簡介
旗艦分類
旗艦是一個統稱，任何實際起到指揮作用的艦艇都可以稱做旗艦。但一般而言，一個艦隊中只有一條主要旗艦（即艦隊指揮官長期乘坐的艦艇），同時也會指定某些艦艇為預備旗艦，以應對一些特殊情況。同時對於大艦隊而言，可能下轄幾個分艦隊，因而除了總旗艦外，每個分艦隊也都有對應的旗艦進行指揮。
旗艦的設定旗艦（指揮艦）有兩種設定方法：一種是常年固定一艘艦艇為旗艦。如美國海軍幾個艦隊的旗艦基本上是固定的，第二艦隊的旗艦是“惠特尼山”號（ＬＣＣ-20）兩棲指揮艦；第三艦隊的旗艦是“科羅納多”號（ＡＧＦ-11）運輸艦；第六艦隊的旗艦是“貝爾內普”號（ＣＧ-26）飛彈巡洋艦；第七艦隊的旗艦是“藍嶺”號（ＬＣＣ-19）兩棲指揮艦；中東部隊的旗艦是“拉薩爾”號（ＡＧＦ-3）運輸艦。
另一種方法是根據當時情況，臨時指定艦隻擔任旗艦。旗艦（指揮艦）顧名思義要承擔海上作戰的組織指揮任務，有較高的要求，不是什麼艦船都可擔任的。旗艦是根據艦隊、編隊在海上作戰指揮任務的要求，進行專門設計建造的。一般來講，旗艦由於要擔任較複雜的海上作戰指揮任務，所以該艦要比其他艦船有著更加完備的觀察通訊器材。如果不是專門設計建造的艦船，要擔任旗艦，就必須進行一些必要的改裝，使其適應指揮的要求。
選擇
旗艦並不是一成不變的。通常來說，指揮官都會選擇艦隊中最優秀的艦艇作為自己的座艦。但是也有例外，比如原旗艦因故維修，或者戰鬥中原旗艦受創過重不能再但當原有職責，這是艦隊指揮官一般會按計畫或就進選擇艦艇作為旗艦——登艦並升起自己的旗幟，保證戰鬥繼續順利進行。如果指揮官因故不能指揮，則按照原定計畫順次由相關軍官升旗指揮。
在著名的日德蘭海戰中，德方艦隊司令萊茵哈特·舍爾就曾幾度更換旗艦進行指揮。而在更早的中日甲午海戰中，清朝艦隊卻因為開戰初期失去指揮而混亂異常，很難說這和戰鬥的最後結局是否有著直接的關係。
美海軍艦隊旗艦
旗艦美軍第2艦隊“旗艦”“惠特尼山”號
LCC 20 Mount Whitney
“惠特尼山”號在1971進入現役，自1981年以來一直是大西洋艦隊的旗艦，它的基本任務是協調艦隊部署，作為兩棲指揮艦，“惠特尼山”號的最大賣點是它提供的頻寬通訊能力，它可以為艦上各個司令部提供與世界任何地方美軍部隊的加密通訊，同時可以收發海量的通訊數據。
“惠特尼山”屬於藍橋級兩棲指揮艦，船體長190米，最寬處32米，排水量18648噸，航速23節，可容納1469名官兵。
美軍第3艦隊是AGF 11 Coronado
主要部署於東太平洋， “科羅納多”號是世界上最先進的指揮艦之一，號稱美國海軍“海上戰爭試驗室”，並成為駐紮在美國夏威夷的美國第三艦隊的旗艦。該艦於2004年3月份抵達日本接替兩棲指揮艦“蘭嶺”號擔當第7艦隊的旗艦，這艘16910噸的新式戰艦在一定意義上代表了美國海上綜合作戰指揮能力的最高水平。“科羅納多”號雜務指揮艦是由1艘“奧斯汀”級兩棲船塢運輸艦“科羅納多”號（LPD11）改裝而成，該級的其它11艘艦目前仍在服役。1980年，“科羅納多”號改裝成旗艦，隨後換防了在1981年至1982年進行大修的“拉薩爾”號，並臨時作為第6艦隊旗艦服役3年。1985年擔任第3艦隊旗艦，母港設在本土聖迭戈。“科羅納多”號於1995年底開始改進，1997年完成了18個月的全面改裝，包括一個由3層甲板臨時暫代的井形甲板，3.5萬平方英尺的新的指揮、控制、通信空間及220人住艙的指揮機構。經過改進後的“科羅納多”號，可以在未來戰時和危機衝突中作為1艘聯合部隊指揮艦使用。該艦外形酷似兩棲船塢登入艦，但在該艦後部不設有艦尾艙門。艦頂部有一龐大的白色半球體，這是目前世界上功能最強大的通信系統之一，名為“挑戰雅典娜”。除了可提供電子郵件、公開或加密的網際網路通信聯絡及電話通信服務外，該通信系統還能提供數字圖像傳輸及其它大容量、超大容量的通信服務。
該艦主要利用衛星與各艦艇、作戰飛機及海軍陸戰隊進行計算機聯網。實現指揮、控制的高度自動化艦上裝備有先進的“聯合海軍指揮信息系統”，多台超級計算機、數百台終端與衛星、導航、預警、通訊及全球定位系統相連，構成複雜完善的電子信息分析、處理系統，可同時對來自地面、海上、空中、水下的多類電子情報進行實時綜合處理，是名副其實的戰時海上指揮中心。由於該艦在艦隊中的特殊地位，為確保全全，在執行任務時通常由多條戰艦隨航護衛，並選擇遠離戰區的後置配備。
“科羅納多”號艦體內部建有各類艙室、辦公室、會議廳和指揮中心、電視機（包括大螢幕電視）、計算機、電話、傳真機等現代通信設施一應俱全。該艦作為美海軍聯合特混部隊指揮控制艦，主要設有如下各類功能中心：
A：聯合空軍作戰中心。面積1100平方英尺，具備指揮一場戰區一級戰役能力。
B：作戰室。面積3500平方英尺，配備有大螢幕電視；可同時供幾十名指揮官召開各類作戰會議
C：聯合作戰指揮中心。面積625平方英尺，擁有最先進的通信設備和情報接收、處理及傳送設備。
D：軍民兩用作戰中心。該中心更多的是在非戰時使用，如為執行人道主義的紅十會官員提供辦公場所，或在組織非戰鬥人員撤運時用作政府官員的指揮所。
E：作戰中心。面積6000平方英尺，可供216人同時工作。
F：危機反應中心。這是一個供12人工作的工作站。使用該工作站的好處在於當指揮官處於異地時仍可參與計畫的制定，從而大大縮短了計畫制定所需的時間。計畫制定過程中，指揮官還可隨時與上級指揮部門進行聯絡，如與美海軍太平洋艦隊進行聯絡協商等。
G：聯合後勤、醫療中心及聯合圖像情報處理中心。這兩個中心分別位於艦體左右兩舷的夾層艙室中。其中，聯合圖像情報處理中心的建立使美軍首次實現了艦船對間諜衛星傳送信號的直接接收與利用。此外，艦上還設有一個海上新聞中心，一個數字照相實驗室和一個印刷車間。
H：備用住宿艙。除艦上編制人員的住宿艙室外，艦上還備有規格不等的住宿艙若干，為6名將官、22名高級軍官、130名低級軍官提供住宿。同時，該艦還計畫增加30個辦公室和50個水兵住艙。
美軍第5艦隊旗艦“拉薩爾”號
AGF-3 USS LA SALLE
旗艦美軍第7艦隊的旗艦為“藍嶺”號
LCC 19 Blue Ridge classv
1971年至1979年，“藍嶺”號以聖迭戈為常駐基地，在此期間曾駛西太平洋執行任務。1975年曾參加了南越西貢美軍撤離活動。1979年以來，該艦一直作為第七艦隊的前沿部署旗艦，當第7艦隊整個力量投入作戰的時候，它是兩棲登入部隊和登入部隊的總指揮，也是聯合特遣隊的最高指揮首腦！其裝備的指揮與控制系統十分先進，可以接收全世界美軍發來的情報和數據，然後讓艦隊司令對空中、水面和水下作戰形勢有完全明了的概念，迅速作出反應，也使得該艦具備全球指揮與控制能力。
引申意義
在現代漢語中，旗艦的意義被引申，代指同類中起主導作用的產品，如旗艦店、旗艦品牌。
旗艦店是企業在行銷過程中設在某地最高級別的品牌形象展示店，一般來講就是所處地段極佳、客流極強、銷售極好之樣板店，是代表某品牌或某大類商品的專賣店或專業店。例如阿瑪尼旗艦店就屬於品牌專賣店，而茂昌眼鏡公司旗艦店就屬於品牌專業店。
旗艦店是競爭加劇的市場經濟時代的產物，對促進連鎖經營、樹立品牌形象均大有益處，而且也是企業拓展市場份額的有效手段。
而在Windows系統版本中，Windows Vista 旗艦版就特指Windows Vista Ultimate版本，這個版本以前叫“終極版”，現在都用“旗艦版”來特指了。
