南京海事局轄區範圍上自江蘇與安徽交界水域的長江慈湖河口與烏江河口連線,下至長江新河口與儀征十二圩連線,水域全長150公里,岸線全長308公里。南京海事局依照法律授權負責統一行使轄區內的水上交通安全、防止船舶污染水域、維護通航環境和船舶航行秩序、水上搜救應急處置、口岸開放監管、服務航運經濟和區域經濟社會發展等管理職責。南京海事局轄區為典型的江汊型 河段,150公里水域內分布著8座洲島。
南京海事局按照交通部“三個服務”的總體要求,認真履行海事管理職責,維護轄區安全形勢穩定;全力打造“安全暢通文明”航區,服務地方經濟社會發展進程。多年來,南京海事局相繼獲得“全國精神文明先進單位”、“全國海事系統文明執法達標單位”、“全國直屬海事系統先進集體”、“全國海(水)上搜救先進集體”、“江蘇省文明單位”、“南京市文明單位”、“中共南京市委先進基層黨組織”、“江蘇海事局2008年先進黨委”、“2008年度交通依法行政示範單位”、“2009年度交通運輸系統先進集體”等榮譽稱號。