補償理論
補償的理論非常直接，其基本要求有兩方面：“額外性”與“永久性”。
碳補償的理論要行得通，得滿足幾個條件。首先，旅客購買碳補償的前提是產生的減排量必須是在不支付相應碳補償金額下無法實現的。換句話說，如果旅客支不支付碳補償金額，減排也會發生，這就等於算了雙份，而實際造成的排放還是沒有得到抵銷。
碳補償的這種“額外性”特點很難界定，因此批評家稱許多項目出售的碳補償，目的都是為了賺取原本已經存在的減排項目說產生的利潤。
比如，架設風車通常是為了能夠進行風力發電售電，同時得到政府補貼或稅收抵免。此類項目投資巨大，但開發商提供的僅僅是建設成本中很小的部分。不論有沒有人購買碳補償額，項目也會在其他資金來源的支持下運行。因此，開發商不應該稱他們能夠帶來新的碳減排量。
碳補償另一個特點是具有“永久性”或至少接近永久。二氧化碳在大氣中可以存在100年，而植樹抵消排放的1噸二氧化碳卻沒有保障，因為植樹後樹木可能毀壞，不能保障永久補償。
儘管如此，由於樹木森林具有環保的象徵意義，它們仍是碳補償最愛尋找的目標。據生態系統市場數據，2008年碳補償森林項目以每噸碳排放量8.44美元的價錢增長了500萬噸。
規模
儘管全球範圍內的碳交易市場前景不明，但一國之內以及區域性的碳交易市場仍將蓬勃發展。根據McKinsey預測，區域性的市場份額將從2008年近1000億歐元增長到2020年的約8000億歐元。以歐盟為例，已經形成一個內部的碳交易市場，其交易量將隨著市場的成熟度和流動性都不斷增長。美國也將設立一個內部市場，目前正在等待年內通過氣候變化法案。其他的一些國家，比如澳大利亞、加拿大、日本、紐西蘭，也都在考慮引入一個國內的碳交易市場。同時，通過國家間的自願協商，跨國家的地區性市場已經出現（比如別國同美國的交易），或者正在考慮當中（與中國交易的市場）。
交易
交易市場上的一些公司可以在減少自身的排放，或者購買其他公司的碳排放額，或者在國際市場上購買排放額這三種方式中選擇（以使自己碳排放在限定範圍內）。通過國內或國際市場交易而達到減排效果，這一點被證明是越來越經濟的方式。考慮到各地市場的不同狀況，如果沒有一個合理的機制來聯繫大量的內部碳交易市場，不同市場的碳交易價格可能會大相逕庭。在缺少直接市場聯繫的情況下，碳補償市場會在國際碳交易的定價機制中扮演重要的角色。理論上說，一個碳信貸的創始人（或稱為補償計畫的發起者）可以把他的授信額賣給一個AnnexI國家的政府（這個國家就可以用買來的排放授信額去抵消他要減少的排放量），或者賣給國內碳交易市場上的一個公司。如此行為可以在國內碳交易市場和國際碳交易市場上產生價差套利機會。
現狀
據生態系統服務交易信息平台生態系統市場（EcosystemMarketplace）分析師估計，2008年全球碳補償交易市場的總值高達7.05億美元。但是與2008年最後兩個月相比，2009年一二頭兩月，自願參與碳補償項目的碳排放額度（credits）銷售量下降了70%，同時碳排放額度的價格也縮水30%。
一些還在繼續購買碳補償額度的企業正在呼籲，要求碳補償項目明確顯示減排量，目前最受信賴的碳補償市場標準是黃金標準(GoldStandard)和自願碳標準VCS（VoluntaryCarbonStandard）。非盈利性組織黃金標準（GoldStandard）的一名成員表示，越來越多的企業開始要求其碳補償項目組合中必須包括黃金標準的碳補償額度，以此保障這些企業投資的可信性。
長久困擾自願碳補償市場的一個問題就是缺乏市場監管。這導致了對“花錢贖污染的罪”的方法是否真會帶來碳減排的質疑。
2009年，美國眾議院花費8.9萬美元購買碳補償額，但之後決定停止國會大廈辦公室“碳中和”計畫。耐克公司於2010年放棄其碳補償計畫。自稱全球首個推出碳補償交易的英國旅行社Responsibletravel.com，在2002年將碳補償旅行作為主營業務，而現在該公司改為鼓勵客戶少乘飛機。
美國審計局（GAO）2008年調查發現，自願碳補償“可靠性的確信有限”。英國議會2007年的調查，發現碳補償存在許多問題，並得出結論，碳補償交易“沒有全局性、可執行的標準”。澳大利亞也在打擊碳補償市場欺詐上態度最堅定，澳大利亞消費者保護協會主席（GraemeSamuel）稱：“（碳補償）這個部門開始出現一些醜陋的現象。”
還有許多自願碳補償額通過生態友好的名義進行網上銷售，其他補償額則以附加消費的形式出售，如旅行社供消費者選擇的“綠色飛行”，美國UPS允許客戶通過增加航運成本抵銷碳排放，福特汽車推出每年支付29.95美元實現“碳中和”駕駛活動等。
事實上，綠色和平及其他環保組織不願完全拒絕碳補償交易。他們始終認為，交易可以幫助較少溫室氣體含量，保護森林，促進可替代能源發展，鼓勵個人行動應對全球氣候問題。其他組織，如美國自然保育協會（NatureConservancy）、美國環保協會（EnvironmentalDefenseFund）和塞拉俱樂部（SierraClub）也表示，碳補償項目由誠信開發商運作也可以兌現環保承諾。
美國舊金山碳補償額零售提供商特立帕公司（Terrapass）為當地農民支付沼氣收集系統的費用。公司總裁皮特·戴維斯（PeteDavies）表示：“對減排進行補貼的機會還很多。看到農民們參與其中，我們非常興奮。”
資金去向
由於缺乏專門的監管機制，碳補償購買者投入資金的利潤率，以及碳補償量供應商資金運轉狀況等都處於秘密運行中。
碳補償供應商三度公司（3Degrees）在舊金山國際機場通過一個自動售貨亭售賣碳補償額，旅客可以每噸13.5美元價格進行購買。而事實上，這些旅客的碳補償額都用來向三度公司支付費用，然後公司將資金送往美國自然保育協會和美國自然保護基金會（ConservationFund），承諾在這兩個環保團體已經擁有的土地上不會砍伐樹木。這兩個環保團體對北加州森林砍伐造成的減排量進行估計，然而以此估算值作為“補償額”售賣。三度公司發言人拒絕就碳補償銷售量分成情況發表意見。
碳補償供應商也承認該行業存在混亂。加拿大向汽車經銷方提供碳補償量的羅傑·萊亞爾（RogerRyall）表示：“（碳補償行業里）有許多人做著壞事。還有人種著草，就想從草里獲得碳補償額。大家得小心點。”
大多數碳補償銷售者在網上出售補償量時，往往蠱惑消費者採用網站提供的計算工具“計算碳足跡”，購買等量的碳補償額。斯德哥爾摩環境研究院的科爾姆斯（Kollmuss）研究表示，網路計算器的計算結果各不相同。生態系統市場公司數據也顯示，碳補償價格從每噸1美元到47美元不等。
對於類似問題，自願碳信用標準（VoluntaryCarbonStandard）、生存計畫（PlanVivo）以及黃金標準（GoldStandard）等獨立性機構表示，它們可以為碳補償項目提供證明。擔心受騙的購買者應該在交易時看供應商有沒有相應證書。
科爾姆斯還表示，獲得證書是自願性行為；而不同組織採用的碳補償標準也各不相同。據悉，到2009年，至少出現了17種碳補償標準。許多標準也只是根據書面的檔案，對碳補償項目進行評估，並沒有進行實地跟進或檢查。
即便對於那些自稱經過審核的經營碳補償的公司也沒有監管措施進行核實。如在巴拿馬席爾瓦樹木公司（SilvaTree）就在網上稱已經拿到自願碳信用標準的批准書，但直到受到質疑，該公司才承認並沒有獲得該標準，而是還處於申請該標準的過程中。還有的供應商乾脆玩弄文字遊戲迷惑大眾。
因此，生態系統市場公司2009年發布的報告就表示：“為碳補償項目提供合法性，仍然是個大問題。”
定價
根據AAU在1997年京都議定書中所述，有兩個因素妨礙價格在補償市場，一國內部交易市場和全球市場的一致性。
一方面，一些國家限制了可以進口的補償市場碳交易量。比如，在2008到2020年間，歐盟將只允許16億噸的補償市場碳信貸額進入歐盟市場，即每年只有1000-2000萬噸的市場份額。目前來看，這樣的配額很可能在2015年就會不足，到那時，歐盟內碳交易的價格將肯定會和補償市場的價格大不相同。
另一方面，AnnexI國家的需求量還不是很明確。因為在全球市場上，“溫室氣體”的排放量過剩，這就限制了補償市場的購買能力。因此，對於補償市場的需求目前還比較“平穩”。補償市場的供應量對定價也起到關鍵作用。最初，碳補償是基於相對便宜的來源，例如，與其他級別的許多削減相比，溫室氣體二氧化碳排放減少幾乎不需要前期投資。當市場成熟的時候，更貴的削減方法，比如需要很多前期投資的方法，將會被人們追捧。供應量同樣也和補償市場的未來發展結構有關。目前，碳補償機制是以項目為基礎的，這就要求項目的獨立性和排他性，這是一個緩慢且繁雜的過程。另外，有些人也開始關注那些以項目為基礎的補償機制的“多餘重複性”。
面臨問題
在已開發國家，如果有各種各樣法規（比如能源-效率準則）的支持，碳排放限額以及碳交易機制是減少碳排放一個有效的途徑。更重要的是，已開發國家將繼續把碳排放控制在規定的排放限額內，同時，已開發國家之間也可以交易他們的碳排放量，或者通過碳補償市場與開發中國家交易排放量。
不過，開發中國家中碳交易市場（主要是通過資金補償）的角色仍然不明朗，而且相對於已開發國家而言，開發中國家的市場還十分有限。鑒於目前正在討論的提案，已開發國家和開發中國家市場的差距主要是因為：1、開發中國家減少排放的要求的複雜性；2、已開發國家對碳補償市場需求的有限性。這種不均衡將限制發達市場上的公司通過投資開發中國家市場從碳補償借貸市場獲利的能力。即，如果已開發國家的市場沒有規模性的發展，這些公司將退出那些沒有需求的碳借貸品種。
項目不規範
新英格蘭調查報導研究中心和《基督教科學箴言報》的調查發現，碳補償市場不規範的例子全球範圍內比比皆是：
1．印度的一個碳補償項目為建造風電機車，清理了一些當地農民傳統的部族耕地，打亂了人們的生活，但最後只生產了遠小於期待值的電量；
2．巴拿馬的一個植樹碳補償項目，承諾砍伐樹木將帶來經濟效益，並自稱經過核證，而事實上，至今該項目根本沒有栽幾棵樹；
3．在澳大利亞，政府已經開始制止一個欺詐性碳補償項目；
4．美國加利福尼亞州一開發商利用輪船在南太平洋拋灑鐵灰，稱此舉將有益吸收碳元素的藻類。美國環保署（EPA）已經表示該計畫是海洋非法傾倒；
過去許多人把碳補償交易看作環保領域頗具前景的工具，而如今這些不規範的市場行為已經人們卻步不前。
補償建議
關於補償市場，各國都提出了許多的議案。關鍵的意見包括改變原來的以項目為基礎的機制，建立一個將給予碳信貸獎勵的程式機制，或者一個對於碳排放減少給予獎勵但不減少也不給予處罰的“非懲罰機制”，或者完全限制的機制，以及對上述各機制的一個混合操作。碳信貸的最終供應量以及需要的支出花費將因選擇機制的不同而不同，對於碳補償的獎勵也會有所不同（比如，是否包括碳吸收和儲存，核能利用，或者通過減少森林砍伐而減少排放的努力）。
