全縣現有各級各類醫療衛生單位287家。天祝縣衛生局下屬醫療衛生單位27家，其他部門和單位所屬醫療衛生單位8家（縣計畫生育指導站、甘肅省建材職工醫院、窯街礦務局天礦職工醫院和天祝一中、新華中學、天祝民中、天師師範4所校醫室）；衛生所（室）和個體診所252家。在衛生行政部門管理的醫療衛生單位中，縣直綜合醫院2家，藏醫院、疾病預防控制中心、婦幼保健所、衛生職業技術學校、衛生監督所、藏醫藥開發研究所各1家，中心衛生院5家，鄉鎮衛生院（所）14家。
全縣共有衛生工作人員1076人，每千人擁有衛生人員4.98人。其中衛生行政部門管理的醫療機構衛生工作人員685人，其中衛生局機關27人，縣直醫療衛生單位391人，鄉鎮衛生院267人。全縣共有專業技術人員594人，其中縣直醫療衛生單位325人，鄉鎮衛生院256人。專業技術人員按職稱分，副高級職稱的25人，中級職稱的130人，初級職稱的294人。按學歷分，本科77人，大專303人，中專239人。
全縣醫療機構共有房屋49469平方米,其中縣直醫療衛生單位19590平方米,鄉鎮(中心)衛生院21159平方米,村衛生所(室) 8720平方米。鄉鎮衛生院房屋中業務用房14626平方米，其中危房面積1653平方米,生活用房5539平方米，其中危房3567平方米。
共有萬元以上醫療器械71台(件)，1000-5000元的醫療器械 77台(件)。鄉鎮衛生院共有萬元以上醫療器械33台(件)，1000-5000元醫療器械231台(件)。村衛生所有基本醫療設備器械2777台(件)，每所平均12.7台(件)，主要以血壓計、聽診器、紫外線消毒燈、高壓消毒鍋為主(不含預防接種用器械)。
全縣醫療機構共設病床369張，每千人擁有床位 1.71張。其中衛生部門管理的醫療衛生單位設床位297張（縣直醫療衛生單位160張，鄉鎮衛生院137張），其他部門和單位所屬醫療衛生單位72張。按照衛生部門管理的醫療機構床位算，每/千人擁有床位1.28張。
