二級清算

二級清算是指在三級清算模式中，由各地資金集中清算中心(各地清算代理機構)同本地證券經營機構辦理的證券清算。

清算開始

二級清算的程式的第一步是清算交割表與當日的資金結算表的編制和核對。

資金交收

證券商在指定的結算銀行開設資金清算賬戶，存入足夠的清算備付金。每天閉市後，根據成交記錄清算由券商將每個席位的清算數據傳到銀行，銀行檢查無誤後，進行賬面劃轉。次日，券商收到轉賬通知後核對賬目。如果透支，應立即補足存款並補息；若拖延，每日處以0.5%的罰款。

證券交收

證券形式有實物券、代保管券及無紙化券三種形式。記名證券(指股票、基金及無紙化債券)在成交時同時自動進行股權(債權)過戶手續，也就是交易、清算交割、過戶同步進行。不記名證券(指實物券國債及其他債券)由清算公司庫存賬戶的轉劃完成交收。券商將債券暫存在結算公司集中保管。清算公司按券種分設庫存分戶賬，成交後第二天上午按淨額交收原則通過賬面劃轉完成交收，先存入，後賣出。如果券商欠庫，按差額扣收相應賣出的價款，等T+3日內補足庫存後再將暫扣款收賬。如不補足庫存，由清算公司用暫扣資金從市場買入證券補足，其差價及經手費由賣空券商承擔，並按賣空價款的5%處以罰款。