挖掘
1961年被國務院公布為全國第一批重點文物保護單位。這裡為一黃土高阜，以前當地人稱“鴨鵝城”。
1928年春，中央研究院歷史語言研究所吳金鼎於此做考古調查時，發現此地有遠古遺存。1930年和1931年，中央研究院對此遺址進行發掘，發現有板築城垣，因此名之“城子崖”。遺址南北長530米，東西寬430米。文化層4～6米，分上下二層。上層出土的有豆、鬲等灰陶器物和銅質兵器等，屬商周戰國文化。下層出土大量的新石器時代中晚期石器、骨器、蚌器和陶器。陶器以泥質加沙黑陶為主，有鼎、鬲、豆、瓮、盆、杯等，特別是黑陶，質地堅硬，薄如蛋殼，造型精美，可謂該文化的代表。因地處龍山鎮，並完全不同於以彩陶、紅陶為特徵的仰韶文化，便定名為‘龍山文化”。此次發掘，是中國早期近代意義上的重大考古發掘活動，是全國發現並挖掘的第一處新石器時代遺址，在中國考古學界占有極為重要的歷史地位。
新發現
1990年4月，山東省考古研究所又對該遺址進一步發掘，發現龍山文化、夏代、周代城址和岳石文化堆積，填補了中國夏代城址考古之空白，再次引起海內外學術界的重視，分別被評為全國1990年和“七五”期間十大考古新發現。1991年，在考古發掘現場建成城子崖遺址博物館，供人們研究、觀覽。
