歷史沿革
歷史台灣日治時期今台灣高等法院之前身－台灣總督府高等法院並無分院之設。二次大戰後，國府接收台灣，將台灣總督府高等法院改制為台灣高等法院時，亦復如此；
圖1：台灣高等法院台南分院 該院成立時，下級法院有嘉義地方法院（轄區為今 雲林縣、 嘉義縣市）、台南地方法院（轄區為今 台南市）及 高雄地方法院（轄區為今 高雄市、 屏東縣及 澎湖縣）三所。
該院於1947年建立之初，系以當時的 台南儲金管理所為院舍，該管理所即為日治時期之台南州商品陳列館，位於台南市大正町，即台南市中山路該院今址所在地，原由台南市政府接管，後撥本院使用。 沿革
1949年12月，澎湖地方法院、屏東地方法院先後成立，本院之下級審法院增至5座，惟管轄區仍不變。
1950年初，原由台灣高等法院直轄的台東地方法院亦劃歸本院管轄，此時為本院管轄區最大時期。
1962年11月，台灣高等法院台中分院成立，嘉義地方法院（當時轄區包括雲林縣、嘉義縣市）劃歸新成立之台中高分院管轄。
1964年1月18日，白河大地震，震中位於今台南市白河區，本院建築受地震波及，牆壁龜裂，有倒塌之虞，因此由司法行政部撥款及台灣省政府補助，自該年秋天於原址開始重建工作。
1965年5月，台灣高等法院擬成立花蓮分院，分擔高等法院在原花、東之業務，故先在花蓮市設立臨時庭，因此又將台東地方法院劃出由花蓮臨時庭管轄。
1965年12月16日，新院舍落成，改建為三層樓房，即今建築。
1966年1月1日，因嘉義縣市與本院院址之距離近於台中高分院，故嘉義地方法院又劃歸本院，惟此時嘉義地方法院之轄區僅餘嘉義縣市。
1978年，本院院舍增建一層樓成為四層樓建築。
1990年2月1日，台灣高等法院高雄分院成立，高雄地方法院、屏東地方法院及澎湖地方法院之轄區劃歸新成立之高雄高分院管轄。
1990年5月1日，雲林地區之雲林地方法院再回歸本院下級審。至此，本院轄區包括今雲林縣、嘉義縣市及台南市迄今。
管轄範圍
管轄區域雲林縣、嘉義縣、嘉義市、台南市，總面積約5,444平方公里，總人口已逾340萬人。轄區法院為台灣雲林地方法院、台灣嘉義地方法院及台灣台南地方法院三座。
管轄事務1.不服地方法院第一審判決之民、刑事訴訟抗訴案件。
2.不服地方法院第一審裁定之抗告案件。
3.內亂、外患及妨害國交之第一審案件（以本院為第一審）。
4.其他法律規定之訴訟案件。
特色
該院是第一座台灣高等法院分院，成立時轄區遼闊，最大時占台灣面積之三分之一以上，後因台灣高等法院其餘分院次第成立，本院轄區漸縮，迄今該院已是台灣高等法院之下管轄面積最小的分院。但轄區人口340萬仍遠多於花蓮高分院轄區58萬人。台南分院交通極為便利，座落於台南車站前的市中心。
