全文如下：
《海峽兩岸空運補充協定》航點分布海峽兩岸關係協會與財團法人海峽交流基金會，根據《海峽兩岸空運協定》第一條、第三條、第四條規定，就開通兩岸定期客貨運航班等事宜，經平等協商，達成補充協定如下：
一、飛行航路
雙方同意在台灣海峽北線航路的基礎上開通南線和第二條北線雙向直達航路，並繼續磋商開通其他更便捷的新航路。
二、運輸管理
雙方同意兩岸定期航班使用的運輸憑證及責任條款，參照兩岸現行作業方式管理。
三、承運人雙方同意可各自指定兩岸資本在兩岸登記註冊的航空公司，在本補充協定附屬檔案規定的航點上經營分別或混合載運旅客、行李、貨物及郵件的定期和不定期航空運輸業務，並事先知會對方。撤銷或更改上述指定時亦同。
四、通航航點雙方同意兩岸通航航點沿用《海峽兩岸空運協定》的規定，並可根據市場需求經雙方協商確定增開新的航點。
五、航空運價
雙方同意兩岸航空公司應向兩岸航空主管部門提交定期航班的運價。
六、代表機構
雙方同意兩岸航空公司可在對方區域通航地點設立代表機構，並自行或指定經批准的代理人銷售航空運輸憑證、從事廣告促銷及運行保障（運務）等與兩岸航空運輸有關的業務。上述代表機構的工作人員應遵守所在地規定。
七、互免稅費
雙方同意在互惠的基礎上，磋商對兩岸航空公司與經營活動有關的設備和物品，相互免徵關稅、檢驗費和其他類似稅費，具體免稅費項目及商品範圍由雙方共同商定，並對兩岸航空公司參與兩岸航空運輸在對方取得之運輸收入，相互免徵營業稅及所得稅。
八、收入匯兌
雙方同意兩岸航空公司可隨時將其在對方區域內取得的收入按照所在地規定的程式兌換並匯至公司總部所在地或其他指定地點。
九、航空安全
雙方同意建立航空安全聯繫機制，相互提供一切及時和必要的協助，共同保障兩岸航空運輸的飛行安全及旅客的人身財產安全。發生危及航空安全事件或威脅時，雙方應相互協助，採取適當的措施，以便迅速、安全地結束上述事件或威脅。
十、輔助事項
雙方同意有關證照查驗、適航認證、機場安檢、檢驗檢疫、地面代理、資料提供、服務費率等事宜，參照航空運輸慣例和有關規定辦理，並加強合作，相互提供便利。
十一、適用規定
雙方同意兩岸航空公司在對方區域內從事兩岸航空運輸，應適用所在地有關規定。
十二、聯繫機制
雙方同意兩岸航空主管部門建立聯繫機制，視必要隨時就兩岸航空運輸的相關事宜進行溝通並交換意見。
十三、實施方式
本補充協定議定事項的實施，由雙方航空主管部門指定的聯絡人，使用雙方商定的文書格式相互聯繫，並相互通報信息、答覆查詢等。雙方對協定的實施或者解釋發生爭議時，由兩岸航空主管部門協商解決。
十四、簽署生效
本補充協定自簽署之日起各自完成相關準備後生效，最遲不超過六十日。本補充協定於四月二十六日簽署，一式四份，雙方各執兩份。
附屬檔案：海峽兩岸航路及航班具體安排
海峽兩岸關係協會財團法人海峽交流基金會
會長 陳雲林 董事長 江丙坤
附屬檔案
海峽兩岸航路及航班具體安排
依據本協定第一條、第三條、第四條，議定具體安排如下：
一、新辟航路
雙方同意由兩岸空（航）管部門以適當方式，就建立南線廣州與台北飛行（航）情報區直達航路、第二條北線上海與台北飛行（航）情報區直達航路及空（航）管直接交接程式進行聯繫並作出具體安排。
南線飛航路線為：
自N22°57＇00〃 E116°21＇36〃經雙方議定管制交接點N23°00＇00〃 E117°30＇00〃至N22°36＇15〃 E117°57＇16〃雙向使用。
第二條北線飛航路線為：
自N30°45＇46〃 E123°41＇39〃經雙方議定管制交接點N28°41＇57〃 E123°41＇39〃至N27°56＇18〃 E123°41＇39〃雙向使用。
客運
（一）承運人
除上海（浦東）與桃園和台北松山機場航線雙方各指定四家航空公司外，其余航點每條航線雙方各指定二家航空公司承運。
（二）航點
１．大陸方面同意在現有北京、上海（浦東）、廣州、廈門、南京、成都、重慶、杭州、大連、桂林、深圳、武漢、福州、青島、長沙、海口、昆明、西安、瀋陽、天津、鄭州等二十一個航點基礎上，新增合肥、哈爾濱、南昌、貴陽、寧波、濟南等六個航點。上述二十七個航點可經營定期航班。
２．台灣方面同意桃園與高雄航點可經營定期航班，其餘台北松山、台中、澎湖（馬公）、花蓮、金門、台東等六個航點為客運包機航點。
（三）班次
雙方同意客運定期航班和包機班次總量為每周共二百七十個往返班次，每方每周一百三十五個往返班次。其中以下航點每方每周往返班次不超過：
１．大陸方面：上海（浦東）二十八班；北京十班；深圳十班；廣州十四班；昆明十四班；成都十四班。
２．台灣方面：台北松山二十一班。
其他航點可根據市場需求在航班總量範圍內安排定期航班或包機。
貨運
三、貨運
（一）承運人
每條航線雙方各指定二家航空公司承運。
（二）航點
１．大陸方面同意上海（浦東）、廣州航點可經營定期航班。
２．台灣方面同意桃園、高雄航點可經營定期航班。
（三）班次
雙方同意貨運定期航班和包機班次總量為每周共二十八個往返班次，每方每周十四個往返班次。其中廣州每方每周七個往返班次，上海（浦東）每方每周七個往返班次。
（四）腹艙載貨
雙方同意相互開放客運定期航班腹艙載貨。
四、其他事宜
雙方同意在有定期航班飛行的航線上原則上不再許可包機飛行。
生效
2009年6月24日，國台辦發言人范麗青說，《海峽兩岸空運補充協定》將於2009年6月26日生效，雙方主管部門正在積極準備，將在辦妥相關業務手續後，爭取早日開通兩岸定期航班。
海峽兩岸15項協定
| 海峽交流基金會董事長江丙坤和大陸海峽兩岸關係協會會長陳雲林，21日簽署《海峽兩岸醫藥衛生合作協定》，總計6次江陳會談，兩岸共簽署15項協定。 |
