北京住房公積金管理委員會（簡稱管委會）是住房公積金管理的決策機構。主要組成人員有市人民政府負責人和建設（房地產管理）、房改、財政、人民銀行、審計等有關部門代表以及有關專家占三分之一；工會代表和職工代表占三分之一；單位代表占三分之一。職工代表名額，根據繳存住房公積金的職工人數合理分配到有關單位，職工代表由職工代表大會或工會委員會推選產生。單位代表兼顧企業、事業單位、社會團體等，在北京市轄區內，合理分配名額。工會、職工、單位或專家代表中，有人大代表、政協委員。管委會主要職責是：依據有關法律、法規和政策，制定和調整住房公積金的具體管理措施，並實施監督；擬定住房公積金具體繳存比例；在中國人民銀行確定的中國工商銀行、中國農業銀行、中國銀行、中國建設銀行和交通銀行範圍內，指定受委託辦理住房公積金金融業務的銀行；審批住房公積金歸集、使用計畫（包括購買國債的比例或金額）及計畫執行情況的報告；確定住房公積金個人住房貸款最高額度；審批單位緩繳住房公積金或降低住房公積金繳存比例的申請；審議住房公積金年度預算、決算；審議住房公積金增值收益分配方案等事項。
北京住房公積金管理中心（簡稱管理中心），是根據《國務院關於修改的決定》（國務院令第350號）決定，經北京市人民政府批准，在北京市住房資金管理中心的基礎上，對機構和人員進行重組後，於2002年10月10日組建成立。管理中心同時保留北京市住房資金管理中心的牌子。
管理中心為市政府直屬不以營利為目的的獨立的事業單位。中心設定3個分中心：中共中央直屬機關分中心、中央國家機關分中心、北京鐵路分中心；垂直管理24個管理部；內設13個處室；下設2個直屬事業單位：北京市住房貸款擔保中心、北京市住房貸款個人信用信息服務中心。
管理中心的主要職責是：
(一)編制、執行北京地區住房公積金的歸集、使用計畫；
(二)負責記載北京地區職工住房公積金的繳存、提取、使用等情況；
(三)負責北京地區住房公積金的核算；
(四)審批北京地區住房公積金的提取、使用；
(五)負責北京地區住房公積金的保值和歸還；
(六)編制北京地區住房公積金歸集、使用計畫執行情況的報告；
(七)承辦北京住房公積金管理委員會決定的其他事項。
管理中心掛北京市住房資金管理中心的牌子，受市政府委託，負責對北京市單位住房基金、公共維修基金、住房補貼的建立、使用進行監督和管理。
