概述
九龍華仁書院初年
徐仁壽於1919年成立“華仁書院”，他原本任教於聖若瑟書院。華仁是香港第一所由華人管理的英文中學。隨著學生人數大增，港島校舍不敷套用，遂於1924年12月1日在九龍旺角砵蘭街七十號成位分部；學校最初只有24名學生，是為九龍華仁書院的前身。
奶路臣街校舍為書院第一幢自行購地建校的校舍，地點位於現時旺角電腦中心。1928年6月24日，新址啟用，由當時教育司伍德（A.E. Wood）及徐仁壽主持啟用典禮。根據當日《南華早報》報導，新校“樓高三層而每層均有班房”，周圍有“廣闊的空地”，整所建築“空氣流通”及“光線充足”，並稱華仁是香港最大的學校，有學生500人。
徐仁壽有感學生需要更多精神上的指導，於是漸漸將管理交與當時尋找本地教育施設的耶穌會教士。耶穌會本來希望在香港興辦天主教大學。隨著香港大學於1911年成立，耶穌會的神父轉為提供宿舍予大學生，即現今的利瑪竇堂。1932年9月，5位耶穌會的司鐸加入華仁為教職員。12月25日華仁正式移交耶穌會。徐仁壽後離港在英屬馬來亞從事橡膠種植，1980年離世。
在伍德的協助下，九龍華仁被納入政府的資助名單；雖然有新設施，高年級學生依然需要渡過維多利亞港到香港華仁書院上實驗課。學生人數日益增加，校舍設施不足，遂有在九龍設立分校的必要。
二戰時情況
1941年9月8日，柯士甸道103號的校舍正式成為華仁的分校。高班的學級遷到分校上課，由嘉利華神父（Rev. Fr. Richard. W. Gallagher, S. J.）主理。由當時校長林海瀾主理的低班學級則維持在華仁的奶路臣街校舍上課。同年12月8日，日本開始進攻香港。新界及九龍淪陷後，英軍撤出九龍，九龍陷入無政府狀態。柯士甸道和奶路臣街的校舍在戰時遭到搶掠，學校檔案散失不全，只有林海瀾和另一位校長周清霖填寫之學校日誌得以保存。戰後該校址改為天主教國小德信學校。
1941年12月，日軍進入九龍，耶穌會教士協助居民撤退到香港島，九龍華仁被迫封校。日治時期，困難情況下華仁繼續授課；直至1945年7月1日，日軍著華仁停辦。是年8月，日本戰敗投降；9月，華仁複課。由於桌椅戰時已被作為燃料，學生要自備凳桌上課。
戰後發展
1946年、1947年間，九龍華仁在學生人數增加下尋找新校址。遷入何文田山道十五號一地皮的提議遭政府否決，另一說法為政府態度不置可否，致使遷校一事不了了之。
至1949年，學校與香港政府商討後，政府同意讓九龍華仁使用何文田一已遺棄的稻田及附近土地。1952年，九龍華仁搬到窩打路道56號現址。此地早年稱為火棚，政府一直以臨時特別許可證的方式租用給農民。除早期之農田外，原本亦作曬染料、豆豉、布料之用，為附近旺角的通菜街、西洋菜街、花園街、豉油街、煙廠街、洗衣街、染布房街、黑布街、白布街等街名的由來。
新校舍於1952年9月竣工，禮堂也於1955年開幕，聖堂則於1959年落成；現今的游泳池也在1988年落成。羅定邦樓新翼在1991年開幕。據1999年香港教育署之視學報告，全校共有31個課室、四個實驗室、12個特別室、兩個籃球場、四個網球場及禮堂、圖書館、一個草地足球場、一個硬地足球場、泳池和舉重健身室各一。新翼校舍於2006年啟用，物理及化學實驗室遷入。
文化
九龍華仁書院的學習氣氛自由，著重自學精神，即所謂“華仁精神”（同時亦包含自主、自重、自強；不卑不亢、和而不同)。與香港其他傳統名校多錄取富有家庭子女有所不同，九龍華仁取錄的學生不少來自社會中下階層。
據《五十六號的星光——九龍華仁書院創校八十周年紀念冊》(ISBN 962672403X)所載，九龍華仁是第一所用綠色作校褸的學校（而香港華仁則為寶藍色）。相傳，當時大部分神父來自愛爾蘭，傳統上，綠色代表愛爾蘭。身在香港的神父為紀念祖國，遂將校褸的顏色定為綠色。
學生會
九龍華仁書院學生會於一九六六年一月三十一日正式成立，第一任會長便是當年的總學長、現時香港中文大學歷史系教授郭少棠校友，而當時的學生會一共只有九位內閣成員。學生會會長一向都是由總學長兼任。但自一九七一年開始，學生會的要職包括會長、副會長及秘書，不再由學校委派，而是由來自各班的學生評議會成員選出。到了一九七六年，學生會選舉投票權擴展到所有中三或以上同學，使九龍華仁書院學生會更具代性和認受性。
九龍華仁書院學生會的制度成熟，學生會憲章列明學生會功能及架構，由執行委員會及學生評議會分別負責行政及立法工作。至今，在行政方面，執行委員會以下設有十個小組，分掌不同範圍的工作，而各小組就由一名執行委員擔任主席。而在監察方面，設有學生評議會。成員來自各班兩至四名代表，負責監察學生會，審核各項計畫、財政預算及財政報告，亦包括修改憲章、選舉執行委員會成員。
部分著名校友
李柱銘：香港立法會議員（香港島）；香港民主黨前主席
梁家傑：香港大律師公會前主席；香港立法會議員（九龍東）
李業廣：第一屆香港特別行政區行政會議成員、香港交易及結算所主席、強積金管理局主席
梁定邦：資深大律師、中國證劵監督管理委員會首席顧問、香港證劵及期貨事務監察委員會前主席
邢李源：香港上市公司思捷環球前任主席
郭少棠：香港中文大學歷史系教授、九龍華仁書院學生會創會會長
陳祖澤：九龍巴士有限公司董事長、香港賽馬會副主席
袁天凡：電訊盈科副主席、盈科保險集團主席
練乙錚：學者，前信報總編輯，前中央政策組顧問
王於漸：香港大學首席副校長
謝德富：日內瓦世界心臟組織前會長、香港醫學博物館董事會主席
邵善波：一國兩制研究中心總裁
麥德華：加拿大多倫多大學醫學物理及免疫學教授，加拿大皇家學院院士及英國倫敦皇家學院院士。
丁南僑：香港大學數學系講師及作家
區樂民：專科醫生、專欄作家
吳浩強：香港中文大學醫學院病理解剖及細胞學系主任兼講座教授、香港中學會考首位9A狀元
葛民輝：演員、電台主持、二人組合軟硬天師成員
涂謹申：香港立法會議員（九龍西）
曹宏威：香港中文大學生物化學系高級講師，民主建港協進聯盟成員
張家豐（阿喱）:商業電台DJ（唱片騎師）
吳天海: 香港出生，香港有線電視主席
曾江: 香港電影紅星，學生情人林翠的哥哥
黎廣德：公民黨副主席，長春社理事
馬岳：香港時事評論員，現任香港中文大學政治與行政學系副教授
何沛謙：資深大律師、前香港大律師公會副主席
劉漢銓：中國人民政治協商會議全國委員會常務委員、前香港協進聯盟主席
林光宇：前民航處處長
曾昭科：第一批被派往英國蘇格蘭場接受特種訓練的華人警官，香港警隊內被發現的最高階間諜。
張錯：歷史學家、美國南加州大學東亞語文學系兼比較文學系教授、詩人
蔡渭衡：革新會會長、全國人大代表
鄧小宇：作家、雜誌《號外》創辦人
潘漢雄：推動國民教育的教統局官員
黃楚峰：匯賢智庫社區發展總監
張子江：牧師、港督曾委任他為前立法局議員
黃國斌：電台主持
謝偉俊：律師
梁啟雄：萬眾執行董事
