!!
彩幽大會的前一天，小智為了準備比賽，與神奇寶貝們用心地在做特訓。這時，突然巨大的飯糰滾了過來。從後追過來的是小智的勁敵政宗。政宗掉入火箭隊設下的陷阱裡面，幸好得到哲也的搭救。終於，大會的預賽開始了。政宗最初遇上的對手使用的是電擊獸。政宗的鐵啞鈴沒有別的絕招，只能夠向前沖。電擊獸的嚴密防守使它陷入苦戰，即使如此，它還是拿出氣魄站了起來...！ - 第126集 開幕！彩幽大會!!
採取雙打模式的預賽錦標賽終於來臨了。政宗的對手凱倫使用嘎啦嘎啦與怪力戰鬥。政宗則選擇用卡蒂狗與天蠍。因為雙方實力不相上下，比賽演變成了拉鋸戰。另一方面，小智的對手友野使用熱帶龍與吞食獸戰鬥。小智選擇搭配龍蝦小兵與煤炭龜來迎擊。很快的，激烈的戰鬥即將展開... - 第127集 通往決勝錦標賽！戰鬥白熱化的日子
預賽錦標賽 - 第128集 然後…不能打輸的戰鬥依然持續!!
神奇寶貝聯盟彩幽大會。成功打贏預賽錦標賽的小智，在決賽錦標賽 - 第129集 勁敵對決！VS政宗!!
彩幽大會 - 第130集 最後的激戰！通往優勝之路!!
神奇寶貝聯盟彩幽大會進行到 - 第131集 亞希達先生與對戰開拓區！
彩幽大會結束了，小智與同伴們紛紛返回自己的家。小智途中來到懷念的回憶之地常盤市。在那裡遇到了戴著眼鏡的奇怪男子。這個男人名字叫做亞希達。他告訴了小智新的對戰設施，對戰開拓區的存在。小智在亞希達勸說下進入常盤道館，遇到新的道館訓練家菊子。然後小智與氣勢逼人的菊子展開不以徽章為目的的大決鬥... - 第132集 大木研究所！全員大集合!!
讓人淡忘激烈的戰鬥生活的故鄉，真新鎮。小智回來了。久違的小智媽媽看來顯得很開心。交給大木研究所保管的神奇寶貝們也因為與小智等人重逢而高興得不得了。小智等人為了征服下一個目標對戰開拓區，打算休息片刻，企圖捕獲大量神奇寶貝的火箭隊一夥人又跑來攻擊。 - 第133集 月見山！皮寶寶與皮皮與皮可西！
小智等人從真新鎮出發，路過月見山的山麓。這附近有珍貴少見的星形神奇寶貝皮寶寶棲息。不親近人的皮寶寶也被小智等人的心所打動，主動上前親近。這時候火箭隊的人突然跑出來，利用加強威力的武器把小智與神奇寶貝們吹得老遠... - 第134集 初陣！對戰工廠!!(前篇)
小智等人在前往對戰開拓區的第一個目的地""對戰工廠""的途中迷路。在那裡，他們偶然目擊到傳說神奇寶貝急凍鳥在空中飛行。那飛揚在飄雪中的美麗身姿令小智等人看得痴迷。得到亞希達的幫助，迎接辛苦到來的小智等人的，是名叫達拉的男子。此時他正熱衷於自己發明的奇怪機器... - 第135集 初陣！對戰工廠!!(後篇)
小智選擇與達拉的急凍鳥對陣。為了因應這場戰役，小智找來了修行中的噴火龍。相對於冰系神奇寶貝急凍鳥，噴火龍的攻擊顯得效果十足。但是在達拉的指點下，急凍鳥也逐漸的發揮了自己的實力。然後，急凍鳥利用自己速度上的優勢，在陸續躲過噴火龍的攻擊後，在四周噴放出霧氣.... - 第136集 大岩蛇的王國!!
前往對戰競技場的途中，小智等人進入只有岩石的險峻山中。山路讓一行人走得氣喘吁吁，不得不停下來休息。可是才稍不注意，小智的神奇寶貝就跟小拳石吵起架來。小拳石生氣的跑去找岩山裡的大王，大岩蛇來幫忙… - 第137集 胖丁的歌、爸爸的歌！
小智等人來到森林，誤中網子陷阱。設下這個陷阱的是以大聲神奇寶貝吼爆彈為搭擋的光夫。原來這次光夫是捕錯對象了。他真正想捕捉的，是熱氣球神奇寶貝的胖丁。原因是為了女兒里莎想要與胖丁一起唱歌。小智等人為了光夫與里莎，想出力幫忙捕捉胖丁，但是.. - 第138集 勁敵對決！收服風速狗！
為了陪伴貪嘴的小遙，小智一行人順道來到森林裡的蛋糕店。在那裡，傳說神奇寶貝風速狗突然跑過來。緊接著，小遙的勁敵小瞬也跟著出現。小瞬想收服風速狗，但是風速狗使出絕技「神速」很快就跑得不見蹤影。小遙與小瞬爭相競賽收服風速狗，而開始尋找風速狗的下落... - 第139集 可達鴨的憂鬱！
前往即將舉行華麗大賽的金黃市的小智等人，途中發現被腕力等神奇寶貝追趕的可達鴨。小智等人救了可達鴨之後，想將它送回原來的主人的身邊。然而，可達鴨的主人其實就是派出腕力的安澄。可達鴨似乎已從安澄家不知逃走了幾次... - 第140集 狃拉與吸盤魔偶！餐廳屬於誰的!?以金黃市為目的地的小智一行人，追逐擅自脫隊的小卡比獸，來到了森林中的一家餐廳。同時間，肚子餓扁的火箭隊也進入了隔壁的另一家餐廳。原來這兩家餐廳是感情不和睦的姐妹所開的。為了決定父親留下的餐廳的繼承權，姐妹倆各派出擔任大廚的神奇寶貝─狃拉與吸盤魔偶來比賽手藝。而小智等人，則決定幫助多蘭，火箭隊則幫助蕾西這一邊....
- 第141集進化！它的神秘與奇蹟!!
小智一行人準備前往金黃市參加神奇寶貝華麗大賽，途中他們在一座森林裡迷路，遇到了善吉和他的綠毛蟲、以及哥頓博士，哥頓博士喜歡研究各種有關神奇寶貝的新發明，火箭隊跑來偷他的發明，結果使得綠毛蟲不小心吞下了哥頓博士發明的藥丸，綠毛蟲開始變大… - 第142集神奇寶貝華麗大賽金黃大會前篇
黃金大會開始了 - 第143集神奇寶貝華麗大賽金黃大會後篇
傑尼龜對阿利多斯 - 第144集 格鬥道場！小智對抗小遙！
小智對抗小遙 - 第145集超能力系對抗幽靈系！深夜的決鬥!?
超能力系對抗幽靈系 - 第146集魔尼尼登場！休息之館！
魔尼尼 - 第147集水躍魚與綿綿！戀愛的特效藥!?
水躍魚與綿綿 - 第148集對戰競技場！格鬥對決!!
小智 - 第149集撫養家與神奇寶貝蛋！
小智 - 第150集對手是上班族!?
小遙 - 第151集哈克龍之湖！
小智 - 第152集對戰巨蛋！炎與水的融合！
小智 - 第153集嚇人！驚人！電擊怪！
小智 - 第154集神奇寶貝保育家登場解救雪拉比作戰
小智 - 第155集愛哭樹與忍者學園！
小智 - 第156集穿越時空的小遙！
小遙 - 第157集對戰水管大熱斗對抗水管皇后小薊
小智 - 第158集
優勝將落入誰手中神奇寶貝定向越野競賽 - 第159集小卡比獸的出道賽與哈利的認真比賽
小遙 - 第160集森林蜥蜴對抗熱帶龍草原的決鬥
小智 - 第161集神奇寶貝華麗大賽！讓葉大會！
小智 - 第162集蜥蜴王！復活的黎明！
小智 - 第163集激戰！在對戰宮殿的叢林對抗賽
小智 - 第164集愛哭樹國王與魔尼尼皇后!?
小智 - 第165集摩天樓的紅色閃電！
小智 - 第166集重要的比賽！小遙對抗小剛！
小遙對抗小剛 - 第167集迷唇娃與迷唇姐三姐妹！
小智 - 第168集對戰大君，莉拉登場！
小智 - 第169集對戰塔！以心傳心的對戰!!
小智 - 第170集神奇寶貝保育家代歐奇希斯危機!前篇
小智 - 第171集神奇寶貝保育家代歐奇希斯危機後篇
小智 - 第172集胡說樹！黃金傳說!?
小智 - 第173集哈利與火箭隊！反派角色同盟成立!?
小智 - 第174集小遙對抗武藏！最後的華麗大賽!!
小遙對抗武藏 - 第175集火箭隊解散!?各自的道路！
小智 - 第176集小剛與小智用雙打對戰保護尼比道館
小智 - 第177集對戰金字塔！對抗雷吉洛克!!
小智 - 第178集驚異！巨大請假王的山！
小智 - 第179集開幕神奇寶貝華麗大賽華麗大型慶典
小智 - 第180集小遙對抗哈利在雙打比賽中登上舞台
小遙 - 第181集小遙對抗小瞬！最後的戰鬥!!
小遙 - 第182集長尾怪手與國王！
小智 - 第183集聒噪鳥與神奇寶貝相聲！
聒噪鳥 - 第184集襲擊！落單的瑪狃拉!!
瑪狃拉 - 第185集再度挑戰對戰金字塔對抗雷吉斯奇魯
煤炭龜對戰雷吉斯奇魯 - 第186集小遙對抗小瞬！永遠的勁敵!!
小遙對抗小瞬 - 第187集神奇寶貝中心忙得不可開交！
小智一行人在精靈中心幫忙 - 第188集最初的神奇寶貝！最後的戰鬥!!
小智和噴火龍傑尼龜秒娃種子皮卡丘 - 第189集決戰！對抗雷吉艾斯!!
皮卡丘對戰雷吉艾斯 - 第190集小智對抗小遙！最後的戰鬥!!
小智對抗小遙 - 第191集旅程的終點，以及旅程的開始！
小智和小茂對戰
豐緣神奇寶貝
| 全國編號 | 中文 | 日文 | 英文 |
|---|---|---|---|
| #252 | 木守宮 | キモリ | Treecko |
| #253 | 森林蜥蜴 | ジュプトル | Grovyle |
| #254 | 蜥蜴王 | ジュカイン | Sceptile |
| #255 | 火稚雞 | アチャモ | Torchic |
| #256 | 力壯雞 | ワカシャモ | Combusken |
| #257 | 火焰雞 | バシャーモ | Blaziken |
| #258 | 水躍魚 | ミズゴロウ | Mudkip |
| #259 | 沼躍魚 | ヌマクロー | Marshtomp |
| #260 | 巨沼怪 | ラグラージ | Swampert |
| #261 | 土狼犬 | ポチエナ | Poochyena |
| #262 | 大狼犬 | グラエナ | Mightyena |
| #263 | 蛇紋熊 | ジグザグマ | Zigzagoon |
| #264 | 直衝熊 | マッスグマ | Linoone |
| #265 | 刺尾蟲 | ケムッソ | Wurmple |
| #266 | 甲殼蛹 | カラサリス | Silcoon |
| #267 | 狩獵鳳蝶 | アゲハント | Beautifly |
| #268 | 盾甲繭 | マユルド | Cascoon |
| #269 | 毒粉蝶 | ドクケイル | Dustox |
| #270 | 蓮葉童子 | ハスボー | Lotad |
| #271 | 蓮帽小童 | ハスブレロ | Lombre |
| #272 | 樂天河童 | ルンパッパ | Ludicolo |
| #273 | 橡實果 | タネボー | Seedot |
| #274 | 長鼻葉 | コノハナ | Nuzleaf |
| #275 | 狡猾天狗 | ダーテング | Shiftry |
| #276 | 傲骨燕 | スバメ | Taillow |
| #277 | 大王燕 | オオスバメ | Swellow |
| #278 | 長翅鷗 | キャモメ | Wingull |
| #279 | 大嘴鷗 | ペリッパー | Pelipper |
| #280 | 拉魯拉絲 | ラルトス | Ralts |
| #281 | 奇魯莉安 | キルリア | Kirlia |
| #282 | 沙奈朵 | サーナイト | Gardevoir |
| #283 | 溜溜糖球 | アメタマ | Surskit |
| #284 | 雨翅蛾 | アメモース | Masquerain |
| #285 | 蘑蘑菇 | キノココ | Shroomish |
| #286 | 斗笠菇 | キノガッサ | Breloom |
| #287 | 懶人翁 | ナマケロ | Slakoth |
| #288 | 過動猿 | ヤルキモノ | Vigoroth |
| #289 | 請假王 | ケッキング | Slaking |
| #290 | 土居忍士 | ツチニン | Nincada |
| #291 | 鐵面忍者 | テッカニン | Ninjask |
| #292 | 脫殼忍者 | ヌケニン | Shedinja |
| #293 | 咕妞妞 | ゴニョニョ | Whismur |
| #294 | 吼爆彈 | ドゴーム | Loudred |
| #295 | 爆音怪 | バクオング | Exploud |
| #296 | 幕下力士 | マクノシタ | Makuhita |
| #297 | 超力王 | ハリテヤマ | Hariyama |
| #298 | 露力麗 | ルリリ | Azurill |
| #299 | 朝北鼻 | ノズパス | Nosepass |
| #300 | 向尾喵 | エネコ | Skitty |
| #301 | 優雅貓 | エネコロロ | Delcatty |
| #302 | 勾魂眼 | ヤミラミ | Sableye |
| #303 | 大嘴娃 | クチート | Mawile |
| #304 | 可可多拉 | ココドラ | Aron |
| #305 | 可多拉 | コドラ | Lairon |
| #306 | 波士可多拉 | ボスゴドラ | Aggron |
| #307 | 瑪沙那 | アサナン | Meditite |
| #308 | 恰雷姆 | チャーレム | Medicham |
| #309 | 落雷獸 | ラクライ | Electrike |
| #310 | 雷電獸 | ライボルト | Manectric |
| #311 | 正電拍拍 | プラスル | Plusle |
| #312 | 負電拍拍 | マイナン | Minun |
| #313 | 電螢蟲 | バルビート | Volbeat |
| #314 | 甜甜螢 | イルミーゼ | Illumise |
| #315 | 毒薔薇 | ロゼリア | Roselia |
| #316 | 溶食獸 | ゴクリン | Gulpin |
| #317 | 吞食獸 | マルノーム | Swalot |
| #318 | 利牙魚 | キバニア | Carvanha |
| #319 | 巨牙鯊 | サメハダー | Sharpedo |
| #320 | 吼吼鯨 | ホエルコ | Wailmer |
| #321 | 吼鯨王 | ホエルオー | Wailord |
| #322 | 呆火駝 | ドンメル | Numel |
| #323 | 噴火駝 | バクーダ | Camerupt |
| #324 | 煤炭龜 | コータス | Torkoal |
| #325 | 跳跳豬 | バネブー | Spoink |
| #326 | 噗噗豬 | ブーピッグ | Grumpig |
| #327 | 晃晃斑 | パッチール | Spinda |
| #328 | 大顎蟻 | ナックラー | Trapinch |
| #329 | 超音波幼蟲 | ビブラーバ | Vibrava |
| #330 | 沙漠蜻蜓 | フライゴン | Flygon |
| #331 | 沙漠奈亞 | サボネア | Cacnea |
| #332 | 夢歌奈亞 | ノクタス | Cacturne |
| #333 | 青綿鳥 | チルット | Swablu |
| #334 | 七夕青鳥 | チルタリス | Altaria |
| #335 | 貓鼬斬 | ザングース | Zangoose |
| #336 | 飯匙蛇 | ハブネーク | Seviper |
| #337 | 月石 | ルナトーン | Lunatone |
| #338 | 太陽岩 | ソルロック | Solrock |
| #339 | 泥泥鰍 | ドジョッチ | Barboach |
| #340 | 鯰魚王 | ナマズン | Whiscash |
| #341 | 龍蝦小兵 | ヘイガニ | Corphish |
| #342 | 鐵螯龍蝦 | シザリガー | Crawdaunt |
| #343 | 天秤偶 | ヤジロン | Baltoy |
| #344 | 念力土偶 | ネンドール | Claydol |
| #345 | 觸手百合 | リリーラ | Lileep |
| #346 | 搖籃百合 | ユレイドル | Cradily |
| #347 | 太古羽蟲 | アノプス | Anorith |
| #348 | 太古盔甲 | アーマルド | Armaldo |
| #349 | 笨笨魚 | ヒンバス | Feebas |
| #350 | 美納斯 | ミロカロス | Milotic |
| #351 | 漂浮泡泡 | ポワルン | Castform |
| #352 | 變隱龍 | カクレオン | Kecleon |
| #353 | 怨影娃娃 | カゲボウズ | Shuppet |
| #354 | 詛咒娃娃 | ジュペッタ | Banette |
| #355 | 夜骷顱 | ヨマワル | Duskull |
| #356 | 夜巨人 | サマヨール | Dusclops |
| #357 | 熱帶龍 | トロピウス | Tropius |
| #358 | 風鈴鈴 | チリーン | Chimecho |
| #359 | 阿勃梭魯 | アブソル | Absol |
| #360 | 小果然 | ソーナノ | Wynaut |
| #361 | 雪童子 | ユキワラシ | Snorunt |
| #362 | 冰鬼護 | オニゴーリ | Glalie |
| #363 | 海豹球 | タマザラシ | Spheal |
| #364 | 海魔獅 | トドグラー | Sealeo |
| #365 | 帝牙海獅 | トドゼルガ | Walrein |
| #366 | 珍珠貝 | パールル | Clamperl |
| #367 | 獵斑魚 | ハンテール | Huntail |
| #368 | 櫻花魚 | サクラビス | Gorebyss |
| #369 | 古空棘魚 | ジーランス | Relicanth |
| #370 | 愛心魚 | ラブカス | Luvdisc |
| #371 | 寶貝龍 | タツベイ | Bagon |
| #372 | 甲殼龍 | コモルー | Shelgon |
| #373 | 暴蠑螈 | ボーマンダ | Salamence |
| #374 | 鐵啞鈴 | ダンバル | Beldum |
| #375 | 金屬怪 | メタング | Metang |
| #376 | 巨金怪 | メタグロス | Metagross |
| #377 | 雷吉洛克 | レジロック | Regirock |
| #378 | 雷吉艾斯 | レジアイス | Regice |
| #379 | 雷吉斯奇魯 | レジスチル | Registeel |
| #380 | 拉帝亞斯 | ラティアス | Latias |
| #381 | 拉帝歐斯 | ラティオス | Latios |
| #382 | 蓋歐卡 | カイオーガ | Kyogre |
| #383 | 固拉多 | グラードン | Groudon |
| #384 | 烈空坐 | レックウザ | Rayquaza |
| #385 | 基拉祈 | ジラーチ | Jirachi |
| #386 | 代歐奇希斯 | デオキシス | Deoxys |
音樂原聲
超世代篇片頭曲（OP）
| 序號 | 日文名 | 中文名 | 持續區間 | 演唱/演奏 | 作詞 | 作曲 | 編曲 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | アドバンスアドベンチャー | 冒險前進～ADVANCE ADVENTURE～ | 第1集～第69集 | GARDEN | GARDEN | 田中宏和 | 田中宏和 |
| 2 | チャレンジャー！！ | 挑戰者！ | 第70集～第104集 | 松本梨香 | 許瑛子 | 田中宏和 | 田中宏和 |
| 3 | ポケモンシンフォニックメドレー | 神奇寶貝交響組曲～POKEMON SYMPHONIC MEDLEY～ | 第105集～第134集 | 神奇寶貝交響樂團 | たなかひろかず、三留一純 | 三留一純 | |
| 4 | バトルフロンティア | 對戰開拓區 | 第135集～第165集 | 高屋亞希那 | Rie | Rie | 高梨康治 |
| 5 | スパート！ | 衝刺！ | 第166集～第192集 | 松本梨香 | 戸田昭吾 | たなかひろかず | たなかひろかず |
超世代篇片尾曲（ED）
| 序號 | 日文名 | 中文名 | 持續區間 | 演唱 | 作詞 | 作曲 | 編曲 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | そこに空があるから | 因為那邊有天空 | 第1集～第18集；第45集～第51集 | 江崎とし子 | 渡辺なつみ | 三留一純 | 恩田直幸 |
| 2 | ポルカ?オ?ドルカ | Polka O Dolka | 第19集～第44集 | 喵喵（犬山犬子）&ノルソル合唱團 | 戶田昭吾 | 田中宏和 | 田中宏和 |
| 3 | スマイル | 微笑 | 第52集～第82集；第92集～第98集 | 江崎とし子 | 江崎とし子 | 江崎とし子 | 恩田直幸 |
| 4 | いっぱいサマー！！ | 盡情的夏天！！ | 第83集～第91集 | 田村直美與ヒマワリ合唱團 | ピカチュウ學芸部 | たなかひろかず | たなかひろかず |
| 5 | GLORY DAY ～輝くその日～ | GLORY DAY ～燦爛的那一天～ | 第99集～第134集；第149集～第172集 | GARDEN | GARDEN&ピカチュウ學芸部 | GARDEN | GARDEM |
| 6 | ポケモンかぞえうた | 神奇寶貝數數歌 | 第135集～第148集 | 金澤明子 | 戶田昭吾 | たなかひろかず | たなかひろかず |
| 7 | 私、負けない！ ～ハルカのテーマ～ | 我，不會輸的！ ～小遙的主題曲～ | 第173集～第192集 | ハルカ（KAORI） | 吉川兆二 | 西岡和也 | 西岡和也 |
職員表
原案（原作）：田尻智、杉森建、増田順一總監：石原恆和
動畫監修：小田部羊一
輔佐製作人：吉川兆二
執行製作：岩田圭介→深澤乾彥（東京電視台）、久保雅一（國小館）、陣內弘之（クリーチャーズ）
角色設定：一石小百合（第1話-第192話）、松原德弘（第1話-第6話）、毛利和昭（第1話-第6話）
總作畫導演：山田俊也
總作畫導演助理：小菅和久（第1話-第6話）、山下惠（第183話-第192話）
美術導演：金村勝義
背景：スタジオじゃっく、ARTMAX、文成動畫
色彩設計：吉野記通
上色：スタジオエル他
攝影導演：白井久男
攝影：スタジオコスモス
編輯：邊見俊夫
音樂：宮崎慎二
音響導演：三間雅文
動畫製作：OLMTEAMOTA（第1話-第169話）→OLMTEAMIGUCHI（第170話-第192話）
動畫製作人：神田修吉
音樂合作：テレビ東京ミュージック
合作：JR東日本企畫
節目宣傳：鈴木紀子→黑田多加恵→石井真知子（東京電視台）
製作：松山進（東京電視台）、深澤乾彥→原田孝（MediaNet）、盛武源（ShoPro）
助理製作：福田剛士
製作擔當：太田昌二→井口憲明
總導演：湯山邦彥
導演：日高政光（第1話-第158話）→須藤典彥（第170話第171話第173話-第192話）
製作：東京電視台、MEDIANET、ShoPro
腳本：園田英樹、大橋志吉、富岡淳廣、武上純希、米村正二、藤田伸三、松井亞彌、十川誠志
分鏡：湯山邦彥、日高政光、須藤典彥、淺田裕二、志村宏明、木村龍二、藤本義孝、秦義人、よこた和、吉田浩、辻初樹、篠幸裕、大山和弘、井硲清高、志村錠兒、川田武范、小山賢、新留俊哉、片貝慎、松本義久、入好悟、山田浩之
演出：須藤典彥、淺田裕二、鈴木敏明、大町繁、秦義人、渡邊正彥、長濱亘彥、中村圭三、志村錠兒、大山和弘、小山賢、松本義久、嵯峨敏、今野アキラ、石川敏浩、山田浩之、牧野行洋
作畫導演：岩根雅明、玉川明洋、志村泉、廣岡歳仁、武田政次、宍戶久美子、酒井KEI、徳田夢之介、山下惠、船津弘美、向山祐治、松原徳弘、村上勉、上石忠太、杉本光司、田中薰、山本正文、鵜飼一幸、柳升希、新城真、市川雅也、平川亞喜雄
設定協力：榎本浩樹、佐藤仁美、冨澤昭仁、GAMEFREAKinc.、ThePokémonCompany
人物原案：藤原基史、岩下明日香、西田敦子、森本茂樹、富田愛美、斎藤むねお、吉田宏信、海野隆雄、吉川玲奈、太田敏、江尾可奈子、奧谷順
人物設定：松島賢二、西野弘二
一部原曲尰曲：一之瀨剛、青木森一
播出信息
以下僅為部分地區播放情況，另並不確定中國大陸是否播出過。| 日本東京電視台星期四19:00節目 | ||
|---|---|---|
| 上一節目 | 神奇寶貝超世代 （2002年11月～2006年9月） | 下一節目 |
| 神奇寶貝 | 神奇寶貝鑽石&珍珠 | |
| 香港 無線電視翡翠台星期六、日17:00節目 | ||
|---|---|---|
| 上一節目 | 寵物小精靈超世代 （第1～37集） （2007年3月4日～2007年7月21日） | 下一節目 |
| 寵物小精靈 | 腳踏車新人王 | |
| 香港無線兒童台星期六、日09:30節目 | ||
| 冒險遊記 | 寵物小精靈超世代 （第38～89集）（2007年7月28日～） | - |
| 香港 無線電視翡翠台星期六、日17:00節目 | ||
| 腳踏車新人王 | 寵物小精靈超世代 （第38～89集） （2008年2月9日～2009年2月14日） | 洛克人網路爭霸戰 |
| 香港 無線電視翡翠台星期一16:15－16:45；星期二至五16:30－17:00（放學ICU時段內） | ||
| 喜羊羊與灰太狼 | 寵物小精靈超世代 （第90～142集，第120集除外） （2009年5月15日～2009年7月27日） | 喜羊羊與灰太狼 |
| 香港 無線電視翡翠台星期一16:15-16:45；星期二至五16:30-17:00；2月1日起改為星期一至五 16:30-17:00（放學ICU時段內） | ||
| 奇幻魔法Melody（第二輯） | 寵物小精靈超世代 （第143～192集） （2009年12月21日～2010年2月26日） | 喜羊羊與灰太狼 |
| 香港無線兒童台星期一至五09:30－10:00、14:00－14:30、18:00-18:30、22:00－22:30 | ||
| 神奇寶貝超世代 | 寵物小精靈超世代 （第90～192集） （2011年4月19日～2011年9月8日） | 神奇寶貝鑽石&珍珠 |
| 台灣中國電視公司星期六18:30節目 | ||
|---|---|---|
| 上一節目 | 神奇寶貝超世代 （第1～89話） | 下一節目 |
| 神奇寶貝 | 植木的法則 | |
| 台灣卡通頻道星期六、日早上9:30-11:00 節目 | ||
|---|---|---|
| 上一節目 | 神奇寶貝超世代 （第1～37集） （2011年5月15日-2011年7月10日） | 下一節目 |
| 魔幻石之戰 | 七龍珠改 | |
影片段預告絮
與前作區別
超世代系列的程式與無印篇分別比較大。在關都與城都地方，小智有遇見又收服到那地區的三隻初學者神奇寶貝。但在此系列中，小智收服到的初學者神奇寶貝只有木守宮。加之和橘子群島與城都地區不似，小智把他所收服的神奇寶貝留在大木博士的研究所，只打算帶著皮卡丘。另外，在這系列，小智也沒有主要的勁敵。系列首播於2002年11月21日，最終集播出於2006年9月14日。完整的標題列表請參考下面的動畫目錄。
與遊戲區別
“對戰開拓區”篇不同於遊戲版《神奇寶貝綠寶石》中對戰開拓區全部位於豐緣某小島上的設定，在動畫中，第三世代的對戰開拓區分散在關都各地。共有七所對戰設施，類似於精靈道館。如果全部挑戰通過鎮守對戰設施的所有開拓之腦，將能成為制服對戰開拓區的開拓區制霸。少數過去在《神奇寶貝》無印中涉及的城市，如淺紅市，金黃市重新在本篇中被提及。
屬性相剋
下面簡單列舉《神奇寶貝》系列涉及的屬性相剋，屬性共17種。這對於動畫還是遊戲都十分重要。有時動畫中會出現違背此規則的例子。 如果沒有涉及其他屬性，那么施加正常倍數的傷害。此表涉及的攻擊方屬性是指絕招的屬性，防禦方屬性是指承受攻擊的神奇寶貝的屬性。要知道，某種屬性的神奇寶貝可以學習一些甚至很多其他屬性的絕招。
如果某隻神奇寶貝擁有兩個屬性，只需要將傷害簡單相乘即可。如果這兩個屬性對某種屬性擁有同樣的2倍弱點，則對這隻神奇寶貝來說就是4倍弱點（即承受4倍傷害）。同樣，如果這兩個屬性對某種屬性擁有同樣的2倍抗性，則對這隻神奇寶貝來說就是4倍抵抗（即承受1/4倍傷害）。
舉例：噴火龍的屬性是火炎+飛行，由於岩石克制火炎，岩石克制飛行，所以岩石系技能攻擊噴火龍就是4倍傷害。
叉字蝠的屬性是毒+飛行，由於毒抵抗格鬥，飛行抵抗格鬥，所以格鬥系技能攻擊叉字蝠是1/4倍的傷害。
波克基古的屬性是一般+飛行，由於格鬥克制一般系，飛行抵抗格鬥系，所以格鬥系技能攻擊波克基斯是2×1/2=1倍傷害。同時由於一般系完全免疫幽靈系，所以即使它還擁有飛行系的屬性，但是幽靈系攻擊對波克基斯是無效的。
樂天河童的屬性是水+草，由於飛行克制草系，飛行對水系是正常傷害，所以飛行系對樂天河童的傷害就是2×1=2倍。
此屬性相剋表為默認情況下的屬性相剋。有一些技能能夠改變屬性相剋，例如重力場技能的效果就是令飛行系以及浮游特性PM可以承受地面系攻擊，引水特性的效果是令水系攻擊對自身完全無效，神秘守護特性的效果是除了克制自己的屬性以外其他屬性攻擊免疫，等等。
另：從鑽石&珍珠版（第四世代）開始，物理和特殊有了新定義，各種屬性的招式都有特殊物理之分。但在第三世代沒有這一處理方法。
