“千古一帝”秦始皇一生謎團重重，其中最能引人遐想、發人深思的有以下五條：
1.生父之謎：秦始皇到底是誰的兒子?
關於秦始皇的出生情況，《史記·呂不韋列傳》稱：“呂不韋取邯鄲諸姬絕好善舞者與居，知有身。子楚從不韋飲，見而說之，因起為壽，請之...乃遂獻其姬。姬自匿有身，至大期時，生子政。子楚遂立姬為夫人。”大期，即12個月。司馬遷的這段記載，也是後世很多史學家持秦始皇為呂不韋私生子之說的來源。至於呂不韋向子楚獻上有孕在身的趙姬，其意圖在於使自己的親兒將來登上王位，以此來篡奪嬴氏江山。
《史記》稱秦始皇其實是呂不韋的私生子
然而司馬遷的說法大有可疑。因為按照現代醫學常識，胎兒在母親肚子裡停留的時限在280天，也即十個月左右。如果超出這個極限，就算不是死胎，生出來的也會是畸形兒。更何況，呂不韋怎么可能有絕對的把握，認為趙姬一定會生兒子呢?萬一生出來的是個姑娘怎么辦?那么謀人之國的計畫豈不是要全盤皆輸?
2.相貌之謎：秦始皇到底長得什麼樣?
秦始皇不僅天生異相，而且長相非常奇特，難聽點就是異常兇惡。據《史記·秦始皇本紀》記載，當時的國尉(即後世的太尉)繚對秦始皇的長相描述是“繚曰：‘秦王為人，蜂準，長目，摯鳥膺，豺聲，少恩而虎狼心，居約易出人下，得志亦輕食人...’”據郭沫若分析，“峰準”即馬鞍形的鼻子，“摯鳥膺”即現代醫學所講的“雞胸”，“豺聲”則表明患有氣管炎，以此而論秦始皇不僅有生理缺陷，而且還是一位軟骨病患者。
秦始皇畫像
不過在歷代為秦始皇作的畫像中，都將其描繪成一位雍容華貴、氣度雄偉的形象，相貌堂堂、英俊瀟灑。這種觀點被傳統史學界普遍認可，比如著名的史學家翦伯贊就認為秦始皇相貌英俊、風采迷人。兩種看法孰是孰非，就不得而知了。
3.配偶之謎：秦始皇到底有沒有立皇后?
從史料記載來看，秦始皇至少生有23子、10女，由此推斷其後宮嬪妃不在少數。但蹊蹺的是，翻遍史書也找不到這些嬪妃的具體人數、姓名及活動記錄，也找不到秦始皇有過立後的任何記載。難不成秦始皇在位期間，根本就沒有立過皇后?
秦始皇與母親趙姬
有種說法稱秦始皇確實沒有立後，原因跟他痛恨母親當年跟呂不韋、嫪毐私通的經歷有關，認為女人不可相信，更不能將她們提升到母儀天下的地位。這種解釋頗有些道理，但也不能排除這種假設，即秦始皇確實立過皇后，但史料缺失，沒有保存下來。
4.存衛之謎：秦始皇為何要保留這個彈丸小國?
秦始皇吞併山東六國後，並沒有全部消滅依附於六國的半獨立政權，比如衛國。雖然衛國在此時屬於秦的附庸，但畢竟不是郡縣，有相當的自主權。直到前209年，衛國的國君姬角才被秦二世廢黜，衛國才正式滅亡。關於秦始皇存衛之謎，或稱對秦國有大功的商鞅、呂不韋都是衛國人，秦始皇出於報恩才保留衛國。但考慮到秦始皇刻薄寡恩的本性，此種解釋過於天真。
紅圈部分為衛國地圖
秦始皇之所以存衛，其實另有意圖。山東六國滅亡後，秦始皇為籠絡羈縻閩浙、雲貴等地的少數民族君長，往往會賜予他們“君”的稱號，並在名義上將他們的領土劃入秦朝版圖，並允許他們保持半獨立的地位。為體現“君”作為皇帝治下屬臣的身份，有必要在中原同樣建立一個“樣板”，衛國幸運“中選”，自然就避免了暫時滅國的命運。
5.坑儒之謎：秦始皇到底有沒有坑殺儒生?
從古至今，但凡提到秦始皇的文化暴政，必定會使用一種說法，即“焚書坑儒”。其實秦始皇焚書是有的，至於“坑儒”則疑點重重。在司馬遷所著的《史記》及班固所著的《漢書》當中，都稱秦始皇坑殺的是術士，而非儒生。“焚書坑儒”的說法始於魏晉時期的偽《古文尚書》孔安國序，序中稱：“及秦始皇，滅先代典籍，焚書坑儒，天下學士，逃難解散。”此論在唐朝獲得史學界的認可並盛行開來，最終形成了現代傳統史學的觀點。
被秦始皇坑殺的，其實是術士
不僅如此，唐人張守節做的《史記正義》還對為“坑儒”事件提供了一個詳細的“佐證”：“今新豐縣溫湯之處號愍儒鄉。溫湯西南三里有馬谷，谷之西岸有阬，古相傳以為秦阬儒處也。衛宏詔定古文尚書序雲‘秦既焚書，恐天下不從所改更法，而諸生到者拜為郎，前後七百人，乃密種瓜於驪山陵谷中溫處，瓜實成，詔博士諸生說之。人言不同，乃令就視。為伏機，諸生賢儒皆至焉，方相難不決，因發機，從上填之以土，皆壓，終乃無聲’也。”
稍微有點理性分析能力的人，便可輕易看出這則紀錄的荒誕性。秦始皇為了壓制言論，不敢明旨殺害儒生，便只能想出借瓜坑儒的餿主意，實在是荒誕不經。要知道，就在“坑儒”前一年，秦始皇已頒布“焚書”令，對議論詩書的行為實行嚴懲。如果儒生真的敢犯禁，唯有公開的嚴刑伺候、肉體消滅，何須暗殺呢?所以，“借瓜殺儒”的段子很荒誕，不值一駁。
秦朝 秦始皇
