一、概念基本含義
唯物主義有神論是相對於唯心主義有神論而言的，認為神、靈魂等是有物質和能量基礎的一種客觀存在，並非是絕對超於物質世界的純粹精神存在。廣州市社會科學院研究員苗興壯最早對唯物主義有神論進行了系統的論證。唯物主義有神論認為唯物主義和有神論並不是天然水火不相容的，這種對立可能只是階段性的，一方面是因為人們對自然的認識範圍還有限，人類還遠沒有洞悉巨觀宇宙和微觀世界的全貌，我們對自然的認識還處在相對的“中觀”層面，一些本來是自然的、物質的存在只因其所特有的屬性不能為我們理解而被我們懷疑或否認；另一方面，由於各種宗教的傳統的觀念的延續，有神論者們往往把“神”絕對化了，神不僅是超物質的和絕對全能的，甚至可以是超邏輯超理性的。
由於唯物主義和有神論的對立，科學與宗教也往往是對立的。即使不是完全對立，至少也是相互分離的。例如在科學與宗教關係的類型研究中，有的學者將其分為對抗與非對抗關係兩類，有的則將其細分為衝突，獨立，對話以及整合四種類型。其中的“整合”關係並沒有達成宗教與科學的統一，例如在通過自然神論或過程神學等學說實現的科學與宗教的整合中，自然神論實際上否認了人格神的存在，更傾向於唯物主義和無神論；過程神學雖然不承認作為絕對控制力量的完全不變的神，但並沒有說明神究竟是什麼，似乎只是某種在事物發展過程中注入新奇的力量，因而很多人也索性把它視作無神論。
如果我們不再像傳統宗教那樣把神看作是絕對超越於自然之上的精神存在，而只是把神看作是一種特殊的生命形態，看作是自然的一部分，是自然中我們尚未充分認識的那部分，把神看作是有著某種物質和能量基礎的強大的生命體，那么唯物主義和有神論就可以不再對立了，科學與宗教也就有可能達成統一了（這裡所講的統一，主要是指自然科學有可能對靈魂、神、神跡等宗教要素的存在作出合理的解釋，而不涉及到具體宗教教義中主張的道德規範、行為準則、儀式設定等，因為這些是與科學並行的，不存在衝突或統一的問題）。
二、兩個前提公設
唯物主義有神論需要兩個公設作為前提，第一個是系統的結構決定了系統的功能，系統的功能依賴於系統的結構。一般來講，一個系統的功能的複雜度與其結構的複雜度是一致的。一個系統的結構越複雜，則其可能具有的功能也越複雜；一個系統如果想具有複雜的功能，則必須具有複雜的結構，而且系統整體具有的高級功能無法用其組成部分的孤立的特徵來解釋。尤其需要強調的是，“在外部環境相同的情況下，具有相同結構的系統必然具有相同的功能，具有類似結構的系統也具有類似的功能”。第二個公設是現實的結構需要有物質載體的支撐，沒有物質載體支撐的抽象結構不會具有現實結構所具有的功能。圖紙上的房子不能住，設計圖上的汽車不能行使，這是很簡單的道理。
有了上述前提，我們就可以反推，如果說靈魂、神等是存在的，就等於說他們是表現出各種功能的，如懲惡揚善等，如果神存在而不表現出任何外顯的功能，那和不存在也沒什麼區別了。自然神論中的神就是一個沒有任何功能的神，因而他存在不存在都一樣。既然靈魂和神必須是有功能的，那么靈魂和神也必定是有內在結構的，只有這種結構才能夠保證其功能的發揮。既然是有內在結構的，那么靈魂和神就必然要有維持其結構的物質基礎、物質載體。
三、可能構成靈魂和神的物質
首先，我們先想一想假如有構成靈魂和神的物質存在，那么這種物質應該是什麼樣的。第一、它的密度應該是非常小的，因為人或動物的肉體死亡後並沒有發現其重量有明顯的減少，至少目前還沒有見到這方面的可靠實驗證據；第二、它應當是透明的，沒有任何顏色，所以肉眼無法觀察到其存在；第三、它是沒有任何氣味和味道的，不能引起人們的嗅覺和味覺的反應；第四、它在結構上是非常細微的，因而可以穿越任何其它普通的物質，並且與實體物質很少發生相互作用，因而現有的儀器設備還無法探測到它的存在；第五、它聚合在一起後仍然具有很高的彈性和柔韌性，形狀容易改變，其形狀可以是不固定的；第六、它本身也包含著能量，所以靈魂才可以運動並能夠表現出某些功能。構成靈魂和神的物質（以下稱“靈質”）應有的這些特性，讓我們很容易就聯想到了天體物理學正在探索的“暗物質”(dark matter)和“暗能量”（dark energy）。現在多數科學家認為，暗物質可能由一種人們目前還沒有充分認識的亞原子粒子構成，有的科學家認為暗物質有可能是一種中微子（neutrino），一種質量不及電子的百萬分之一的極其微小的粒子。上世紀90年後期，科學家們通過對超新星的觀測，發現宇宙在加速向外膨脹，而暗能量是對這種現象的最合理的解釋。為取得該項研究成果做出主要貢獻的美國天體物理學家索爾·佩爾馬特（Saul Perlmutter）等三人獲得了2011年的諾貝爾物理學獎。
雖然暗物質和暗能量究竟是什麼目前人們還不完全清楚，但其存在已經為科學界普遍承認，因為來自不同方面的觀測和研究結果已經能夠相互印證，如對星系鏇轉速度曲線（velocity curve）的觀測，對宇宙微波背景輻射的觀測等。暗物質和暗能量可能在宇宙中是大量存在的，根據天體物理學家的推算，在整個宇宙的質量和能量的總體中，暗物質大約占的23%，暗能量占大約72%，而以我們可見的原子狀態存在的物質只占大約4.6%。
根據科學家的描述，暗物質可以穿透任何普通物質，也不與普通物質發生任何相互作用，這類物質本身不會發出可見光、紅外線、紫外線等任何電磁輻射，也不吸收和反射任何光，而且是完全透明的，因而難以探測，所以被稱為暗物質。暗物質的這些特性都與靈質應有的特性高度一致，所以我們有理由將二者聯繫起來。
有了構成靈魂和神的物質基礎，那么對靈魂和神就可以做出唯物主義的解釋了。
四、對神和靈魂的解釋
可以想像，如果靈質充滿了活著的人（或動物）的體內，並且在生命活動過程中發揮重要作用，那么靈質的分布結構必然與機體的結構存在著對應性，人體的結構有多複雜，靈質的分布結構也就有多複雜，並且是與機體的細胞、組織和器官緊密結合為一體的。當人的機體死亡後，靈質這種很細微的特殊物質有可能從機體裡分離出來，成為脫離機體而獨立存在的實體。靈質從機體分離出來後有兩種可能，一種可能是靈質像水蒸氣一樣飄散開了，原有的分布結構已經不復存在了，如果這樣，那么也就不存在什麼靈魂了。但還有另一種可能，那就是從機體分離出來的靈質並沒有飄散開，而是憑藉著某種力仍然聯合在一起，那么原有的和有機體相對應的分布結構就會被保持下來，就成為獨立存在的“靈質團”。前面已經講過，系統的結構和功能是相對應的，有什麼樣的結構就會有相應的功能。既然“靈質團”保持或部分保持了與原來機體相對應的結構，那么也就必然保持了（至少是部分保持了）有機體的一些功能，如運動、感知、記憶、思維等功能，那么這個“靈質團”實際上就是靈魂，他依然是有生命的。靈魂接下來會有三種可能，第一種是因為物質和能量的不斷消耗而最終解體死亡；第二種是與另一個肉體結合，即轉世；第三種是繼續長大，前提是他能夠獲取新的能量。
那么，神又是怎么來的呢？神實際上就是宇宙中最早出現的高級生命的強大的靈魂。
近期科學家們測算的宇宙年齡在120億至130億年之間，估計在宇宙可見的範圍內類似銀河系的星係數量可能高達1700億個。在如此漫長的時間跨度和如此廣袤的空間跨度里，如果說只有地球是唯一可以繁衍高級生命的星球，恐怕稍有一點理智的人都不會接受。我們可以想像，在人類出現之前，在其他星系的一些星球上可能已經多次出現過和人類相似或比地球人類更高級的生命。如果這些宇宙中早期的生命也有著和人類類似的機體，那么他們的肉體也無法生存很久。但是在他們的肉體死亡後，他們的靈魂，或者他們當中部分成員的靈魂通過某種途徑從外界繼續獲得了靈質和能量，因而他們的靈魂不斷長大，他們的活動能力不斷增強，智慧也不斷提高。
由於靈魂的生長不再受到肉體遺傳基因等因素的限制，因此可以長到很大。這些早期的高級生命的靈魂在宇宙漫長的時間長河裡不斷成長，隨著時間的推移他們變的非常強大，強大到甚至可以改變某些星球的運行軌道。他們中有些是很善良的，具有很高的道德水平，這些善良而強大的靈魂對宇宙中晚於他們出現的生命賦有強烈的愛心，他們盡力幫助後來的生命，這後來的生命就包括地球上的人類，於是人類就稱他們為“神”。神對人類的直接的引導可能主要集中在人類從蒙昧邁向文明的起步階段，因為蒙昧時期的原始人類更需要智慧的引導，否則必將在蒙昧階段徘徊更長的時間。所以，很多宗教都起源於人類文明的初期。而到了近現代，因為人類已經逐步走向了文明，神對人類逐漸減少甚至停止了直接的干預和引導，神之所以這樣做，可能恰恰是為了鼓勵人類自身的科學探索。因為如果神還像早期那樣直接通過神跡向人類顯現，那么人類的很多科學探索可能都會停下來，而把更多的精力用在向神祈求幫助上，如此反而阻礙了人類向更高文明的發展。
這裡有人可能會問，一種或少數幾種簡單、初級的物質有可能組成結構複雜功能高級的系統嗎？對於信奉還原論的人來說這是不成問題的。如果覺得抽象，想想計算機的工作原理就可以了。
五、神的能力問題
按照唯物主義有神論對神的解神，神顯然不再像某些傳統宗教中理解的那樣是全能的，神的能力可以非常之大，可以大到人類難以想像的程度，但無論多大總是有界限的。神的活動也必須是在自然律之內的，神不能是超邏輯的。神跡並不是超越自然規律的，而只是它的發生所遵循的那些自然規律我們目前還不很清楚而已，也許就是暗物質和暗能量的規律。如果不再堅持神的絕對的全能，那么傳統宗教哲學中的那個兩難問題也就不復存在了（約翰·希克，1988：82-83）。神的能力雖然在某個特定的時刻是有限的，但由於神有能力不斷從宇宙中獲取更多的能量，所以神的能力是處在不斷增長過程中的，從這個角度來說，神的能力也可以說是無限的，神想達到的目標總有一天會實現的。
六、進化論與創造論的調和
無神論與有神論的對立、科學與宗教的對立更具體地表現在進化論與創造論的對立上。不過，如果從“唯物主義有神論”的觀點出發，那么進化論和創造論並不矛盾。當然，前提是要對創造論做新的理解。從最長遠的歷史範圍來看，宇宙中的生命的從無到有隻能來自進化，進化論是對宇宙中最初生命的形成的唯一理性的解釋。但從局部的範圍來看，創造很可能也是存在的。宇宙中最早的生命——神——為了為後來的生命的繁衍提供更加適合的環境，他們很可能對某些星球甚至星系進行了改造，這種改造在宗教中被表述為神的創世。人類的出現和發展過程很可能就包含了這種改造。從亞當的肋骨里創造出夏娃，也許就是地球上最早的基因工程和克隆技術，只不過在克隆過程中改變了人的性別，這點我們現在好像還沒做到。
