生平
壬申之亂之前
649年（大化5年），鸕野贊良皇女的外公右大臣蘇我石川麻呂被告謀反，被中大兄皇子（日後的天智天皇）領兵攻擊，自殺而亡。蘇我石川麻呂之女、中大兄皇子之妻蘇我造媛悲傷於父親之死，不久也病死。直木孝次郎認為鸕野贊良皇女之母蘇我遠智娘就是蘇我造媛。
657年（齊明天皇3年），鸕野贊良皇女13歲之時，嫁給叔父大海人皇子（日後的天武天皇）。中大兄皇子除了鸕野贊良皇女之外，還將大田皇女、大江皇女、新田部皇女等共4個女兒嫁給了弟弟大海人皇子。661年（齊明天皇7年），鸕野贊良皇女與大海人皇子一起跟隨齊明天皇行幸九州。662年（天智天皇元年）在九州，鸕野贊良皇女生下草壁皇子，第二年大田皇女生下大津皇子。在667年（天智天皇6年），大田皇女去世，鸕野贊良皇女成了大海人皇子的妻子中身份最高的人。
壬申之亂
671年（天智天皇10年），大海人皇子為了避免政爭，隱居于吉野之時，鸕野贊良皇女帶著草壁皇子跟隨。《日本書紀》等史料沒有明確的記載，是作為大海人皇子妻子中的一員到了吉野，還是只有鸕野贊良皇女到了吉野。
大海人皇子在第二年發起了壬申之亂。鸕野贊良皇女帶著自己的孩子草壁皇子及別的妃子生的大海人皇子之子忍壁皇子，跟隨大海人皇子向美濃方向急行軍。因為疲勞的原因，與大海人皇子一行告別，滯留在伊勢。《日本書紀》中記載，鸕野贊良皇女和大海人皇子一起制定了叛亂的計畫。
天武天皇的皇后
大海人皇子在叛亂中取勝後，在673年（天武天皇2年）正月即位，冊封鸕野贊良皇女為皇后。
據《日本書紀》的記載，天武天皇在位的時候，皇后也一直輔助天武天皇，在政事方面獻言獻策。
679年（天武天皇8年），天武天皇與皇后、草壁皇子等六皇子交換吉野之盟。六皇子是草壁皇子、大津皇子、高市皇子、忍壁皇子、川島皇子、志貴皇子，其中川島皇子和志貴皇子是天智天皇之子，其餘4人都是天武天皇之子。天武天皇讓皇子們起誓不爭奪皇位，互相幫助，讓皇子們互相擁抱。之後又讓皇后和皇子們相互擁抱。
為了祈禱皇后病癒，天武天皇命令建造藥師寺。
681年（天武天皇10年），天武天皇在皇后的陪伴下，在大極殿招集諸皇子、諸王、諸臣，開始編纂飛鳥淨御原宮律令，公布當時只有19歲的草壁皇子為皇太子。當時的日本，還沒有過無實際執政經歷的年少者據皇太子之位的前例。據推測是皇后的強烈要求。
大約從685年（天武天皇14年）左右開始，天武天皇開始常常生病，皇后開始代替天武天皇執政，成為當時日本的實際統治者。686年（天武天皇15年）7月，天皇下詔：“天下之事，無論大小，必須向皇后和皇太子報告”。皇后和草壁皇子開始共同執政。
大津皇子的謀反
大津皇子比草壁皇子小1歲，其母大田皇女是和草壁皇子之母鸕野贊良皇女的姐姐。《日本書紀》中記載大津皇子舉止優雅、談吐不凡、富有才學，受到天武天皇的寵愛，日本詩賦的興起由大津皇子開始。《日本書紀》卻沒有記載任何對草壁皇子的讚辭。擁立草壁皇子的血脈的政權下編纂而成的《日本書紀》竟然作了這樣的記載，在所有歷史學者中也沒有任何人否認兩人的能力差別。
大津皇子的母親大田皇女早逝，草壁皇子的母親鸕野贊良皇女卻一直健在，並被立為皇后成為了草壁皇子的後盾。草壁皇子被立為皇太子之後，大津皇子雖然也參與了朝政，但草壁皇子的皇太子地位已經穩固。
但是，天武天皇死後第二天，經川島皇子的密告，大津皇子的謀反被發覺，自殺而亡。具體是怎樣一個謀反計畫，史書並沒有記載。皇位繼承憑實力奪取在當時的時代是常事。因此，北山茂夫認為也許大津皇子有謀求皇位的舉動，有一些危險的言行被持統天皇得知後，粉碎了大津皇子的陰謀。但也許大津皇子並沒有謀反的計畫，只是因為是草壁皇子潛在的競爭對手，被持統天皇先發制人處死。
持統天皇的稱制與即位
天武天皇，耗時2年3個月，經過讓皇族、臣下再三列席的一連串的葬禮後，才得以下葬。這時皇太子以領袖群臣的形象示人，意圖是是為了加強草壁皇子作為皇位繼承者的印象。
但是，689年（持統天皇3年）4月，草壁皇子病故，皇位繼承計畫被完全打亂。持統天皇雖然寄望於草壁皇子之子，當時只有7歲的輕皇子（後來的文武天皇），但輕皇子過於年幼，只能先立為皇太子。就這樣持統天皇選擇了由自己即位。即位後，持統天皇進行大規模的人事變動，任命高市皇子為太政大臣，多治比島為右大臣。天武朝不立大臣（大臣是日本古墳、飛鳥時代的官職，權勢很大，之前權傾朝野的蘇我蝦夷、蘇我入鹿父子的家族蘇我氏就世襲大臣之職）的皇親政治，得到修正。
持統天皇的統治
持統天皇時期，繼承並完成了天武天皇的政策，做了飛鳥淨御原令的制定和藤原京的營造兩件大事。
建設新京是天武天皇的心愿，有天武天皇時已經開始著手 ，和在持統天皇時才正式開始等兩種不同的說法。
另外持統天皇還忠實的繼承了天武天皇對官吏們武備、武藝的獎勵的政策。
在民政方面，製作了戶籍，即庚寅造籍。687年（持統天皇元年）7月，免除了685年（天武天皇14年）以前負債的利息。嘗試調整奴婢的身份，命令百姓、奴婢穿著指定的顏色的衣服。
實行這些律令國家建設、整備政策的同時，持統天皇也絞盡腦汁的利用持統天皇的權威來提高自己的聲望。持統天皇讓三十六歌仙之一的柿本人麻呂作讚頌天皇的和歌。 柿本人麻呂儘管官位低微，但受到持統天皇的私人庇護，終持統天皇一生都是作為“宮廷詩人”為天皇歌功頌德，之後轉任地方官吏。
與天武天皇所不同，持統天皇頻繁行幸吉野。不僅是訪問是留有丈夫天武天皇回憶的地方，也是為了借用天武天皇的權威來提高自己威望。其它的記錄有持統天皇行幸伊勢一次，行幸紀伊一次。據《萬葉集》的記述，近江也有可能行幸了一次。伊勢行幸，因為妨礙了農事，被中納言三輪高市麻呂強諫。這次行幸意圖是讓地方豪族們繼續協助藤原京的營造。
天武天皇生前為皇后（持統天皇）病癒而祈願，開始興建的大和國的藥師寺在持統天皇時期完成，持統天皇定藥師寺的寺格為勅願寺。
外交方面持統天皇繼承天武天皇的政策，與新羅開展外交，與大唐沒有官方的外交關係。
持統天皇不承認與新羅的對等關係，強迫新羅向日本朝貢。新羅因為當時與大唐對抗，所以不得以承認了這種不平等的關係。日本向新羅派遣了學問僧等留學生。
讓位於文武天皇
持統天皇統治期間的大部分，高市皇子（天武天皇長子）是太政大臣。高市皇子儘管母親的身份低微，但是在壬申之亂戰功卓著，據推測在政務方面也積累了聲望。 高市皇子即使不是正式的皇太子，也是被眾人擁護的皇位繼承人的有力候補。
高市皇子在696年（持統天皇10年）7月10日去世。據《懷風藻》的記載，這時關於持統天皇之後的繼承人問題，持統天皇招集皇族、臣下商議，很多主張應該由天武天皇其他兒子繼承皇位，但持統天皇意圖讓自己的孫子輕皇子（逝世的皇太子草壁皇子之子）繼承，隨著葛野王對眾人一聲大喝，出了結果，697年（持統天皇11年）2月，冊立輕皇子為皇太子。
持統天皇在697年（持統天皇11年）8月1日，讓位於15歲的輕皇子（即文武天皇）。日本史上，持統天皇是在世的天皇中繼皇極天皇之後第二個讓位的，並且是第一個太上天皇（上皇）。
讓位後的持統上皇
持統上皇讓位後仍與文武天皇並座，處理政務。文武天皇時代最大的政績是大寶律令的制定、施行，也被認為是持統上皇的意志。 但是，代替壬申之亂功臣的藤原不比等這些傾倒於大唐文化年輕人才崛起，持統朝受到打壓的刑部親王（即忍壁皇子，高市皇子去世後成為天武天皇之子中最年長者）復出政壇，所以也有學者認為文武朝有了變化，不完全是持統上皇的意志所主導。
持統上皇在大寶元年（701年），去了多年未去的吉野。第二年長途旅行，遠至三河，犒賞了壬申之亂中立有功勞的地方豪族。
703年1月13日（大寶2年12月22日），持統上皇病發，22日去世。經1年的殯禮後火葬，骨灰合葬於天武天皇之墓。這次是天皇火葬的首例。
諡號
持統天皇的和風諡號有2個。一個是《續日本紀》記載的703年（大寶3年）12月17日持統天皇的遺體火葬之際的“大倭根子天之廣野日女尊”；另一個是《日本書紀》記載的養老4年（720年），作為歷代天皇一起被追謚的“高天原廣野姬天皇”。漢風諡號“持統天皇”是和歷代天皇一起由淡海三船所進上，由熟語“繼體持統”中的“持統”得來。
人物評價
《日本書紀》記載持統天皇“深沈大度、好禮節儉、有母德”等等。
後世觀點
女帝持統的作用和野心
持統天皇是從7世紀到8世紀，日本古代很有特色的女性天皇（女帝）中的一位。與其他女帝常常由別人代行執政不同，持統天皇統治期間的政策被認為是由持統天皇親自推行的。持統天皇不是政治上的裝飾品，而是有執政能力的實質的統治者，是歷史學者的共識。《日本書紀》記載持統天皇輔佐天武天皇平定天下，在政治的各個方面獻言獻策。《續日本紀》記載持統天皇退位於文武天皇后仍與文武天皇並座，處理政務。持統天皇對政治的干預不僅限於其在位期間。持統天皇和天武天皇一起，被和歌歌頌為“大君是天神降世”，天皇權力強化路線達到了最高點。
作為政治家的持統天皇的作用和動機，通常的看法是持統天皇要在天武天皇之後，由其子草壁皇子、孫輕皇子繼承皇位。持統天皇希望草壁皇子被立為天武天皇的繼承人，說服天武天皇冊立草壁皇子為皇太子，在天武天皇死後，又排除了草壁皇子的潛在皇位競爭者大津皇子。持統天皇計畫在天武天皇的葬禮結束之後，就讓草壁皇子即位，但草壁皇子在計畫實現前就去世，不得已只能由自己親自即位。但遠山美都男認為，持統天皇並不是只打算做一個政權過渡人物，而是要作為君主行使實質性政治權力。持統天皇從一開始，就以皇位為目標，擁有政治上的野心。
由持統天皇籌劃的謀略
以持統天皇積極進取的性格和優秀的能力為前提，有很多謀略被認為是持統天皇所籌劃。壬申之亂，通常的看法是由鸕野贊良皇女協助大海人皇子發動。但倉本一宏認為鸕野贊良皇女就是壬申之亂的首謀。
關於大津皇子的謀反，北山茂夫和直木孝次郎認為大津皇子也並不是沒有野心，只是一些不慎的言辭就被上升擴大到謀反程度。
與此相關的《萬葉集》的和歌中有持統天皇針對大津皇子設密探監視的說法。
松本清張認為持統天皇暗殺高市皇子，以立輕皇子為太子。
家族成員
祖：舒明天皇
父：天智天皇
母：蘇我遠智娘
叔及夫：天武天皇
同母姐：大田皇女
異母弟：弘文天皇
異母妹及兒媳：元明天皇
異母弟：志貴皇子
義子及堂弟：高市皇子（天武天皇之子）
子：草壁皇子義子、堂弟及甥：大津皇子（天武天皇與大田皇女之子）
義子及堂弟：舍人親王（天武天皇之子）
侄：光仁天皇（志貴皇子之子）
從侄：淳仁天皇（舍人親王之子）
孫女：元正天皇（草壁皇子與元明天皇之女）
孫：文武天皇（草壁皇子與元明天皇之子）
日本歷代天皇
| 代 | 諡號或追號 | 就任時間 | 卸任時間 | 附註及任內大事 |
| 1 | 神武天皇 | 前660年1月1日 | 前585年3月11日 | 日本史上首任天皇，傳為天照大神的後裔，而確證待查。類似中國的黃帝與韓國的檀君。 |
| 2 | 綏靖天皇 | 前581年1月8日 | 前549年5月10日 | 由綏靖天皇到開化天皇共八代，歷史上只有誕生、即位、以及建宮、立後等記載，沒有治績紀錄，故在日本歷史上稱作闕史八代。 |
| 3 | 安寧天皇 | 前549年7月3日 | 前511年12月6日 | 闕史八代。一說安寧天皇元年為前548年。 |
| 4 | 懿德天皇 | 前510年2月4日 | 前477年9月8日 | 闕史八代。 |
| 5 | 孝昭天皇 | 前475年1月9日 | 前393年8月5日 | 闕史八代。 |
| 6 | 孝安天皇 | 前392年1月7日 | 前291年1月9日 | 闕史八代。 |
| 7 | 孝靈天皇 | 前290年1月12日 | 前215年2月8日 | 闕史八代。 |
| 8 | 孝元天皇 | 前214年1月14日 | 前158年9月2日 | 闕史八代。 |
| 9 | 開化天皇 | 前158年11月12日 | 前98年4月9日 | 闕史八代。一說開化天皇元年為前157年 |
| 10 | 崇神天皇 | 前97年1月13日 | 前30年12月5日 | 首位在考古學上可考證的天皇。 |
| 11 | 垂仁天皇 | 前29年1月2日 | 25763 | 廢除殉禮 |
| 12 | 景行天皇 | 26125 | 130年11月7日 | 日本武尊東征 |
| 13 | 成務天皇 | 131年1月5日 | 190年6月11日 | 在日本國內劃分國、縣、邑等地方行政區域。 |
| 14 | 仲哀天皇 | 192年1月11日 | 200年2月6日 | 日本武尊之子，違逆神旨而死。 |
| 15 | 應神天皇 | 270年1月1日 | 310年2月15日 | 一說即傳說中的八幡大神（八幡大菩薩） |
| 16 | 仁德天皇 | 313年1月3日 | 399年1月16日 | 聖帝之世 |
| 17 | 履中天皇 | 400年2月1日 | 405年3月15日 | 命諸國設定國史（散逸） |
| 18 | 反正天皇 | 406年1月2日 | 410年1月23日 | 平定仲皇子之亂 |
| 19 | 允恭天皇 | 412年12月 | 453年1月14日 | |
| 20 | 安康天皇 | 453年12月14日 | 456年8月9日 | 與輕皇子爭位勝出 |
| 21 | 雄略天皇 | 456年11月13日 | 479年8月7日 | 暴君說 |
| 22 | 清寧天皇 | 480年1月15日 | 484年1月16日 | 體弱 |
| 23 | 顯宗天皇 | 485年1月1日 | 487年4月25日 | 市邊押磐皇子遺兒 |
| 24 | 仁賢天皇 | 488年1月5日 | 498年8月8日 | 報德不報怨 |
| 25 | 武烈天皇 | 498年12月 | 506年12月8日 | 殘暴不仁的天皇，仁德帝一脈終絕。 |
| 26 | 繼體天皇 | 507年2月4日 | 531年2月7日 | 應神帝五代孫 |
| 27 | 安閒天皇 | 531年2月7日 | 535年12月17日 | |
| 28 | 宣化天皇 | 535年12月 | 539年2月10日 | |
| 29 | 欽明天皇 | 539年12月5日 | 571年4月 | 崇佛廢佛論爭展開。 |
| 30 | 敏達天皇 | 572年4月3日 | 585年8月15日 | |
| 31 | 用明天皇 | 585年9月5日 | 587年4月9日 | 聖德太子之父。 |
| 32 | 崇峻天皇 | 587年8月2日 | 592年11月3日 | 崇佛廢佛論爭完結，崇佛派蘇我馬子獲勝並暗殺天皇，佛教地位奠定。 |
| 33 | 推古天皇 | 592年12月8日 | 628年3月7日 | 日本歷史上首位女天皇。 |
| 34 | 舒明天皇 | 629年1月4日 | 641年10月9日 | |
| 35 | 皇極天皇 | 642年1月15日 | 645年6月14日 | 女天皇。 |
| 36 | 孝德天皇 | 645年6月14日 | 654年10月10日 | 645年定年號為大化，創日本年號之始。 推行大化革新，指定官制。 |
| 37 | 齊明天皇 | 655年1月3日 | 661年7月24日 | 即皇極天皇，於孝德天皇死後重祚。 |
| 38 | 天智天皇 | 661年7月24日 | 671年12月3日 | 天皇制確立。 |
| 39 | 弘文天皇 | 671年12月5日 | 672年7月23日 | 即位紀錄於正史中被抹煞，又稱大友帝 |
| 40 | 天武天皇 | 673年2月27日 | 686年9月9日 | 強化天皇中央集權制。 |
| 41 | 持統天皇 | 686年9月9日 | 697年8月1日 | 天武帝皇后，女天皇。 |
| 42 | 文武天皇 | 697年8月1日 | 707年6月15日 | 命藤原不比等等人編法典《大寶律令》，又設定鑄錢司。 |
| 43 | 元明天皇 | 707年7月17日 | 715年9月2日 | 女天皇。 |
| 44 | 元正天皇 | 715年9月2日 | 724年2月4日 | 女天皇。 |
| 45 | 聖武天皇 | 724年2月4日 | 749年7月2日 | 設立東大寺 |
| 46 | 孝謙天皇 | 749年7月2日 | 758年8月1日 | 女天皇。 |
| 47 | 淳仁天皇 | 758年8月1日 | 764年10月9日 | 又稱淡路廢帝，明治維新後追贈淳仁之諡號 |
| 48 | 稱德天皇 | 764年10月9日 | 770年8月4日 | 孝謙天皇重祚。與僧道鏡有染。 |
| 49 | 光仁天皇 | 770年10月1日 | 781年4月3日 | 天智系一脈 |
| 50 | 桓武天皇 | 781年4月3日 | 806年3月17日 | 異稱柏原天皇，遷都平安京，開創平安時代 |
| 51 | 平城天皇 | 806年3月17日 | 809年4月1日 | 異稱奈良天皇，下令遷都—遷回舊都平城京，引發藥子之變 |
| 52 | 嵯峨天皇 | 809年4月1日 | 823年4月16日 | 和文全盛期。允文允武。 |
| 53 | 淳和天皇 | 823年4月16日 | 833年2月28日 | 又稱西院帝 |
| 54 | 仁明天皇 | 833年2月28日 | 850年3月21日 | 異稱深草天皇，承和之變 |
| 55 | 文德天皇 | 850年3月21日 | 858年8月27日 | |
| 56 | 清和天皇 | 858年11月7日 | 876年11月29日 | |
| 57 | 陽成天皇 | 876年11月29日 | 884年2月4日 | 陽狂之帝 |
| 58 | 光孝天皇 | 884年2月5日 | 887年8月26日 | 異稱小松帝 |
| 59 | 宇多天皇 | 887年8月26日 | 897年7月3日 | 臣籍降下，之後恢復皇籍即位 |
| 60 | 醍醐天皇 | 897年7月3日 | 930年9月22日 | 出生後臣籍降下，恢復皇籍後即位，編纂古今集 |
| 61 | 朱雀天皇 | 930年9月22日 | 946年4月20日 | 將門、純友之亂 |
| 62 | 村上天皇 | 946年4月20日 | 967年5月25日 | |
| 63 | 冷泉天皇 | 967年5月25日 | 969年8月13日 | |
| 64 | 圓融天皇 | 969年8月13日 | 984年8月27日 | |
| 65 | 花山天皇 | 984年8月27日 | 986年6月23日 | |
| 66 | 一條天皇 | 986年6月23日 | 1011年6月13日 | |
| 67 | 三條天皇 | 1011年6月13日 | 1016年1月29日 | |
| 68 | 後一條天皇 | 1016年1月29日 | 1036年4月17日 | |
| 69 | 後朱雀天皇 | 1036年4月17日 | 1045年1月16日 | |
| 70 | 後冷泉天皇 | 1045年1月16日 | 1068年4月19日 | |
| 71 | 後三條天皇 | 1068年4月19日 | 1072年12月8日 | |
| 72 | 白河天皇 | 1072年12月8日 | 1086年11月26日 | |
| 73 | 堀河天皇 | 1086年11月26日 | 1107年7月19日 | |
| 74 | 鳥羽天皇 | 1107年7月19日 | 1123年1月28日 | |
| 75 | 崇德天皇 | 1123年1月28日 | 1141年12月7日 | 保元之亂、大怨靈，有贊歧院之稱。 |
| 76 | 近衛天皇 | 1141年12月7日 | 1155年7月23日 | |
| 77 | 後白河天皇 | 1155年7月24日 | 1158年8月11日 | 源平之爭開始。 |
| 78 | 二條天皇 | 1158年8月11日 | 1165年6月25日 | 平治之亂，源義朝被殺，其子賴朝被流放，平氏專權。 |
| 79 | 六條天皇 | 1165年6月25日 | 1168年2月19日 | |
| 80 | 高倉天皇 | 1168年2月19日 | 1180年2月21日 | |
| 81 | 安德天皇 | 1180年2月21日 | 1185年3月24日 | 平氏一族滅亡。 |
| 82 | 後鳥羽天皇 | 1183年8月20日 | 1198年1月11日 | |
| 83 | 土御門天皇 | 1198年1月11日 | 1210年11月25日 | 又稱阿波院、土佐院 |
| 84 | 順德天皇 | 1210年11月25日 | 1221年4月20日 | 又稱佐渡院，在未期間承久之亂發生，朝廷倒幕軍戰敗，朝廷自此被幕府所控制。後鳥羽天皇、土御門天皇、順德天皇被流放。 |
| 85 | 仲恭天皇 | 1221年4月20日 | 1221年7月9日 | 承久之亂發生後被廢黜，僅在位77日，因此有九條廢帝之稱。 |
| 86 | 後堀河天皇 | 1221年7月9日 | 1232年10月4日 | |
| 87 | 四條天皇 | 1232年10月4日 | 1242年1月9日 | |
| 88 | 後嵯峨天皇 | 1242年1月9日 | 1246年1月29日 | |
| 89 | 後深草天皇 | 1246年1月29日 | 1259年11月26日 | |
| 90 | 龜山天皇 | 1259年11月26日 | 1274年1月26日 | |
| 91 | 後宇多天皇 | 1274年1月26日 | 1287年10月21日 | |
| 92 | 伏見天皇 | 1287年10月21日 | 1298年7月22日 | |
| 93 | 後伏見天皇 | 1298年7月22日 | 1301年1月22日 | |
| 94 | 後二條天皇 | 1301年1月22日 | 1308年8月25日 | |
| 95 | 花園天皇 | 1308年8月26日 | 1318年2月26日 | |
| 96(南朝1) | 後醍醐天皇 | 1318年2月26日 | 1339年8月15日 | 南朝第一任天皇。 |
| 97(南朝2) | 後村上天皇 | 1331年9月20日 | 1333年5月25日 | 南朝天皇。 |
| 98(南朝3) | 長慶天皇 | 1336年8月15日 | 1348年10月27日 | 南朝天皇。 |
| 99(南朝4) | 後龜山天皇 | 1339年8月15日 | 1368年3月11日 | 南朝最後一任天皇。 |
| 北朝1 | 光嚴天皇 | 1348年10月27日 | 1351年11月7日 | |
| 北朝2 | 光明天皇 | 1352年8月17日 | 1371年3月23日 | |
| 北朝3 | 崇光天皇 | 1368年3月11日 | 1383年10月 | |
| 北朝4 | 後光嚴天皇 | 1371年3月23日 | 1382年4月11日 | |
| 北朝5 | 後圓融天皇 | 1383年10月 | 1392年10月5日 | |
| 100 | 後小松天皇 | 1382年4月11日 | 1412年8月29日 | 北朝第六代天皇，在將軍足利義滿的協助下，接收了南朝後龜山天皇交出的傳國神器，統一了南北朝。 |
| 101 | 稱光天皇 | 1412年8月29日 | 1428年7月20日 | |
| 102 | 後花園天皇 | 1428年7月28日 | 1464年7月19日 | 異稱後文德院 |
| 103 | 后土御門天皇 | 1464年7月19日 | 1500年9月28日 | |
| 104 | 後柏原天皇 | 1500年10月25日 | 1526年4月7日 | 即位21年後才行即位儀式。 |
| 105 | 後奈良天皇 | 1526年4月29日 | 1557年9月5日 | 織田信長(1534年)誕生。(生卒年:1534年─1582年) |
| 106 | 正親町天皇 | 1557年10月27日 | 1586年11月7日 | |
| 107 | 後陽成天皇 | 1586年11月7日 | 1611年3月27日 | 豐臣秀吉、德川家康等大名在京都聚樂第覲見天皇。 |
| 108 | 後水尾天皇 | 1611年3月27日 | 1629年11月8日 | |
| 109 | 明正天皇 | 1629年11月8日 | 1643年10月3日 | 女天皇。 |
| 110 | 後光明天皇 | 1643年10月3日 | 1654年9月20日 | |
| 111 | 後西天皇 | 1654年11月28日 | 1663年1月26日 | |
| 112 | 靈元天皇 | 1663年1月26日 | 1687年3月21日 | |
| 113 | 東山天皇 | 1687年3月21日 | 1709年6月21日 | |
| 114 | 中御門天皇 | 1709年6月21日 | 1735年3月21日 | |
| 115 | 櫻町天皇 | 1735年3月21日 | 1747年5月2日 | |
| 116 | 桃園天皇 | 1747年5月2日 | 1762年7月12日 | |
| 117 | 後櫻町天皇 | 1762年7月27日 | 1770年11月24日 | 至今最後一位女天皇。 |
| 118 | 後桃園天皇 | 1770年11月24日 | 1779年11月9日 | |
| 119 | 光格天皇 | 1779年11月25日 | 1817年3月22日 | |
| 120 | 仁孝天皇 | 1817年3月22日 | 1846年2月6日 | 天保改革(1841年)。 |
| 121 | 孝明天皇 | 1846年2月13日 | 1866年12月25日 | |
| 122 | 明治天皇 | 1867年1月9日 | 1912年7月30日 | 實施明治維新（1868年）。發動日清戰爭、日俄戰爭，擊敗中國和俄國，加速日本現代化的步伐。 |
| 123 | 大正天皇 | 1912年7月30日 | 1926年12月25日 | |
| 124 | 昭和天皇 | 1926年12月25日 | 1989年1月7日 | 至現時為止日本在位最長和最長壽的天皇。在位期間與軸心國發動第二次世界大戰，最終戰敗。 |
| 125 | 今上天皇 明仁 | 1989年1月7日 |
