具體措施
簽署協定關於運力調控。根據《海峽兩岸海運協定》確定的“平等參與、有序競爭，根據市場需求，合理安排運力”的原則，為避免運力盲目增長，導致惡性競爭，將根據市場供求關係，以貨櫃班輪、客船和散裝液貨船為重點進行運力巨觀調控。
關於砂石運輸。為兩岸砂石貿易提供運輸便利，更好地滿足台灣方面砂石運輸需求，促進兩岸經貿發展，不再對天然砂運輸船實行單獨發證，將天然砂運輸船的業務範圍統一調整為“砂石運輸”，同時，加強對老舊船舶安全檢查，保障安全。
關於互免稅收。大陸已自2008年12月15日開始，對台灣航運公司從事海峽兩岸海上直航業務在大陸取得的運輸收入和所得，免徵營業稅和企業所得稅。
關於互設機構。大陸方面已就落實《海峽兩岸海運協定》確定的互設機構做好了安排，歡迎台灣航運公司在大陸投資設立經營性機構，大陸相關部門將積極提供協助和便利。同時，大陸方面支持兩岸驗船機構開展合作交流，積極促成互在對方設立辦事處；在設立辦事處前，為驗船人員來往兩岸開展業務提供便利，及時執行檢驗和處理緊急事務。
關於兩岸船舶登記。允許兩岸登記的非運輸兩岸間貿易貨物的船舶，從兩岸港口或第三地港口進入對方港口，掛旗方式按照《海峽兩岸海運協定》規定的船舶識別方式執行。如上述船舶運送兩岸之間的貿易貨物或中轉貨物，應按照兩岸主管部門對直航船舶的管理規定辦理。
關於非商業運輸船舶。對兩岸資本的非商業運輸船舶（如：航海教學實習船、海洋科學考察船、工程船、救助打撈船等）進入對方港口，按照《海峽兩岸海運協定》確定的精神，予以支持，按個案方式予以審批。
關於《海峽兩岸海運協定》聯繫實施機制。大陸方面的海峽兩岸航運交流協會將進一步加強與台灣方面相應機構的聯繫，為兩岸相關行業主管部門指定人員提供便利的聯絡渠道和服務，及時協調處理《海峽兩岸海運協定》實施中的相關事務。
關於海上安全。大陸方面繼續推動兩岸海上安全等方面的交流和合作，加強對口磋商，共同保障海上人命、環境和航行安全，並儘快協商編制兩岸直航船舶共同技術標準。
此次兩岸海上直航圓桌會議由交通運輸部和福建省政府共同舉辦，來自兩岸的近150名代表參加會議，圍繞全面落實《海峽兩岸海運協定》，擴大兩岸在海運領域合作等議題進行了交流和溝通。
政策保證
兩岸通航為進一步加強和完善兩岸直航船舶的管理，在聽取各方面意見的基礎上，經兩岸相關機構磋商，大陸方面近期採取兩項措施：一是不再對天然砂運輸船實行單獨發證，凡取得砂石運輸直航許可的船舶均可承運包括天然砂在內的各類砂石；二是加強對砂石運輸船的安全檢查，逐步代替船舶船齡控制政策。
交通運輸部水運司負責人強調，這兩項措施是大陸全面落實《海峽兩岸海運協定》的具體措施，特別是在當前應對金融危機形勢下，針對兩岸砂石運輸的具體情況，既為兩岸砂石貿易提供了運輸便利，同時加強直航船舶的安全監管，進一步擴大兩岸特別是台灣方面船公司的經營規模，更好地滿足台灣方面砂石運輸需求，有利於促進兩岸經貿發展。
據介紹，天然砂屬禁止出口的資源性商品，去年3月起大陸恢復對台灣地區出口天然砂，大陸航運主管部門對承運兩岸天然砂貿易的船舶實行單獨管理，這是考慮當時兩岸尚未直接通航，以防天然砂被轉口至禁止出口的地區。現兩岸海上直航已實現，且對砂石運輸船已有監管措施。因此，大陸航運主管部門調整管理模式，根據《海峽兩岸海運協定》的規定，對符合條件的船舶核發直航許可證，並將營運範圍統一為“砂石運輸”，為兩岸砂石貿易提供更加便利的海運服務。
考慮到台灣海峽海洋環境的特殊性，對航行海峽船舶的穩性、結構強度等要求很高，但目前兩岸砂石船多數是老舊散貨船，船齡偏大，須加強安全防範已成兩岸共識。兩岸船檢機構對砂石船的技術標準進行磋商並取得進展，海事部門相應加強安全檢查，以保障砂石船的安全，防止水域污染。
協定內容
為實現海峽兩岸海上客貨直接運輸，促進經貿交流，便利人民往來，海峽兩岸關係協會與財團法人海峽交流基金會就兩岸海運直航事宜，經平等協商，達成協定如下：
一、經營資格
雙方同意兩岸資本並在兩岸登記的船舶，經許可得從事兩岸間客貨直接運輸。
二、直航港口
雙方同意依市場需求等因素，相互開放主要對外開放港口。
三、船舶識別
雙方同意兩岸登記船舶自進入對方港口至出港期間，船舶懸掛公司旗，船艉及主桅暫不掛旗。
四、港口服務
雙方同意在兩岸貨物、旅客通關入境等口岸管理方面提供便利。
五、運力安排
雙方按照平等參與、有序競爭原則，根據市場需求，合理安排運力。
六、稅收互免
雙方同意對航運公司參與兩岸船舶運輸在對方取得的運輸收入，相互免徵營業稅及所得稅。
七、海難救助
雙方積極推動海上搜救、打撈機構的合作，建立搜救聯繫合作機制，共同保障海上航行和人身、財產、環境安全。發生海難事故，雙方應及時通報，並按照就近、就便原則及時實施救助。
八、輔助事項
雙方在船舶通信導航、證照查驗、船舶檢驗、船員服務、航海保障、污染防治及海事糾紛調處等方面，依航運慣例、有關規範處理，並加強合作。
九、互設機構
雙方航運公司可在對方設立辦事機構及營業性機構，開展相關業務。
十、聯繫主體
（一）本協定議定事項，由海峽兩岸航運交流協會與台灣海峽兩岸航運協會聯繫實施。必要時，經雙方同意得指定其他單位進行聯繫。
（二）本協定其他相關事宜，由海峽兩岸關係協會與財團法人海峽交流基金會聯繫。
十一、協定履行及變更
（一）雙方應遵守協定。協定附屬檔案與本協定具有同等效力。
（二）協定變更，應經雙方協商同意，並以書面方式確認。
十二、爭議解決
因適用本協定所生爭議，雙方應儘速協商解決。
十三、未盡事宜
本協定如有未盡事宜，雙方得以適當方式另行商定。
十四、簽署生效
本協定自雙方簽署之日起四十日內生效。
本協定於十一月四日簽署，一式四份，雙方各執兩份。
附屬檔案：海峽兩岸直航船舶、港口安排
海峽兩岸關係協會財團法人海峽交流基金會
會長陳雲林董事長江丙坤
附屬檔案
附屬檔案：海峽兩岸直航船舶、港口安排
依據本協定第一條、第二條，議定具體安排如下：
一、兩岸資本並在香港登記的船舶比照直航船舶從事兩岸間海上直接運輸，在進出兩岸港口期間，其船舶識別方式比照《港台海運商談紀要》有關香港船舶的規定。
二、目前已經從事兩岸試點直航（境外航運中心）運輸、兩岸三地貨櫃（貨櫃）班輪運輸、砂石運輸的兩岸資本權宜船，經特別許可，可按照本協定有關船舶識別等規定，從事兩岸間海上直接運輸。
三、雙方現階段相互開放下列港口：
大陸方面為六十三個港口，包括：丹東、大連、營口、唐山、錦州、秦皇島、天津、黃驊、威海、煙臺、龍口、嵐山、日照、青島、連雲港、大豐、上海、寧波、舟山、台州、嘉興、溫州、福州、松下、寧德、泉州、肖厝、秀嶼、漳州、廈門、汕頭、潮州、惠州、蛇口、鹽田、赤灣、媽灣、虎門、廣州、珠海、茂名、湛江、北海、防城、欽州、海口、三亞、洋浦等四十八個海港，以及太倉、南通、張家港、江陰、揚州、常熟、常州、泰州、鎮江、南京、蕪湖、馬鞍山、九江、武漢、城陵磯等十五個河港。
台灣方面為十一個港口，包括：基隆（含台北）、高雄（含安平）、台中、花蓮、麥寮、布袋（先採專案方式辦理）等六個港口，以及金門料羅、水頭、馬祖福澳、白沙、澎湖馬公等五個“小三通”港口。
雙方同意視情增加開放港口。
協定作用
一是貨運總量穩步攀升。在遭受全球金融危機影響，世界海運市場整體低迷的情況下，一年來兩岸間航運不僅沒有衰減，反而逆勢增長，運送兩岸貿易貨物和中轉貨物總計5780萬噸，同比增長2%。
二是客運量增長迅速。一年來，兩岸間海上運輸共運送旅客140萬人次，同比增長40%。兩岸間首條定期客貨班輪航線，從廈門直達台灣本島，由中遠集團下屬廈門遠洋公司的“中遠之星”輪於今年11月19日正式開通。兩岸海上直航，為兩岸之間的人員往來提供了極大方便。
三是貨櫃運輸量繼續增長。目前，共有38艘貨櫃船在從事兩岸間貨櫃貨物運輸，開闢直航貨櫃班輪航線21條，全年共運送貨櫃140萬TEU，同比增長11%。
協定意義
海上直航促進了兩岸經貿交流與合作，惠及了兩岸人民。兩岸海上直接通航之後，航線截彎取直，船舶往來兩岸時不必再繞行第三地，可以節省航行時間、燃料成本及第三地港口簽證費用。根據船型不同及航線不同，經初步統計，大約可節省營運成本15—30%，一年來累計節省費用1.2億美元，減少燃油消耗7萬多噸，減少碳排放量近21萬噸。即有利於兩岸經濟貿易的發展，又為港航企業克服金融危機帶來的困難及長遠發展帶來了實實在在的好處。在世界航運市場普遍負增長的情況下，海峽兩岸因直航逆勢而增長，不僅擴大了兩岸經濟需求，而且帶動就業。兩岸航運業界通過多角度、全方位的合作，最佳化航運線路，相互借鑑經驗、優勢互補，共同提高兩岸航運業的發展水平，提升國際競爭能力，並帶動兩岸海上物流及其他產業的融合發展，共同應對來自國際市場的風險和競爭。
海峽兩岸15項協定
| 海峽交流基金會董事長江丙坤和大陸海峽兩岸關係協會會長陳雲林，21日簽署《海峽兩岸醫藥衛生合作協定》，總計6次江陳會談，兩岸共簽署15項協定。 |
