分支機構
直屬分支機構
中華人民共和國江蘇海事局下設連雲港海事局、南京海事局、鎮江海事局、揚州海事局、江陰海事局、張家港海事局、南通海事局、泰州海事局、太倉海事局、如皋海事局等十個分支機構。
中華人民共和國連雲港海事局
中華人民共和國南京海事局
中華人民共和國鎮江海事局
中華人民共和國揚州海事局
中華人民共和國張家港海事局
中華人民共和國南通海事局
中華人民共和國泰州海事局
中華人民共和國太倉海事局
中華人民共和國如皋海事局
直屬派出機構
中華人民共和國江蘇海事局下設常州海事處、常熟海事處、宜興海事處等三個直屬派出機構。
中華人民共和國常州海事處
中華人民共和國常熟海事處
中華人民共和國宜興海事處
內設機構
一、中華人民共和國江蘇海事局內設法規規範處、通航管理處、船舶監督處、危管防污處、船員管理處、安全管理體系審核辦公室等18個內設機構。
1.辦公室。
組織協調局機關日常事務；負責文秘、信息、文書檔案、信訪、保密、外事等管理工作；負責行政督查、督辦以及機關行政事務管理工作。
2.法規規範處。
組織研究、擬訂法制工作規劃和計畫；管理全局法制工作，參與海事立法相關工作；負責規範海事行政執法，指導全局依法行政和普法工作，組織開展執法監督和檢查；歸口管理海事法規的解釋工作。
3.綜合計畫處。
組織擬訂局中長期發展規劃和有關計畫，並監督實施；管理局機關及所屬單位固定資產投資計畫；按照許可權負責所屬單位基本建設和裝備項目工程可行性研究報告的審查、報批以及項目招投標工作；按照許可權審批所屬單位基本建設和裝備項目的初步設計；歸口管理全局統計工作。
4.財務審計處。
負責局機關會計核算工作，指導、監督檢查全局會計核算工作；負責局機關和所屬單位財務會計工作，彙編局機關和所屬單位的財務預、決算，核定所屬單位年度經費收支預算，編制全局預算資金用款計畫；負責非稅收入的管理工作；負責預算執行管理工作，監督檢查經濟運行情況；負責資產、資金管理，歸口管理政府採購工作；協助有關部門做好所屬單位財會部門負責人委派工作。
負責對所屬單位資產管理、財務收支以及專項資金和非稅收入的徵收使用管理情況進行審計；歸口管理所屬單位內部審計工作；按照許可權組織工程項目和領導幹部離任審計工作。
5.人事教育處。
按照管理許可權負責局機關和所屬單位的人事、勞動工資、機構編制、隊伍建設、教育培訓等工作；歸口管理全局公務員工作；按規定許可權管理局機關和所屬單位幹部；負責所屬單位專業技術人員和技術工人管理相關工作。
6.指揮中心（搜救中心辦公室）。
組織實施水上巡查執法和交通管制，維護轄區水上交通秩序；歸口管理轄區船舶交通管理系統（VTS）運行工作；負責轄區突發事件應急指揮，組織、協調船舶防台、水上搜尋救助工作；負責轄區水上搜救應急值班工作;承擔水上搜救中心辦公室的日常工作。
7.安全管理處
承擔轄區航運公司安全與防污染日常監督管理工作，轄區航運公司、船舶安全管理體系審核發證及相關管理工作，水上交通事故及污染事故的調查、處理、統計分析和結案工作，負責開展轄區內水上交通安全形勢分析評估等工作。
8.通航管理處。
負責航道(路)、禁航區、交通管制區、錨地和安全作業區等水域的劃定、報批和監督管理工作；負責船舶靠泊安全條件的核定工作；負責水上、水下施工作業（含使用岸線）礙航性審核和監督檢查以及通航環境認證工作；負責沉船沉物打撈和礙航物清除的管理工作；負責船舶報告制工作；負責航行警（通）告管理工作；負責船舶引航安全監督管理工作；按管理許可權負責轄區水上交通事故及污染事故的調查、處理、統計分析和結案工作；負責水上交通安全綜合管理工作。
9.船舶監督處。
負責船舶登記和適航管理工作；管理船舶安全檢查工作；負責外國籍船舶臨時進入我國非開放水域或港口的申請受理和報批工作；承辦港口對外開放的有關工作；負責船舶進出港（境）的管理工作；負責船舶保全和防抗海盜工作；負責轄區航運公司、船舶安全管理體系審核管理工作。按照授權，負責轄區船舶檢驗質量現場監督檢查、船舶噸位丈量覆核與臨時船舶噸位證書籤發以及船舶重要日期確認工作；負責轄區驗船師資格考試組織工作。
10.船員管理處。
負責轄區船員管理及船員權益保障工作；管理船員、引航員和磁羅經校正員培訓、考試、發證工作；負責轄區船員、引航員、磁羅經校正員培訓機構資質管理及質量體系審核工作；負責海員證件管理工作；負責船舶最低安全配員管理工作；負責船員發展和海員職業保障、船員勞務市場等管理工作；負責船員服務機構和海員外派機構的監督管理工作。
11.危管防污處。
負責防治船舶及有關作業污染的監督管理工作；負責轄區船舶載運危險貨物及其他貨物的安全監督管理工作;負責轄區貨櫃安全運輸監管和危險品貨櫃查驗管理工作；負責轄區危險貨物申報員、貨櫃裝箱檢查員資質管理；負責轄區水上加油站、加氣站安全監督管理工作；監督管理船舶溢油（化學品）污染應急體系建設工作；參與船舶污染事故的調查處理工作；參與轄區船舶污染事故和船舶載運危險貨物事故應急處置工作。
12.基建裝備處。
負責全局基本建設和裝備計畫的組織實施工作；負責基本建設項目的施工管理和竣工驗收工作；負責固定資產實物管理工作；負責局機關和所屬單位裝備管理工作，組織落實裝備建設計畫；歸口管理局內部安全生產工作。
13.規費征稽處。
負責港口建設費及船舶油污損害賠償基金等非稅收入的日常徵收管理工作；負責非稅收入徵收工作的日常監督、檢查；承辦落實車船使用稅等委託代征事項的徵收管理工作；承辦規費徵收票據日常管理和統計分析工作。
14.科技信息處。
負責局機關和所屬單位的科技、信息化管理工作；組織編制局科技與信息化建設的中長期發展規劃及有關計畫；負責局科技項目管理工作，組織協調有關重大科技項目研究；負責有關產品質量管理相關工作；負責局信息化建設和信息系統安全管理工作，承辦局機關信息化設備的運行、維護和管理工作；負責科技成果和智慧財產權管理工作；負責科技交流與合作工作。
15.黨組工作部（組織處）。
按規定許可權管理局機關和所屬單位幹部；負責局黨組日常事務工作；承辦局黨組開展思想政治工作的事務，指導機關和所屬單位黨組織的工作；承辦局黨組指導機關和所屬單位群團工作的日常工作。
16.宣傳處。
負責局機關和所屬單位新聞宣傳、精神文明建設和文化建設工作；組織協調和管理局機關新聞發布、新聞媒體採訪、突發事件應急宣傳和輿情監測分析工作；負責相關刊物管理工作。
17.紀檢監察處。
負責局機關和所屬單位的紀律檢查和行政監察工作，組織開展黨風黨紀、政紀教育和廉政教育；在職權範圍內調查處理違紀案件；歸口管理局黨風廉政建設和反腐敗工作；指導局政風、行風建設和糾風工作。
18.直屬機關黨委辦公室（工會辦公室）。
負責直屬機關黨委和紀委日常事務工作；承辦局黨組理論學習中心組的服務工作；負責直屬機關黨的基層組織建設、黨員和黨費管理等工作；負責局工會、直屬機關工會和所屬單位工會的管理工作；負責離退休幹部管理工作；承辦局機關計畫生育等相關工作。
二、江蘇海事局設定2個處事辦事機構，處室辦事機構名稱及主要職責如下：
1.政務中心。
負責本局機關承擔的海事政務的統一受理工作，按照授權負責海事政務的審核、審批工作和證書、證件管理工作；負責海事政務協調和海事業務諮詢服務工作。
2.船員考試中心。
負責轄區內船員、引航員、磁羅經校正人員和海上設施工作人員等適任資格考試、評估的組織實施工作；負責各類船員證件的製作工作；負責船員檔案管理工作。
派駐機構
江蘇省水上搜救中心辦公室（為江蘇省人民政府派駐機構）
轄區概況
1、下列線段與海岸所圍成的海域：自岸邊沿32°40′00″N緯度線向正東延伸至32°40′00″N/121°05′00″E，再沿121°05′00″E經度線向正北延伸至33°00′00″N/121°05′00″E，再沿33°00′00″緯度線向正東延伸至33°00′00″N/121°55′00″E，再沿121°55′00″E經度線向正南延伸至31°40′00″N/121°55′00″E，再沿31°40′00″緯度線向正西延伸至崇明島。
2、長江幹線江蘇段上下游界線之間的水域：上游界線為慈湖河口與烏江河口的連線，下游界線為瀏河口下游的瀏黑屋與崇明島施翹河下游的施信桿的連線。
主要職責
（一）貫徹和執行國家水上交通安全、航海保障、船舶和水上設施檢驗、環境保護、海洋管理等方面的法律、法規和規章，實施有關多邊與雙邊國際條約，結合本轄區實際情況，制定實施細則，並監督執行。
（二）管理或負責規定區域內國際航行船舶和國內航行船舶的船舶登記，以及船舶法定配備的操作性手冊與文書審核簽發工作；負責轄區內外國籍船舶管理工作和審理外國籍船舶（包括港澳地區船舶）進入本轄區未開放水域或港口的申請，並按規定程式上報審批；負責口岸的海事管理工作。
（三）按照授權，負責船舶檢驗機構、引航機構、船員服務機構、海員外派機構和培訓機構的監督管理工作；負責轄區航運公司安全與防污染監督管理工作，以及船舶所有人、經營人實施有關法律、法規、國際公約的指導和管理工作。
（四）按照授權，負責船員、引航員、磁羅經校正人員和海上設施工作人員適任資格的註冊、培訓、考試和發證管理、船員服務簿和海員出入境證件發放及管理、船員專業與特殊培訓管理及其考試發證工作。
（五）負責轄區內重大水上交通事故、船舶重大污染事故處置及調查處理的組織、指揮和協調工作；負責組織、指導或具體實施轄區船舶防台、水上搜尋救助及水上交通事故、污染事故、水上交通違法案件的調查處理工作。
（六）管理、指導或具體負責轄區內“船旗國”“港口國”和“沿岸國”管理、船舶安全檢查、國際航行船舶進出口岸查驗、國內航行船舶進出港簽證、強制引航監督、船舶保全和防抗海盜、船舶載運危險貨物及其他貨物的安全監督、靠泊安全監督、防治船舶污染水域監督等工作。
（七）管理、指導或具體負責轄區內“沿岸國”管理、海區（或水域）巡邏、通航環境管理與通航秩序維護、水上水下施工作業審核及監督管理、錨地和重要水域劃定、港區岸線使用審核、航行警（通）告發布等工作。
（八）負責船舶港務費、港口建設費、船舶油污損害賠償基金等非稅收入的徵收管理工作。
（九）負責管理、指導本局機關和所屬分支機構的海事業務、法制、規劃計畫、基本建設、財務會計、固定資產、規費徵收、幹部人事、勞動工資、技術裝備、科技教育、政務信息、黨群、審計、紀檢監察、精神文明建設、宣傳等工作。
（十）承辦交通運輸部及交通運輸部海事局交辦的其他事項。
